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笛卡儿当过兵，接受的是耶稣会的教育。在17世纪“三十年战争”一次杂乱散漫的战役期间，他的部队驻扎在德意志南部的乌尔姆冬季军营里。在那里他得以有暇研究哲学。他希望能厘清当时辩论中各个对立的哲学系统所造成的疑惑，那些哲学系统包括老的亚里士多德学说、新斯多葛主义、伊壁鸠鲁主义、无神论和皮浪的极端怀疑主义，这种彻头彻尾的怀疑主义甚至怀疑个人本身的存在。笛卡儿认为，为了解决他自己脑子里的疑问，他首先必须把他所学到的一切从脑子里清除出去。在这之后，他得出的第一个结论就是著名的“我思，故我在”。对这个思想或任何真理的检验标准是看它的概念是否“清楚、明确”。他所谓的“明确”指的是不与其他思想混合。天生的数学家所作的假设即属这一类，如圆形不是正方形。
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他认为，思想与它所思考的，本质上是物质的东西有着清楚明确的区别。物质是大块的，是占据空间的东西，用哲学的语言来说，它具有延伸性。思想则是难以捉摸的，是没有延伸的。在这方面它近似于上帝。上帝创造了人，并赋予他思想和灵魂。上帝之所以存在，是因为人的思想认为他是至善至美的，而完美这一概念只能由完美的上帝灌输到人的思想中去。因此，思想和物质是现实的两个组成部分，但是它们互不相同。
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不管正确与否，这个简单的系统恰好满足了17世纪科学的需要。它为上帝安排了位置，从而不致被指控为抛弃一切精神，把一切看作物质的无神论理论。但同时，它又把思想与物质区分开来，因此各门科学不用去顾虑对思想影响极深的东西，如品质、意义和目的。这些东西存在于思想，而不是物质之中，物质是完全中立的。现在的实验室研究人员就是持这种观点。
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笛卡儿扫清了在他看来是铺满了废物垃圾的道路。这里还有一桩心理方面的怪事：他建立新体系的念头起自他做的一个梦，或者应当说是噩梦。在梦中他被命运之神附了体，被一束强光照得睁不开眼，这似乎暗示他会找到一直困扰着他的问题的答案。此后，他又做了三个梦，在梦中，他看到奇异的水果，室内忽然电闪雷鸣，然后一切归于寂静，寂静中他发现自己手中拿着一本诗集，与一个男子讨论里面的诗，每首诗的结尾都是他自己写的一句话“我在生活中应该走哪条路？”梦中的他觉得这是见了鬼，于是立刻向圣母马利亚祈祷，并立誓要步行去朝圣。
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笛卡儿对梦中讨论的问题是这样回答的：用几何学的精确推理方法把所有的知识统一起来，把世界数学化。在以后的近20年里，他在几个科学领域，包括生物学和心理学，孜孜研究，成果甚丰，准备写作《世界，或光的论述》。但是，他听说宗教法庭对哪怕稍有出轨的言论都不放过，于是打消了撰著的念头。在一个朋友的鼓励之下，他出版了一本小书，题为《论为寻求科学真理而正确运用思维的方法》。
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这本书在许多方面都是划时代的。书是用法文而不是拉丁文写的，用明白易懂的语言叙述了作者发现他的方法的过程。它是一本面向大众的普及性知识自传。它谈到作者产生这个念头的时候，正躺在一个巨大的瓷砖火炉上，这种火炉当时在北欧和中欧非常流行，上面有一块凹进去的地方，或有一个架子，人可以躺在上面取暖。最后，为了取悦读者，书中称人人都具备运用这种方法的充分条件，即常识。
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这种方法到底是什么？是认真仔细地研究任何一个问题，把它分成不同的组成部分，然后分别处理各个部分，这比一下子处理整个问题容易得多。最后，再把各部分重新组合起来，并且要保证不遗漏其中的任何一个部分。简而言之，这种方法是分析（analysis），这是个希腊词，意思是“拆散”。它是科学的理想方法，不仅因为它是标准化的，而且也是因为它认定任何一个研究对象都是由不同的部分组成的，是一种机制。比如，如果把厨房里的钟拆开，就可以明白每一个齿轮和齿杆的运作，再把各部件重新组装起来，分析者就对整体有了了解。分析是一个主题，以后会看到，它是抽象的孪生姐妹。
