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元明时期，有大量回民迁居四川，随之而来的是伊斯兰教在四川的传播。其中，以成都、绵阳、凉山及阿坝地区回族穆斯林人数最多，聚集在清真寺周围居住。
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（四）天主教
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明代末期，天主教开始传入四川。崇祯十五年（1642年），意大利人利类思、葡萄牙人安文思先后入川，传播天主教教义，介绍西方天文、地理、文学、历史及西医、西药知识。他们的传教得到了地方官的支持，于是影响迅速扩大。四川的保宁、重庆及其所属州、县也纷纷设立教堂。明末张献忠农民起义军建立大西政权后，曾优抚天主教，赐利类思、安文思二教士“天学国师”的称号，并命其制造天球仪、地球仪及日晷。
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四川简史 第六章 清代的四川
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第一节 导言
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明末清初的大规模战争，导致四川社会秩序的崩溃与人口的迅速消亡，社会经济遭受了毁灭性的破坏，成都平原及其周边成为野兽出没的榛莽之域。战乱之后，清朝政府长期实行并鼓励移民政策，湖广、江西、陕西、广东等地的移民进入四川，重新拓殖荒芜的土地。清代四川社会的总体格局较为安定，虽偶有川陕白莲教武装起义，但并未波及整个四川，四川社会经济得以休养生息，逐渐发展。伴随着对土地的重新开发，清代中期以来，以农业为基础的四川经济逐渐恢复并开始繁荣，产生了众多聚族而居的世家。原产于海外的红薯、玉米等高产耐旱农作物的广泛种植，使得四川山区土地得到开垦，也为四川人口的增长做出了贡献。在此基础之上，盐业、茶业、金融、商贸等领域也得到进一步发展，沿着腹地河网各处形成了众多商业性的集镇。
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大规模移民伴随着社会经济逐渐恢复的同时，也促成了各地移民文化的交流融合，近代四川方言、川剧等文化在大融合中逐渐形成。到清代晚期，近代四川方言、川剧、川菜等最具有地方特色的文化元素最终定型，这意味着自清初大规模移民以来，经过长期交融，最终产生了具有共同文化心理结构与身份认同的群体，也意味着近代四川文化进入成熟阶段。
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清代统治者对四川土司的政策，一方面，继承了明代以来的基本制度，主要以安抚利用为主，授予土司文官、武职的印信、封号，实行“因俗而治”，即由少数民族土司根据其本民族习俗传统进行自治。另一方面，清政府对土司又实行防范、分化的政策，最终通过改土归流消灭了土司制度。清政府利用土司之间的矛盾使其互相牵制，并进一步分封新的土司，将原有土司领地分割为多个小土司，削弱其力量。对敢于反抗清朝的土司，则实行严厉镇压，如平定甘孜州瞻对以及大小金川战役。从雍正初期以来，清政府对四川土司进行了三次规模较大的改土归流，雍正时期在西昌、天全、酉阳等地设置州县，乾隆时期在石柱、大小金川改土归流，晚清赵尔丰则在巴塘、理塘、德格等地大力推行改土归流，为日后西康省的建立提供了条件。四川的土司制度，在清代发生了巨大变革，改土归流的实施，有利于民族的融合与社会经济的发展。
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清代四川的文化发展较为低迷，但仍然涌现出不少著名的思想家和学者，其中包括反理学的费密、反君主专制的唐甄、研究经学并作《槐轩全书》的刘沅，以及清末今文经学大师廖平等。随着经济发展，四川至近代也产生了新式学校。府州县学、书院的开办，为岁考、乡试的参加者提供了教育平台，使其可通过获取功名跻身低级士绅的行列，并获取赴京会试考取进士的资格。府州县学、书院等多有学田，大多靠士绅捐赠。此外，清代在乡村设有专职的乡学义塾，面向农村提供教育，并向府州县学输送生童。除官办乡学之外，四川民间还有各类私塾，或为家族专门为子弟建立的私塾，或面向一般平民的类型，著名的双流刘沅就曾开设私塾，共教育学子达上千人。乾隆以后，四川经济文化呈现恢复趋势，出现了一些科举家族，如丹棱彭家、通江李家各出了3名进士，而罗江李家则出了4名进士。尽管如此，整个清代四川进士人数所占全国比重仍不到全国总数的百分之三，极大地低于吴越、齐鲁、闽粤等地。到了晚清同治时期，张之洞兴办尊经书院，以王闿运担任山长，讲授今文经学，传播新式思想，给封闭保守的四川文化界注入了新的生命力，也培育了大批人才。清末光绪、宣统时期，四川开始出现新式的小学、中学、大学，四川的学术文化开始向近现代迈进。
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四川简史 第二节 清代四川的政治
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一、明清之际战争对四川社会的破坏
