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嘉靖三十五年，围攻福宁州城、秦屿堡、闾峡堡等地。
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嘉靖三十六年，围攻福州省会、连江县城。
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嘉靖三十七年，攻陷福清县城、南安县城、诏安县城，围攻福州省会、泉州府城、罗源县城、长乐县城、惠安县城、同安县城（两次）、铜山水寨、安平城、秦屿堡等地。
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嘉靖三十八年，攻陷福安县城、永春县城、永福县城，围攻福州省会、福宁州城、泉州府城、古田县城、长乐县城、同安县城、漳浦县城、柘洋堡等地。
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嘉靖三十九年，攻陷安溪县城、南靖县城、崇武所城、官沃所城，围攻福州省会、泉州府城、连江县城、平和县城。
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嘉靖四十年，攻陷宁德县城（二次）、镇海卫城，围攻闽清县城、同安县城。
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嘉靖四十一年，攻陷兴化府城、宁德县城、政和县城、寿宁县城、永宁卫城（二次）、悬钟所城、福全所城，围攻漳浦县城、松溪县城。
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嘉靖四十二年，攻陷宁德县城、平海卫城，围攻仙游县城、德化县下涌寨等地。
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如上所示，从嘉靖三十四年至四十二年，福建沿海共有1座府城、11座县城、4座卫城、4座所城先后被倭寇攻陷，另有22座省、府、州、县城及其他城堡先后被围攻。其中有不少城堡曾多次被围或沦陷，如福州省城、同安县城各被围4次，泉州府城被围3次，福宁州城、长乐县城、漳浦县城、秦屿堡各被围2次，宁德县城于三年之内4次沦陷，永宁卫城于一年之内2次沦陷。这些事例表明，在嘉靖年间的倭寇之乱中，福建沿海地区遭受了全面的、反复的侵扰。
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由于倭寇是一伙经济强盗，其攻城略地的目的在于抢劫财物、掠夺人口，因而对社会经济的破坏也是特别严重的。嘉靖四十一年，御史林润在《请恤三府疏》中说：“今遭寇乱之际，历八年于兹矣。死于锋镝者十之二三，被虏掠者十之四五，流离转徙他乡者又不计其数。近又各府疫疠大作，城中尤甚。一坊数十家而丧者五六，一家数十人而死者十七八，甚至有尽绝者。哭声连门，死尸塞野。孤城之外，千里为墟。田野长草莱，市镇生荆棘。昔之一里十图者，今存者一二图耳；昔之一图十甲者，今存者一二甲耳。”[64]林润在此所述为兴化、泉州、漳州三府的受害情景，实际上福州府和福宁州的受害程度也不亚于此。在这场浩劫中，沿海各地的聚居宗族受到了剧烈的冲击，有不少宗族组织一度趋于解体，长期未能恢复正常活动。万历十三年，晋江县施黎受在《修谱遭寇志》中记云：
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嘉靖庚戌，予主祀事，宗戚来与祭者蕃衍难稽，子孙老幼计有八百余人。不意嘉靖戊午倭寇入闽，初犯蚶江，人不安生，瞭望烟火警惧。己未、庚申岁，则屡侵吾地，然犹逃遁边城，性命多获保全。至辛酉岁，倭寇住寨海滨，蟠结不散，九月念九破深沪司，而掳杀过半。壬戌二月初八日，攻陷永宁卫，而举族少遗。呼号挺刃之下，宛转刀剑之间。生者赎命，死者赎尸。尸骸遍野，房屋煨烬。惟祠堂幸留遗址，先世四像俱被毁碎。加以瘟疫饼作，苟能幸脱于剧贼之手者，朝夕相继沦没。……予陷在鳌城，家属十人仅遗其二，亲弟四人仅遗其一，童仆数十曾无遗类。长房只有六十余人，二房只有五十余人。……今岁乙酉，年已六十二矣，窃见宗族生齿日繁，欲修谱牒而难稽，幸二房曾祖叔时雨、光表者有谱移在泉城，寻归示予，此亦天道不泯我祖宗相传之意也。故题此以示后世，使知我宗族一时沦没之由，亦示后世子孙知宗族一时艰苦之状云。[65]
