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1998年3月19日，全国民主联盟政府宣誓就职，瓦杰帕伊再任总理。印度人民党上台后，一反竞选前的激进面貌，而以务实的态度推进它的治理。
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瓦杰帕伊
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全国民主联盟的统治并非一帆风顺。1999年4月联盟内第一大党印度人民党与第二大党全印德拉维达进步联盟间的矛盾激化。引起危机爆发的导火索是海军参谋长帕格瓦特因不同意国防部安排哈达林·辛格任海军副参谋长而遭到解职。许多军官和媒体认为这桩任命有浓重的政治色彩，违背了军队不牵涉政治的传统，他们纷纷为帕格瓦特鸣不平。各方的批评矛头直指国防部长及总理本人。最后，全印德拉维达进步联盟宣布退出全国民主联盟。18议席流失后，全国民主联盟在议会已不足半数，总统纳拉亚南只好再次宣布1999年9月举行第十三届人民院大选。
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以印度人民党为核心的全国民主联盟仍遵循既定方针，积极投入竞选。国大党也有备而来，以党主席索尼娅挂帅，巡游、演讲、宣传，尽心尽力。最终选举结果，印度人民党仍获得最多议席，为人民院第一大党，国大党失去再次组阁的机会。
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1999年10月13日，新政府宣告成立，瓦杰帕伊继续担任总理，并平稳地渡过五年任期。
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一本书读懂印度历史 大国崛起的梦想
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政治上政府频繁更迭，经济上一如既往地平稳发展，社会痼疾正在治愈，但沉渣仍不时泛起，这已成为世纪之交十余年印度局势的一大特点。
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联合阵线两届政府共执政22个月，明确把发展经济放在首位。其中，经济发展的一大重点是农村建设，纲领指出没有农业的持续和全面发展，任何改革战略都不可能成功。因此政府把预算的60%投向农业，加强农村的基础设施建设，重点扶持小农，扩大农业信贷，发展食品加工业和促进农副产品出口等。联合阵线政府认为经济发展的另一关键是大量吸收外资。为达到这一目的，政府出台了一些具体的措施，如进一步放宽外商参股的上限等。
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全国民主联盟政府自1998年至2004年执政的6年多时间里，经济发展经历了从承上启下到所谓“第二代经济改革”两个时期。
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1998年3月全国民主联盟的施政纲领以及1999年3月13个政党签署的“治国纲领”是前期经济发展的指导方针。政府以优先考虑民众的充分就业和加快基础设施建设，尤其是能源和电力生产的发展为重点，来确保国民经济的增长。政府提出“消灭失业”的口号，这不仅体现了“消灭贫困”的最终目标，也充分显示了国家发展中的人道精神。为此，农业成为全国建设的基础行业，因为农业、小型工业及自谋职业占就业的80%。
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2002年的古吉拉特事件是一次印度教教徒和穆斯林矛盾和冲突的集中反映，双方间的流血冲突导致1000余人死亡，1000余人失踪，财 产损失达几十亿卢比。瓦杰帕伊痛斥教派仇杀的卑劣行径，并采取有力措施，如实行戒严及派军队平乱等，防止了骚乱事态扩展到全国。
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为了更好地治理地方，也为了让地方更好地发展以及尽量杜绝地区矛盾激化，印度议会在2000年先后通过决议，组建了贾克哈德、查提斯加尔和乌塔兰查三个新邦。三者都有自己的语言和历史传统，并且较早就有单独建邦的意愿。新三邦建立的过程平稳有序，过去新邦建立时常有的动乱现象，已不再出现。
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印度核能政策的制定和发展，与国内政治、经济形势及国际形势的演变，与历任印度领导层的观念，有着密切的关系。
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1947年印度独立时，各国民众刚从第二次世界大战的炮火中走出，厌战浓烈，渴望和平，对用于战争的核武器非常反感。其次，印度是世界不结盟运动的倡导者和领袖之一，第一次不结盟国家首脑会议的《宣言》就提出了“禁止核武器”。还有，美苏两个强国的核竞赛愈演愈烈，人们一直担忧是否会爆发第三次世界大战（核战争）。因此，尼赫鲁在整个统治时期基本上贯彻了和平利用核能的政策，既反对用于战争或战争威胁的核武器，又科学利用核能为民造福，为经济发展提供动力。从历史上看，1945年塔塔公司在新德里设立了“塔塔基础材料研究所”，开始对核物理进行研究。1948年印度成立原子能委员会，负责制订相关政策和确定研究项目。1954年原子能部成立，推进核能开发和利用，尼赫鲁兼任部长。1957年尼赫鲁在主持阿普萨拉核反应堆建成仪式时，表示印度在任何情况下，永远不会把原子能用于罪恶目的。当然在另一方面，后期的尼赫鲁企图称雄南亚，控制印度洋，进而争当世界一等强国，他对于拥有核武器与提升印度的国际地位和声望之间的关系是十分清楚的，所以他对原子能委员会的核能计划予以肯定的支持。
