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虽然早期神道在本质上是自然崇拜，但它是在官方的帮助下沿着特殊的方向发展的，这一点无须赘述。我们需要对传统的民间信仰与宗教仪式和由统治阶级催生的制度化的宗教进行区分，前者是基于万物有灵论并带有巫术特征的简单仪式，后者是与政治系统密切相连的、系统的、繁复的宗教信仰体系，这样的区分很重要。此外，我们还意识到常见的说法，即将神道描述为一种先祖崇拜，是不严谨且具误导性的。日本奉行的先祖崇拜源自中国的一种祭仪。[4]早期日本人崇拜的对象是自然神祇，而不是自身神格化的先祖。确实贵族会声称自己是所崇拜的神祇的后代，但是把神人格化为先祖和把先祖神格化为神祇是两码事。一个氏族所有成员对氏神（ujgami）乍一看似乎是先祖崇拜，但氏神并不一定是族神，他也可能是地方的守护神。甚至在有些情况下氏神的身份是存有争议的。从我们已发现的实例来看，在中国祭仪传入之前，日本人没有把先祖神格化并当成神祇来崇拜。日本人对已逝天皇的崇拜是特例，即便假设这种崇拜在引入中国王权理论之前就有，不过目前还没有证据可以支撑这一假设，因为帝王在生前就具有神性。
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神篱，被围起来的神木，一种原始的神坛
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为了完善前文对宗教信仰和宗教仪式的叙述，我们有必要简短地介绍一下人们是在何处、如何崇拜诸神的。在万物有灵信仰的早期阶段，人们就在树木、岩石和泉水边进行祭拜，并对太阳行鞠躬礼。随后，人们似乎是在用插在地上的常青树枝条圈起来的神篱中举行祭礼。再后来，人们用玉、镜等器物来象征神，接着人们需要建造神社来供奉神祇。用来形容神社的词“御屋”（miya，ya是“屋”，mi是尊称）与形容部落首领居所的词相同，我们可以看到神社和居所的样式连续几个世纪都是相同的。与佛教高大的建筑相比，神道教神社的特点在于其简洁的结构和装饰。每隔二十年都会拆掉仿建的伊势的各个神社最能体现日本最古老、最简洁的样式，这些建筑基本上是一些不切实际的茅草为顶的木棚。出云的神社虽然大一些，略微精致一些，但是在设计上仍旧比较简单。古代并没有要求一个集团的成员共同参拜的规定，所以神社只要能容纳神坛、神官和其他神职人员即可。个人参拜时不用进入神社，只需要站在外面行鞠躬礼、许愿。目前我们尚不清楚8世纪以前有多少神社，不过到公元737年的时候官方认可的神社已经超过3000个，其中1/4的神社是由政府出资维护的。
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古代日本的居所样式（据推测）
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参拜由行鞠躬礼、摆供品、许愿组成。起初供品主要是食物和酒，后来又增加了布条，最后开始使用象征性的供品，用白纸条代替布条，系在木杖上，再把木杆放到神坛上。一个有趣的变化是，这些象征性的供品即御币（gohei）逐渐被神圣化，甚至被视为神祇的化身，人们以为神祇有时会神秘地降临到御币上。就这样，随着时间的推移，御币变成人们崇拜的对象，神官会把御币拿给虔诚的人放在他们家中的神坛上；而直到今天系在草绳上的剪成规定形状的纸条依旧会赋予所悬挂的地方以特殊的神圣性。
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伊势山田神社主殿草图
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在崇拜之前洁净自身是很重要的，参拜者可以通过驱邪/祓（harai）、净化/禊（misogi）和斋戒/忌来洁净自身。驱邪由神官来进行，以去除因罪行而致的污秽。驱邪仪式基本上由参拜者摆上罚金作为奉纳，然后神官在待洁净的人面前挥舞形似刷子的木杖并念颂祓词。索要罚金让祓有了一定的惩罚意味。
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御币/币束。纸条，象征用桑白皮制成的布条
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幣。净仪用的木杖、纸条和麻布条
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我们目前还不清楚这种驱邪仪式是何时形成的，但是5世纪早期的记载表明祓是一种公认的对世俗罪行和宗教过犯的惩罚。因此，405年，当马车夫集团的首领将隶属于神社的几位农民为己所用时，这位首领被迫接受净化仪式，尽管他的行为既是世俗罪行又是宗教罪行。469年，一位年轻的贵族诱使一位宫女做了不道德的事，被迫拿出八匹马和八把剑来洗净自己的罪。顽固不化的他扬言即便失去八匹马，这场冒险也是值得的，于是天皇没收了他的所有财产。我们会看到，随着行政体系的不断成熟，世俗罪行和宗教罪行之间有了清晰的区分，祓和与之相关的罚金也仅适用于某些打破寺院法规的罪行。
