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仲基是曾在大阪商人建立的学校—怀德堂学习过的商人儒学家，他否定一切既成理论的普遍合理性。他一语道破，儒教是古代中国之道、佛教是古代印度之道、神道是古代日本之道，它们都不是现代日本之道。古学派以及阳明学派虽然从朱子学的权威中脱离，但没有摆脱儒学的桎梏，在这一背景下，唯有仲基一人，抛弃了一切先入为主的观念，意识到必须与历史的现实相结合来创造哲学。虽然他的主张还未形成积极的内容，但为后来国学以及其他崭新的、非儒学思想的勃发打下了理论基础，值得给予高度评价。
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神道在这个时代占据优势地位的是与儒学学说结合在一起的儒家神道，但其中也存在站在自己的立场上严厉批判儒教思想的理论。
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在京都不断为商人进行通俗演讲而体会到民众生活意识的增穗残口，批判重视形式上的礼仪而无视人性的儒教道德，他指出缺乏爱情基础的婚姻让众多男女陷入不幸深渊的现实，主张男女必须以恋爱为前提结合在一起。他不仅大胆提出自己的观点：哪怕是通奸，只要是不惜生命的真实爱情，即使被杀也应该将爱情坚持到底，而且他还指出男尊女卑是中国的思想，日本神道采取的是男女平等的立场，他的观点是很久以后进入明治时代才出现的近代家庭观念的先驱。只是，残口的主张是以封建以前的日本原始、古代的生活习俗为准绳，对封建道德提出的批判，因此，从这一意义而言，可以说反而与后来国学者复古神道的思想一脉相通。
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寺请制度[53]作为鼓励取缔天主教的手段加以实施，它强迫所有人成为某一个寺院的檀家[54]，其结果是赋予了佛教堪称国教的地位，但是这种政治上的保护制度却只是促进了僧侣的堕落和思想的僵化。江户时代的佛教教团，尽管在社会上拥有无法排除的势力，但在思想界变成了完全无力的、愚民的信仰。除了十七世纪中期明僧隐元将禅宗的一个宗派黄檗宗传到日本，之后没有新创立任何一个宗派。随着信仰的低俗化，佛教美术中也几乎没有出现值得一提的作品。唯有圆空，游历于全国各地，并制作了大量富有独特个性的佛像，在佛教美术史上放射出最后一道光芒（图46）。
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图46 圆空制作的佛像
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儒学兴盛，取代了直至前代佛教所占的地位。与宣扬来世和出世为其原则（尽管事实上专门宣扬现世利益）的佛教相反，儒学宣扬现世的哲理与道德而不讲“怪力乱神”，从本质上而言无疑是现实主义的学说。并且，儒学虽然对被统治者鼓吹绝对服从的思想，但也教导执政者用心执政，因此，随着儒学的繁荣，“经世济民”的学说，用今天的话说即近似于政治学、经济学的学术理论也开始盛行起来。
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尤其是极其关心政治的徂徕学派有众多论述政治经济的著作，如徂徕的《政谈》，徂徕门人太宰春台的《经济录》等都很有名。他们不满足于抽象的哲学理论，从正面论述社会现实问题，应该说是一个巨大进步。然而，尽管封建社会的矛盾终于露出了端倪，但是这个时代的政治经济理论，尚未充分预见克服这些矛盾的历史发展道路，与江户时代后期的同类著作相比，似乎大多不太具有现实性。徂徕说，为了重建社会，只要首先考虑武士和农民的利益就行了，完全不必介意商人破产，虽然作为基于武士本位立场，旨在重新强化封建制的享保改革的政治顾问，有这样的言论理所当然，但是他提出的武士归农的手法却缺乏现实性，难免有逆潮流而动的空谈之嫌。
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正如从徂徕的观点中看到的那样，这一时代的政治经济理论，均建立在维护封建秩序这一终极目标的基础之上。虽然原则上是尊重封建社会的基础产业农业和农民的重农主义，但是，那也只是迫不得已的策略而已，目的在于保持对农民的掠夺以支撑武士统治地位，因而必须防止农业生产力遭受破坏。从将农民作为人来尊重、提高他们的生活和福利这一意义而言，农民并没有受到重视。因此，在四民的排列上，农民在形式上排在商人之前，但是实际负担远远超过商人。“农民和湿手巾，越拧越出水”（《百姓盛衰记》）这一谚语，成为收税官吏的座右铭。
