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学会刚成立时有80名成员，很快人们感到有筛选的必要。1660年申请皇家许可时，查理二世批准了学会的规约，并把人数定在35人，会员分为不同类别，有医生、物理学教授、数学教授和男爵。学会欢迎有爵位的人加入，尽管男爵是最低的爵位。有学问的伯爵实在太少，他们也不热衷于参加实验。
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即便人数精简之后，皇家学会的成员仍然是五花八门。罗伯特·默里爵士是男爵会长，其他成员包括：克里斯托弗·雷恩，他当时是崭露头角的化学家，尚未改行做建筑师；约翰·伊弗林，树木专家，后又成为著名日记作家；威廉·配第爵士，社会统计学的发起人；公务员塞缪尔·佩皮斯，他也在秘密地记日记；还有30位不那么出名的成员。学会任命了两个秘书，其中一个是精通几国语言的德国人亨利·奥尔登堡，他像梅森一样成了欧洲科学通信的活中心。学院的《期刊》登载成员们的演讲和讨论，两份《学报》——A是有关物理和数学的，B是关于生物学的——刊登精心选出的论文。学会还积极聘请外国的通讯成员，他们被称为“世界各地的才智之士”。
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皇家学会成为现在名目繁多的专业协会的榜样。在人文主义者首创的学院的基础上，皇家学会在专业化方面迈出了第一步。法国很快也建立了法兰西科学院，西班牙也成立了科学院。后来，本杰明·富兰克林在费城创建了美国哲学学会；在法兰克尼亚的施韦因富特，利奥波迪纳自然研究学院的第一本医学期刊于1670年面世。学会可以通过开会讨论和出版报告的形式来检验新的想法，这个好处渐渐深入人心。结果，几乎每一个行业都恢复了中世纪同业公会的精神。银行家、地产商，甚至蛋糕装饰师都有自己的年会，最起码也出版业务通讯。
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当然，质量是参差不齐的。斯普拉特主教编写皇家学会史的时候，抱怨其他成员的文字太差。这个缺点一直没有改进，形成了传统，其部分原因是用数字和固定的技术术语向同行解释最新的发现实在是太方便了，正确的句法似乎显得不那么重要；就让那些直观看世界的人去关心正确的句法吧，他们倒是真的有这个需要。但事实是，科学也需要正确的句法，所有现在的专业期刊出版社都雇用编辑改写论文文稿。如果教科书的句法糟糕的话，对科学的害处更大，因为它们是用来向下一代传授知识的。有些错误常常被作者本人和出版商忽略了，也很少有人对此加以评论，它们似乎和玻意耳的学院一样成了无形的东西。
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当我们想到“科学”，并把它与唯一的真实等同起来的时候，必然会想起我们世俗文化中的种种。想象街上没有汽车或桌上没有电脑并非难事，因为它们是新出现不久的具体物品，但比较难以想象17世纪时新科学是与复兴的魔法混合在一起的。正因为如此，我们误认为那个世纪中的科学进步取得了许多成果，其实它们大部分只是萌芽，开花结果是后来的事。
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笛卡儿和牛顿对于物质的看法是慢慢地为博学的人们所接受的。设想一种无形的，却可以测量的物质很不容易，因为我们的感官可以感觉到颜色、质地和气味，而科学把它们都弃之不顾。科学不仅无视这些“次特征”，而且通过抽象的方法把世界上一切东西都简化为天平上的指针、尺子上的刻度或是方程式。当地球上或地球外的一切都被认为是物质时，就引起了对于宇宙起源的猜测。（几乎）所有人都成了宇宙起源论者。在布鲁诺被处死的前一年，一个名叫梅诺奇奥的意大利穷磨坊工遭到处决，因为他坚持说在原始的混沌中，先是产生了一块固体，如同牛奶凝成奶酪一样，然后在这块固体中出现了一个小虫，这就是第一个天使。他的比喻其实还不错，和我们现在的宇宙大爆炸，然后发生进化的理论有相通之处。随着时间的推移，人们头脑中的一个概念日益明确，即运动无所不在，静止是一种不寻常的状态。结果是新的所谓动态世界的观念取代了古老的静态世界的观念。
