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争议是围绕着一个不相关的问题开始的：两位宗师中是谁先发明了微积分这种用来决定曲线、加速度和同时但不同样变化的量之间其他关系的方法的？这个问题至今仍没有结论。牛顿用的符号后来证明更加方便，于是成为现在通用的符号，不过他们二人都应为发明了一项对物理学来说至关重要的工具而收获赞誉。
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牛顿不是唯物论者，这从他对《圣经》的研究中和他明确的谈话中可以看得出来（＜197）。但是他的追随者为了自己的目的把他说成是唯物论者。莱布尼兹努力想建立一个全面的理论体系来说明物质和精神如何契合。他认为，上帝的智慧、仁慈和力量积极持续地推动着科学所发现的宇宙秩序。作为科学家，莱布尼兹对当时关于空间、时间和运动的各种问题进行研究。他认为物体由内部不断运动的微粒聚合在一起。他造了一架改良的计算器。他还呼吁发明一种国际思想语言，能够像数字一样使人用它推演出新的真理。他的探求心和创造性是无止境的。
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但是，莱布尼兹说，是传统的上帝在我们的思想与其所关联的事物之间确立了“先定和谐”，还认为单子（monad）是思想（包括精神和灵魂）的单位。他这样的观点似乎与让上帝光荣退休的新思想格格不入。其实单子不是任意武断的概念。支持它的理由是：按照定义，思想不能像物质那样分析为越来越小的微量；它是一个整体，否则就不存在；单子是原子的对等。18世纪的反唯物论者应当欢迎单子理论才是。不幸的是，莱布尼兹派的领头人是一个正统的基督徒克里斯蒂安·沃尔弗，他用老式的神学（和令人生畏的日耳曼式的迂腐）来解说他的论点。现世主义者决心把宗教和哲学分离开来，所以尽管莱布尼兹的单子理论有诸多优点，但他还是同沃尔弗一道被打下马来。后来，伏尔泰在《老实人》中尖刻讽刺莱布尼兹提出的我们的世界是可能实现的最好的世界的说法。按沃尔弗的解释，这句话的意思变成了我们的世界是可以想象的最好的世界。伏尔泰使他书中天真的主角遭受各种不幸与灾难，尽情地对这一概念进行嘲笑。其中含义若进一步引申就是：既然上帝无法创造一个比我们目前更好的世界，他一定是不够仁慈，或能力不足。
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唯物论者来不及躺在自己的成就上睡大觉，从另一个方向又出现了一个令人困扰的论点。后来成为主教的年轻人乔治·贝克莱对科学绝无敌意，他是灵机一动，提出了这样一个问题：物质到底是什么？我们看不见物质，看见的只是颜色和形状，感觉到的是坚硬和柔软，味觉和嗅觉也是一样。这些感觉和印象的某种组合代表了一个物体，我们再给这个物体起一个名字。然后我们想象——不是看见或感到——有一种支持着所有这些印象的基础，把它称为物质。如柯勒律治所说，物质好比一个看不见的针插，我们认为需要它把我们各种感觉的“针”聚拢在一起。（可读贝克莱所著《备忘录》。这本简短有趣的书详述了他思想的起源和发展。）
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贝克莱问道：当真需要这个针插吗？并非专业哲学家的约翰逊博士听到贝克莱对物质的评论后，一脚踢向一块大石头，“踢得如此之用力，竟然被石头反弹回来”，并且说：“我就这样驳斥它。”但贝克莱从未否认过事物是真实存在的，像石头一样坚硬，如约翰逊博士一样沉重。他指出，物质是一个加在感官实际感觉到的东西上的概念；从未有人反驳过他这个意见。今天，物理学家用回旋加速器来研究感官的感觉，共有40来个“粒子”，得把它们运动的轨迹拍照下来，因为它们生命短促，转瞬即逝。它们自己就是一股能量，或者可以转化为能量，似乎不需要那看不见的针插。
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然而常识证明，假想存在的物质在日常生活中是有用的，无论持有何种信仰或哲学观点的科学家在进行实验的时候都假设物质存在，如同约翰逊博士坚持的那样。经过了所有这些猜测和设想，大众心目中印下了牛顿学说把世界看作机器的形象。世间万物都是机器上的螺丝钉，受到宇宙因果作用的制约。这样的解释得到普遍的认同。18世纪中期，一位名叫拉美特利的法国军人甚至写了一本题为“人是机器”的书，引起轰动，使唯物论者欣喜称快。普鲁士的腓特烈读了此书后非常喜欢，奖赏了作者。对唯物论的这类应用也时起时伏。在19世纪生机论兴旺过一阵后，托马斯·赫胥黎宣布人为自动体（572＞）。后来，他放弃了这个概念，但别人又把它捡了起来，在我们这个世纪，人又被说成是一种化学的、腺体的和电的机器；更近代也更深奥的说法是细胞和基因预先决定了人，并管理着人的官能。
