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面临外国入侵和国内起义的雅各宾派进一步强化了政府的中央集权，开展“恐怖”统治对抗那些被视为大革命的敌人的人民。国民公会将计划中的1793年宪法(20)束之高阁。受到指控的人的权利受到了限制，新的特别法庭起诉任何被认为不忠于共和国的人。1793年3月19日，国民公会通过法案，允许在没有陪审团的情况下立即审判武装的叛乱者。雅各宾派控制的国民公会建立了公共安全委员会，人数起初为9人，后来为12人。由于它负责监管恐怖统治，因此逐渐获得了越来越多的权力。国民公会还颁布了一种特殊的战争时期的税法，包括强制向富人征收的重税。在1793年5月，国民公会颁布了《全面限价法》，限制粮食最高价格。这些加强中央集权以及政府干预经济的措施导致雅各宾派和吉伦特派之间产生永远的分歧。前者相信国家管制，后者则趋向于经济自由。
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军队征用食品，加剧了民众的苦难。贫民们纷纷起义对抗高昂的粮食价格。在巴黎，革命共和妇女协会（Society of Revolutionary Republican Women）走上街头，要求设立法律对抗粮食囤积行为，并号召赋予女性公民权。一个被称作“忿激派”的群体要求若面包师出售的面包价格超过规定的最高价格，就应该受到惩罚。
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到了6月份，迫于巴黎激进区民众的压力，国民公会开除了29名吉伦特派的代表，控告他们支持囤积者，并下令逮捕其中数人。土伦爆发的起义使法国一半以上的军舰落入英国人之手。7月，一名保王党的贵族女性夏洛特·科黛将马拉刺死在他的浴缸里。法国的财政收入和对外贸易下降了一半。在财政危机持续的同时，政府发行更多的指券，这种纸币进一步贬值。
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雅克路易·大卫的《马拉之死》。
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两名年轻而激进的雅各宾派领袖成为恐怖统治的掌控者。路易·安托万·圣茹斯特（1767—1794）是一名少年老成而冷淡的年轻的代表。他的母亲曾经因为他带着家中的银器逃跑，而让他被关进监狱。圣茹斯特严厉谴责保王党、囤积者、吉伦特派。他警告：“那些不积极支持革命的人是自己的掘墓者。”
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马克西米利安·罗伯斯庇尔（1758—1794）作为公共安全委员会的领袖登上了历史舞台。他了解山岳派获得了无套裤汉的支持，其中一些人支持恐怖统治。但是他同样相信，群众运动对法国政治生活的有序演进依然是一种威胁。历史学家对罗伯斯庇尔有多种解读，有人认为他是一名受到欢迎的民主主义者，保护大革命的根本不受反革命者侵害，也有人表示他事实上是20世纪集权主义的先行者。
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罗伯斯庇尔出生于北部城镇阿拉斯。他的父亲和祖父都是律师。在他不负责任的父亲抛弃了家人后，他依靠奖学金继续他的学业。11岁时，他被选中他在巴黎的学校为王室一家读一段拉丁语演讲。据说那天下着雨，王室一家没有对这名年轻的学生表示感谢，便下令车夫前行。王室的马车溅了罗伯斯庇尔一身泥巴。
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在获得了法学学位后，罗伯斯庇尔为许多贫困的客户辩护，这些人里包括一名被诬告从修道院偷盗的人。当选为第三等级代表后，他结构缜密、深思熟虑却毫无趣味的演讲，在巴黎逐渐成名。当时的人们注意到这位衣着打扮无可挑剔的小个子的谨慎，他肤色苍白，栗色的头发上完美地扑着粉。他是巴黎无套裤汉的宠儿，被称为“不可收买者”（the Incorruptible）；他在1793年要求一种国家的“单一意志”来拯救法国大革命。
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吉伦特派支持者反对雅各宾派和国民公会权力的起义在里昂、马赛、波尔多和卡昂爆发。在这些地区，商人和律师在这些反抗来自巴黎的集中的革命权力的“联邦主义叛乱”中起到了重要的作用，虽然起义失败了。1793年10月9日，里昂落入雅各宾派军队之手，随后便是血腥的报复行动。
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9月，国民公会颁布了《嫌疑犯法令》，剥夺了被控反对国家者剩余的大部分的权利。国民公会还禁止女性参与俱乐部或公众协会。奥兰普·德·古热是被送上断头台的吉伦特派人士之一。玛丽·安托瓦内特也被处以死刑，尽管很难说她是一名女性主义者。
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雅各宾派决心彻底毁灭旧制度，建立一个新的政治世界，他们甚至在1793年10月创建了新历法。共和国的新历法以十天为一“周”，而“月份”则以代表四季变化的更为世俗的概念命名(21)。1792年9月22日，共和国的第一年，被追认为新历法中的元年元日。
