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他抗议说，尽管两国商定每年只应有两艘日本船只到访朝鲜，但是来朝鲜的日本船只远超两艘，倭寇掠夺海岸的城镇和乡村。有趣的是，尽管日本人在与他国朝廷的关系上极其敏感，很容易因他们认为不敬的言语而发怒，但是镰仓幕府承认有错的是自己的臣民。这些抢掠是镰仓幕府位于西日本的家臣擅自的行动，他们遭到责备并被责令返还抢夺的物品，主要包括谷物和兽皮。这种状况断断续续地持续了一个多世纪，日本和高丽之间始终有发生战争的危险。战争之所以能够避免，是因为镰仓幕府非常关注国内问题，再加上经济困顿，不能冒险发动海外战争。而这时日本又有了另一个充分的理由不与高丽争斗，因为1263年蒙古帝国可汗忽必烈成为全中国的皇帝以及很多与中国接壤国家的宗主。就像吉本（Gibbon）描述的那样，这些“周围的国家因忽必烈的武力征服或威吓而沦为不同程度上的朝贡国和附庸国”。高丽变成了蒙古帝国的一个易于控制的附庸国，忽必烈将自己的一个女儿嫁给高丽国王为妻。这里继续引用吉本的描述，他说：“忽必烈无穷的野心促使他立志征服日本；他的船队两次遭遇海难；这场无果的征战让10万名蒙古士兵和汉族士兵丧生。”这些入侵的故事，虽然有一些模糊不清，但是充满了趣味和令人兴奋之处，不过这里我们必须满足于对这些事件的最为简短的概述。1268年，忽必烈派一名使臣到日本，携带一封“大蒙古国可汗”写给“日本天皇”的信。这封信被交给了位于九州的大宰府的幕府代理人，然后又被火速带至镰仓。信中提议日本应与中国友好往来，并且信末指出，如果国与国之间不能和谐共处，战争就会接踵而至。继这封威胁信之后，忽必烈连续五年发出其他恐吓信件。京都担惊受怕，而镰仓幕府虽然意识到了危险，却没有答复来使，而是把他们遣回了其主人那里。最后，1274年11月，经过一年多的准备，一支蒙古军队从朝鲜半岛启程，乘坐高丽水手掌舵的船只抵达日本。至于这支舰队的规模以及所载人数，日本权威专家持不同的看法，不过一组可信的数据显示，该舰队有450艘船，15000名蒙古士兵以及15000名高丽水手和雇佣兵。他们毫不费力地占领了对马岛和壹岐岛，在那里一小队驻防士兵英勇奋战到最后一人。当地住民遭到残酷对待。这支舰队然后启程前往九州，并在日本的箱崎（Hakozaki）湾海岸的不同地点登陆。一开始日本人犯了轻视敌人的错误。他们十分轻视朝鲜人，认为在自己锋利的剑下他们不过是唾手可得的猎物。但是蒙古人不仅勇猛，而且善于作战，其领导者有长期指挥大批士兵的经验，他们不仅有射程达240码的致命的弩箭，还有可以发射重型投射物的机械。而日本人则处于劣势，因为他们过去常常以松散阵形作战或者压根没有阵形。此外，他们被元朝的火器吓了一跳，这种火器似乎是由某种可以发射易燃性投射物的设备组成的。然而，凭着十足的勇气，他们可以与世界上任何一支军队匹敌，当与敌人短兵相接的时候，即便最敏捷熟练的敌人也无法阻挡他们吓人的利剑。首先与蒙古人交手的是九州的地方首领、庄园主或总管。他们知道大军就在路上，镰仓和西日本所有能被召集的人都被召集起来，但是他们没有坐等大军，而是立即进攻。他们损伤惨重，但是一直战斗到傍晚，然后退回自己的工事等待援军。这些援军并没有派上用场，因为夜幕降临之前入侵者就已经决定退回船上。他们可能会在第二天再次进攻，但是风暴临近，他们也遭到了严重的损失，觉得回到船上更安全。当晚风暴来袭，到黎明的时候，整个舰队都被吹到了海上，也有可能是他们为了安全逃到了海上。在这次逃离中，他们损失了很多船只，回到朝鲜半岛的时候他们发现这次远征损失了13500多人。与此同时，镰仓幕府令西日本所有辖区的治安官征集反抗入侵者的军队。幕府给丰后（Bungo）国（丰后国位于九州中部）世袭治安官的信件内容如下：
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京都贵族的侍者即白丁（Hakuchō），取自镰仓时代的一幅绘卷
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蒙古入侵日本路线
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致大友兵库头入道（Ōtomo Hyōgo no Kami Nyūdō）[2]
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蒙古人已经袭击了壹岐和对马，战斗即将来临。因此，要派出一支军队。而且，你要向九大令制国的所有土地所有者宣告，对那些战时服役表现优良的论功行赏，即便他们不是将军的御家人。
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文永十一年（Bunyei）第十一个月第一日（1274年11月30日）