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18世纪这些思想在西方广为传播，引得有人欢呼有人憎恶；这有一个前提条件，那就是大众对各种书刊的热切阅读和应这种要求蓬勃发展的出版业。各种报刊如雨后春笋般出现，源源不断地提供新闻和关于各种题目的各个层次上的新设想，从纯科学到闲谈。在这大量的思想传播中，君主制和宗教的利益也不甘寂寞。在宫廷的帮助下，在国王的情妇蓬巴杜夫人的领导下，神父和主教、议会的法官、索邦大学的教员以及自由作家对先锋派发动反击。启蒙思想家这一原本是光荣的称号被许多人加以轻蔑和仇恨的口吻，轻蔑是因为认为他们浅薄，仇恨是因为认为他们不信宗教。更粗鲁的把他们的著作比作蛙鸣，给他们起绰号叫“呱呱呱”。这种愤怒是深切的，因为其中涉及的不仅是意见，而且是整个制度。自然神论意味着教会是多余的，理智意味着恭敬和顺从这些一贯用来维持政府的支柱遭到舍弃。对攻击现状的一方，当前的主题是解放，另一方则提出反击口号“把他们革出教门！”
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为了迎合所有阶级和所有类型的人，我们时代不信神的那些人采取了轻松、和蔼、随和的作风，企图转移人们的想象力，诱惑他们的头脑，腐蚀他们的心灵。这些人装出深沉和高尚的样子，自称达到了知识的至高原则，要丢掉他们认为是给人类带来耻辱的枷锁，却把枷锁套到神的身上。现在他们一边要求对一切容忍，一边却激烈抨击宗教热情；现在他们把严肃的思想和轻薄的戏谑、纯洁的道德规劝和淫秽的语言、伟大的真理和严重的谬误、诚信和亵渎都混合在一起变成大杂烩。简而言之，它企图把耶稣基督和魔鬼彼勒调和在一起。
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——博蒙特，巴黎主教（1762年）
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反对启蒙思想家的不仅是教会人员和政府官员。这样的反对深深地植根于欧洲相当一部分人的思想和习惯中。书刊和布道词不断地向他们发出警告和安慰。不过，这样的文章宗教气息浓厚，读起来索然无味。它们通常只讲具体问题，不像理智、自然、科学、自由和其他由先锋派垄断的崇高的抽象概念那样具有普遍的意义。此外，还必须指出，正统观念的卫道士中鲜有一流的思想家。任何争议中，持反对意见的一方都需要双倍的才华才能激起热情的拥护，而他们正缺少这样有才华的人。很能说明问题的一点是，在今天的几种18世纪思想家的选集中，教会派的意见都没有得到充分的表达，研究思想史的史学家著作也是一样。结果，似乎18世纪时所有人的思想全都一致。
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耶稣会会士的经历也许可以解释这种一边倒的印象是如何形成的。200年来他们一直是最知书达理的辩士。到18世纪，已经有许多默认自己属于世俗阵营的人在他们的循循善诱下成了信徒。教皇克雷芒十三世是个教养深厚的人，却在耶稣会遭到好几个国家驱逐的时候没有大力地捍卫耶稣会，他还确立了对耶稣圣心的礼拜仪式，以此来号召虔诚的信徒。8年后，他的后任在欧洲天主教国家元首们的压力下废除了这个仪式，“看到它已经不能达到我的众多前任建立和赞同它的目的，无法再产生丰硕的成果和益处”。其他教派的成员、神父、教会官员等人对日益背离正统宗教的做法或者赞成，或者宽容。在各种伟大制度的瓦解中，本应保护它们的人所起的作用不亚于它们的敌人，这真是千真万确（＞427及下页；779＞）。
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……这种无理的说法到处传播，引诱着人们的灵魂……为了使用朕的教皇权威来遏制这些说法的流传，朕宣布耶稣会的最终目的是出自最高的虔诚和神圣，它的目的是捍卫和宣传天主教。
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——克雷芒十三世，教皇诏书，1765年1月9日
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在论战的硝烟弥漫中，各方的意见倾向看不真切，结果，有的参与者虽然受到启发，但同时也感到迷惑。于是，谋略家觉得最好把新信条的要素汇总在一起，使人易于查询。于是《百科全书》应运而生。一个人设计了它，撰写了它的部分内容，对它进行了编辑，并全力捍卫它，他就是——
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狄德罗
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他是整个世纪中的关键人物，不只是因为《百科全书》，而且还因为他的其他成就。当时，伏尔泰比他出名，直到20世纪中期依然如此，但从那以来，人们开始认识到狄德罗的巨大天才，也开始越来越多地研读他的著作，但同时仍旧仰慕伏尔泰在与狄德罗并肩作战时表现出来的天才、勇气和谋略。