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施氏此次修谱之举，距倭寇之乱已有二十余年，而该族重修祠堂及恢复合族祭祖活动，却又迟至明末崇祯年间。[66]在沿海各地的族谱中，还有不少类似的记载。例如，泉州《荀溪黄氏族谱》记载：“倭寇之寇泉城也，荀江尤甚。攻围数次，焚毁再三。巨室雕零，委诸荒烟蔓草间，所在皆是。”[67]永春县《清源留刘氏族谱》记载：“当明嘉靖年间，倭贼内侵，我族并力死守鱼山寨，与贼拒战数昼夜，因水道被绝，外无救援，乃被攻陷。合村屋宇惨遭焚毁，只存三家男女老幼，受祸最惨。”[68]有些宗族因族人大量外逃，导致了宗族组织的完全解体。《福州郭氏支谱》记载：“嘉靖戊午，倭酋内攻，伯叔兄弟先后俱迁省会，守故土者独大有公、鲁公、乾公矣。三公既殁，室庐荒废，僦人以居，板障、门窗毁拆殆尽。……因叹曰：‘事不大革，则不大兴。兄弟业迁省会，祖屋木植徒为寇资，屡生衅端，往返空费，不如革故以鼎新乎！’遂与瑞吾弟谋拆以卖木植砖瓦，共卖得银不及六两。”[69]郭氏原籍福清泽朗，族人为避难而陆续迁居福州城内，原来的聚居宗族已经不复存在，因而连原籍的祖居都拆卖了。
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由于倭寇之乱的冲击，沿海地区的依附式宗族受到了不同程度的削弱，而合同式宗族则相应有所发展。万历元年，仙游县钱江朱氏的《重兴家庙序》中记云：“（元）至治二年，文一公起盖祠宇三座，以为后人崇报之所，又虑享祀之无资，后人或衰于爱敬也，而有田、园、山、海之遗。……至本朝嘉靖末，倭夷蠢起，闽粤鼎沸，肆行州里，草菅人命，积尸流血，宗社为墟，斯民曾不得聚庐而治处。迨万历元年癸酉升平，昔之父子流离者，今且生养蕃息，颇知生民之乐。矧乱离之后，居安思危，见利淡而慕义若渴。惟不有以倡之，则无从而起之也。……于是乎，议建功之费，先以二十金为率。二十以内，不敢少也，少则不足以举事；二十以外，不敢多也，多则人心骇愕，反因以废事。如是，而众谋佥同，维时盖正月十有九日也。乃议立文簿，令四房子侄兄弟凡与在出银之列者，各书名、书号，亦假此以约束人心，亦歃血定盟意也。次之以携字为准，次之以备银取字。……于是协力齐心，次第成功。”[70]很明显，朱氏在重建祠堂的过程中，采取了按股集资的做法，从而也就导致了合同式宗族的形成。在士绅阶层较为发达的聚居宗族中，一般仍可继续维持原有的依附式宗族，但由于人口和财物的大量损失，其社会功能也会受到影响。嘉靖四十四年，莆田县生员蔡伯寿在《追补东沙南蔡家乘后集序》中记云：
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自入东沙以来，至寿十有四世矣。岁时祭享，缀之以食，派别支分，无虑三百余人。亦尝累修家乘，子姓宝藏矣。七八年间，倭夷煽乱，闽之患独莆为甚，莆之患独我东沙为甚。非惟老稚不休，丁壮且去过半，居房尽毁，又何有于家乘？间有携挟入莆城者，壬戌陷城，尽付劫火。……癸亥冬，逋播入仙，仙城又被倭围，除夕方解。甲子春王正月几望，寿方出城，是年岁事该寿支荷，竟以废祭。春夏，倭乱稍歇，秋冬之交始为归计。禀请族长，修葺祠宇前堂，安置我祖。次年补办岁事，聚会童冠仅百余人，离合悲欢之情殆且数倍。遍询家乘，通无一存。……又遍求房族之弟，于灭裂故纸中得一行次图。因细询老成家长，为之逐一分析，溯流而源，寻叶而根，追补一乘，以联属家众于四三年焉耳。[71]
