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弗朗西斯科·戈雅的《1808年5月3日》描绘了半岛战争中马德里陷落后，法军处决马德里市民的场面。
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无论如何，拿破仑试图讨好每一个他征服的国家，换取他们的支持以共同对抗法国的敌人。拿破仑也许确实想让威斯特伐利亚成为一个模范国家，该国是《提尔西特和约》（1807）在前普鲁士和其他与他对抗过的小国的领土上创建出来的。他在这些被他征服的国家里结束了农奴制度，使农民有权拥有自己的土地、随意在王国内迁徙、并送孩子去学校学习。但是他的首要目标是巩固莱茵联盟的北翼，抵御针对他的利益的可能的进攻。
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拿破仑认为被征服的领土是士兵和原材料的来源，或是法国商品的潜在市场。在意大利，法国当局禁止进口纺织机械，并实施高额关税，因为他们害怕与本国行业的竞争。除了雅各宾派的反教士主义者、知识分子，以及可能从法军占领中获利的商人，大部分民众对拿破仑的政权没有多少热情。在荷兰，法国的占领事实上使繁荣的荷兰贸易经济陷入了停滞。波兰人民也很快开始怀疑拿破仑的使波兰重新独立的承诺；一些波兰贵族开始寻求俄国沙皇的帮助，另一些则去找普鲁士国王。在这些被拿破仑征服的地区，公然的反对相对较少，尽管在1813年的奥地利的蒂罗尔，农民们唱着民族主义的歌曲与法军作战。法军残忍地对胆敢反抗他们的人开战，烧毁村庄、处决平民，特别是在西班牙、蒂罗尔和意大利南部。
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法国侵略对民族主义带来的冲击也许在众多德意志国家中体现得最明显。最初，一些德意志知识分子赞颂拿破仑，但是他们很快改变了看法。1807年，德意志作家对法国占领的抨击有所增长。同年，法国人处决了一名纽伦堡的书商，他被指控出售反法文学作品。两年后，拿破仑逃过了一名年轻的德意志学生的暗杀，这个路德派牧师之子在被处决的时候大声呼喊：“德意志万岁！”逐渐地，德意志作家们认同了德意志诸国人民拥有以语言、传统和历史为基础的共同的文化的观点。德意志作家直到18世纪中期才开始用自己的语言创作；在这之前，他们认为法语才是文化的语言。和某些作曲家一样，这些作家开始发现共同文化的要素，他们利用语言、文献、民间传统，以及其他德意志文化传统来表达自己的想法。这种对可以定义“德意志”的文化和政治制度的情感追寻反映出对被视为与法国相等同的、启蒙运动的理性传统的些许否定。
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一些德意志民族主义者坚信：中欧国家数量太多，会阻碍德意志的最终统一。神圣罗马帝国在1806年已经消失。拿破仑打破了《威斯特伐利亚条约》作出的宗教方面的决议，这一条约在1648年结束了三十年战争。拿破仑消灭了一些德意志小国，将它们的土地分给中等大小的国家，这可能帮助了德意志民族主义的事业。在法国大革命和拿破仑时代，大约60％的德意志人从一国臣民变成了另一国的臣民。然而在汉诺威、符腾堡等国，德意志的地方主义，即地方的特性，被认作是德意志人身份的一部分。当时有40个独立的德意志国家。其中巴登、巴伐利亚、符腾堡尽管比奥地利和德意志小得多、弱得多，但是在这段时期内崛起，其地位独立，各自的传统也基本完整保留。
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尽管在这段时期，德意志的政治统一似乎遥不可及，但是德意志的民主主义促成了一种决心，德意志邦国的民众正是怀着这种决心反抗拿破仑。约翰·戈特利布·费希特（1762—1814）号召“德意志民族”（他将其定义为任何说德语的人）发现其精神的统一。