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狄德罗年纪较轻，出身也差一些。他是个乡村的孩子，是刀剪匠的儿子，在巴黎靠做雇佣文人，教数学和翻译英文书籍来谋生。一本别人建议他翻译的书，三卷的《钱伯斯百科全书》，启发了他，促使他走上了编纂百科全书的道路。这项工作历时26年，几乎耗尽了他全部的脑力和体力。出版商勒布雷东和他几位顾问决定，与其把《钱伯斯百科全书》译为法文并在它的基础上增加内容，不如出版一部全新的著作——共8卷，“由一群作家编写”。它将在各个方面超越迄今所有的十几种汇编。书的副标题表明了书的范围：“百科全书，或艺术、科学和工艺详解辞典”。内容如此广泛，也就提供了众多机会把先进的思想注入其中。狄德罗需要经销商，在法国就找到了几十家合格的商家，18世纪中期公众舆论的发达可见一斑。为保证可靠性，聘请了著名数学家达朗贝尔做副编辑，负责与他专业有关的条目。参与编辑的还有谦逊的舍瓦利耶·德若古；他并不出名，但他不知疲倦地孜孜研究，撰写了众多的条目。
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政府必须以人民的利益为宗旨。根据自然的法则，根据理智，行政长官被赋予实现这个宗旨的权力。人民最大的利益是自由。它之于国家如同健康之于个人一样重要。
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——《百科全书》：政府条目
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有些人会发现我的估计太低。即使如此，圣餐用40000块面包就要80000里弗赫，乘以52个礼拜日，等于400多万里弗赫。我们为什么不能省下这笔钱呢？我们太幼稚，是习惯的奴隶，不知道还有更虔诚的敬神办法。现在我来谈谈蜡烛的问题…
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——《百科全书》：关于圣餐面包的条目
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这套百科全书卷帙浩繁，印刷成本高，定价昂贵，须找到富裕的买主才行。书的简介中毫不隐瞒地说明了编辑此书的目的，资金随即滚滚而来。读者显然已经有准备，乐意接受反传统反正统的学说；真正全新的思想是得不到如此广泛的欢迎的。很快订购人数到了3000；到出到第5卷的时候，人数达到4000。百科全书是培尔所著《历史和批评辞典》兴旺发达的后代（＜360）。
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这部战争机器在组装的时候，敌对的一方也在厉兵秣马，积极备战。审查制度加紧了。一本对立的参考书——《特雷武辞典》——也在着手准备之中，书的名字指的是当时发行论辩有力的《特雷武日志》的耶稣会中心。宫廷在蓬巴杜夫人的指导下，号召信徒起来攻击狄德罗主编的那部险恶的书。索邦大学和最高法院，主教和剧作家，加上法兰西学院联合起来发动了一场嘲笑和怒斥兼而有之的口诛笔伐，这里面的参加者有自发的，也有争取来的。耶稣会会士和詹森派教徒这两派宿敌这一次居然站到一起，共同对这部亵渎神明的书进行谴责。
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论战持续了四分之一世纪，双方各有胜负。《百科全书》的出版商被投入监狱，后来获释，但许可证却被吊销。已经出版的各卷受到官方谴责，但未按规定被付之一炬，因为审查官德·马勒泽布先生恰好相信出版自由。他不止一次在他手下的人员要去没收准备付印的手稿时向狄德罗发出警告，使去的人扑了空。一卷接一卷的《百科全书》继续出现，它们是在法国印刷的，但有时标有一位瑞士出版商的名字。不仅如此，各卷所收集的内容越来越多，到第7卷的时候才编到字母G。这时，狄德罗估计全书会有17卷文字和11卷插图，而不是原来设想的两卷插图。最后，狄德罗完成了28卷，另一位编辑又加了7卷，1777年出版的最终定稿是35卷。
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在这期间，编辑工作遭到了最沉重的打击：勒布雷东出于对自己出版生意前景的担忧，在狄德罗已经看过清样，交付印刷之后擅自删节或修改了某些句子和段落。在《百科全书》资料的收集、协调、核实、编辑的过程中，狄德罗像擎天巨神阿特拉斯一样承担了所有工作，还亲自撰写了大量的条目；对勒布雷东这种背叛他当然怒不可遏。他只能不断要求勒布雷东把惨遭删节的部分，无论是手写的还是已印成的，交还给他，但未得到任何回应。这部分稿子直到1933年才发现，当时从俄国传出了一部装订好的书，明显是勒布雷东手中的那套扣压下来经过改动的稿页，一共318页，大部分出自狄德罗之手。
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