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意大利的帕多瓦大学，大约绘制于伽利略在此授课的时期。
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天主教大学依旧是最传统的大学。巴黎大学拥有大约3万名学生，是当时欧洲大陆规模最大的大学，在1650年笛卡尔去世后，巴黎大学禁止人们为笛卡尔的葬礼发表演说。差不多30年后，巴黎的大主教宣布“在物理研究上，禁止偏离亚里士多德的物理学原理……禁止采用笛卡尔的新学说”。巴黎大学继续排斥新哲学，这种情况一直到18世纪30年代才有所改变。整个欧洲的大学都没有实验物理学、植物学以及化学研究。
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天主教会坚持神学立场，而宗教改革有更开明的精神，新教徒在科学方法的传播中的突出作用反映出了两者间的差异。天主教的神学家们几乎不容许创新或实验。新教徒则相信，个体应当根据自身对《圣经》的解读，在自己的宗教体验中寻求真理和救赎。新教的这种观点鼓励了对教条神学的质疑态度。对个人发现的强调似乎自然而然地将人们引向实证论。尽管新教的神学家中也有死板固执的，但新教中没有与罗马教廷罗列禁止的思想和书籍的《禁书目录》相似的东西，也没有宗教裁判所这样的机构。
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天主教国家的科学家们面临教会的公开谴责，以及显然不合逻辑的有关奇迹的报告，而他们在新教徒的土地上获得了支持。信奉新教的荷兰共和国在与西班牙的统治进行了漫长的战争后，成为了宗教宽容的中心，大部分书籍都可以在那里出版。当笛卡尔获悉伽利略的著作被批评后，他逃离法国，到了荷兰，他在那里发表了《方法论》。弗朗西斯·培根是最早将科学革命与宗教改革关联在一起的人之一。事实上，许多新教徒都相信，科学发现将带来一个更美好的世界，大自然的奇迹正在等待他们去发现，这些奇迹将更大的荣耀归于上帝。但波希米亚的耶稣会士保护了开普勒（他遭到了新教神学家的迫害），条件是他只思考天文学和数学，并避开他们认为是神学问题的研究。
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在17世纪中叶，英国的社会、思想以及政治危机持续了几十年，这个背景也许能帮助我们更好地理解英国的科学世界观的发展。查理一世似乎正在走向专制主义和天主教，于是议会和清教徒们发起运动反对查理一世，这些运动吸引了政治和宗教改革者（见第六章）。许多人认为天主教会是科学研究的阻碍，他们为了寻求自由的氛围而反对查理一世。改革者们在英国内战中取得的胜利可能让牛顿和其他新哲学支持者变得更加大胆。温和的圣公会教徒像之前的清教徒那样，坚信科学可以带来进步。他们促使查理二世于1675年在格林尼治建造了皇家天文台。牛顿和皇家学会的其他成员几乎全部支持将信仰天主教的国王詹姆斯二世流放至法国，也支持1688年的光荣革命。在英国，审查制度相对罕见，政治和教会权威也并不那么集中。
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天文学家在伦敦的皇家天文台使用望远镜。
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与英国形成鲜明对照的是，图卢兹高等法院下令将一个被免去圣职的修士处以火刑，因为这名修士从帕多瓦大学学成后，谴责对奇迹的信仰。在此事件5年后的1623年，受到天主教会的鼓励，法国正式开始了国家审查制度。自那以后，每一篇新手稿都必须提交给一个王室部门审查，以获得授权出版。6年后，文学、科学及政治作品的审查部门分别建立，且教士对涉及宗教问题的书籍拥有否决权。
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但可以肯定的是，并非所有的法国教士都顽固地对科学发起战争。一些法国耶稣会士对科学方法持有开放的态度。在教会内部发起异见运动的詹森派也拥护科学的发现、讨论和辩论（见第七章）。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484631]
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） 科学革命的影响