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我们已经把它们（所有的激情）都研究过了，就不会像过去那样害怕它们了。因为我们看到它们的本质都是好的，只需避免过分或用错地方。方法是把自己身上的血液和灵魂的活动与它们通常涉及的思想区分开来。
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——笛卡儿《论激情》
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笛卡儿哲学和方法另一个不那么突出的文化影响是促进了对理性的信仰。人类从居住在洞穴里、帐篷里或草原上的茅屋里的时代开始，就一直运用推理的方法。但是，笛卡儿的推理，或称科学推理，是一种特定的推理方法。和几何学一样，它的出发点是清楚明确的，被假定为正确的抽象概念。对于这类推理的信仰称为理性主义。这种教义常常相当激烈，它与人们平常所用的智慧不同，声称分析性的推理是通向真理的唯一道路。
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今天，这种信念遭到了质疑，以前也有人表示过怀疑。遗憾的是，争论双方纠缠于现代人的思想是否受到了“过多推理”的负面影响——有人说是深受其害。攻击理性主义的人认为科学和数字并不是唯一的真理；拥护者反驳说，如果放弃理性，思维的混乱和荒诞的迷信就会猖獗一时。其实，从把理性作为推理活动的角度来说，拥护者是正确的，而反对者对于理性主义的看法也同样正确，因为它成为处于主导地位的推理方法，侵入了一些不相干的领域。
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我们将看到，早在17世纪的时候，一位和笛卡儿同样有威望的科学家兼哲学家已经对“理性”的误用作了揭露（219＞）。在更早的时候，拉伯雷和蒙田也对此发出了警告：不要用理性把一切经验简化为程式，要给冲动和本能留一定的空间。这一类的行动通常发自所谓“自然”或者“心”，两者都与“思想”形成对立。所谓智慧并不是在思想和心之间作选择，而是了解它们各自的位置和限度。
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这正是困难之所在。科学越有用，“自然”和“心”就越不容易感到自由。理性应该起引导作用，在这一点上，所有的道德学家都是有共识的。但是，正如其他人指出的那样，思想与心是不可分的。睿智的中国人有专门的一个字来形容心与思想。他们认识到想推理的欲望是从心底发出的一种动力，这说明了为什么理性主义者往往十分狂热。对于生活在高度文明社会的人来说，把思想和心武断地区别开来也许是无法避免的，其结果便是自我意识。
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笛卡儿是否是用他的方法找到解析几何学的基础原理的尚有存疑之处。毕竟，他的启悟来自一系列梦境，而梦境不是通过纯推理的方式达成的。科学家和诗人一样，需要长期的积累酝酿才会顿悟伟大的思想。但是笛卡儿提出的新的数学工具被称为分析性的方法是当之无愧的，因为它用代数的术语表达了空间的关系，反过来又通过视觉表达了数字的关系。方法是沿坐标对相关实体进行测量，制作出现已为人所熟悉的曲线图。其中的弧线、折线或其他形状的图形代表着，也分析了各种事物之间的关系，如时间与犯罪，教育程度与离婚，地点与肺癌发病率。我们今天的生活完全离不开曲线图（535＞）。
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1594年那年，我17岁。我刚修完了哲学课程，忽然意识到拿文科学位是十分可笑的事。因此我想应该仔细反省一下，结果发现自己没有学到任何有用的东西，只学会了谈论和争辩。于是我拒绝了艺术硕士的学位，因为我并没有掌握任何扎实的、具有真理的东西。我转修医学，发现书中内容空洞。然后，我出了国，发现到处存在着同样的根深蒂固的愚昧。
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——凡·海耳蒙特（1648年）
