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攻下澎湖后，万余兵力驻扎妈宫城，但妈宫城水泉很少，无水饮用，瘴疫又流行，只好祈求妈祖保佑，第二天，井中涌现大量甘泉，汲取不竭，军心才稳定下来，因这一口大井可供应万军饮用，被称为“万军井”（图10.6）。
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图10.6 万军井今貌
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万军井又称为“师泉井”，位于马公市中央里，天后宫东边巷子里面。
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在澎湖攻敌时，部将们都看到妈祖仿佛在上方，又像在左右。平海的人也说看到妈祖神像的衣袍湿透，深信是妈祖显灵助战（图10.7），而妈祖更早有预言：“21日必得澎湖，7月可得台湾。”4
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图10.7 妈祖助战图
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（台湾“中央研究院”台湾史研究所翁佳音教授提供）
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康熙皇帝在湄洲岛建天妃庙，妈祖再被升级，封为“护国庇民妙灵昭应仁慈天后”，是清政府第二次对妈祖表达尊崇。施琅顺着旨意，率领征台将领捐出薪俸，将宁靖王府改为大天妃宫5，大天妃宫改建完成后，康熙皇帝赐“辉煌海”匾额（图10.8）。
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图10.8 辉煌海与神昭海表匾
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（上）1684年，施琅率征台将领捐出薪俸，将宁靖王府改为大天妃宫。康熙皇帝御赐“辉煌海”匾额。（下）1726年，雍正皇帝亲自书写“神昭海表”匾式，在湄州、台湾、厦门三地天后宫重制悬挂。
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施琅在庙中所立的“平台纪功碑”（图10.9）则完全没有提到妈祖的功劳，可见他捐俸建庙不是为了彰显妈祖，而是因霸占宁靖王府“一元子园”作为宅第，怕被朝廷调查，于是将宁靖王府中奉祀大明正朔的一殿改奉祀妈祖；并将右侧宁靖王办事厅改奉观音，作为旁殿；左侧宗人府（掌管皇族事务的官署）改为民居，并对外宣称宁靖王府已改建为大天妃宫。虽然如此，清朝统治台湾后，大天妃宫还是第一座官建妈祖庙，规模居各妈祖庙之首，自然成为台湾妈祖信仰的中心。
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图10.9 台南大天后宫的平台纪功碑
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碑文中完全没有提到妈祖的功劳，可见施琅捐俸建庙不是为了彰显妈祖。
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台湾的妈祖信仰在施琅过世后停滞了一段时间；24年后，翰林海宝、徐葆光奉命出使琉球回来，以妈祖默默助佑有功，将妈祖列入朝廷的春秋祀典。1720年，大天妃宫改名为大天后宫，成为台湾奉祀妈祖的首庙，此后妈祖逐渐取代玄天上帝，成为台湾人信仰的主流。
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来年，台湾发生第一起抗清民变——朱一贵事件6，率兵来台平乱的福建水师提督是施琅第六个儿子施世骠，他年少时曾随父亲攻打澎湖，非常了解如何运用妈祖信仰作为心战武器，于是也造出妈祖显灵保佑清军的事迹，例如：大军所到之处，干枯的井水涌出甘泉，台湾七鲲沿海中有淡水可喝等，内容和施琅所奏差不多，可见是旧技重施。
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朱一贵事件平定同年，施世骠病逝于台湾，次年康熙皇帝逝世。5年后，施世骠的副手、继任福建水师提督的蓝廷珍，上奏妈祖庇佑攻台清军的神迹。奏折送到北京后，雍正皇帝亲自书写“神昭海表”匾式（图10.8），在湄州、台湾、厦门三地天后宫重制悬挂。
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因朱一贵事件，清朝廷在台湾增设彰化县7，施琅侄儿兵马司副指挥施世榜买下彰化先住民土地，并修筑八堡圳，取浊水溪水灌溉鹿港及彰化地区的农田；又从家乡晋江招徕大量移民开垦，迅速将鹿港变成施家控制的港口。
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之后台湾人民爆发抗清事件时，鹿港居民都站在支持清政府的立场；而妈祖庙更是支持清朝统治的象征，于是施家在鹿港海口捐献土地，兴建今鹿港中山路的天后宫（旧祖宫）（图10.10），作为居民信仰中心。
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图10.10 鹿港旧祖宫（大天后宫）