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不言而喻，真理的来源也发生了变化，从确定的启示转移到了不停的实验；真理本身也不再是静止的了。过去的理论不断被推翻，科学为之自豪，因为它有勇气否定自己。那么，为什么应当信赖科学呢？它不过是脚下不断移动的平台。回答是因为科学的方法是可靠的，所产生的结果覆盖了越来越多以前不了解或被误解了的方面。终有一天，所有的真理都会被发现，它们将形成一套连贯性的体系，因为自然是经常性的、统一的。
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这时出现了曾经暗示过的矛盾，在这个新方法和新发现的时代，出现了迷信抬头的现象，其最暴烈的表现是迫害女巫（213＞）。然而，当新奇的观点引得众人思想起伏，议论纷纷的时候，必然会有思想坚定、信念深刻的人挺身而出抵制新思想，维护知识的现状。并不是每个人的头脑都像信仰主义者那样灵活，能同时信仰《创世记》和伽利略。保守派总是会有的，根据牛顿式的思想法则，行动总是会引起反行动；保守派中的一派人转变成反动派，死抓住旧的观念不放。
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17世纪的时候也有人同时接受科学和巫术，在著作中对两者一视同仁。这样的人包括格兰维尔和布朗爵士，前者是天文学家，后者是实验医生和生物学家。他们的立场不同于把思维分成两个层次的信仰主义者，而是把表面上互不相容，但其实可能有许多共同之处的体系融合在一起。在新理论向确定的真理进行挑战的阶段，对新理论持怀疑态度，并用确定的真理来对它进行检验是正常的；布朗认真思考了女巫的问题后，得出这样的结论：如果不相信有女巫存在，便违反了宇宙中的等级秩序，即最上面是上帝，然后是各个等级的天使，天使之下是人，最下面是邪恶的精灵，撒旦的仆从，但他们的行动也是上帝的旨意。他们对人施加诱惑，造成日常生活中种种难以解释的不幸事故。如果把他们排斥在秩序之外的话，罪恶就成了上帝所造成的，而人也因此被降到最低的层次。世界就不再是灵魂与魔鬼不断较量的战场了。简言之，女巫对于所谓伟大的存在之链，即生物的等级秩序来说是必要的。
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这种推理的结论与布朗在关于“庸俗的错误”的详尽著作中的推理并不冲突，在那本书中他对许多迷信进行了驳斥，至今读来还颇有趣味。不应该期待“新方法”马上就能消灭所有的迷信。作为皇家学会成员的格兰维尔这位多产的科学家对巫术口诛笔伐，但对他来说，一些女子（还有少数的男子，被称为男巫）具备的神秘力量并不比自然哲学家所发现的神秘力量更加不可思议；只不过女巫的力量，即“迷惑”，虽然有时能治愈人和牛的疾病，却是来自于邪恶的本源的。
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此外，女巫的存在并不那么一清二楚。当然，往往有一些老年妇女，有时也有些年轻的女子，行动古怪，应和了女巫的定义。她们自己也相信自己会巫术，有魔力，对此坦承不讳，甚至自我吹嘘。其中有些人一定是精神不正常，另外一些人是得了歇斯底里症，还有些人具有一种罪犯常有的心态——因自己成为众人瞩目的对象，做了邪恶的坏事而得到自我的满足。总而言之，在科学发展的同时，对女巫的搜捕也盛极一时，最典型的是马萨诸塞的萨勒姆审判；造成这种情况的原因和所有思想方面重大错误的原因一样，是根据支离破碎的片面经验所做出的笼统推理。
