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土司制度自元朝开始，明朝继续，清代仍实行了一段时间。在实行土司制度初期，土司制度的优点迅速显现，加强了中央王朝对少数民族地区的统治，有利于维护国家统一，少数民族地区社会稳定，经济发展。
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但是，随着土司制度的长期实行，其制度固有的弊端逐渐积累，在明朝中期以后就越发明显地表现出来，甚至越来越严重，达到积重难返的地步。土司制度的弊端，最突出的有三条：一是土司势力越来越大，割据一方，无视朝廷，甚至对抗朝廷，使得朝廷无法进行有效统治；二是诸多土司之间，为了各自的利益而常年征战，造成地方局部战乱不断；三是土司独霸一方，形成相对封闭的地域，在区域内生杀予夺，肆意妄为，并且阻止了外地人迁入，使得区域经济发展迟缓，长期处于落后状态。
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越来越突出的弊端促使明廷加强对土司的管理，规范其行为，然而，收效不大。于是，明廷开始改土归流。到明朝中后期，全国的改土归流逐渐达到一定规模，不过，明廷在是否在全国都进行改土归流方面有分歧，一些官员，尤其是西南地区的官员认为土司制有必要存在，只是要将势力过大的土司改掉，要多分割土地，建立众多土司，使其势力不可能过大，即实行分而治之的策略。加之明末吏治腐败，农民起义席卷大半个中国，朝廷疲于应付，因此，明代的改土归流很有限。大规模的改土归流还是在清朝雍正朝前期完成的。
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四川简史 [:1706652251]
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三、推行屯田制
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宋末元初、元末明初，长期战乱造成大量土地荒芜，粮食供应严重不足。为解决军队的给养问题，元明两朝都积极推行屯田制度，就地发展生产，提供军需。
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屯田制是国家强制士兵或农民耕种国有土地，国家征收一定数额的田租。政府为了推行屯田制，提高屯田的经济效益，常给予优惠政策和扶持措施。
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屯田的主要形式包括军屯和民屯，还有少量商屯。军屯由驻军机构管理，军士耕种，官府提供耕牛和农具，头几年免缴租税，并且建有严格的考核制度，主要是为了解决军队粮饷供应之需。
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民屯由政府行政机构管理，由政府组织农民，开垦“无主”土地、荒山，交纳田租，政府也常提供优惠政策和援助。
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商屯是明朝的一种屯田形式，主要是承担将内地粮食运输到边疆驻军的任务。商屯由朝廷户部负责，起先是户部鼓励商人运送粮食到边疆驻军，允许这些商人贩卖一些盐以谋利（发盐引——贩盐凭证）。后来，有商人直接在边境开荒种地，设立屯田，就地交粮，省去运费。
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元明两朝，中国处于大一统的时代，无论是元朝主张立定边疆并向外拓展，还是明朝采取“守在四夷”的方针，边疆都需要大量的驻军。因此，屯田制貌似为经济活动，其实有着明显而强烈的政治性，尤其是军屯和商屯。
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在元朝，蒙元大军南下进占四川地区后，便开始推行屯田制度。自元中统三年（1262年）在利州军屯，随后在夔州、保宁、西川、潼川等地大规模推行屯田，当时主要集中在交通要道又有荒地沃土可以开荒耕种的地方。1270年设立了“置西蜀四川屯田经略司”，专门管理四川屯田之事。元朝平定四川以后，更加大力度推行屯田制。元朝政府为了鼓励军士积极屯田，常在资金、农具、税收等方面提供优厚的条件。如1284年，元廷发给西川蒙古军钞以及铠杖等农具，耕种遂宁沿江荒地，规定，开垦四顷以下的免缴地税，并且投入大量军人屯田。如1285年，调四川镇守军万人，在成都屯田。
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元代四川军民屯田情况表
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元代，四川行省军民屯田户数在全国排名为民屯第三名，军屯占全国总屯田户数的38.1%，居第八名。
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明代实行军卫制度，以卫所为单位开展军屯，明朝政府对屯田给予了很优越的条件，提供耕牛、农具等。在明朝军卫制度较为健全的时期，军屯建设得到很大发展，边远地区逐渐得到了开发。如在今凉山地区，卫军多达5800余名，兴建军屯后，建昌（今四川西昌）、会川（今四川会理）两卫能够自给，盐井（今四川盐源）、宁蕃（今四川冕宁）、越嶲三卫还需要朝廷调拨部分粮食。
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四川简史 [:1706652252]
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四、明玉珍与大夏政权
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元朝实行民族不平等的制度，民族压迫，阶级矛盾突出。1351年，安徽爆发了红巾军农民起义，起义军领导人为韩山童、刘福通、徐寿辉等，因起义军头裹红巾而得名。起义逐渐波及全国。
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红巾军不是一支统一的军队，而是分为若干支系。东系由韩山童、刘福通领导，西系由徐寿辉、彭莹玉领导。1357年，红巾军首领徐寿辉的部将明玉珍奉命西征，从川东攻入四川，打败元军守将，进入重庆。明玉珍便被徐寿辉任命为陇蜀四川行省参政。其后，明玉珍率军再向川西进发，转战乐山、成都等地，屡败元兵。此时的元廷，矛盾重重，内外交困，根本无力维护统治。明玉珍军队所到之处，各州县望风而降，于是，明玉珍尽得四川之地。之后，又以武力扫除元朝残兵。
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但是，红巾军内部矛盾也很尖锐，1360年春，徐寿辉的部下陈友谅杀害了徐寿辉，自称汉帝。并且，陈友谅下令明玉珍率兵出川，协助自己去攻打另一支由朱元璋领导的农民起义军。明玉珍拒不执行，还断绝了与陈友谅的联系。明玉珍说：“陈友谅都能称帝，我又有何不可？”在做好了准备后，1363年正月，明玉珍在重庆自立为帝，国号大夏。
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大夏政权仿周朝的行政制度，设立六卿，任命百官，后又仿元朝的行政制度，将四川分为八道，下设府、州、县。设置翰林院，以科举取进士。宗教上放弃佛教和道教，专奉弥勒。财政赋税较低，十取其一，免除农家劳役之征，得到了四川百姓的拥护。
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1366年，明玉珍病死，他的儿子明昇继位，年仅10岁，由皇太后彭氏垂帘听政，功臣宿将争权夺利，甚至相互厮杀，统治集团陷入混乱和分裂。
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1368年，朱元璋在南京登基，开创了明朝。次年，朱元璋派遣使臣招谕明昇，明昇不从。不久，朱元璋又提出借道四川攻取云南，又遭到明昇的拒绝。1371年，朱元璋派遣大军进攻四川，兵分两路：一路率舟船，由瞿塘峡进攻重庆；一路为步骑兵，从川北向成都平原进攻。起初，明昇还坐据重庆，试图抵抗。大夏军队在瞿塘峡据险而守，以铁索横断峡口，架设飞桥连接两岸，安置炮石以攻打明军。但大夏军队的抵抗很快就瓦解了，明朝从北路进攻的军队，轻取大夏军，从甘肃东南进入绵州，一路长驱直入，直抵汉州（今四川广汉）、成都；从东路瞿塘峡进攻的明军，也在受到一段时间的阻击之后，攻下大夏军把守的瞿塘峡，取夔州，逼重庆。在大势已去的情况下，明昇奉表投降，存在了9年的割据政权大夏灭亡。
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大夏政权虽然是被明朝灭亡的，但实际上，大夏统治集团内部的混乱和争斗，早已敲响了灭亡的丧钟。少帝无能，大臣专权，争权夺利，将士离心，内部分裂，灭亡是不可避免的。
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