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科学革命似乎把神学推到了幕后。尽管早期的科学方法倡导者从未怀疑过上帝创造宇宙一事，但人类有朝一日可能主宰自然界的想法让许多教会官员感到震惊。笛卡尔的唯物论似乎在暗示，人类的生活可以独立于上帝。对科学方法的信任确实带来了显著的哲学影响，牛顿曾推论：“若自然哲学的各个方面通过这种方法最终得以完善，道德哲学的界限也会随之扩大。”早在1612年，英国诗人约翰·多恩也曾得出过一样的结论，他预言性地写道：“新哲学将会让一切受到质疑。”
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从事科学研究的人们支持将科学方法应用到自然和宇宙的研究中。此时，离那个使社会、政府以及政治思想受到类似的批判性审查的时代只有一小步之遥。英国哲学家约翰·洛克声称，社会就如同天文学，是一门受制于科学方法之严谨性的学科。不但如此，科学革命将通过影响启蒙思想家，即18世纪启蒙运动的思想家和作家，最终让专制主义受到质疑。启蒙思想家相信自由的本质价值，他们断言，治理国家的应该是法律，而非统治者。他们的这些思想将会动摇专制主义的根基。
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(1) Simplicio，与意大利语中的“简单”（semplice）近似，暗指头脑简单，因此有了作者所述的触怒了教会一说。——译注
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） 第九章 启蒙思想和文人共和国
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德国哲学家伊曼努尔·康德写道：“什么是启蒙运动？”他的回答是：“敢于了解！有勇气去运用你自己的理智。”这项挑战时至今日仍和18世纪时一样鼓舞人心。在那个充满有感染力的思想能量和对知识的热情追寻的时期，启蒙思想家，即启蒙运动中的思想家和作家们，推崇在寻求进步的过程中运用知识自由和理性。与前一个时期的大部分科学家不同，他们希望其想法接触到惯于阅读的公众。因此，鉴于他们的使命，教育变得至关重要。他们的教育方法不局限于正式的学校教育，而是包括个人的发展，以及在人的一生中继续应用批判性的探究。
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启蒙运动发源于巴黎，并扩张到西欧的大部分地区，包括德意志邦国、荷兰共和国、大不列颠，甚至远至北美洲。启蒙思想家的著作也传播到了波兰和俄国。东正教的知识分子将启蒙运动对科学和人文主义的颂扬带到了巴尔干半岛。在18世纪，启蒙思想家的著作将法语确立为欧洲高雅文化的语言。事实上，来自波茨坦的报道声称，在普鲁士的腓特烈大帝的宫廷里，“说得最少的是德语”。但法语不太可能是用于哲学论述的唯一语言。在意大利，那些受到新思想影响的人利用启蒙思想家的思想去抨击神职人员（特别是教皇）在政治生活中的影响。在英国，哲学家大卫·休谟和自由市场自由主义之父亚当·斯密都代表了“苏格兰启蒙运动”的思想。
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启蒙运动大致可以被划分为三个阶段。第一个阶段涵盖18世纪上半叶，并最直接地反映了科学革命的影响；第二个阶段，即“启蒙运动盛期”，开始于夏尔-路易·德·孟德斯鸠的《论法的精神》（1748）的发表，结束于1778年弗朗索瓦-马里·伏尔泰和让-雅克·卢梭的去世；第三个阶段，启蒙运动晚期，受到卢梭著作的影响，其标志是从强调人类理性转向更专注于人类的情感和激情。最后一个阶段的特征还包括将自由的观念与经济运作关联起来的新理念，最好的代表就是亚当·斯密的理念。也是在这段时期，许多君主采纳了启蒙思想家提出的原则：统治者应为臣民的福祉效力。但这些“开明专制”的实验最值得注意的是统治者更有效地管理国家和进一步提升其权力的行为。有些自誉为启蒙思想家的人力图利用扩大中的文学市场，启蒙运动的第三阶段也让那些人的较次要的作品得以广泛传播。这些作品在削弱人们对法国君主权力的尊重方面也具有影响力，由此间接导致了法国大革命的爆发。
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