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东沙蔡氏据说为北宋名臣蔡襄的后裔，历代都有不少名儒显宦，宗族组织历来较为严密。明前期，蔡氏曾二修祠堂，四修族谱，并多次重修历代祖墓[72]，可以说是典型的依附式宗族。蔡伯寿急于重修祠堂及族谱，自然是为了维护固有的伦常秩序。然而，这一时期的蔡氏族人，对伯寿所为却颇不以为然。万历三年，伯寿乃兄公怿以学政致仕归来，在谱序中记云：“抑弟留心祖宗，不止修乘已也。祠宇倾圮，神灵无托，弟倡议重建。先以积租，继以营运。十几年来，屡蒙诎笑，不馁不阻。……今日庙貌改观，虽家长主之，其绸缪经理，皆弟之力也。”[73]这一依附式宗族的恢复和重建，不仅得力于蔡伯寿的惨淡经营，实际上也依赖于公共族产的支持。朱维幹先生曾经指出，在嘉靖倭寇之乱中，士绅阶层懦弱无用，闻警辄逃，弃桑梓于不顾，结果反而罹祸最惨。兴化府城沦陷后，遇害的士绅多达400余人，其中共有进士19人，举人53人，庠士356人。[74]因此，在倭寇之乱后，以士绅为首的依附式宗族势必大为削弱。
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嘉靖倭寇之乱的另一社会后果，是促使族人筑堡自卫，从而强化了聚居宗族的军事防卫功能。明万历年间，漳浦县缙绅林偕春在《兵防总论》中记云：“方倭奴至时，挟浙直之余威，恣焚戮之荼毒。于时村落楼寨望风委弃，而埔尾独以蕞尔之土堡，抗方张之丑虏。贼虽屯聚近郊，迭攻累日，竟不能下而去。……自是而后，民乃知城堡之足恃，凡数十家聚为一堡，砦垒相望，雉堞相连。每一警报，辄鼓铎喧闻，刁斗不绝。贼虽拥数万众，屡过其地，竟不敢仰一堡而攻，则土堡足恃之明效也。”[75]这种用于军事防卫的城堡，明中叶以前已经出现，但大多设于偏远地区，其主要功能是防御土匪。正德十二年，漳州知府吴仕典《新建云霄土城碑记》中说：“近数十年来，无赖负幽，啸聚村落，荒草断烟，天阴鬼啾，为政者患之。故民居鳞集之去郡邑远者，辄名状闻于官，自设城堑为捍御。”[76]可见，当时设城堡要经过官府批准，为数不可能很多。嘉靖后期，由于倭患日益严重，城堡之设遍及于沿海各地。顾炎武在《天下郡国利病书》中记云：“漳属土堡，旧时尚少。嘉靖辛酉以来，民间围筑土城、土楼日众，沿海地方尤多。”[77]在泉州府属地区，民间私设的城堡大多称“寨”。如云：“泉郡东南濒海，接迹岛夷，晋、南、同、惠诸邑筑寨，皆为备倭。……嘉靖季年，倭寇充斥，村落之民多以寨坚人强得免。”[78]在闽东地区，筑堡之风也颇为盛行。清乾隆《福宁府志》记云：“嘉靖乙卯，倭自浙入闽，蹂躏遍州境。……于是南若沙蛤、竹屿、南屏，西若厚首、清皓，东若七都、三沙，北若柘洋之西林，凡沿海奥区，竞起而兴城堡者，无虑二十处。”[79]至明嘉靖三十八年，倭寇围攻柘洋堡不下，拔寨远遁，“而沿海五十七堡亦次第创筑”[80]。值得注意的是，在筑堡抗倭的同时，逐渐形成了民间自卫武装。林偕春在《兵防总论》中说，“坚持不拔之计，在筑土堡，在练乡兵”，可见二者是相辅相成的。乡兵以土堡为依托，是民间自发组织的乡族武装。漳浦县埔尾、洋下等地筑堡之后，“遂鸠族人习学技击，教一为十，教十为百。……每遇贼至，提兵一呼，援旗授甲，云合响应”[81]。同安县后埔等地，在筑堡之前即已练兵自卫，嘉靖三十九年有倭寇之警，“旬月之间，筑寨百三座，结社百六十，守望相助”[82]。在有些地区，乡兵成为官府倚赖的主要防卫力量。同安知县谭维鼎曾亲率乡兵迎战攻城的倭寇，擒获倭酋阿士机等，迫使倭众撤围而去。[83]长泰县高安堡有乡兵千余人，不仅用于本地自卫，还多次驰援安溪、龙溪等县，所战皆捷。[84]乾隆《长泰县志》论曰：
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自倭奴得志于内地也，当事者召集客兵，蚁聚蚕食，见贼奔溃，且剽掠为患。独高安乡兵，团结自守，不烦馈饷，所至 辄破敌，屹然为全漳保障。……故特表之，以见召募官健之不如土著也！[85]
