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图2.2 荷兰东印度公司的船舰
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荷兰东印度公司是荷兰联合东印度公司（Verenigde Oostindische Compagnie）的俗称，或简称“VOC”，具有准国家的地位，可以发行货币，拥有武力，并进行殖民统治。（台湾“中央研究院”台湾史研究所翁佳音教授提供）
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同样为了香料生意，荷兰东印度公司成立的两年前，英国就已成立了“英国东印度公司”。
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东印度究竟是指哪里？15世纪末，哥伦布到达美洲加勒比海，以为到了印度；几年后，葡萄牙航海家达伽马（Vasco da Gama）到了真正的印度，仍将错就错地称加勒比海地区为“西印度”，而把印度及其以东地区称为“东印度”。后来随着欧洲人逐渐了解亚洲，已改称为“东亚”或“远东”。
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17世纪时，欧洲市场大量需求中国的生丝和瓷器，贸易获利很可观，荷兰人想尽办法要和中国建立联系管道。
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荷兰东印度公司成立前的1601年，荷兰人范聂克（Jacob van Neck）率领两艘船抵达澳门，中国政府派驻澳门的“税使”李道虽然召他进城住了一个月，但是仍不允许荷兰人来中国通商，加上葡萄牙人从中作梗，范聂克只好率船离去 1。
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三年后，荷兰东印度公司为打开对中国的贸易之路，派遣司令官韦麻郎（Wybrandt van Waerwijck）率领15艘舰队，从马来西亚半岛上的一个土邦出发，计划先到澳门，再转往澎湖，没想到航行一个多月后遇到台风，被迫停在澎湖2。
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更早到达中国的葡萄牙人百般阻挠荷兰人，他们花大钱、派人散布谣言，使得韦麻郎无法和福建官员当面协商，当年底就被迫离开澎湖（图2.3）；但韦麻郎在澎湖期间，即已聘请中国水手导航，沿着中国海岸、在岛屿间航行，并一一记录航线及绘制地图，且开始探勘大员（今台南安平），但没有发现良港。
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图2.3 “沈有容谕退红毛番韦麻郎等”纪念石碑
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此碑于1919年被发现，为中国台湾现存年代最早的石碑，目前保存于台湾澎湖县马公市天后宫。（蓝启瑞先生提供）
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韦麻郎被迫离开澎湖8年后的1612年，高等商务员科恩（Jan Pieterszoon Coen）率领两艘船抵达万丹（Banten，印度尼西亚爪哇岛最西端的贸易重镇）后，继续前往雅加达，后来科恩成为荷兰在万丹与雅加达的商馆馆长。
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科恩具有旺盛企图心和战略宏图，他向董事会提出一份要将整个东印度地区纳入荷兰统治的新蓝图3。到印度尼西亚7年后，他被升任为荷兰东印度公司总督，将雅加达定名为“巴达维亚”4，作为公司在亚洲的总部。对于荷兰人来到中国台湾，他任内的决策颇具关键性作用。
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为了要开发巴达维亚，科恩从非洲东岸、印度半岛与锡兰（今斯里兰卡）运来了大量奴工；但是他更属意中国劳力，认为“没有人能比中国人更好地为我们服务”。一方面是因需要劳力，另一方面是荷兰东印度公司董事会一再要求他打开对中国的贸易，而要获得中国生丝，最理想的地点就是与广东省接壤的澳门，于是他决定占领澳门。
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为了对付占领澳门的葡萄牙人与马尼拉的西班牙人。科恩和英国合作，各派5艘船，以日本平户为基地，在台湾海峡与菲律宾之间巡行，以阻止西、葡的船只前往日本贸易，也阻挡中国船只前往马尼拉经商。
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于是马尼拉的西班牙人主张在中国台湾设立基地，以便突破荷兰和英国的海上阻拦，和中国进行贸易。
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科恩得到消息后，为了避免让西班牙人在对中国贸易上先驰得点，很快命令雷尔生（Cornelis Reijersen）组成舰队，攻占澳门或澎湖列岛，并先到台湾寻找良港。
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雷尔生按照科恩的计划，进攻澳门失败后，就直接驶往澎湖马公，并占领澎湖5，同时找了一名熟悉大员情况的渔民当向导，实地勘察后却发现港口不适合大船进入，只好放弃在台湾寻求良港。虽然荷兰人这次没有在台湾停留，却间接影响了日后留在台湾的决定。
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福建巡抚商周祚听到荷兰人占领澎湖，立即要求他们撤出，建议荷兰人改道台湾淡水，还愿意提供引航人员，但雷尔生仍表示要固守澎湖。
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当时荷兰人比较台湾岛和澎湖列岛，觉得除了澎湖的港口更适合让船货转运或停泊的因素之外，对于由巴达维亚、暹罗（今泰国）出航往来台湾与日本的荷兰海船来说，澎湖更是重要的中继站；再者，澎湖列岛距离中国大陆较近，可以阻截马尼拉的西班牙人、澳门的葡萄牙人与中国大陆、日本间往来的商船。就商业据点的选择而言，荷兰人认为台湾岛不如澎湖列岛理想 6。
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于是，雷尔生开始在澎湖风柜尾筑城作为根据地（图2.4、2.5）。以荷兰人当时对澎湖地理位置的认识，却选择了海风非常强劲的风柜尾，这至今仍令人疑惑，因为风柜尾虽然地势可以扼守出入马公湾的船只，却不适合大船避风与货物装卸。可能荷兰人真正属意的还是到中国大陆沿海找寻通商据点，澎湖只是短暂停留之处；而且在商言商，荷兰人采取不卷入当地社会的立场，另一岸的妈祖庙附近为汉人居住、中国官员活动之处，因此据守风柜尾应是不得已而做出的选择（图2.6）。
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图2.4 荷兰人绘制的澎湖风柜尾图