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如上为将军所令。
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武藏守（即北条义政）之印
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相模守（即北条时宗）之印
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在这封信还没写的时候，蒙古人就已经撤退到海峡对岸的朝鲜半岛；但是幕府对忽必烈的野心有足够的了解，料想他还会再次尝试。果不其然，几个月之后他派使臣召唤日本天皇到他位于大都的新宫里宣誓效忠。对日本人而言，没有什么比这种无礼的言语更令人愤怒的了，这个使团中的六位使者被护送到镰仓，还没到京都就被斩首示众，以示反抗。似乎当时幕府一度甚至考虑征战海外，“去惩罚海外的强盗”。他们指示西日本沿海令制国的官员召集舵手和水手，准备来年（1276年）春天对“海外的一个国家”发动进攻，并且做好在命令下发后被派驻到博多的准备。兴许他们的计划是在听闻高丽王组建舰队之后立即袭击高丽的港口，先发制人，因为他们知道忽必烈要靠高丽王运输人马。据高丽的文献记载，日本船只的确于1280年袭击了朝鲜半岛海岸，或许它们是在1276年发动的袭击，但是确切日期我们无从得知。与此同时，幕府加紧推进防御措施。它令九州地主在箱崎湾的海岸建造石头矮墙。这项工程计划在6个月内完工，每个氏族首领负责建造矮墙，有1畈地（约1/3英亩）就要建造1英寸的矮墙。矮墙的建造耗时5年。在这期间，忽必烈忙于征战中国南方、推翻宋朝。直到1280年他才再次关注日本。他又派了一个使团，邀请或者说要求日本与蒙古帝国往来，换句话说，他邀请或者说要求日本屈从于他，做附属国。幕府砍掉了他的使臣的脑袋，继续推进备战工作。幕府非常了解大陆的事务，因为商船和求学的僧侣继续往返于日本和中国之间。就此而言，忽必烈的意图非常明显，因为他最后一次遣使是最后通牒。
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大体来看，封建家臣欣然响应幕府的呼召。很多总管和其他御家人出于自己的考虑在被呼召之前就自告奋勇。据说他们当中有一个人因为错过了第一次进攻而懊恼，他发誓如果10年之内蒙古人不来，他就要跨过海峡去找他们算账。其他人也以书面形式更加冷静但同样真诚地向其领主提议。1276年，九州豪族的氏族［少二（Shōni）氏、大友（Ōtomo）氏、岛津氏］首领奉命从他们的追随者那里获得一份他们所能提供的人员和物资的清单。这些清单中有一些留存至今，从中摘录的内容会比费时费力整理的大事录更能再现当时的氛围。摘录如下：
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井芹弥次郎藤原秀重（Izeri Yajirō Fujiwara Hideshige），来自肥后（Higo）国的家臣，身兼僧职［法号西光（Saikō）］，恭敬地罗列如下：
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土地、人、马、弓、箭以及武器。
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稻田
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这一栏是一份详细的存目，明确说明了那些他享有权利、负有义务的庄园，其中没有产权负担的剩余土地约有40英亩
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西光，时年85岁，不良于行。长秀（Nagahide），西光的儿子，时年65岁。拥有弓、箭、武器。
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蒙古入侵，1274～1281年。图中描绘的是在盾牌之后的蒙古士兵。源自同时代的一幅日本绘卷
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人、弓、箭、武器、马
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常秀（Tsunehide），西光的儿子，时年38岁。拥有弓、箭、武器、盔甲和一匹马。
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松次郎（Matsujirō），西光的男性亲属，时年19岁。拥有弓、箭和两名侍从。
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