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乡兵在抗倭中的作用，无疑是不可低估的。但应当指出，这种乡族武装的发展，往往引起乡族械斗，激化了当地的社会矛盾。海澄县《苏氏族谱》记载：“嘉靖辛酉，乡不轨之徒乘夷乱聚党，以攻苏氏之堡，杀岳伦、岳镇等九十余命，遂火其居而剽其资，毁其宗庙而耕种其田亩，五百年（族居）一旦变为丘墟。时贼方獗，士奋诉父仇，竟以激乱屈死于械。自是冒死复仇，自相接踵，而卒莫能白也。”[86]这里的所谓“乡不轨之徒”，显然是当地的乡族武装，而官府以“激乱”治苏氏之罪，可见这一事件具有械斗的性质。笔者认为，清代盛行于闽南沿海地区的乡族械斗，很可能即滥觞于此。在南安县，乡兵曾被用于镇压当地的农民暴乱，这实际上也是乡族矛盾的一种表现形式。据《泉南芙蓉李氏族谱》记载：“己未年，（倭）入吾泉境，延蔓庚申、辛酉、壬戌，城外人家丘墟，瘟疫继作，十家九绝，南安、永春、安溪始筑城。……先庚申年，永春吕庠四、本县人褚铎、林耿亦作乱，挟耰棘矜以干城。时守巡闻锡名实而赐以红旗，督乡兵八百余人，独当一阵助战，获褚铎弟党十余人，旋而巨魁亦歼灭。”[87]所谓吕庠四（或称尚四）等“作乱”，实际上只是一次乡村饥民的骚乱事件，其骨干分子中据说也有“诸里正”[88]。因此，李氏率乡兵镇压此次骚乱，可以视为不同乡族集团之间的矛盾冲突。
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在倭寇之乱平息以后，福建沿海各地的乡族武装仍继续存在，有些地区甚至有所发展。诏安县梅岭一带，据说原来是海盗的老巢，嘉靖末年接受招抚，其余党遂演变为乡族武装，而长期与云霄一带的乡兵对峙。林偕春在《兵防总论》中记云：“剧贼屯梅岭，藉招抚之名，邀冠带之宠。上愚官府，下聚徒党，迫胁居民，目无南诏，至猖獗矣。然每虑云霄乡兵之袭其后，累下战书，佯求一斗。我不为动，而彼亦不敢逾径心而窥。虽数驰渠帅于道路，攘人黍肉，系人鞍镫，一望云霄，辄垂首屏迹而过，不敢少恣。……则乡兵足恃之明验也。”[89]这种长期的军事对峙局面，强化了乡族组织的内聚力，助长了好勇斗狠的社会习气。因此，明末以降，这一地区的械斗之风特别盛行，大族欺凌小族的现象也特别严重。[90]
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明嘉靖以后的近百年中，福建沿海地区的社会环境相对稳定，宗族组织得到了恢复和发展。然而，清初的战乱及迁界之变，又使沿海地区的聚居宗族再次受到了全面的冲击。清人余飏在《莆变纪事》中，对明清之际当地的宗族兴衰有如下概述：
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吾邑束于山、旷于洋而纵于海。山或数里一村，村不过数家而已也；洋则连聚环落，星罗棋布，大或数百家，小亦数百人；其滨澥者称是。……一姓或二三千丁，一村或一二千人。自倭寇扰乱十年，生齿损耗。嘉靖壬戌至崇祯甲申一百余年（实为82年），休养生息。他不可知，即如霞林是吾母外家，吾常游其处，一年报新生子多至数十人。一姓如是，他姓可知；一乡如是，他乡可知。故吾乡生聚之盛，未有过于崇祯时也。国变以后……官兵一出，或对阵，或洗寨，乡村鸡犬为之一空。计此时人民之死者已一半矣。壬寅之秋，截界令下，沿海孑遗，逃亡流窜，遍野哀鸿，不可收拾。加之甲辰、乙巳水旱为灾，百役并至，界内之民死于力役，死于饥饿，死于征输，至有巷无居人、路无行迹者。
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以上所述，虽然只是就莆田平原而言，实际上也适用于福建沿海其他地区。尤其是康熙初期实行的迁界政策，更是导致了沿海聚居宗族的全面解体。
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清初实行迁界的目的，是为了对郑成功的抗清据点实行经济封锁，企图切断郑氏集团与内地的联系。早在顺治十七年间，已在靠近厦门的同安县和海澄县实行小规模的迁界，沿海八十八堡居民被迫迁往内地。[91]顺治十八年，又以江、浙、闽、粤沿海“逼近贼巢”为由，尽令迁移内地。[92]福建沿海于康熙元年全面实施迁界，至康熙八年实行局部展界，康熙十九年后全面复界。[93]康熙二十二年的复界特使杜臻，详细记述了福建沿海的迁界范围及迁荒顷数[94]，兹将有关资料列为下表，以供参考。
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