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在随后的投票中，除了交通总长梁如浩因票数未过半而被被否决外，其他人选都得到顺利通过。由于交通总长人选被否决，唐绍仪随后又提名汤寿潜为总长人选，但再次被临时参议院否决，最终由唐绍仪自兼交通总长一职。
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3月30日，袁世凯根据临时参议院的议决结果发布任命，由唐绍仪组织的民国首任内阁宣告成立。有意思的是，在南北议和和南京组阁过程中，唐绍仪与南方革命党人颇多交往，双方倒很有共同语言，似乎其早年的共和、民主观念被再度唤醒。在内阁成立的当晚，唐绍仪在孙中山和黄兴的介绍下欣然加入了同盟会。因此，唐绍仪的这届内阁也有人称之为“同盟会内阁”。
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按唐绍仪的本意，他可能是想借此调和南北矛盾，以顺利的开展内阁的工作；但在袁世凯看来，唐绍仪和革命党人走得太近了，已经有离心的倾向。由此，唐绍仪也与袁世凯埋下了不和的祸根。
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北洋往事：那些军阀那些人 [:1706799474]
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北洋往事：那些军阀那些人
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十三 新内阁危机重重，唐绍仪负气出走
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1912年4月1日，唐绍仪内阁成立。正当国人们都在为战争的和平解决而欢呼、为共和的胜利和国家的统一而感到兴高采烈，民国的起步却从一开始便显得不是那么的顺利。
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危机首先在内阁中爆发。在唐绍仪组建内阁后，部分内阁成员对职位安排并不满意，他们纷纷向唐绍仪提出辞职。譬如农林总长宋教仁，这位30岁刚出头的年轻人，他认为当前有着更重要的事情要办，这小小的农林总长，完全满足不了他的雄心（他要自己组阁！）。因此，宋教仁一而再、再而三地请求辞职，弄得唐绍仪非常难堪。
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内阁中的另一位同盟会员陈其美，他认为给他的工商总长职位不过是调虎离山，因此他根本就没有去北京上任，只是委托了王正廷作为次长前往北京代替他处理事务。财政总长熊希龄本是介于袁世凯势力和南方革命党之间的统一党成员（原为清末立宪派），他鉴于当时的财政问题极其困难，加上内阁中派系复杂，因此也打起退堂鼓，再三向唐绍仪请辞。
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按约定，南方的国务员们在组阁之后应当即时前往北京就任，但在这种情况下，唐绍仪在发布内阁任命后只能一直滞留南京，百般劝说宋教仁等人，希望大家以大局为重，早日北上。眼看首届内阁难产，袁世凯也非常着急，他通过电报不断地对各方进行疏通，以求事态得以圆满解决。
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之所以出现这种情况，主要原因还是南北双方的互不信任。由于南方革命党和袁世凯的北洋军曾经交战过，加上不久前北京又发生兵变，因此南方革命党担心北上会有危险，主张派兵护送国务员北上。这种做法，显然是将南北矛盾提前激化。
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这时，身在武昌的副总统黎元洪站了出来，他一封接着一封地给南京发电报，劝告国务员们尽快北上。在电报里，黎元洪几乎是一把鼻涕一把泪的劝说道：“民国初建，国本未定，民心动摇。即使大家群策群力，尚难图存，何况各部虚悬？各位要是以灭种为旁观，以覆邦为快事，那我黎元洪宁愿垂手待毙，也无怨言！如果各位还看得起我，还请大家按照约定尽早就职，在北京的总长可以先行筹办，在南京的总长还望轻车简从，迅速启行！如果各位北上招致危险，请杀我黎元洪以谢天下！要是各位拥兵自重，以致祸端，那也当罪诸位以谢天下！要是五日之内各位还在延宕观望，那国民必认为诸位是有意弃我民国，如何得了？”
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在舆论的压力下，南京的国务员们也只好勉为其难的前往北京就职。4月15日，蔡元培、宋教仁及其部分参议员随同唐绍仪一起赴京。由于当时津浦路尚未通车，一行人首先从上海坐轮船到天津，然后由天津转乘火车进京。
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临时政府迁到北京后，南京的临时参议院也宣布休会，并随之北迁。4月29日，参议院在北京隆重举行开院仪式，国务总理唐绍仪和各部总长及中外各界人士纷纷出席观礼，连袁总统也亲自前来祝贺并发表演说。不过，这是袁世凯第一次到参议院，也是唯一的一次。说句实话，议会到底是干什么的、有什么样的权力和地位，恐怕袁世凯当时也不甚了了。在潜意识里，他可能还是将参议院看成是前清的资政院，不过咨询襄助罢了。