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禊是一种净化仪式，是为了驱除与不洁的东西，如土、死亡、疾病接触而致的偶然的污秽。净化仪式可以通过洗礼或者洒水、撒盐达到效果。现今常见的一些仪式有的是这种古老风俗的残留，有的甚至是它的延续。现在每座寺庙或神社的院中都有一个手水舍，参拜者在参拜之前可以在这里洗手、漱口。即便在极为简陋的房屋中，厕所外也会有一个用于洗手的水池和勺子，这里的洗手非常随意，可以说是象征性的。日本人喜爱热水浴，虽然这是一种出于愉悦和健康保留下来的习惯，但是这种习惯无疑得益于日本人旧时对洁净的信仰。为了洁净，人们会在房屋入口处、水井边或角斗场四至放一小堆盐，葬礼结束后人们也会在地上撒盐。神社的供品中也总是有几小碟盐。
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第三种或许也是最有趣的一种洁净仪式是忌或者斋戒。驱邪和净化通过去除不洁获得洁净，而斋戒则是通过避开污染源获得绝对的洁净，因此进行必要的苦行是神官而不是普通百姓的职责，其中首要的就是遵守某些禁律。他们必须远离疾病、死亡和哀悼；他们只能食用某些食物，并且这些食物的准备只能使用“纯净的”火；他们只能穿经过特别净化的衣服；他们必须待在室内，远离喧嚣、歌舞。此外，还必须格外注意保持圣殿、供品和神具的洁净。似乎从很早开始，参拜者必须把个人奉纳投入拜殿前的赛钱箱中，同时行参拜礼，如鞠躬、拍掌、双手合十。奇怪的是，在日本，跪坐和拜俯是常见的社交礼仪，但是人们不常在拜殿前中跪坐，也不会俯身参拜。参拜者似乎很少有个人的、独特的祷词，他们的祷词大多是某些简单的祷文。编纂于10世纪初的一部汇编（a book of Institutes）中列举、记录了很多正式的祷文。一些学者认为这些祷文高度准确地保存了古代向神祇祈祷的形式和内容，但很有可能的是，这些祷文的出现最早也不会早于7世纪；而且，当人们开始用文字记录这些祷文的时候，急于赋予这些祷文以文采的抄书匠一定进行了相当多的改动。在笔者看来，这些祷文有太多苦心构思的痕迹，不可能是从一个文字书写尚没有在日本普及的时期经过口传保留下来的原祷文。不过，这些祷文可能含有某些古老的元素，因此值得摘录几段以体现这些祷文的风格和主旨。以下是笔者摘录的由阿斯顿翻译的净化仪式上念诵的祷文。
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愿从尊贵的神子的宫廷到其疆域最遥远的地方再无未被荡涤的罪孽，愿所有的罪行都被彻底洁净，像风神吐气吹散天上的层云；像早晚的微风吹散清早和夜晚的水汽；像停泊在港湾的巨船抛开船尾的锚驶向辽阔的海洋；像火铸的锋锐的镰刀砍倒、清除远处茂密的枯枝。愿居于从高山一路奔流到低山的湍急水流中的濑织津姬（Seori-tsu-hime）洁净污秽、荡涤罪孽，将这些污秽和罪孽带至广袤的海蚀平原；愿居于各路海潮涨落之河口、海口的速秋津日子神（Haya-akitsu-hime）吞下这些罪孽和污秽；愿居于气吹户的气吹户主神（Ibukido Nushi，即气吹户主）将这些罪孽和污秽吹到底之国；愿居于底之国的速佐须良比卖神（Hayasasura Hime）清除这些罪孽和污秽。
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阿斯顿的语言有一定的难度，但是译文有删节和修饰，这让表达不甚明确的原文更好懂。冗述是祷文的一个主要特征，就像“汹涌的海潮有众多涨落路径，有众多涨落路径的海潮又有众多入海口”。从日语祷文的一些字词的读音中我们可以感受到其韵律，如Aro-shio no shio no yaoji no yashioji no shio no yaoai.
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其余仪式的文学价值不大，但其中也有生动、有趣的片段，比如下面这段祈祷丰收的祷文中向天照大神禀告的内容：
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我谦卑地禀告居于伊势的天照大御神，因为大御神将高天原之下、苇原中国之内的地方，将她目光所及的地方，将蓝色云朵消散、白色云朵停歇的地方赐给了他[5]；在蔚蓝大海上，船首要极尽可能地航行，它的桅杆和桨都不能变干；在陆地上，驮着用绳子捆紧的行李的马匹要极尽可能地远行，行走在由长路的尽头延伸而去的岩石堆和树丛中，不断扩宽狭窄的区域，不停地踏平陡峭的地方，用一条条绳子组成网络加以覆盖，将遥远的地区联系起来[6]。这样一来，天照大御神的所居之所才会堆满像山一样的初果，剩余的供人安静地享用。
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还有这段摘自皇宫的祝词，是统治者在接到上天授权的时候要念诵的，而这段祝词是要在祷文之后念的，如下：
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