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夏斯特里政府的核能政策有了重大转变。1964年，中国原子弹爆炸成功对其是一次重大冲击。印度议会在辩论时，强硬派指出“印度拒绝接受与中国不对称的地位”，因此“原子弹对付原子弹”的观点占了 上风。1965年，夏斯特里批准了国防部门制订的地下核试验计划，这是印度核武器付诸具体实施的开端。但在舆论上，夏斯特里仍给核试验冠以“发展和平的核爆炸”。
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英·甘地执政后在行动上终结了不发展核武器的政策。1968年，英·甘地以《核不扩散条约》带有歧视性为由，拒绝签署该条约，为印度保留了核武器选择权。1971年印巴战争，美国谴责印度为侵略者，将载有核武器的航空母舰的联合舰队开往孟加拉湾，这又一次刺激了印度。1972年，英·甘地政府公开授权建立一个统筹核试验的机构。1974年5月18日，印度在博克兰进行了名为“微笑的佛陀”的第一次核装置爆炸，展示了生产核武器的能力。英·甘地第二次执政后，主张发展核武器的舆论已成为主流。政界认为印度的核战略环境是中国、苏联核大国压境，海上游弋着美国的核力量，巴基斯坦正在获得制造核武器的能力，因此印度发展核武器是毋庸再争论了。他们认为美国迫不及待与中国建交，那是因为中国拥有核武器和八亿人口，中国的经验值得借鉴。统筹全局的英·甘地，尽管对于发展核武器的政策没有改变，但出于国内和国际的政治、经济形势的考虑，谨慎地放慢了核试验的脚步。
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拉·甘地政府时期，印度政界、军界的强硬派提出建立和部署核能存库的要求。拉·甘地出于对美苏的外交考虑，以及国内经济改革的考虑，未答应强硬派的建议，但在提高和改善裂变武器研究方面，在核武器的设计和弹道导弹的发展方面，给予了一定的支持。所以拉·甘地对核武器一直实行不装配、不试验和不部署的政策。拉奥政府上台，冷战刚结束，两个超级核大国的对抗趋缓，中国全神贯注于国内的改革开放，世界形势的走向是和平与发展，因此拉奥政府限制了核武器的研制和试验，削减了费用开支。拉奥政府后期，这一政策有了松动。1995年《核不扩散条约》获得永久性延长，拉奥政府对这一“歧视性”的国际条约公开表示反对。此时印度经济已经好转并有了长足的发展。拉奥 政府曾打算进行两次核试验，但经通盘考虑后，最终还是取消决定。
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1998年大选，印度人民党将核试验作为竞选宣传的一部分，正式执政后，印度明确地实施了核选择权。同年5月，印度进行了三次地下核试验。这集中而多种类的核试验被取名为“实力”，既展示了印度设计和制造核武器的能力，又表明了进军核大国的志向。
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印度人民党的核政策在国内外产生了很大的影响。印度在连续的核试验后，制订了一系列相关政策和措施，加快了核能化国家的进程。1999年8月17日，印度出台了《最低限度有效核威慑》的战略草案。由于核武器的耗资巨大，印度政府的军费开支迅速增长。2000年5月，印度政府决定以巴巴原子能研究中心为主，实施为期30年、耗资160亿美元的核力量发展计划。
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为给核弹配备运载工具，印度加速了导弹的发展。1988年印度首次发射“大地-1”型导弹，而1999年发射的“烈火-2”导弹，其射程已达2500公里，可以打击巴基斯坦境内任何目标。现今印度积极研制射程超过5000公里的“太阳神”洲际导弹，以及“萨加里卡”海下潜射导弹。
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1998年，印度政府关于核试验的公开借口是“中国威胁”论。时任国防部长的平等党主席费尔南德斯在核试验前大肆宣扬“中国是潜在的头号威胁”，“中国潜在的威胁远甚于巴基斯坦”，甚至说“中国在与印度交界的一些地方部署了核导弹头”。他还说中国援助巴基斯坦的导弹技术可打击印度的大部分领土等。中国对这类言论予以了严厉驳斥和批评，对这种说法嗤之以鼻，对印度核试验本身在宣传上基本以冷处理待之。
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美国以坚持核不扩散原则为理由，立即对印度的核试验做出了反应，并予以制裁。世界银行和国际开发组织也冻结了援助印度的部分贷款。为缓解紧张关系，印度采取主动姿态争取得到谅解，如一再强调印度核武器原则，再三标榜自己是“最大的民主国家”、“亚洲的平衡力 量”，声称“印美是天然盟友”，等等。毕竟印度是美国商品和投资的巨大市场，并且美国政界和国会中有一股强大的反华力量，欲利用印度牵制中国，1999年10月27日，克林顿总统宣布取消对印度的部分制裁。