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国学，是元禄时代的契冲提出来的，他试图从国语学的角度对《万叶集》等日本古典展开研究。荷田春满又加上了通过对日本古典的研究来阐明古代之道的思想性内容，经过贺茂真渊到本居宣长，无论在思想性上还是在学术性上都达到了集大成的高度。尤其是宣长，耗时三十余年，于1798年（宽政十年）完成了《古事记》的注释—《古事记传》，该著作作为对日本古典的缜密的实证性研究，时至今日也仍然是《古事记》研究者案头必备的力作，有着极高学术价值，再加上盲人学者塙保己一汇集众多日本古代典籍校订编辑的《群书类丛》五百三十卷，堪称国学家建立的最大功绩。
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通过从文献学角度理解日本古典来探索“古道”的国学方法论中，留下了深受徂徕学派古文词学研究方法启示的痕迹，徂徕学派试图通过研究儒教经典阐明孔子、孟子的古义。但在徂徕学派那里，将中国圣人的教说奉为绝对权威，而国学则相反，称颂从日本的古典中抽象出的日本古代之道是至高的理想，为了探求未被中国思想、佛教思想—用国学家的国语来说就是“唐心”“佛心”—扭曲以前的纯粹的日本古道，他们在古典的研究上倾注了全力。
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上述的方法，意味着以颠覆徂徕学中国崇拜的形式高歌日本中心主义。与儒教思辨性道学理论同质的思想，和实证性学术研究密不可分地结合在一起，仅就这一点而言，不能说完全脱离了儒教的思维方式。他们攻击儒学家不了解脚底下的日本，只会一味地依附于中国的古典，极力强调研究日本古典的必要性，这是一个进步。但是，他们不正视日本的现实历史，只将眼光放在古代经典上，这也是直接承袭了案头学问儒教之局限性的结果。
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从这一点上来看，国学还存在着无法脱离封建学术理论桎梏的一面，但是，它排斥前代以来学术研究上的通病—即对大师的学说囫囵吞枣，宣扬比起追求大师的学说，更应该追求真理，极力倡导自由讨论研究的精神，并且与儒教站在道德立场判断一切的行为相反，它主张事实真相比只停留在文字上的道德更重要，这一切都显示了前所未有的进步态度。
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尤其是伊势商家出身的本居宣长认为，《源氏物语》的本意并非宣扬儒教和佛教，而在于表现“物哀”，他阐明艺术不只是道德、宗教的手段，有独立存在的理由，强调恋爱才是人类真情最为切实的表现，日本古代文学艺术中之所以存在大量的爱情主题，是因为它们符合文艺的宗旨，而斥之为好色只不过是儒教的伪善。可以说他的言论从正面批判了封建思想，显示了新的思考维度。
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尽管如此，国学家的视野仍局限在为古典研究打开新的天地，并没有跳出古典的框架直接面对活生生的现实，这是一个重大缺陷。在继承国学传统的人中，也出现了菅江真澄这样的人物，他的足迹踏遍了信州、东北等地的农村、渔村，仔细考察了连名字都没有的百姓生活习俗，写成了一部容量庞大的游记，并加入了自己画的漂亮插图（图61），他的著作成为很久以后的柳田国男民俗学研究的先驱，因此，不能断言国学家中的所有人都无视古典以外的事物。但是，即便是真澄，其意图也并不是要在变化的历史现实中把握民众的生活，而是采取了通过民间传承研究古代生活习俗的向后回望的姿态。首先，真澄是否可称为国学家尚且有待商榷，作为一个旁系另类人物，他自然无法成为将国学从已经走入的死胡同中解放出来的突破口。
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国学的主流封闭在游离于现实之外的古典文献学的研究中，甚至这一文献学的客观精神也被它自己背叛了，在世界观上也有着陷入了非理性神秘主义的一面。与国学相比，科学态度远在其之上的则是兰学，或者说洋学。
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图61 菅江真澄著作插图（引自男鹿史志刊行会《新译真澄翁男鹿游览记》）
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国民的视野被锁国政策遮蔽了，看不到世界的动向，即便在这种状态下，人们对西方文化的强烈憧憬、学习热情依然无法阻挡。新井白石很早就开始关注西方社会，他从企图潜入日本的意大利人西多迪那里打听世界的情况，写了《西洋纪闻》这本世界地理书。恰好在此前后，采取锁国政策的日本留下的唯一出口—长崎，与荷兰之间有着贸易往来，人们以此为窗口，坚持努力学习西方文化。有人来长崎游学以及荷兰洋行人员一年一度的“江户参府[62]”，都被憧憬西方文化的人当成绝佳的机会加以利用。于是，只不过是一名贸易公司职员的洋行经理不得不穷于应付回答各种理论上的问题。
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同时，统治集团也为了强化封建体制而认识到利用西方近代科学与技术的必要性。第八代将军德川吉宗，为了推行增产兴业的政策，重视实用的知识理论，从这个角度出发开始关注荷兰的天文、历法等，奖励兰学。只是，由于打击天主教，阅读西方读物受到严格限制，略懂一点荷兰语的只限于长崎的荷兰语译员，因此，学习西方的学术理论是一件极其困难的事。
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医师前野良泽、杉田玄白等人，通过人体解剖实验确认了荷兰解剖书极其准确，而中国派的日本医学书则很不可靠。于是，他们经过呕心沥血的钻研，完成了对荷兰解剖书的翻译工作，1774年（安永三年）以译名《解体新书》出版发行。这件事的前后经过在玄白的《兰学事始》中有详细的叙述。自此以后，通过荷兰原著学习西方学术理论的通道终于被打开了。