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在西班牙，正如前文所述，所有阶层的人逐渐都视法国人为侵略者，而非解放者。尽管如此，1812年西班牙议会在未受法国控制的加的斯制定的宪法体现了法国大革命的影响。它宣扬新闻自由，组建了一个由相对较多的选民选举产生的议会，并废除了宗教法庭。尽管随着保守派的反弹，西班牙自由派失势，导致这部宪法从未实行，但它是一份自觉地表现出民族主义的文件。一些西班牙人也更加清醒地意识到他们享有的共同的语言、文化和历史传统。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484751]
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普鲁士和奥地利的军事改革
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拿破仑军队的胜利迫使普鲁士(17)和奥地利(18)进行军事改革。1807年，普鲁士颁布王室法令废除农奴制，其中有提高军事效率的考量。农民们现在可以自由离开曾经束缚他们的土地，而且也可以不经领主同意自由结婚。三年后颁布的一条法令允许农民将他们耕作过的土地中的一部分转变成自己的财产。另一些改革则消除了阶级间的障碍，使贵族与非贵族之间可以进行土地买卖，也使中产阶级可以获得军官职位(19)。普鲁士将领海因里希·弗里德里希·卡尔·冯·施泰因男爵（1757—1831）提拔了一些平民成为军官，并罢免了一些无能的贵族将领。施泰因建立了军事部，让一些重大决策不再受国王和他的小圈子突发奇想的影响。1807年，施泰因将农奴从土地上解放出来，但是他们依旧需要服劳役，并向领主缴税。这项改革使农民出身的士兵对国家更忠诚。施泰因呼吁民众怀着更多的爱国热情，参与普鲁士国家事务。因此他和其他许多抵制拿破仑的政治家都继续以普鲁士人，而非“德意志人”的方式来思考。他通过取消了大部分的体罚形式，奖励立下战功的士兵，增强了军队的士气。施泰因还组建了民兵队伍，后者为国家提供了12万自豪、爱国的非正规储备士兵。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484752]
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帝国的衰落与入侵俄国
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拿破仑如今面临着一个现实问题，他依然没有合法后裔来继承皇位。尽管他爱他的妻子约瑟芬，但是由于他长期不在国内，因此双方都有了自己的情人。教皇拒绝了拿破仑的离婚请求，于是他安排一位巴黎的主教宣布他的婚姻无效，使他能在教会的祝福下重新结婚。接下来，拿破仑决定找一名会带来外交价值的配偶。俄国沙皇拒绝将妹妹许配给拿破仑，于是皇帝在1810年迎娶了奥地利皇帝弗朗茨一世的女儿玛丽路易丝（1791—1847）。她之前甚至从未见过拿破仑，不过与另一件事情相比，这点并没有那么离奇：在婚礼上，由法国皇帝的老对手卡尔大公(20)代替新郎倌完成婚礼，而拿破仑本人却依旧待在巴黎。因此，拿破仑与欧洲最古老的王朝哈布斯堡王朝形成了事实结盟。不到一年，玛丽路易丝就为他产下一子，同时也是帝国的继承人。
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从拿破仑崛起、掌控大权起，法国国内首次出现了公开反对他的声音。大约从1810年开始，躲避当局控制的逃兵和反抗服兵役的人越来越多。尽管有审查制度的严格管制，保王党与雅各宾派的小册子和宣传单依旧逐渐流传开来。保王党反对拿破仑对教皇的蔑视，后者在1809年法国吞并教皇国之后，将拿破仑驱逐出教会。而拿破仑对此的回应是将庇护七世先后软禁在热那亚附近和巴黎附近的枫丹白露宫。
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拿破仑逐渐丧失判断力，他无法分清哪些是可行的计划，而哪些又是难以或根本无法实现的。他的一名大臣对此评论道：“真奇怪，拿破仑的判断力几乎是种天赋，但是他却从未发现过不可能的界限。……‘不可能，’他微笑着对我说，‘是胆小者的幽灵、懦夫的避难所……这个词只是承认自己的无能。’……他只想满足自己的欲望，并不断强化他的光荣和伟大……只有死亡才能阻止他的计划、遏制他的野心。”
