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临时通商协议签订后两年，英国东印度公司又派三艘船抵达台湾，开设台湾商馆，双方正式签订通商条约。自第一次来台后，两年期间共派了6艘船来台湾8，可见他们对此事的重视。除了重申自由贸易、要求可以自由进入台湾各港湾，另提出要将台湾的砂糖和各种皮革年产量三分之一供应给英国人。
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但是通商条约中，郑经给英国的条件比临时通商协议缩水了；英国也取消郑经原先的军需品要求，甚至郑经想留用的人员，也要经过英国同意。
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即便如此，英国东印度公司仍希望通过台湾和日本通商，因此请求郑经向日本关说，来台湾签订通商条约的人员中，也早已选出打算派往日本的人员。只是在台湾时遇到台风，加上因故耽搁，只好留在澎湖过冬，英国船只直到一年后才到达日本长崎。
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英国东印度公司这趟日本行并不顺利，带去的英制毛料完全不符合日本国情，荷兰人又从中阻挠；加上日本严禁天主教，英国国王查理二世（Charles Ⅱ）的王后是信奉天主教的葡萄牙公主凯瑟琳（Infanta Catherine），因此无功而返。英国既无法和日本恢复贸易，也开始对台湾贸易显得兴趣寥寥；此后两年，英国没有任何船只来到台湾。
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后来英国与荷兰签订和约，也就是郑经和英国签订通商条约三年后，英国东印度公司重燃对台湾和日本贸易的野心，又派了一艘英国船来到台湾，仍希望通过郑经与日本斡旋，推销英国毛织品。当时郑经刚参加三藩之役的反清行动，这艘英国船载有所需的枪炮火药，遂与英国人改订协约，增订英国船只应运销毛瑟枪、铁、胡椒等货物，而郑经必须尊重英国有权决定货品价格。
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之后三年间，英国有三艘船来到台湾，郑、英贸易达到另一波高潮。郑经在反清战争初期颇为顺利，占领了厦门。1676年，英国人随之派一艘船到厦门（图7.2），终于得以进入中国大陆；来年，开设厦门商馆，英国人开始和清政府交涉，打算在清军占领的泉州、福州、广州等地通商，同时英国人已能取得中国大陆的丝、瓷器、茶叶等货物并运到欧洲，数量更是持续增加。
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英国东印度公司既然在厦门设立了商馆，台湾商馆遂逐渐被边缘化，东印度公司甚至决定撤销台湾商馆，不过因为郑经积欠英国债务9，仍派人驻守台湾商馆。
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图7.2 2004 年的厦门港
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郑经在反清战争初期颇为顺利，占领了厦门，英国人也随之派一艘船到厦门，终于得以如愿进入中国大陆。
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后来郑经的反清战役开始节节败退，清军攻陷厦门，郑经退回台湾，英国的厦门商馆也不得不暂告一段落。因郑经对英国人在台湾的贸易控制越来越紧，英国人无法自由贸易10，双方关系几近破裂。郑经退回台湾一年后过世，英国船只在这段期间没有再到台湾，却仍有5艘船到厦门。
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两年后，施琅（图7.3）攻打澎湖，获知郑克塽确定投降的消息后，英国东印度公司驻台湾商馆人员很紧张，几次派人到澎湖和施琅商谈。施琅签发一纸命令，让他们张贴在商馆墙上，以免遭到清朝士兵侵扰。
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图7.3 施琅画像
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施琅原名施郎，福建晋江人。早年是郑芝龙的部将，曾随之降清；后投靠郑成功，担任左先锋，因父亲与兄弟为郑成功所杀，1651年再次降清，是明郑降将中主张用武力剿灭郑氏最激烈者，但不受重视。直到1681年，康熙皇帝成年主政后，采纳姚启圣和李光地的建议，起用施琅出任福建水师提督一职，1683年出征台湾。（第18代孙施永龙先生提供）
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等到施琅来台湾后，先是威胁英国人违法供给武器弹药给郑经、对清朝皇帝抱有敌意，要将他们下狱；要英国人缴出目前存放于商馆的全部商品明细，且须缴纳一笔不菲的佣金，他就会向清政府说好话免去他们的罪行，而康熙皇帝若想跟任何欧洲人从事交易，英国人也能通过他享受到利益；但若英国人拒绝，就没收一切财产，把他们交由朝廷处置。基于恐惧，英国商馆人员只好乖乖奉上这笔佣金。
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郑克塽率众回到中国大陆后，施琅参与了台湾善后处理事务，开始筹划让英国东印度公司在福建筹设商馆，为了隐瞒英、郑双方通商的事实，施琅命手下拟了一封信说这些英国商馆人员是海难中漂流到厦门的，之后逃抵台湾，生活很辛苦。他要求英国商馆人员在信上签名，以便送交康熙皇帝。
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施琅让福建总督姚启圣将这封信转给康熙皇帝，再让英国人以感谢救助为由，通过福建向北京朝贡。最终待北京认可，建立合法的贸易关系。
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这个计谋却遭到姚启圣反对，加上后来康熙确定开放海禁，派遣户部人员前来管理税务机关，施琅连忙将已重返厦门开设商馆的英国人赶走，英国人一离开商馆，原地立即转设为厦门税务机关，以掩盖施琅走私贸易的事实。
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最后，英国东印度公司不但没有讨回郑经积欠的庞大债务，厦门和台湾的商馆又被清军占据，在台湾开设12年的英国商馆在1684年封馆，被迫撤离。
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英国既然通过郑经到了厦门，并打开与中国贸易的大门，到口的肥肉当然不会轻易放弃，因此仍继续在厦门、广州和澳门寻找做生意的机会。英国的台湾商馆封馆15年后，英国商船迈克莱斯菲号终于到了广州，直接将中国的丝、茶和瓷器出口到欧洲，后来更在广州设立商馆11，定期贸易期间，英国商人被允许长住广州，非贸易期间则居住在澳门。
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18世纪20年代前后，茶叶取代丝织品，成为中国第一大出口商品，英国东印度公司则全力经营茶叶的出口。18世纪中叶，英国在中国的贸易量已超过了西方各国的总和。
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1834年，英国东印度公司的获利已全部仰赖中国茶叶的贸易，而茶叶的获利占英国国库总收入十分之一。不过这一年，英国决定废止以贸易利益为考虑的东印度公司在中国的商业专利权，改由以国家主权、外交地位平等为考虑的英国政府与中国接触。
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有了国家力量的支持，英国持续扩大在中国的贸易量，甚至走私鸦片，后来因钦差大臣林则徐销毁英国商人的鸦片，英国对中国发动鸦片战争12；清朝政府战败后，香港岛成为英国殖民地。战后，西方列强跟随着英国的脚步，开始不客气地蚕食鲸吞中国领土。
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