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冯汉骥把注重田野调查和实地发掘的风气带入川大历史系。1938年暑期，他只身赴川西北松潘、理县、茂县和汶川等岷江上游藏族、羌族地区，进行民族学和考古学的实地考察，开创了川西高原考古发掘研究之先声。冯汉骥此行获得大量学术资料，并在汶川县雁门乡清理了一座石棺葬，随后撰《岷江上游的石棺葬文化》一文，首次科学报道此类墓葬，开创了川西北高原民族考古的先声。1939年，国民政府教育部组织川康科学考察团，考察康区的藏族聚居区。冯先生担任该团社会科学组组长，遍历康区，搜集民族学资料，着手康区民族的分类研究。
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1942—1943年，冯汉骥主持了成都前蜀王建墓的发掘工作，这是中国首次大规模地下墓室的发掘，并在1962年写成《前蜀王建墓发掘报告》。同时，他还重译了摩尔根的《古代社会》一书，译文准确、畅达，被商务印书馆列入“汉译学术名著”。
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民国时期的四川考古学也在起步，民国早期英国人陶然士就在川西北调查挖掘过石棺葬，采集了古代的陶器、石器和陶片。1938年，考古学家冯汉骥对岷江上游的石棺葬进行过调查，在松潘、理番、茂县、汶川等地进行考察发掘，挖掘出了铜器、海贝、半两钱、铜剑、珠料等古代器物，为古代巴蜀的历史文化重建提供了实证资料，也为后来川大考古学开创了重视田野调查的精神。1942年庄学本在西昌旅行的时候，也发现了大批大石墓，并对川康地区的大石墓进行了考察和研究。
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六、地方志纂修
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从清朝嘉庆时期修成了《四川通志》以后到民国，四川100多年没有修过省志，因此民国初期四川计划修省志，并成立了四川通志局。到1924年杨森主政四川的时候，还聘请了宋育仁担任总裁，并聘请了另外十几名四川的著名学者一起参加，其中最著名的是青年史学家刘咸炘。宋育仁的计划是从官政、食货、礼俗、学校、建置、舆图、艺文、人物等八个方面入手来写，强调要体现四川的地域特征。在省志的《修纂凡例》中提出，要弘扬传统学问，把集会讲学和修纂著述联结为一体，推进文化建设和社会改良。《四川通志》结构模仿《华阳国志》，体例模仿郑樵《通志》。从1926年写到1931年，其间由于杨森被击败，资金欠缺，因此宋育仁必须到处找各路实力派人物凑钱，断断续续才基本完成了《重修四川通志稿》，共有三百多册书稿。但是后来因为战乱和人事方面的变革，这批书稿损毁、遗失较多，一直没能正式出版。
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民国时期四川79个县一共修了84部县志，数量较多，但是质量较为粗糙。这和当时的战乱频繁，人事变革较多，且经费不稳定都有关系。如完成于1920—1923年的《江津县志》就提到，该志是在金戈铁马的氛围里面完成的，非常艰难。有一些县志的编者资料并不丰富，工作积极性也不高，只是为了完成任务而已。尽管如此，民国四川还是涌现出了一些高水平的县志，如宋育仁编修的《富顺县志》、张森楷的《新修合川县志》、吴之英的《名山县志》、向楚的《巴县志》等。这些民国县志在体例、内容、关注点等方面都体现了新时代的特色，如向楚的《巴县志》就在继承了章学诚方志体例的基础之上，适应新时代的问题意识，新设了工业、商业、交通、军警、市政、自治、革命军志等项目，记载了重庆的教案、通商案、租界案等。此外，该县志还具有浓厚的新时代观念，体现了作者向楚对三民主义的认同，对辛亥蜀军革命的歌颂等。
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除此以外，民国时期四川一些县志还有意识地吸收了现代科学技术的成果，在舆图中使用现代技术的绘图，并使用现代摄像技术。大量现代测绘技术的使用，使得县志中的地图、图形更加规范化。经过调查统计后的统计图表开始较多出现，如学龄内青少年在本县的入学比例之类，能更翔实、精确地反映本县的教育状况。随着新时代史学方法的变化，很多县志的关注点也从典章、人物、艺文之类转移向社会经济、民生、实业、教育、军事等方面。传统县志中的仙事、祥瑞等超自然力量逐渐被祛魅，代之以地质、金融、卫生等现代知识领域。
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七、巴蜀文化研究
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民国时期学术界对巴蜀文化的研究，主要从两个方面进行，即广汉真武宫玉石器坑的发现与发掘，成都白马寺坛君庙青铜器的发现与研究。
