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埴轮，持有武器的男性，大和石桌坟时期。东京国立博物馆藏
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中国北魏石碑的细节。比较石碑中的人物与持有武器的男性埴轮的衣饰
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朝鲜半岛新石器遗址展现的不同文化阶段以三类陶器为特征，一些日本学者认为这三类陶器分别与在以下三类地方—西伯利亚、俄罗斯北部、芬兰和瑞典；中国西部、东北和内蒙古；中国南部—发现的新石器陶器相对应。不过，值得注意的是，虽然这种观点就日本后期新石器文化的起源提出假设，但是这一观点本身并不是对弥生人的来源进行任何武断猜测的正当理由。我们只能说石器时代日本群岛的族群包括蒙古人种。由民间传统和其他残存物再现的日本早期文化的很多特征都表明了其与蒙古人种的密切关系。
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因此，举例来说，日本最早的宗教和东北亚的萨满教有很多相同之处：远古日本的兵器与东北亚的类似，与大洋岛的兵器则不同；占支配地位的日本人体型与蒙古人相似，以至于他们颅骨宽大，下颌有些突出，黄皮肤，直头发，眼睑有典型的“蒙古褶”，日本婴孩的身上也多见“蒙古斑”。
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（a）头盔的一部分—铁、铜、镀金，出土于东日本，年代推测约为公元400年。（b）A处雕刻的图案
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日本族群中有非北方人存在，这一点几乎没有异议，但是我们不知道他们是从何处而来的。如果像现代人类学家所说的那样，蒙古人有原始马来人的血统，那么日本人的南方血统可能源于此。那些由印度尼西亚、马来西亚或者波利尼西亚直接移民日本的假想几乎是没有任何证据支撑的。这更有可能是亚洲大陆一个共有中心的扩散，这一扩散在使南方各岛有了住民的同时，也为日本的族群和文化提供了南方血统。目前已经收集到的很多证据倾向于表明这个中心位于中国南部或者中南半岛。但是，这些都是推断。
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来自坟冢的勾玉，实际大小
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考古证据仅能证明公元前日本有一个相对统一的文明。使日本民族得以诞生的种族融合可以追溯至更遥远的、不为我们所知的古代，我们最多可以说石器时代末以来日本人展现出很多种族的特征。历史学家应该拒绝做简单的类比，但是把位于欧洲西部边缘的不列颠群岛与绵延于亚洲东岸的日本列岛相比较也无伤大雅。两者背靠居住着各种族群的广阔的大陆，面朝无边的海洋。两者都是一小块区域，移民或迫于饥饿和恐惧，或被单纯想要改变的愿望驱使在这里聚集，因为他们无法走得更远，所以必须融合，不然就会被毁灭。[2]
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大多数学者认为日本的石器时代一直持续到公元初。当然我们无法得知具体的时间，但是有证据表明1世纪日本西部的新石器文化已经没落，而日本中部的新石器文化又延续了2～3个世纪；而在最北部的偏远地区，直到公元后第一个千禧年末新石器文化还没有完全消失。新石器文化时期的结束受到中国青铜文化的影响，这种文化首先影响了朝鲜，然后由朝鲜影响到日本。
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古坟时期铜剑的柄头
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中国的青铜文化在周朝最鼎盛的时候传到中国东北南部地区，并沿着朝鲜半岛海岸传到半岛的最南端，在这些地区新石器遗址中发现的于周朝末期或者秦朝初期，即约公元前300年铸造的钱币（比如名为“刀币”的金属代币）可以证实这一点。首先，传到朝鲜的青铜文化可能并不只源于中国，因为有充分的证据证明在朝鲜发现的一些青铜器物与斯基泰人的器物有联系。有可能是中国北方的青铜文化包含了斯基泰-西伯利亚的元素，这些元素在青铜时代早期阶段被传到朝鲜。这一点值得注意，因为它有助于解释远东历史的一个重要现象：尽管中国先进的汉文化地理上邻近且有很大的影响力，但是朝鲜文化仍旧保留了鲜明的独特性。这主要是因为朝鲜不只是汉文化由中国传到日本的通道，还是来自多处的文化元素在得到传播之前会先进行融合的地带，而日本文化从一开始就呈现出这样一个显著的特质。
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汉朝时中国进入铁器时代，显然这一新的影响同样很快扩散到上述地区，因为在中国东北地区南部和朝鲜的新石器遗址中，同青铜器、铁器和石器一起被发现的还有中国在公元1～10年铸造的钱币。目前在日本没有发现可以追溯到周朝晚期的器物，但是东汉的铸币并不罕见，而它们的出现表明，我们从地理因素上应当认为中国青铜文化借道朝鲜传到日本的时候经历了几十年或者可能一个世纪的延迟。当然，公元初中国的青铜文化就已经开始影响日本，但是在它还没有取代日本新石器文化的时候就被铁器文化取代，因此普遍认为日本没有真正的青铜时代。