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分析是抽象的一种形式，因为它把每个研究对象都看作一座钟，由不同的部件组成，它们与其他同类的部件毫无二致。拿上述的例子说，所有的犯罪、所有的离婚、所有的居民和所有的肺癌都是相同的单位。抽象性的分析现已成为普通的思维习惯。分析不仅反映在报纸上的图表以及对世上一切事物的“研究”之中，还主宰着股票市场、谈话、政治辩论、广告、奥林匹克运动会、教育、文学批评——所有事情无一能免。
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这种用数字处理生活的方法，还有工程学的各种“奇迹”，是到处可见的辉煌成就，证明着人的卓越才能，使人以为任何科学史都必定是一部胜利进军史。16世纪时，科学大旗下的部队还人数寥寥，但是这支队伍稳步扩大，直至今日成为浩浩荡荡的大军。然而，这其实是一种愉快的幻觉。人们常以为，思想与科学的发展齐头并进，实际上思想的进步历程极尽曲折，尽管多年来确实积累了大量的科学成果，其中许多经受住了时间的考验。从16世纪的晨曦到20世纪的正午，研究人员除了自己的内心斗争之外，还必须就科学的地位、作用、价值和害处进行许多对外的战斗。战斗这个词当然是比喻，它们其实是针对确立的观点的宣传运动，领导了第一场这样的重要运动的是——
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培根
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只看他各部著作的标题：“学术的进展”、“伟大的更新”、“新工具”，即可见他的目的和影响。培根是法官，与托马斯·莫尔一样，是英国的内阁大臣。本来只是接受礼物，不知怎么一来变成了收受贿赂，犯了错误。他全心全意地声讨古代的知识模式，捍卫现代派。在这一过程中，他提出了关于研究自然的好处以及自然科学的裨益的众多名言。
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他指出，古人不应该再被看作权威，因为我们所拥有的知识已经超越了他们。我们才是老练、睿智，而他们是年幼无知的。此外，权威一文不值。判断某件事正确与否，以先哲的是非为标准，这种想法毫无道理，应该看它是否属实，是否经过观察的检验。新工具就是指这种检验。要仔细观察，准确记录观察结果，在摒除神话和诗意的色彩以及预定观念影响的前提下把事实归纳为一般性的规则。“研究地球，它将教会你许多东西。”有了这些知识，你就能准确地预测事物未来的行为，因而沉着明智地引导事物的发展。知识就是力量。
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培根的论点言简意赅，说理有力，使他成为科学激进分子的英雄。到18世纪中叶的理性时代，培根取代了亚里士多德成为“知识分子的大师”。
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至于我的名声和人格，则任人自由评说，让外国和后世去作判断。
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——摘自培根的遗嘱（1621年）
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然而，在最近的时代，培根却遭到了不公平的攻击。科学历史学家轻蔑地指出，培根对科学没有做出任何贡献，因为他没有设计过任何东西或作过任何实验；他们对孜孜不倦地研究地磁的吉尔伯特大为称颂。据说培根曾经把一只鸡冷冻起来，看看是否能保持新鲜，当然这种实验是够不上得诺贝尔奖的资格的。也有人指责培根不懂科学家工作的方法，因为他主张在没有预定观念的基础上进行观察。他说“不要预想自然”，而批评者指出，所有的重大进步都是通过事先做出可能的设想，然后对它进行试验而取得的；因此培根的理论是谬论。但是，培根一定有充分的理由才提出不能依靠预想——像关于圆形的完美无缺那样的想法——来解释自然的运作。把科学发展全部归功于新设想和新概念是以偏概全，不顾事实。正是由于第谷坐在望远镜前作的观察，才使得开普勒得出了关于行星的结论。只有通过观察才能发现露水是在什么样的温度下怎样形成的，对植物、地球和人的生命进行研究主要也靠观察。
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