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据庙方表示本二帝金尊系随郑成功由大陆来台湾。（台南北极殿提供）
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图10.4 威灵赫奕
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北极殿中有宁靖王朱术桂书写的“威灵赫奕”匾额。
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如今台湾有400多座玄天上帝庙，相传许多是明郑时代兴建的，主要集中在澎湖和嘉义以南，除了台南市北极殿及开基灵佑宫之外，还包括澎湖马公上帝庙及北极殿、嘉义北社尾玄隍宫、阿里山受镇宫、高雄阿莲乡北极殿及屏东九如乡北极玄天上帝庙等。
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为何会从“玄天上帝”信仰转换成“妈祖”信仰呢？
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妈祖林默娘又称天妃、天后、天妃娘娘、天上圣母，公元960年（北宋建隆年间）出生于福建莆田县湄洲岛，生前就流传了许多传奇事迹；28岁离奇死亡后，民间开始流传有关她的神迹奇事。
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妈祖首次从民间走向官府，得到最高统治者的赞许和确认是在1123年（北宋宣和年间），当时官员路允迪率领一支八艘船的船队出使高丽，中途遇到风暴，仅路允迪搭乘的船安然无恙。船上的人说看见一位穿红衣的女子端坐在桅杆上，福建莆田籍的保义郎李振说是湄州妈祖显灵，并历数妈祖灵验的事迹。
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顺利返航后，路允迪请求赐封妈祖，获得宋徽宗赐“顺济”匾额。后来历代朝臣每次出使归来都说看见妈祖显灵，于是妈祖护航的佳话一直出现在中国早期外交史册上。
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宋朝南渡后，从浙江、福建、广东等地大量抽调兵源，其中来自妈祖故乡福建莆田的人数众多，妈祖的灵验事迹便随着莆田军士征战而传布。加上宋朝海上交通发达，和南宋经商往来的国家多达50个，福建商人四处经商，也将妈祖信仰传播到各地。妈祖因保驾护航，被朝廷褒扬、赐予封号多达14次，南宋高宗封妈祖为“灵惠夫人”，是朝廷给妈祖的首次封号；36年后，妈祖更晋爵为“灵惠妃”。
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元代的妈祖信仰与通过河道运粮的漕运3息息相关。那时南方的稻米、地方政府朝贡的物品，都靠隋炀帝时开凿的人工大运河运往大都（今北京）；后来为了节省经费，改通过海运送到今之天津，再转河运到大都。海上运粮随时可能船覆人亡，因此船工和押粮官都信奉妈祖，以祈求庇佑；因此妈祖从宋代的航海守护神，到元代成为官方漕运的守护神。漕运攸关朝廷的命脉，元朝五次褒封妈祖，都与漕运有关。宋朝尊妈祖为“妃”，元朝则改为“天妃”，成为皇帝任命的天上官职。
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明朝皇室虽只有两次褒封妈祖，但是有关妈祖的记载却比宋、元两朝多。那时每年都有使臣出海到琉球等国，出海前要祭拜妈祖，与出使有关的朝廷祭典多达14次。明朝因施行海禁，怕频繁褒封妈祖，可能引发渔民大规模出海；但因国事活动需要，得祈求妈祖庇护，真是左右为难。
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1604年（明万历年间）荷兰人韦麻郎入侵澎湖时，马公就已有妈祖的天妃宫（图10.5）。虽然明郑时期台湾官方信仰玄天上帝，但军民中仍有信仰妈祖的人。
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图10.5 澎湖天后宫
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澎湖天后宫位于澎湖县马公市，在1604年前即已立庙。原称娘娘宫、天妃宫或妈宫，马公市旧称即由此而来，现在台语“马公”仍以“妈宫”（Má-keng）称之。（蓝启瑞先生提供）
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清康熙时，妈祖更上层楼，成为“天后”。清朝靠骑射得天下，原本没有注意航海神祇妈祖，首次注意到妈祖的威力，是在1680年（康熙十八年）元月，清朝将领万正色率领的两艘大船被明郑水师副总督朱天贵击沉。隔月，万正色和明郑水师总督林升在崇武（位于福建惠安县）对决时，突然海风大起，林升下令全军退到金门料罗湾。
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在厦门的郑经见状，以为林升大败，赶紧将陆军主帅刘国轩和他的军队从观音山（位于厦门东岸）调回防守，造成陆军军心动摇；清军趁机发动攻势，厦门人心惶惶，百姓携家带眷逃离，郑经只好撤离厦门，退到澎湖。
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万正色将这次胜仗归功于那场突发的海风，认为是妈祖显灵庇佑，上奏后，康熙皇帝派官员到福建册封妈祖为“护国庇民妙灵昭应弘仁普济天上圣母”，这是清政府第一次对妈祖表达尊崇。
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万正色发现当时台湾和澎湖军民有不少人信奉妈祖，开始以“克复厦门，神灵协助”为号，对明郑水师展开心理攻势。与妈祖同乡的朱天贵撤退台湾时，率领水师2万人、战船300余艘投降清朝；郑军损失了三分之一水师军力，算是清朝运用妈祖信仰的成功策略。
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三年后，清政府起用施琅为水师提督，负责攻打台湾。施琅家族原信奉玄天上帝，但他奉命征讨台湾，却充分运用妈祖信仰的力量，将之与其战功画上等号。
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当时攻台主帅吴英是莆田人，莆田人在军中势力很大。施琅先以莆田平海作为海军基地，取“讨平海逆”之意，并运用妈祖家乡的民力民气；接着亲自率领各阵营将领到福建湄州天妃宫向妈祖致谢，捐钱重建妈祖的梳妆楼朝天阁，以获取信仰妈祖的福建、广东沿海居民认同。
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施琅在澎湖海战中，大败明郑大将刘国轩，郑克塽投降，施琅来年班师回福建，上奏请求敕封妈祖，提到妈祖神迹。例如：
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部队驻扎平海，妈祖庙前有一口井，水味咸苦；经祭拜祷告，井口涌出水来，味道转甘。