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这里把自然哲学家的任务和方法概括为抽象与分析这两个主题。要借助它们理解近现代，就必须注意它们的某些方面。从儿童时代起，抽象就被用来辨认世界，如从面前这只红苹果中，我们学会联想到所有的红苹果，后来又联想到所有颜色的苹果；下一步是水果，然后是物体，最后是最大的但又是最窄的一个类别，即存在。攀爬抽象这架梯子使人学会在物体共性的基础上处理大量不同类别的事情和想法。法律就是一个很好的例子，如果法律规定对初犯的判决应该宽容，那么这个犯人的个人特征就毫无关系了；他可以是瘦子或胖子，黑人或白人，基督徒或佛教徒，但他只被看作一个初犯，这是给他定的一个类别，并不是对他的描述。
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抽象意味着有意地脱离经验，脱离看得见摸得着的称为具体的东西。现代给世界带来的抽象比历史上所记录的任何时代都多；数字的普遍使用就是一种体现，如：THP-35R并不是一辆可以开的车，而是它在机动车辆局和保险公司登记用的号码，但这个号码在这两个地方都是“真的”车。可以说我们20世纪的人基本上过的是抽象的生活，如果没有身份证这张印有分类号码的硬纸片，我们会受到具体的伤害，我们的愿望会得不到实现，权利会遭到剥夺，身份会受到怀疑。在被抽象主宰的世界里，哪怕是百般解释，甚至本人到场都不能算是可靠的证明。
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分析则以另一种但相关的方式歪曲事实。采用笛卡儿的方法等于把注意的对象切分成小块。一个概念、一件东西或一个人都像厨房的钟一样被拆得七零八落。现在有一个很巧的说法：“看看是什么让他像钟一样动起来。”以抽象为基础的分析把一切东西都看作是由部分组成的。我们不断地切分，希望最终能找到一个再也切分不了的单位，现在找到了原子（＝不可切分），但是还没有找到原子内部不可切分的单位。与此同时，我们越分越细，而且理所当然地认为如果把分开的部分再装起来，就可以使原来的东西得以复原。
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这是一个有用的假设，但是否在任何时候都正确呢？当我们小心地把拼板游戏的各块拼在一起的时候，我们是在执行笛卡儿的最后一条规则，但同时我们也看到，当拼板拆开以后，漂亮的图案也因此被破坏了。抽象和分析都不可或缺，否则就不会有自然科学、医学、法律、教育、批评和道德觉悟。但是也有一种可能性，即这两者的用途有一定的限度，一味滥用是非常危险的。17世纪中，至少有一个人意识到了对它们滥用的错误，如果不是危险的话，这个人就是——
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帕斯卡
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人们通常认为他是位研究数学的神秘主义者。少数人还记得他的实验导致了气压计的发明，而且他发明了第一个计算器（为了帮助他父亲手下的税务会计，他制造了50个计算器，习惯笔算的顽固职员却拒绝使用）。帕斯卡身后留下了大量捍卫基督教反对自由思想者的写作笔记。他的家人出版了这些笔记，起了个不显眼的标题“思想录”，英文译本中常常保留法文的原文“Pensées”。抛开书中的宗教意图不管，像T·S·艾略特这样的读者对其新意和智慧欣赏备至。
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不过有一点从上述事实中看不出来：帕斯卡在《思想录》和其他著作中提出了一种关于人和社会的哲学，对于自他以后西方文化的发展投以批评的眼光。传统的看法是，帕斯卡的数学和科学的成就抵偿了他为基督教的辩护和狂热的“神秘主义”，后两者是由于他病魔缠身造成的——他年仅39岁即撒手人寰——他的意见是一个处身于正常行动与感情的世界之外的人的意见。
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这种看法大谬不然，帕斯卡关于爱情的论文就是明证。这篇论文是他两年生活经验的结果，那两年，他生活在时髦的世界中，那是一个在谈话、赌博、闲聊和对异性的追求中消磨时间的世界。根据传说，他心有所属，却以失望告终。但由于他的仪表和机智，他在上层社会无疑是出类拔萃的人物。赌博不管对他来说是不是一种享受，都能使他集中精力，并使他对概率论做出了贡献。