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清初四川曾遭受巨大的战争破坏。1644年清兵入关，同年张献忠进入四川，与南明势力之间发生激烈冲突，建立“大西”政权。1646年张献忠顺岷江南下转移财物，遭明朝参将杨展伏击，战败船沉，大量财物沉于江底。2017年，四川省文物考古研究院对彭山江口张献忠沉银遗址进行了发掘，出土了大元帅金印、金册、银锭、戒指、耳环、发簪等上万件文物。戒指、耳环、发簪等民用私人物品的发现，显示了张献忠对民间的掠夺。张献忠撤离成都之前，怀疑自己被四川人出卖，丧失理智，对士绅和民众进行了屠杀。虽然清代大量史料、文献将四川人口大减全部归罪给张献忠，有失公允，但张献忠参与过屠杀、劫掠，并因此丧失人心，也是事实。1646年，清朝任命肃亲王豪格率兵进入四川进攻张献忠，并将其射杀。大西残余势力孙可望、李定国等退守云南，最后联合南明，继续与清朝作战。
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清初清朝势力退守保宁（今四川阆中），南明的巡抚则驻扎在川南彝区边缘的洪雅县一处叫“天生城”的山寨，南北双方互相攻打。1652年南明刘文秀军甚至包围了保宁，但被击败。交战双方多次路过成都，但都不驻守，因为当时成都在战乱之中，已经变成一片虎豹出没的巨大灌木森林，临近各府县也都成为无人区，野兽出没，南明在天生城刻的石碑上，也提到当时“殷富之区，鞠为茂草”。清朝军队在四川同样劫掠屠杀，如1647年清朝将领梁一训撤出成都，就驱赶残留的几千名平民北上，在绵州对他们进行了屠杀。伴随着战乱和屠杀的是瘟疫和饥荒，1646—1647年之间，四川长寿、达州、巴县、盐亭、潼川等地发生大饥荒，甚至导致了人吃人的悲剧；1648年内江一带暴发瘟疫，有文献记载说，雅安一带遍地是尸体和白骨。
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直到顺治末期，清朝巡抚佟凤彩才回到成都进行重建。康熙初期，清朝消灭了四川最后的抗清力量“夔东十三家”，开始从湖广等地移民入川。但这一阶段的移民，规模不大，而且死亡率极高。南充知县黄梦卜报告清朝说，本来招募了新移民506人，但是其中228人被老虎吃掉了，又病死了55人，现存223人。后面又新招募移民74人，其中42人被老虎吃掉，现存32人。当时四川虎豹成灾，瘟疫横行，还无法实现有效的大规模移民。
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1673年，爆发了吴三桂、耿精忠反叛清政府的三藩战争，给疮口未平的四川又增加了新的破坏。1674年，吴三桂的军队从云南攻入四川，占领四川全境，并占据陕西汉中、安康。1678年，吴三桂匆忙称帝，国号为“周”，但在五个月后暴死。他的孙子吴世璠继任皇帝，但在军事上已经逐渐失利，清朝开始反攻。1679年，清军攻入川西北，第二年攻占成都，并设置川陕总督，统一管理川陕两省。1681年，清朝占领全川，进入云南，吴世璠自杀，三藩战争平定。八年的三藩战争，波及全川，进一步给四川的社会经济造成巨大破坏。在战争中，吴军到处抢劫，而清军同样也对四川进行劫掠屠杀，如川南富顺一带一二百里之内，官兵奸淫烧杀，遍地疮痍。多年来的战乱，导致四川原住民的大量死亡，有一定财力的士绅富民，则选择出逃避难，逃到湖广、云贵、江浙等地。如学者费密就逃到陕西，又陪同父亲逃到江苏泰州，《蜀都行》的作者余榀明就逃亡到浙江宁波，老死在当地。人口大量消失，导致四川一片荒凉。
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四川人口的大量消亡，使得四川城市、农田化为森林，虎豹成群。例如张懋尝率领八个人到荣昌县去上任，进城以后居然看不到人的踪迹。到了黄昏，一群老虎突然窜出，其中的五个人当即命丧虎口。营山县人口锐减，老虎增加，能够在大庭广众之下吃人。富顺县断绝人烟，虎豹众多，不分白天黑夜在城外、村庄游荡，见到人就扑上去吃掉。老虎在大白天进入残破的城市，城中只剩下几十家残余人口，每天都有人被老虎吞噬，经过几天之后，整个县城的人全部消亡。天灾伴随着人祸，使得清初四川的社会几乎完全崩溃。
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在平定三藩之后，清朝从1690年开始又鼓励外省移民来川，并放宽土地税收的年限。康熙、雍正、乾隆、嘉庆之间，来自湖广、陕西、广东、福建等地的大批移民分别沿水路、旱路进入四川，重新开垦因多年战乱而荒芜的土地，开辟山林荒地，并兴建水利工程，四川的社会经济迅速恢复并发展起来。根据一些地方县志的记载，这一时期的四川社会粮食丰产，家畜兴旺，赋税轻薄，人口增长。随着人口增长和土地开垦，四川出现了一批强宗大族，在此基础之上文化融合也日渐深入。
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二、从土司制度到改土归流
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清朝继承了明代的土司制度，号称对各少数民族“一视同仁”，尊重他们的本土习俗。雍正就曾说自己对各地土司一视同仁，要求地方官员尽量不要滋扰少数民族。少数民族土司实行世袭制，继承顺序是土司的嫡长子拥有第一继承权，没有嫡长子就让庶子继承，没有庶子就让庶孙继承，没有庶孙就让弟弟或其他家族成员继承。如果土司的妻子或女婿德高望重，也可以获得继承权。但无论是谁继承，都要上报给清朝政府，再颁发印信和号纸，号纸上标注有土司的官职、世系、继位时间等，土司死后其号纸必须上交。
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