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费尔瑟韦斯的解读既简单又复杂。说它简单，是因为它可以归结为以下三步。首先，从象征或形象上确定一个印度河文字“看上去”像什么。其次，从一个达罗毗荼语系的语言中选一个符合这个视觉意义的词汇。最后，以选定的达罗毗荼语词汇的定义出发，以考古、文化和语言学证据为基础，确定这个印度河符号可能代表的含义区间。而这个方法的复杂性也很明显——上述每一个步骤都会产生歧义。同样的符号在不同的人看来有不同的含义（第一步）；对任一选定的“象征符号”，一般有多个词汇可以对应（第二步）；最后，不同学者可能从相同的证据中得出南辕北辙的结论，当这些证据彼此冲突的时候尤甚（第三步）。更别提最重要的一个事实是，就算印度河语言是达罗毗荼语，那也是比现存最早的达罗毗荼语还要早2000余年的语言了，要知道目前已证实的、现存最早的达罗毗荼语词汇发现于印度南部泰米尔纳德邦的一个古泰米尔语铭文中（约公元前3世纪）。一种语言经历了这么长时间、这么多的发展变化，用它来做它早期形式的索引指南，可信度有多高？
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能说明这些困难的最好例子大概要属这个符号了。大多数学者认为它代表“鱼”的形象，只是在它的意义上有所区分。但是，费尔瑟韦斯倾向于认为这个符号代表拧转、圈环或者绳结的一部分。他给出的一些原因确实可供思考，例如事实上印度河刻写员（scribe）似乎总是以从下到上的笔顺刻画这个符号，就像一个人画圈那样（但大概不会这么画一条鱼）；这个符号的许多变体有小“身体”和许多“尾巴”，这是事实；以及实际上所有已知的印度河谷鱼类都有多个鳍，而不是只有一对。在直觉的指引下，费尔瑟韦斯从诸多表示“拧转”“圆圈”和“网”的词语中，选定了“piri”这个词，并将其与另一个达罗毗荼语词“pir”联系起来，“pir”的意思是“头领”。由此，他将“鱼”符号及其变体（包括所谓的“鲤鱼”符号）“翻译”如下：
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“pir”一个常规等级的头领；
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“talpir”首领；
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“acci-pir”长者；
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“maru-pir”大祭司。
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没有人同意他的观点，只要一个理由就足够了：他的翻译太过主观（而且他也没有接受过语言学方面的训练，至少肯定没接受过达罗毗荼语系语言的训练）。就连费尔瑟韦斯忠实的学生波赛尔也在总结所有这些重大的“解读”理论时不得不写道：
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因为对这些符号的基础研究近乎于无，也少有学者分享纲领性视角，印度河语言的书写系统仍未被解读也并不令人惊讶。每个人都凭借自己的天赋试图直接拿取“圣杯”[12]，但所有的解读都太有特殊性了，不太可能用以进行一个有成效的、有扩展结果的研究。费尔瑟韦斯曾说：“我相信，通过这些[也就是他的]努力，[印度河]字符的最终破解只是时间问题。”我们基本没什么道理同意他的话；事实上，情况与他所说的恰恰相反。[13]
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波赛尔认为印度河文字缺乏基础性研究，低估了数位杰出研究者的研究果实，特别是接下来会谈到的马哈德万和帕尔波拉的研究。但是他的其他批评，即研究印度河文字的学者总是“单打独斗”、想要“独占鳌头”——一个破译玛雅文字过程中不可能出现的批评——确实有道理。不过也有人会反驳，印度河文字的谜题太棘手，只有那些对自己的直觉十分自信的人才有胆量挑战。
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在仔细分析了上述四个过于乐观的“破译”后，我们来看一些更加谨慎、有逻辑的解读。如果不靠连蒙带猜，只对印度河铭文做纯粹的内部分析，能得到什么样的结果？我们接下来会看到，这样的分析能够确定书写和阅读的方向；能基本掌握印度河字符的数量，并建立起获得一定认同的符号清单；在一些数字上达成一致；一个特定的文本可能如何切分、拆解为单词。
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首先有必要说明，学者们要解读的是印章印出来的文字和图案，而不是印章本身，因为印章上的文字自然是反刻的。（这里有存疑的地方。印章的数量远比留下来的印痕的数量多，很多印章也几乎没有磨损，说明很多印章可能不是用来盖戳，而是作为“名片”甚至护身符随身携带的。）幸运的是，我们很容易确定正确的文字朝向，因为我们可以将印文中字符的顺序和朝向与顺序相同的、明显供阅读的文字中的字符列进行对比，比如陶器上的涂鸦和金属工具上的字符。整体来说，二者是吻合的。
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说到书写的顺序，我们可以借用有方向的象形图案——比如——朝向的方向来推测文字的书写顺序。举个例子，在埃及象形文字中，这种有指向的图案面朝的方向，与阅读顺序正好相反[14]。但实际上，虽然印度河印章上的主要图像（比如独角兽图案）大多数——也有例外——朝向右边，印度河文字的朝向与此并不一致。
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阅读顺序最可靠的依据是铭文的空格。如果一个短文本顶着右侧的边缘起始，而与左边缘留有距离，这个铭文有可能是从右往左写的。如果左侧字符有压缩挤凑，也能得出同样的结论。比如这枚印痕：
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另一枚印痕是这样的：
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根据帕尔波拉的研究，字符序列从未在其他铭文中出现在最左端的位置，而在最左端的位置出现了76次。这就说明，因为左边空间不够了，刻写员不得不把最后一个字符写到第二行，也就是说这枚印痕应当从右向左读。（采取相反的方向，即从左向右读，就会留下这对字符为结尾，而这个组合在其他地方只出现了一次，还是在一个铭文的中段。）
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更为有力的证据是下面这枚出土于哈拉帕的印痕：
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