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之后，大规玄泽写了兰学入门书《兰学阶梯》、稻村三伯出版了书名为《哈尔马和解》[63]的兰日辞典，为兰学研究者提供了很大的便利（图62）。进而，1823年（文政六年）来到荷兰洋行的德国医生西博尔德，在长崎市外的鸣泷塾为从全国集中到此的学生系统讲授西方学术理论，这对于兰学学术水平的提高发挥了作用。
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图62《哈尔马和解》（早稻田大学图书馆所藏《江户哈尔马》）
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进入幕府末期，不仅向荷兰学习，开始更广泛地学习欧洲各国的近代学术理论和技艺，将兰学进一步拓展到与“洋学”这一名称匹配的广度。习惯于因循守旧的社会，并不是没有将洋学看作异端的倾向，但是，没有人能够否认洋学的价值，因此，幕府和各藩竞相竭尽全力引进洋学。
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作为南蛮文化的一环得以传播的欧洲学术理论，在禁止天主教的政策下，还未来得及生根便消失得无影无踪。日本开始接受近代科学的知识和方法，是学习洋学带来的结果。就像前面详细阐述的那样，日本虽然在艺术和宗教领域中创造了足以在世界上引以为傲的高度发达的文化财富，但是，几乎没有建立起称得上是科学的理性知识体系。
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进入江户时代后，宗教超验的世界观终于失去了力量，人们越来越强烈地关注现实，其结果，即便是继承中国式传统学术体系的学者，实证性探求的精神也变得高涨起来。例如，先于前野良泽等人的人体解剖学，1754年（宝历四年）名为山胁东洋的学者就展开了人体解剖，并以《脏志》为题发表了该实验记录。可以说日本人就这样在科学研究的历史条件齐备的基础上开始学习洋学，并因此终于找到了掌握科学认识方法的道路。
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无论是前野良泽、杉田玄白、西博尔德等人通过实验打开以生理学为基础的西方医学的门户，还是志筑忠雄研究天文学和物理学并写作《历象新书》介绍地动说，平贺源内尝试制造温度计和发电机（当时的人将电称为“爱来科特儿[64]”），伊能忠敬实测日本国土制作精密的日本地图，这些实例无疑都是成功学习近代科学所收获的成果。
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不过，值得注意的是，这些实例均局限在自然科学及其应用技术的领域中。在封建学术理论牢牢统治着人的思想的时代，学习与日本社会结构迥异的欧洲的社会科学和社会思想是完全不可能的。因此，统治阶级积极采用洋学，也仅限于用以强化封建统治的目的，不用说他们处心积虑地排除了有可能引发对封建体制批判乃至怀疑的内容。到了幕末，在不得不放弃锁国政策，外交问题显得更重要以后，无论是幕府还是各藩，更加竭尽全力地引进洋学及其技术，但是这些也都集中在能对强化军事力量发挥作用的军事科学上，恰好说明了上述这一点。
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1850年（嘉永三年）锅岛藩设计反射炉制造大炮，稍后萨摩藩主岛津齐彬也创建精炼厂，开始了军事机械的制造。开港后，萨摩藩在英国的援助下开设了机械纺织工厂，幕府也在法国的帮助下在横须贺建造了造船厂，这些事例都显示出接受近代科学和技术的历史特殊性。
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幕府于1857年（安政四年）创立“蕃书调所”（后改名为“开成所”），这是官方开设的研究、教授西方科学的机构，它作为今天东京大学的前身，在日本学术史上占有重要地位。但是，在这里研究、教授的诸多学科，都直接间接地服务于军事目的。甚至一眼看来与军事没有任何关系的图画课程，也是为了学习作为军事科学基础的制图技术而开设的。将洋学的历史作用看作仅是服务于重新强化封建体制虽说有些片面，但也无法否认有这一侧面。
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不过，我们也不能无视这一点，即通过学习洋学，日本人极大开拓了观察世界的视野。工藤平助撰写《赤虾夷风说考》，提出开展与俄国贸易的方案，田沼意次按照这一意见开始开拓虾夷地；本多利明执笔《西域物语》一书，主张通过建造巨轮、开放门户与西方各国展开贸易交往使国家富强起来，正如从这些观点中所能看到的那样，他们已经意识到了封闭在狭小的日本死守锁国政策是多么愚蠢，而离开洋学拓展了世界认识这一背景，这种意识的产生是无法想象的。
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但是来自欧美列强的压力出现之前，统治者们所做的就是贪睡在锁国的温床上，哪怕只是多一天也好。林子平撰写了《海国兵谈》一书，预言西方各国将要进入日本，对此敲响警钟，但他被冠以扰乱人心的罪名受到处罚，统治者要做的只是极力防止人民睁开眼睛认清世界形势。兰学家渡边华山、高野长英等人举办取名为“尚齿会”的聚会，交流知识。相当通晓西方社会的他们，批评幕府下令驱赶外国船只是错误的行为，华山执笔撰写《慎机论》、长英执笔撰写《梦物语》，各自陈述批评意见，结果他们都遭到了幕府的处罚。所谓“蛮社之狱”就是指的这一事件，可以说洋学作为批判封建社会的新思想而发出的萌芽，就这样被摘除了。
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