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1929年（一说1931年）春，四川广汉县城西18里太平场附近真武宫南侧燕氏宅旁发现大批玉石器，其中不少种类在形制上与传世和其他地区出土的同类器型不同，引起有关方面注意。1930年，英籍牧师董宜笃（A.H.Donnithone）函约成都华西协合大学教授戴谦和（D.S.Dye）同往调查，获得一批玉器。戴据此撰《四川古代石器》（Some Ancient Circles，Squares，Angles and Curves in Earth and in Stone in Szechwan），备记其事，并对器物用途等略加探讨，发表于华西协合大学华西边疆研究学会主办的英文杂志《华西边疆研究学会会志》（Journal of the West China Border Research Society）第4卷（1934年）。1932年秋，成都金石名家龚熙台称从燕氏处购得玉器4件，撰《古玉考》一文，发表于《成都东方美术专科学校校刊》创刊号（1935年），认为燕宅旁发现的玉器坑为蜀望帝葬所。1933年（一说1934年），华西协合大学博物馆葛维汉（D.C.Graham）教授及该馆助理馆员林名均应广汉县政府之邀，在燕宅旁开展正式田野考古发掘，颇有收获，由此揭开日后三星堆文化发掘与研究的序幕。
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1934年7月9日，旅居日本并潜心研究甲骨文的郭沫若在给林名均的回信中，表达了他对广汉发掘所取得成果的兴奋心情，并认为广汉出土玉器与华北、华中的发现相似，证明古代西蜀曾与华中、华北有过文化接触。他还进一步从商代甲骨文中的蜀，以及蜀曾参与周人克商等史料出发，认为广汉遗址的时代大约在西周初期。
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1936年，葛维汉将广汉发掘及初步研究成果撰成《汉州发掘初步报告》（A Preliminary Report of the Hanchou Excavation），发表于《华西边疆研究学会会志》第6卷（1936年）。林名均亦撰成《广汉古代遗物之发现及其发掘》一文，发表于《说文月刊》第3卷第7期（1942年）。两文均认为出土玉石器的土坑为墓葬。至于年代，葛维汉认为其最晚年代为西周初年，约公元前1100年；林名均则将广汉文化分为两期，认为文化遗址的年代为新石器时代末期，在殷周以前，坑中所出玉石器则为周代遗物。
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1946年7月，华西协合大学博物馆出版了郑德坤教授的《四川古代文化史》。在这部著作里，郑立专章对“广汉文化”进行讨论研究，他不同意葛维汉、林名均提出的墓葬之说，认为广汉出土玉石器的土坑应为晚周祭山埋玉遗址，其年代约为公元前700—前500年，广汉文化层为四川新石器时代末期遗址，在土坑时代之前，其年代约在公元前1200—前700年之间。广汉发掘尤其是“广汉文化”的提出，表明当时的学者对广汉文化与中原文化有异有同的现象开始寄予关注。不过，由于种种原因，“广汉文化”在当时并没有引起更多学者的特别重视。
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卫聚贤
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20世纪20年代，成都西门北面白马寺坛君庙时有青铜器出土，以兵器为多，形制花纹与中原青铜器有异，流布各地以至海外，被人误为“夏器”。抗战爆发后，学者云集四川，遂对这些异形青铜器产生兴趣。卫聚贤搜集这批资料，写成考释论文，题为《巴蜀文化》，发表于《说文月刊》3卷4期（1941年）和3卷7期“巴蜀文化专号”（1942年）。他在文中将这批兵器分为直刺、横刺、钩击三类，并摹写出器体上的各种纹饰。他认为，春秋以前蜀人有自己的文字，春秋战国时仿中原文字。对于蜀国青铜器的年代，则推断在商末至战国。
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卫文刊布后，在学术界掀起轩然大波。一些知名学者力驳卫说，认为卫文所举青铜器，不是中原兵器，便是伪器。金石甲骨学家商承祚、考古学家郑德坤，均否定卫聚贤的看法。在当时四川地区尚未大力开展科学的考古发掘的情况下，人们大多从古人言，认为巴蜀蛮荒、落后。但据此怀疑巴蜀文化的存在、全盘否定巴蜀青铜器，应是“中原中心论”长期占据学术统治地位的结果。