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雅各宾派还采用了新的革命标志，以取代旧制度的标志，让人民维持对革命的热忱。路易十六被处死之后，革命者们选择了一个女性形象作为共和国和自由的象征。这具有讽刺意味，因为革命者否定女性的政治权利。共和国的女性形象显得温柔、贤良、没有攻击性。她代表着自由、人民主权、民众和国家的抽象的美德。当时的人将共和国的美德与似乎在旧时代十分显著的权力滥用现象进行对比。哪怕革命的雅各宾派代表在一切抵抗他们的行省强制推行自己的意志的同时，人们也这样比照。
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在共和二年(22)，激进的革命者野心勃勃地发动了“去基督教化”运动，对象是宗教制度和其象征。他们关闭了教堂，将十字架从公共场所移走。这场运动失败了，它无法战胜几百年来根深蒂固的信仰和传统，甚至在革命支持者中也是如此。这场运动还使许多已接受《教士公民组织法》的教士反对革命，也引发了更多人的抵制。
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巴黎以外地区，能以国民公会名义独断专行的“特使”（representatives on mission）尽力维持秩序。他们与当地雅各宾派的“监督委员会”以及“革命法庭”合作。一些革命派官员将反革命者送上了断头台。工匠和拿日薪的临时工组成的“革命军”保护着为军队征用的补给，为了军事用途，他们还监督将教堂的钟熔化。
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但各地恐怖统治的措施从未统一。公共安全委员会处死了1.1万至1.8万人(23)。大约有30万保王党、吉伦特派以及其他“革命的敌人”在恐怖统治时期被关进监狱。被杀死的人中约15％为贵族或教士。因此，从贵族和教士在总人口中的比重来看(24)，他们遭受的损失特别大。不过，被革命法庭下令处决的人中，工匠和农民远多于其他人。大多数人在被外国军队侵略的东部和北部边境，以及发生内战的反革命的西部地区被逮捕。1793年到1794年冬季，一名革命派军官残酷地下令，将从旺代省的反革命军中俘虏的数千名囚犯——包括神父与修女——带到凿了洞的船上，让他们活活淹死在波涛汹涌的卢瓦尔河中。
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恐怖统治时期的革命法庭。
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与此同时，战局开始对积极好战的法军有利。法国的几场重大胜利，使人不再能有力地宣称：由于共和国面临来自国外的直接威胁，因此恐怖统治是必要的。1794年6月，一支法军在奥属尼德兰击败了奥地利军队，将他们赶出了比利时。另一支法军到达莱茵河，占领了美因茨。第三支法军从撒丁王国夺回萨伏依。西班牙军队退回比利牛斯山脉以南。
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“忿激派”领袖要求更加严格的经济管制，加大“非基督教化”运动力度，此后1794年3月“恐怖统治”对他们发起进攻。他们被带往巴黎革命法庭定罪、送上断头台。接下来，公共安全委员会逮捕了丹东和他的追随者，他们相信没有必要再进行恐怖统治，于是被贴上了“宽容派”（Indulgents）的标签。他们也被定罪、送上断头台。真实与编造的阴谋为恐怖统治提供了充分的理由，如今这种统治似乎没有尽头。哪怕是对公共安全委员会里最为激进的成员最忠诚的人都开始窃窃私语：“谁会是下一个？”到了5月，罗伯斯庇尔逃过了一次暗杀。
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罗伯斯庇尔试图建立一种世俗的“最高主宰崇拜”，它将是共和国“正义的永恒的提醒者”，以让人受共和主义的新价值观约束。由于“忿激派”、丹东以及许多丹东的支持者都被消灭，罗伯斯庇尔将重点放到建立一个“美德共和国”上。1794年6月的早些时候，共和国庆祝“理性节”。巴黎圣母院变成了“理性神殿”。一名受欢迎的女性歌剧演唱家打扮成自由女神，戴着弗里吉亚帽，手持长矛，向理性之火鞠躬。画家雅克路易·大卫用纸板做成了巨大的代表无序和无神的怪兽雕像，罗伯斯庇尔点火烧了它们后，智慧的雕像从灰烬中升起。
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恐怖统治愈演愈烈。圣茹斯特发出警告：“我们不但必须惩罚叛徒，也要惩罚漠不关心的人。”雅各宾派以所谓的从事反革命活动的罪名，逮捕了孔多塞侯爵（1743—1794）。孔多塞是一名启蒙运动晚期有影响力的启蒙思想家，他在1791年曾当选为国民议会代表。他相信在通过政府政策时，所有人都应该有自己的声音，尽管这种发声可能是间接的，并相信法律面前所有公民都应该是平等的。他还发动了反对死刑和奴隶制的运动，捍卫女性的政治平等和权利。1794年的春季，孔多塞在他即将被处决的前几天，在监狱里死于中风——或者是自杀身亡。如今大革命似乎已经攻击并毁灭了可以说是引发了这场革命的启蒙运动的理性精神。
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