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玄天上帝和妈祖都属于海神。玄天上帝又称北极大帝、真武大帝、北极佑圣真君，民间通称“上帝公”，早在汉代就是闽南人的北极星方位之神与守护航海的水神，台湾先民渡海时，以北极星作为航线指标，安然抵达台湾后，自然会崇拜玄天上帝。玄天上帝信仰从宋代开始发扬光大，传到元代，除了元世祖忽必烈特别建大昭应宫祭祀；元成宗时，玄天上帝更成为中国北方最高神明。
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到了明代，据说明太祖朱元璋因玄天上帝保佑而打败元朝，因此在南京建庙奉祀。当时民间很多人拜玄天上帝，明太祖也想要借此收揽民心、鼓舞士气。
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据《明史》记载，明成祖朱棣发动夺位的靖难之役时，除了玄天上帝现身相助，崇奉玄天上帝的武当山道士们也立下大功，朱棣因此尊祀玄天上帝为明朝皇室守护神。
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玄天上帝既是明朝最重要的政教神明，明郑建玄天上帝庙，意味着将明朝皇室视为正统。除了政治考虑，也有风水迷信的因素，明郑时期认为玄天上帝可以镇住台湾天关和地轴的妖怪（图10.1）。
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图10.1 北极殿的玄天上帝
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玄天上帝形象是左脚踩龟，右脚踩蛇。清朝 《台湾县志》：“安平、七鲲为天关，鹿耳门、北线尾为地轴，酷肖龟蛇，郑氏据台，因多建真武（玄天上帝）庙，以为此邦之镇。”（台南北极殿提供）
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郑成功是借着海上武力崛起的，加上故乡泉州南安县信仰玄天上帝，因此，很自然地祭祀了玄天上帝，台南延平郡王祠原藏有《郑成功披发仗剑图》，“披发仗剑”是玄天上帝塑像的基本形貌，郑成功在心理上可能以北极星自居，由此可见，玄天上帝在他心目中的重要地位。
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明郑的咨议参军（相当于宰相）陈永华为革除荷兰人所留下的基督教信仰，积极兴建39座汉人寺庙，其中以8所玄天上帝庙和9所关圣帝庙为最多，还有保生大帝庙、观音寺等各种庙宇1，就是没有妈祖庙 2。
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台湾最早官建的玄天上帝庙，是郑经从金、厦撤退到台湾第二年兴建的“北极殿”，别名“大上帝庙”（图10.2），据说奉祀郑成功带来台湾的玄天上帝香火（图10.3）。荷兰时期此处是中国医馆，郑成功登陆占领作为救护站，庙中有明朝宁靖王书写的“威灵赫奕”匾（图10.4）。郑克塽投降清朝之后，清政府派来台湾的知府蒋毓英，重修了玄天上帝庙。清朝统治的前40年间，玄天上帝仍是台湾最主要的信仰。
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图10.2 台南北极殿
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北极殿（位于台南市中西区民权路）据说是奉祀郑成功带来台湾的玄天上帝香火，别名“大上帝庙”，与赤楼附近“小上帝庙”开基灵佑宫对应而来。
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图10.3 台南北极殿的“二帝”
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据庙方表示本二帝金尊系随郑成功由大陆来台湾。（台南北极殿提供）
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图10.4 威灵赫奕
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北极殿中有宁靖王朱术桂书写的“威灵赫奕”匾额。
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如今台湾有400多座玄天上帝庙，相传许多是明郑时代兴建的，主要集中在澎湖和嘉义以南，除了台南市北极殿及开基灵佑宫之外，还包括澎湖马公上帝庙及北极殿、嘉义北社尾玄隍宫、阿里山受镇宫、高雄阿莲乡北极殿及屏东九如乡北极玄天上帝庙等。
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为何会从“玄天上帝”信仰转换成“妈祖”信仰呢？
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妈祖林默娘又称天妃、天后、天妃娘娘、天上圣母，公元960年（北宋建隆年间）出生于福建莆田县湄洲岛，生前就流传了许多传奇事迹；28岁离奇死亡后，民间开始流传有关她的神迹奇事。
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妈祖首次从民间走向官府，得到最高统治者的赞许和确认是在1123年（北宋宣和年间），当时官员路允迪率领一支八艘船的船队出使高丽，中途遇到风暴，仅路允迪搭乘的船安然无恙。船上的人说看见一位穿红衣的女子端坐在桅杆上，福建莆田籍的保义郎李振说是湄州妈祖显灵，并历数妈祖灵验的事迹。
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