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日本古坟时期紧接着贝丘时期，或者可能与之重叠，贝丘是日本新石器遗址中主要的墓室。贝丘是简单的坟堆，覆盖在石制或者陶制棺材上，不过这一时期的典型坟墓是其上有堆的石制墓穴。统治者的坟墓叫作“御陵”，可称得上巨大，统治者仁德（Nitoku）天皇（约公元400年逝世）的坟墓长1200英尺，高90英尺，加上壕沟，占地约80英亩。这样的坟墓主要出现在日本西部和中部。这些石制墓穴中发现的花瓶在形状和装饰上与弥生时代的花瓶一致，但是技艺更先进、更复杂，而且总是和珠宝、镜子、武器和其他青铜器物或者铁制器物一起铸造在有轮子的车上。坟墓外围发现有陶俑，又称为“埴轮”（haniwa），它们与坟墓是一体的。新石器时代的陶俑是丑陋的、怪异的，可能是为了吓退恶灵。稍晚一些的墓葬陶俑有时候是动物（尤其是马，目前仅有一座墓葬中的陶俑是牛），但是通常是椭圆脸、容貌端正的男人和女人，他们穿着带袖子的袍子，戴有颈饰和耳坠，梳着精美的发型或者戴有头巾或帽子。他们的脸按照一定的样式涂上了色彩，通常是红色。“埴轮”通常是一个柱状半身像，因而不常展现全套的衣饰。不过他们的着装给人的普遍印象是：他们是北亚人，而不是来自热带地区的人。他们的武器大多是大陆的样式，蒙古式或者中国式的。虽然有些人认为有一些刀具与马来人的波状刃短剑相似，但同样可以把它们和在东北亚发现的武器联系起来。名为“发声-镝矢”（nari-kaburaya）的箭，也是一种会发出嗡嗡声的球状物，是典型的古坟时期的武器，绝对不是来自大洋。盔甲、头盔和铁制或青铜马饰，毋庸置疑是受到中国或者蒙古而不是其他南方文化的影响。很多铜镜无疑是在中国制造的，可能是在汉代。
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墓中的石制器物不是新石器文化特有的工具和武器，而是仪式用的装饰品或器物。其中最引人注目的是“曲玉”，即勾玉（magatama）。有证据显示这些勾玉外形源于动物的爪和獠牙。勾玉发现于新石器遗址中，有些是骨制的，有些是角制的，有些是石制的。无疑，这些勾玉被认为有神奇的功能，确实，直到近代，在朝鲜和东西伯利亚，虎爪都被视为拥有极大法力的驱邪物。墓中的勾玉做工精良，由各种各样的材料制成，如玛瑙、碧玉、蛇纹石、石英、玻璃、玉、软玉、绿玉髓等。值得注意的是，在日本甚至在中国均没有发现上述最后三种材质的勾玉，尽管它们在贝加尔湖和乌拉尔山脉地区很常见。
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这就是考古研究描述的史前日本故事的简单轮廓。由此我们可以在一定程度上确定，到新石器时代末期，在日本定居的族群是人种学者或者语言学者熟知的乌拉尔-阿尔泰人，其中包括芬兰人、萨莫耶德人、匈奴人、通古斯人和蒙古人；我们也可以得知日本和朝鲜之间有往来，来自东北亚的持续不断的移民可能就是通过朝鲜小规模移入的（我们还可以得知，随着时间的推移，移民中有人在原居住地或者在移民过程中受到青铜文化和铁文化的影响）。几乎可以确认上述影响主要来自中国人，而且可以确定是来自越来越多的汉朝鼎盛时期的中国人。乌拉尔-阿尔泰元素在日本人种族特性中的显著程度是难以估计的，因为这与他们承袭的物质文化不同。早期传奇故事中披露的以及现在我们观察到的他们的许多特性、许多思想和行为与中国人很不相同。尽管他们在知识甚至精神上接连受到汉朝、唐朝、宋朝和明朝的影响。学习日本历史的学生都会对这一特征留有印象。这种外来文化的威力和声望看似可以征服并改变日本，但是总有一个坚固的、无法被同化的、核心的个性，它抵挡并反过来作用于外来影响。有趣的是对这种独特的个性的来源进行推测，无疑要从种族混合的一些特殊元素中寻找。在日本生活的他国人都会感觉到他们的性情中有热情的南方的元素。的确，考古证据指向与北方的密切联系，但是不能忽视心理印象。某些风俗特性，尤其是语言、居住和饮食的特性，也可以予以佐证。这些加上本土的神话，即便它们无法提供有效的证据，所提供的资料与任何一种假定日本人独有北方血统的理论也都不一致。
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传奇故事中有一些证据，只有少数在历史中有记载，可以将考古发现勾勒的日本文明的图景补充完整。早期中国的记载[3]，尽管在阅读时需要恭敬地加以质疑，却给我们提供了一些有意思的细节。第一次对日本的真正提及可能是《山海经》中的一个篇章，里面提到倭隶属于燕国。倭人就是日本人，或者至少是在约公元前265年以前居住在日本的一些人。中国人用来表达倭的象形文字形似矮人，因此公元前3世纪日本人和中国人之间可能有某种关系（不一定是隶属关系），并且中国人眼中的日本人是身材矮小的一类人。《山海经》中的记述和燕国统治者铸造的钱币在朝鲜南部和北部的坟墓中出现，可以证明燕国和朝鲜之间有往来。在日本没有发现这类钱币，但是在琉球群岛发现了。因此，公元前3世纪上半叶中国人和日本人直接接触的证据不是微不足道的，只是不够确凿。
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甚至在公元前3世纪下半叶，我们只有传说可以证明中国人远涉日本。中国北方处于混乱状态的时候，秦、赵、燕三国为了在保护自己的同时对战中国人熟知的好战的游牧民族—匈奴，修缮了岩壁和城墙，后来（公元前214年）连接成了长城。作为防卫措施之一，燕国统治者进入并占有了现在的中国东北北部和朝鲜半岛北部，据说正是在这战乱年代，难民和移民才开始离开中国来到这些地区。
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