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在这种意义上的重农主义成为常识的封建社会中，农民的生活只能停留在勉强维持再生产的最低水平线上。当政者不厌其烦地干涉农民的日常生活，甚至颁布不准穿丝绸服、休掉喝茶过多的老婆等条目训诫百姓。在如此状态下，即便不被当政者逼迫，在自上而下的榨取和商品经济的渗透中苟延残喘的农民，为了避免破产，只能安于最低的生活水准，如同牛马般地干活。虽说江户时代中的庶民文化极其繁荣昌盛，那也只是城市商人的文化，在忙于日复一日劳作的农村中，值得一提的新文化发展成果少之又少。封建社会成长期中，文化还没有达到偏向城市集中的地步，因此，推动历史前进的力量也可以说更多来自农村。但是进入江户时代之后，城市与农村的落差反而比前一个时代更为加剧了。
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日本文化史 学术理论的繁荣与教育的普及
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这一时代，不仅儒学，其他各种学术理论也都十分繁荣。其中之一就是历史学，林家和水户的德川家展开了两项大规模的修史工程。
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始于罗山的林家修史，在子春斋时以完成三百一十卷的《本朝通鉴》而大功告成。水户的修史，则由藩主光国策划，动用了众多史官进行编修，于1699年（元禄十二年）完成了本纪和列传的一部分。之后，修史事业继续推进，包括志、表在内的三百九十七卷本的《大日本史》的完成是在1906年（明治三十九年）。无论从这一工程耗费的漫长时间上，还是篇幅上来看，都堪称空前绝后的大规模文化工程。同时，由于两部著作都出自儒学家之手，所以骨子里留存着儒教的名分论，但通过实证调查记录历史事实的态度却是贯穿始终的。尤其是《大日本史》，去掉了不能认定为史实的神代，并一一注明用于文献依据的史料名称，可以说清晰地显示出了科学的历史研究精神。
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继纲吉之后，在第六代家宣、第七代家继两将军的时代中，推进文治主义政策的新井白石，作为历史学家也建立了丰功伟绩。还有将日本历史的时代第一次进行合理划分的《读史余论》、试图将神代故事作为人类历史寓言来理性解释的《古史通》、叙述各藩历史的《藩翰谱》等，更是非同寻常的著作。
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在史学后必须提到农学。为了维持、提高农业生产力，不仅需要政策上的支持，还需要对农业技术进行科学研究。宫崎安贞的《农业全书》则是顺应社会需求而努力进行学术研究的一项成果。
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稍微换一个领域的话，则应该关注日本独有的数学即和算的发展。1708年（宝永五年）去世的关孝和的和算研究，据传涉及了微积分的领域。仅从年代上而言，稍早于牛顿以及莱布尼兹的高等数学研究，这也证明和算取得了长足的进步。只是，欧洲的数学作为自然科学以及应用技术的基础学科取得了合理的进步，与此相对，和算却沦落为解题竞争的游戏。作为一门学问，它没有获得系统的发展。从这一点上可以说，正是和算在理性的科学精神尚未成熟的日本，作为孤立的匠人技艺，遭遇了畸形发展的悲惨命运。
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除此之外，关于本草学、医学虽说也有很多想要论及的内容，不过只能省略了。总而言之，学术理论的繁荣之所以达到这种程度，不得不说是太平盛世中文化需求普遍高涨的结果。前代中，实施系统教育的设施只有寺院之类，为了让孩子们学习知识必须将他们送到寺院。但到了这个时代，市井的寺子屋（这个名称有着前代寺院教育的遗风）的老师开展读书、习字等初等教育（图47），教育也在庶民中普及。
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日本，自古以来虽说就有在南都以及京都五山等地印刷、出版佛典等事例，但几乎所有其他读物通常都是经过手抄后阅读的。进入江户时代以后，出版成为一种商业行为，城市中开始有人经营书籍，大量发行印刷本，促进了知识的普及。下面要谈到的庶民文艺，作为出版、销售的商品被生产出来，这可以说是与以往的文艺作品之间的根本区别之一。封建统治者也许并不喜欢民众知识的开发，但是，民智的进步已经无法阻挡。
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图47 寺子屋
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