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尽管有各种矛盾和冲突，但在南北双方的协调与合作下，民国初步的政治构架总算是搭了起来。到1912年四月底，距清帝退位才两个多月（离武昌起义也不过半年），民国已经初具规模，参议院、内阁、大总统都已确定（虽然它们前面都还挂着“临时”二字）。这种民主尝试，在中国历史上可谓是绝无仅有、毫无先例，而中间不过短短的两三个月，其速度不可谓不快，其成绩不可谓不大。但所谓“欲速则不达”，这民国元年的气象看起来虽说是姹紫嫣红，颇有欣欣向荣之势，但其内部隐藏的各种汹涌潜流也绝不容小视。
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最根本的一个问题，也是前面所提到的《临时约法》关于总统与总理的权限划分问题。按《临时约法》的规定，临时大总统发布命令须经过国务总理副署方能生效，这规定的本意，原是要从制度上限制袁世凯的权力扩张，但可惜的是，设想看起来虽然很美，但在现实中却是行不通的。作为一个有两千多年专制传统的国家，陡然从原来的威权体系转换到一个全新的共和民主体制，其中的障碍绝非一朝一夕所能克服，甚至非数十年不能完成这个转换过程。梁启超曾说，即使清帝退位，当时最适合中国的仍旧是开明专制，这话说来不合时宜，却未必没有道理，最糟糕的是，就连开明专制也不可得，那无辜的老百姓就要遭大殃了。
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就拿袁世凯与唐绍仪的关系来说，从十九世纪八十年代开始，唐绍仪便一直追随袁世凯，其僚属身份保持了近三十年，忽然有一天，袁世凯发布命令还需要唐绍仪来副署，非经唐总理的签署不能生效，这叫袁世凯如何接受得了？再者，以唐绍仪的身份地位和能力才干，如果没有袁世凯的支持，他岂能掌控当时如此复杂的局势？倘若唐绍仪从属于袁世凯，局面可能会好一点，但《临时约法》中规定的责任内阁制度想用总理去钳制大总统，特别是中外所看好的袁世凯，那就是书生之见甚至是出于私心了。事实上，在清帝退位后，没有一个人能够代替袁世凯，假如袁世凯那次真的被刺死，那天下大乱、军阀混战提前上演，应是定局。
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可惜的是，唐绍仪虽然追随袁世凯近三十年，但他的骨子里却还是个书生。在清帝退位前，唐绍仪受命前去南北谈判时，他登上南下的火车后便剪去了脑后的长辫，貌似利于谈判，实则是已与清廷决裂。在南北谈判和南京组阁过程中，唐绍仪与南方的革命党相处甚欢，这就不得不引起袁世凯的怀疑与猜忌了。
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按袁世凯最初的想法，他举荐唐绍仪为内阁总理，最初可能是希望唐绍仪作为自己的副手帮助处理政务，而如今唐绍仪与革命党过往甚密，那就未免有借南边的势力与自己对抗之嫌了。从事实上来说，唐绍仪虽然与革命党关系密切，但实际上仍是袁派中人，不过是因为责任内阁起见，为政见而屡屡与袁世凯相争。可问题是，袁世凯是旧派人物，哪里懂得什么总统、总理、责任内阁相互牵制的道理？在他看来，唐绍仪实在是小人得志，无礼至极，难以忍受。
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就连总统府的人，每次见了唐总理前来商讨政事，都私下里愤愤不平的说：“今日唐总理，又来欺负我们总统么？”下人的观念尚且如此，身为大总统的袁世凯，他的角色如何转换得过来？现实毕竟是现实，不能用想象来代替。
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有一次，唐总理因为某事与袁总统起了争执，老袁听得不耐烦了，勃然作色道：“少川，我现在已经老朽了（其实袁世凯就比唐绍仪大一岁），你来做这个总统，可好么？”唐总理骤然听得这么一句，当场就被吓得冷汗直流——这多年的僚属在官长面前，终究是硬气不起来。
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由于与唐绍仪之间的抵牾过多，袁世凯干脆就撇开这个国务总理，直接指挥赵秉钧、段祺瑞等人。有了袁世凯的撑腰，原本就对袁世凯言听计从的赵、段等人更是不把这新官上任的唐绍仪放在眼里。弄到最后，赵秉钧这些人连国务会议都不去参加。如此一来，唐绍仪这个总理怎么做得下去？
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譬如内阁各部人员的安排问题上，唐绍仪主张南北兼顾，但袁世凯直接命令各部仍按之前的委任，只做微调而已。在陆军部，总长段祺瑞先是推荐自己的心腹徐树铮为次长，但由于南方革命党人的不满，唐绍仪改任了原南京临时政府陆军部次长蒋作宾为新陆军次长，并委托蒋物色几个司长、部员人选随同入京，但还没有等到蒋作宾进京，段祺瑞已经安排了五个司长，以至于蒋作宾带来的人根本没有位子可以安置，结果引起了一场大风波，最后唐绍仪只得用增加司长职位的办法来摆平这事。
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至于其他部的人员安排，情况也大抵如此。当时的内阁明显分为两派，袁世凯的势力与南方革命党明争暗斗得不亦乐乎，而唐绍仪本是袁派中人，立场却又接近南方革命党，当时被夹在中间又无法调和双方的矛盾，实在是苦不堪言。用他自己的话来说，“我之内阁，乃背包内阁，多任总理一日，即多负罪一日！”