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明代，中央政府不但继续推行土司制度，而且使土司制度趋于完善。这个过程从明朝初年就已开始，到明中叶，四川地区已有土司五十七个。这些土司，多设在彝族聚居区、藏族聚居区和羌族聚居区。如在彝族地区的建州（今四川德昌）、威龙（今四川德昌境）、普济（今四川米易境）等地设有长官司；在藏族聚居的今阿坝州地区设有五个安抚司、十六个长官司，康定地区有明正土司；在羌族聚居的岷江上游地区设有五个长官司等。土司制度的普遍推行，迈开了把少数民族地区纳入中央集权的郡县制轨道的第一步。
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及至清代，土司制度的弊端已暴露得越来越充分。首先是土司制度下，土司实际上仍是一方之长，它的发展日益与中央王朝高度集权的专制主义政治体制发生冲突；其次是土司在其管辖地区为所欲为，严重干扰了封建统一王朝的政治秩序和社会安宁，并引起阶级矛盾尖锐化，使土司制度本身发生动摇。在这种形势下，改变土司制度已经是势有必致。清王朝在四川的改土归流（即变土官为流官，变土司为郡县）始于雍正初期，经过剧烈的大规模的武力征讨和政治攻势，到乾隆时期，在重要地区基本上完成并巩固了改土归流这一重大变革。不过，这一过程直到清末仍在继续进行。
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四、巴蜀文化的重要成就
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巴蜀文化以其卓越的成就，为中国文明做出了杰出贡献，其中一些重要成就还走出国门，产生了世界级影响。
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（一）古蜀文明
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技术文明、艺术文明、中外古文明交流互鉴，是古蜀文明的三面旗帜。三星堆文化独步天下的青铜合金及青铜器制作技术，凸显其独创的技术文明，在若干方面处于商代冶金工业的先进行列。而三星堆文化独特的青铜雕像艺术，更是在商代中国范围内绝无仅有，具有极高的历史、科学和艺术价值，堪称旷世珍品。三星堆青铜雕像、金面罩和金杖等文化形式，以及大批海贝和象牙，则是中外古文明交流互鉴的重要成果，证实三星堆古蜀文明是中国最早的世界文明窗口之一。
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（二）巴蜀教育
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巴蜀教育以其四个亮点闻名于世。
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1.文翁兴学
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汉景帝、武帝年间，文翁在蜀兴学，蜀地风气为之大变，史书称誉说：“蜀地学于京师者比齐、鲁焉。”文翁在蜀兴办学校，开全国地方官办学校的风气之先。到汉武帝时，朝廷在全国推广文翁的做法，下令天下各郡国建立官办学校。
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2.蜀石经
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后蜀时期刊刻的石经，用石数千块，先后刻成《孝经》《论语》《尔雅》《毛诗》《礼记》《仪礼》《周易》《尚书》《周礼》《左传》，立于益州州学（文翁石室故址），史称“孟蜀石经”。石经不但镌刻经文，而且用双行小字镌刻注文，比之汉、魏、唐石经，内容要丰富得多，价值也要大得多。至北宋，又补刻《春秋经传集解》《公羊传》《榖梁传》《古文尚书》《孟子》等“五经”，以及《石经考异》，同样置于石室旧址。这样，石室内的石经共有15部，统称为“蜀石经”。这是我国古代规模最大和唯一有注文的儒家经典石经，对于经学的保存、传播和弘扬，起到重要作用。
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3.宋代书院
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宋代四川的书院有了很大发展，盛极一时。四川各个书院中，鹤山书院是最负盛名者之一，由著名理学家蒲江人魏了翁在蒲江城北大鹤山创办，“开门授徒，士争负笈从之，由是蜀人尽知义理之学”，宋理宗钦赐御书“鹤山书院”四个大字，以表其功。宋代巴蜀学者张栻、魏了翁等到湖南讲学，对开创湖湘学派起到了重要作用。
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4.高等教育
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光绪二十八年（1902年），尊经书院与锦江书院合并为四川省城高等学堂，这是四川高等教育的起点，也是后来四川大学的前身。高等学堂除学习中国传统文化典籍外，还学习声光电化格致之学，开始了由书院向新学的转化。
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20世纪初，英、法、美等国传教士也在四川各地开办教会学校，授以西语、宗教、科技等。宣统二年（1910年），由美国等国传教士创办的华西协合大学在成都华西坝成立。
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（三）哲学思想
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1.汉代儒学和道学
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扬雄的哲学代表作是《太玄》。他认为“玄”是一种超自然、超感觉的变幻莫测的存在，是天道、地道、人道三道的合一，由于“玄”的运动，才产生了自然和社会，因此“玄”既是宇宙的本体，又是万物的原动力。扬雄的哲学思想，在中国古代思想史上占有重要地位。
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汉代成都人严君平著有《老子注》两卷，《老子指归》十四卷，后者被称为“道书之宗”。严君平是将老子之道与方术结合起来的第一人，对道家的发展和巴蜀道教的形成产生了很大影响。
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2.宋代理学
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宋代经学发达，在前代研究的基础上发展成为一种新儒学，即理学。四川涌现出不少理学大师，撰写了大量理学著作，影响所及，遍于全国，在中国哲学史上占有相当地位。四川理学家的代表人物主要有张行成、张栻、魏了翁等人，而陈抟则堪称其先驱。
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3.明清之际反道统、反专制哲学思想
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在明末清初社会的急剧变动中，全国知识界形成了一股批判现实社会的强劲学术思潮，产生了一大批思想家。清初思想家以顾炎武、黄宗羲、王夫之为代表，在四川则有费密和唐甄。
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