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为了避免引起台湾人民的抗拒，施琅以仁义之师姿态，除了对郑家展现了不杀的恩情5，又分发米粮给归降的官兵；更发布《谕台湾安民生示》、《严禁犒师示》等告示6来安定人心。
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康熙皇帝于10月5日将施琅一连串请示台湾善后处理的奏书提交国议，会议结论是等郑克塽率领部众回到大陆，先由地方层级的福建总督、巡抚与提督等进行讨论，再向朝廷提出意见，作为“台湾弃留”决策的参考。
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施琅10月9日再上奏《舟师抵台湾疏》，报告来台的过程，称赞台湾“土地肥饶，出产五谷，沃野千里，人民土番杂处，甚为稠密”，请康熙皇帝决定台湾弃留。他还强调为稳定现状，台湾应保持对外贸易。
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施琅又到郑成功墓（图11.3）前磕头跪拜，说：“忠孝不能两全。”虽然郑芝龙曾提携施琅父亲和施琅，对他们父子有恩；但因郑成功处死了施琅的父亲和哥哥，施琅背负着家仇之恨，为灭郑行动找到了合理解释，而一切布局都显示他是有备而来。
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图11.3 郑成功墓址
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郑成功墓址位于台南市永康区盐洲里国圣街与正南六街交口处。文献所载，郑成功葬于今台南市武定里洲仔尾，郑经亦葬于墓旁，1700年，清政府将郑成功父子归葬故乡福建泉州府南安县，原墓址渐毁以致荒废，至今无法确认位置，1980年台南县政府立“郑成功墓址纪念碑”。
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10月中下旬，施琅派船将郑室宗族、朱姓子孙、文武官员及家眷陆续载回厦门，由福建总督姚启圣处理安置事宜。郑克塽等既然被遣送回大陆了，“台湾弃留”问题就浮上了台面。按国议的结论，姚启圣、福建巡抚金与施琅都有权参与台湾善后讨论。
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挟着胜利的余威，意气风发的施琅在台湾停留期间，亲自到南北实地考察，郑氏降将刘国轩提供了不少有关台湾的情报与意见，让他对这块征服的土地有了更清楚的规划。
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朝廷未派官员治理台湾期间，施琅成了名正言顺的接收者。据说康熙皇帝赐跑马四日所经之地皆归其所有，所占土地共55庄（约7 500甲），即今北港溪以南，南至高雄市前镇区篱仔内，包含今嘉义县新港乡、台南市北门区、高雄县市等，不过如此广大的范围，应该不是跑马四日所得。为了有效管理55庄土地，乃设施公租馆10处，置管事分掌收租，运送至泉州，交与靖海侯世袭业主。直至日占时期，大部分被收归官有。
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施琅知道明郑归降后，朝廷势必开放海禁，如此一来就无法独揽台湾海上贸易的利益7，要独揽台湾的海上贸易，就需要掌控与台湾关系密切的英国和荷兰。
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早在郑克塽决定投降时，台湾的英国商馆人员因与郑家的关系，担心被连累，就先去澎湖见过施琅。施琅到台湾后，向英国人威胁、索贿，并要他们写信给康熙皇帝声称自己是难民，交换条件是将来可能有机会在中国重建商馆 8。
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至于荷兰方面，施琅一到台湾，先找到当年被郑成功留置、监禁、待在台湾长达24年的荷兰俘虏，将他们遣送回国9。
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其中有位俘虏名为斯哈芬布鲁克（Alexander van’s Gravenbroek），闽南语非常流利，和施琅相谈甚欢。施琅为了自身的商贸利益，打算借由荷兰人之力，驱使康熙皇帝尽早决定将台湾纳入版图，于是请斯哈芬布鲁克转告并探询巴达维亚官员的意愿，并特别交代转达：希望荷兰东印度公司以祝贺康熙皇帝征服台湾、感谢送回俘虏为由，尽快向清政府朝贡，以便安排贸易事宜。施琅还要斯哈芬布鲁克假冒巴达维亚官员，写信向康熙皇帝致意。
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施琅想让英国和荷兰认为自己权力很大，因而依赖他，就可以扮演类似当年李旦10、郑芝龙11及郑成功12那样掌控台湾经贸的角色；再者，他也想借外国人觊觎台湾，特别是荷兰想重新占领台湾来威胁清政府，让康熙以为不留下台湾是非常危险的。施琅在台湾占有了土地，掌握了外商，因此康熙皇帝是否留下台湾，对他的利益非常具有关键性。
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踌躇满志的施琅班师回到厦门后，立刻将计划告诉福建总督姚启圣，并请姚启圣将他携回代表英国与荷兰的两封信，转交给康熙皇帝。
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姚启圣与施琅都是强烈主张“留台”的人，也是康熙皇帝不信任的福建官员，早在1681年，康熙曾派两名钦差前来调查姚启圣是否挪用公款13，后来顾虑到他正紧锣密鼓地筹备攻台事宜，于是收手不再施压。
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对于台湾问题，姚启圣曾连上七八次奏折，陈述将台湾纳入版图才能根除海上祸患，有助地方和沿海治安。而且台湾有数十万人口，岁收足够因应朝廷支出，不会带来太大财政负担；并提出平定台湾之后，福建及沿海各省应采取的善后措施。
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但姚启圣因看到康熙皇帝高度肯定施琅的平台大功，心里很不是滋味，上了一份奏章声称自己对平定台湾也有贡献，包括举荐施琅出任福建水师提督、筹措粮饷、确保留台的后勤供应等；又故意以退为进地说自己功劳无法和施琅相比，请皇上把要赐给他的封赏一并加给施琅。
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康熙皇帝回复批评姚启圣行事虚妄，借着台湾刚降附而沽名钓誉，不但取消了封赏，并以他从没到过台湾为由，不采纳他的意见14。
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或许因为这些心结，姚启圣不同意施琅蒙蔽朝廷的计划，拒绝转达两封假冒的书信。但姚启圣不久后就过世了，施琅成为处理台湾善后人员中最有力量的发言者，预谋中的计划更可以顺利推展了。
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当时福建官员如侍郎苏拜、福建巡抚金认为台湾太荒僻，主张放弃。施琅担忧这些人的意见会影响朝廷做出放弃台湾的决议，就自行上奏《恭陈台湾弃留疏》，同时附上台湾地图，强调台湾的地理位置攸关中国东南沿海江苏、浙江、福建、广东四省的安宁。
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施琅指出台湾数量庞大的居民，若全部迁渡回中国大陆，技术上有困难；如果不守住台湾，以台湾的富庶、经济潜力等各项优越条件，一旦汉人再有机会在台湾立足，或者让台湾落入荷兰人、日本人手中，甚至让郑氏残留海外的军事势力回头盘踞，一定又变成乱源；更借口荷兰人等可能随时引发事端，促使朝廷驻兵台湾。
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施琅还说留守澎湖必先守住台湾，才能巩固沿海的海防。台湾既关系着四省的安危，即使需要依赖内地的物资，也不可以放弃；况且只要将内地多余的兵员移到台湾驻守，再沿用郑成功的治理方法，让士兵开垦荒地，就能节省兵粮的负担。
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康熙皇帝将这份奏书提交讨论，大臣们都没到过台湾，大部分都接受施琅的留台意见。康熙皇帝又裁示议题关系太大，需要提交国议，要求大学士与贝勒、大臣、九卿、督抚等再进行讨论。最后，康熙皇帝终于同意派兵镇守台湾，但要求福建官员们复议后续经营办法。