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《论爱的激情》是一篇可以与司汤达的《论爱情》（475＞）相媲美的心理学文章。尽管它篇幅短得多，但是更为透彻，因为帕斯卡首先把激情看作思想，与感情相结合，通过身体得到表达。这就是灵与智的重要概念（＜203；453＞）。帕斯卡说，思想越丰富，激情越强烈，尤其是两大“成人激情”——爱情和野心。它们之间彼此矛盾，互相抵消；如果生活从爱情开始，以野心告终，一定是幸福的。鉴于人生的短促，帕斯卡认为生命应该从有理性的年龄算起，比如说12岁。
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接下来是典型的帕斯卡式对个性和社会的看法：大起大落的生活让伟大的思想家感到其乐无穷，因为它不断激发着感情和行动。静止安定的人是不幸福的，（如我们所说）穷极无聊，腻烦死了。帕斯卡明白理性主义者所不理解的道理，即最基本的是身体和身体的感觉，不是思想和理性。关于思想本身，帕斯卡提出了他在《思想录》中所讲到的区别，有两种不同类型的思想：一种是严格的、固定的，而另一种是有弹性的，生来就有爱的欲望，尤其是爱美的欲望。当这两种思想合为一体时，从中而来的爱情将带来莫大的快乐！一个人心中总有自己所向往的与自己互补的另一个人的形象。在这里，帕斯卡这位心理学家注意到了投射的现象，即把一个形象投射到一个并不合适的人的身上。他认为女性一般比较容易犯这种自我欺骗的毛病。他与一个比自己地位高的女士的一段情可能是这篇论文的事实依据，学者认为文章中所指的人可能是出生于公爵家庭的德罗阿内小姐。接下来作者对社会上爱情的起伏多变，由爱情而引发的时尚和各种做作行为发表了敏锐的评论；文章中还穿插着关于感情和审美观的精妙评述。
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人需要不需要爱情？不要问——要去感受。
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——帕斯卡《论爱的激情》
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帕斯卡不是神秘主义者，用这个词来形容他的宗教热情是不恰当的。神秘主义者寻求与上帝合为一体。天主教的教义拒斥神秘主义，因为它把上帝变成了一个人的灵魂可以与其结合的存在，这就越过了耶稣，模糊了创造者与被创造者之间的关系。帕斯卡正好相反，他认为上帝的伟大遥不可及，上帝的意图凡人无法理解，凡人与上帝唯一的联系是通过人神合一的耶稣。帕斯卡从耶稣那里寻求的是爱。如果用心理学来分析帕斯卡的信仰，可以说他的信仰与他小时没有得到足够的关爱有关，或者由于他与德罗阿内小姐鸳梦未成，或者像伏尔泰后来攻击他时所说的那样：“帕斯卡，你有病。”
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他的确有病，但是他的宗教是与科学理性地联系在一起的，因此应当把它当作一个身心健康的人所信奉的宗教观点来评判。事实是，帕斯卡与现代存在主义者克尔恺郭尔和加布里埃尔·马塞尔非常相似，这两位都是热诚的宗教信徒。帕斯卡在他的《思想录》中写道：“这个无限空间的永恒沉默使我恐惧。”他是像存在主义者那样看待宇宙的，它空寂、黑暗、没有意义。这些运转的星球是怎么形成的？为什么有如此巨大的虚空？人又是个多么荒诞的谜！一句话，上帝的意图无法理解。耶稣是与意义的唯一联系，他代表的是宽恕和爱。神并不是供人们为了忘记自我而沉湎其中的抽象的东西，而是活生生的上帝。上帝的所有奇迹都是为人创造的，他的奇迹和神秘向人传递了无限的空间和静默的宇宙所蕴含的神秘。
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