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在“巴蜀文化”命题提出的前后，学术界还从文献方面对巴蜀古史进行了研究，辑佚钩沉，试图重建巴蜀的古代史。在发表的论著中，所依据的材料主要是西汉扬雄的《蜀王本纪》、东晋常璩的《华阳国志》，以及先秦汉晋时期其他的一些历史文献。这些新著论文，大多限于微观研究，几乎未提出成体系的观点。
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1941年，古史辨大师顾颉刚在四川发表重要论文《古代巴蜀与中原的关系说及其批判》，彻底否定几千年来人们信奉不二的“巴蜀出于黄帝说”，首次提出“巴蜀文化独立发展说”，认为巴蜀融合中原文化是战国以来的事。顾氏的看法，在当时产生了很大影响，堪称为中华人民共和国成立前巴蜀文化与历史研究领域内最具灼见、考论最精的一篇奠基之作，实际上已洞见并提出了中国文明多元起源的问题和巴蜀文化区系的问题。
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考古学方面，冯汉骥等人调查了成都平原的“大石文化”遗迹，认为是新石器时代到周代，即秦灭巴蜀以前的遗迹，部分证实了文献有关记载的可靠性。吴金鼎、凌纯声、马长寿等著名学者也在四川各地进行考古调查，史前遗址屡有发现。郑德坤比较全面地搜集了当时可能看到的四川考古材料，详加排列整理，出版了专著《四川古代文化史》。尽管郑氏并不同意“巴蜀文化”的提法，但这部著作对于研究考古学上的巴蜀文化，却有重要意义，这是他始料不及的。
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巴蜀文化的讨论激发了一大批学者的热情，人们纷纷著文参加讨论，各抒己见。董作宾著《殷代的羌与蜀》一文，断言蜀国在陕南一带，而非传统上所认为的成都。在董之前，唐兰也曾考释了甲骨文中的“巴方”和“蜀”，认为在今四川。陈梦家也承认甲骨文中有“蜀”，指为西南之国。郭沫若亦从此论，但认为甲骨文中的蜀“乃殷西北之敌”。胡厚宣承认甲骨文中有蜀，不过他认为此蜀并非四川的蜀国，而是山东的蜀。童书业则认为巴、蜀原本都是汉水上游之国，春秋战国时才南迁入川。徐中舒在《殷周之际史迹之检讨》中，认为巴、蜀均南土之国，殷末周文王经营南国，巴、蜀从此归附。
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此外，在四川史前文化的调查方面也取得初步成果。1886年，英人巴贝（C.F.Babei）在重庆附近购得磨制石器2枚，西蜀有石器文化遂闻于世。1913年，美国哈佛大学叶长青（J.H.Edgar）在西康采集到打制石器材料。1925—1926年，美国中亚考察队格兰杰（Walter Granger）在万县盐井沟发现1件与更新世动物化石群同期的穿孔石盘。1930年，德国人阿诺尔德·海姆（Arnold Heim）在西康道孚发现2件刮削器。1931年，美国哈佛燕京学社派包戈登（Gordon Bowles）在道孚附近发现多处史前遗址，采集石器数十件。1935年，法国人德日进（Teilhard Decheadin）与中国生物学家杨钟健在万县西约10公里的长江第一阶地上采集到1件新石器时代以前的石器。还有一些学者对巴蜀的物质文化、古史传说、政治史，以及史前文化进行了探讨，对学术界也有较大影响。
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民国时期的巴蜀文化研究有以下特点：第一，大多数研究是对古代文献材料的搜集、整理和辨伪，虽初步开展了考古调查和局部的发掘，并加以排列分类，但这仍然主要是材料的搜集整理工作。然而，以考古材料包括殷墟甲骨文来印证、补充或纠正文献材料，在研究方法上突破了传统考据学的框架，开创了以近代方法论研究巴蜀文化的新风，为后来的研究奠定了基石。第二，提出了巴蜀文化和历史研究的一些基本课题，包括巴蜀的地理位置，巴蜀与中原的关系，考古学上巴蜀遗物的真伪，以及巴蜀史料的纠谬释疑等等。从这些内容可看出，尽管在研究过程中运用了新方法，也提出了一些很有见地、很有水平的新观点，但从整个课题设计看，未能提出超越传统史学体系的新内容。且论者往往仅从微观角度立论，缺乏把握全局的宏观眼光，故常常浅尝辄止，不能深入而广泛地进行研究。第三，这一时期最重要的成果是提出了巴蜀文化的命题，从青铜器的角度与中原文化进行了初步比较，提出了巴蜀有文字的看法。同时，从文献研究的角度透视了巴蜀古史，首次将巴蜀作为无论其历史还是文化都是独立发展起来的古国来加以看待。这些成果，虽然由于资料的限制无法深入，却涉及了当代巴蜀文化研究的几个基本层面，而这几个层面正是今天学术界关于文化与文明史研究的基础所在。当时能够提出这些问题，是难能可贵的。
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