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拿破仑的顾问们如今对皇帝那无止境的新的征服计划表示怀疑。拿破仑处死昂吉安公爵后，塔列朗于1807年辞去了外交大臣的职位。塔列朗如今成为了“和平一方”的象征，这一派反对帝国无限扩大，以至于无法有效治理。1809年，他开始与奥地利秘密商谈拿破仑下台的情况下君主制复辟的可能性。
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拿破仑想要提高法国在地中海东部的影响力，再加上他与哈布斯堡王朝的公主联姻，这导致法俄之战不可避免，而俄国已重新对英国船和运载英国商品的中立船只开放港口。拿破仑坚信他可以通过击败俄国继续实施他的“大陆封锁”政策。于是他开始准备战争，并强迫被他征服的奥地利和普鲁士答应支援。与此同时，沙皇与奥斯曼帝国签署了和平协议，从而让俄国可专心对抗拿破仑。亚历山大一世获得了瑞典的支持。在瑞典，曾经是拿破仑的元帅之一的让巴蒂斯特·贝尔纳多特（1763—1844）于1810年被瑞典等级会议选为瑞典王储(21)，因此成为瑞典王位继承人。作为回报，沙皇坐视瑞典吞并挪威。
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1812年6月，拿破仑超过60万士兵的“伟大的军队”从华沙大公国出发，越过涅曼河，进入俄国境内。拿破仑希望引诱俄军与他对抗，但是俄军的对策却是立即撤退，迫使拿破仑在夏天快结束时，进一步深入俄国西部。
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这支“伟大的军队”的规模在当时可能是前所未有的庞大，但是自1806年开始，由于士兵伤亡和逃兵现象，拿破仑的军队质量已经下滑。他的一些最骁勇善战的军队深陷西班牙战场。“伟大的军队”的士兵有一半征自普鲁士、意大利、奥地利、瑞士和荷兰。如今军官的训练更仓促，这也是在所难免。此外，这支军队一直处于战事之中，拿破仑无暇对这支部队进行重新整顿，以达到他的期望标准。
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在俄国，疾病、高温、饥饿造成的法军死亡人数远远高于敌军顽抗所造成的。到了8月中旬，法军总算到达莫斯科以西200英里的斯摩棱斯克；在这里，皇帝本打算迫使沙皇再次签署一项丧权辱国的和平协议。但是俄军却继续后退至俄罗斯境内更深处。拿破仑的元帅恳求他让军队在斯摩棱斯克停留。但是拿破仑却禁受不住占领莫斯科的诱惑，他继续督促军队前进，直到到达距莫斯科60英里的博罗季诺。在这里，两军交战，难解难分，双方付出了高昂的代价，创下了拿破仑时代最为血腥的战争纪录：在俄军继续撤退前，伤亡人数已高达6.8万。1812年9月14日，拿破仑进入莫斯科。他发现这里已被遗弃。此时熊熊大火突然升起(22)，一边烧毁木制建筑，一边迅速蔓延。近四分之三的城市被烧为白地。而沙皇和他的军队早已向东逃离。
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此时法军距巴黎1500英里，补给不足，且俄国的早冬即将来临的迹象已出现，于是拿破仑决定退回法国。这场开始于10月19日的撤退演变为一场灾难。俄军逐个歼灭许多撤退的法军部队，迫使对方选择一条更长的路线回到200英里开外的斯摩棱斯克。俄罗斯人正等待着在别列津纳河被围困的拿破仑大军，在那儿他们杀死了几千名法军士兵。皇帝本人勉强摆脱了哥萨克人的追击。那年俄国的寒冬夺去了拿破仑伟大的军队中残存的大部分士兵的生命。
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这场从莫斯科开始的撤退是历史上最凄惨的军事溃败之一。当时的人这样描述部分法国士兵，他们如同“一群衣衫褴褛的鬼魂，披着女性外衣、地毯碎片或被烧得全是洞的大衣，脚上包裹着各种破布……形如骷髅的士兵走过……低着头，眼睛望着地面，寂若死灰……”。这支军队6月从华沙大公国(23)出发时，人数超过60万，如今只有4万士兵在12月回到了法国(24)。拿破仑在垂死呻吟的士兵和冻僵的尸体的最前方疾行，他发给巴黎一条著名的公告：“皇帝陛下从未像现在这样健康。”
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1812年11月，伟大的军队从俄罗斯撤退。