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乾隆二十二年（1757年）四月十八日，清将军成衮扎布、兆惠等率兵七千名，从巴里坤起程。此次出兵进剿的目的，并不是追捕阿睦尔撒纳，而是专为剿灭厄鲁特蒙古人。因为蒙古游牧都沿河而居，所以他们的捕杀也沿河进行。乾隆二十二年九月，成衮札布在奏报中，汇报了自己带人捕杀蒙古人的情形，他提到：“在图尔根河，剿杀一百余人，收其妻子器械”，“剿杀塔里雅图河口贼百余人，察克玛河口贼四十余人”，“于济尔哈朗河剿杀厄鲁特七户四十人，于博多美和啰剿杀克鲁特一百五十余人”，“搜取绰和尔所种地亩，剿杀玛哈沁三百余人”。从这些汇报可知，清军剿杀的是散居在各条河流边的厄鲁特牧民和农民，根本不是有组织的叛乱部队。
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甚至喇嘛僧人和种田的农民都没能逃脱剿杀。乾隆命令将军到伊犁时，“将彼处喇嘛等剿办”。乾隆二十三年（1758年）八月初四，史书记载清军把在乌梁海种地的五十余户蒙古农民“全行剿杀”。
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直至第二年，乾隆二十三年，厄鲁特部余众都逃入了山谷丛林中，乾隆还命人搜捕，以求斩尽杀绝。《啸亭杂录》载，清军将领二人分别从博罗布尔、赛里木两地，如同打猎一般，由两地向中间的伊犁地区合围，这中间数百里地方，不管是山谷还是林区，只要有人住的地方，“悉搜剔无遗”。当时散居的厄鲁特蒙古人无法抵抗，“虽一部有数十百户，莫敢抗者”。清军“呼其壮丁出，以次斩戮，寂无一声，骈首就死，妇孺悉驱入内地赏军，多死于途，于是厄鲁特之种类尽矣”。（《啸亭杂录》）
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除了像打猎一样屠杀散居的蒙古人之外，清军进行的另一项重要军事活动，就是把大举投降的准噶尔蒙古部落一批批移送到内地，然后再“办理”。
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在清军第三次平准战争中，大部分穷困的准噶尔蒙古人仍然把清军当作把自己从战乱中解救出来的“恩人”，见到清军到来，“妇孺欢呼，如出水火”。更有许多蒙古人听说清军到了，成群结队地，一个部落一个部落地赶赴清军所在地，向他们归顺投降。对于这些人如何处理，心思缜密的乾隆早有指示。早在第三次平准出发之时，他就指示清军将领，在地广人稀之处，见到蒙古人，当时就可杀掉。但是如果遇到大批人户来投降，不要立刻剿杀，因为人数太多，一时杀不过来，“难保无一二逃窜之人，泄漏其事”，令其他部落的人闻讯逃跑。所以他命令，把那些大批投降的蒙古人，要一批批地押送到甘肃内地之后，再全部处死。
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乾隆指示的原文是这样说的：“大兵此次进剿，厄鲁特蒙古人必然会大批投诚。如有到巴里坤投降者，可以把他们的头目先行送到京师，其他部众，可向内地迁移，等到过了巴里坤之后，对那些男人，都尽行剿戮。所余的妻子，酌量分别赏给官兵为奴，不得稍存姑息。”（《清高宗实录》乾隆二十二年二月）
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清军攻克伊犁之后，乾隆再次下旨说：“现在，两路大军接纳的投降蒙古人甚多。他们外表归顺，内心未可全信。可将他们先迁至巴里坤，然后再迁到肃州，然后进行诛戮。”
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平定准部回部得胜图。西域一直是大清帝国版图中最不稳定的部分，直到乾隆消灭了这片草原上这个强悍的民族，把这片土地命名为新疆，中央政府才真正在这里建立了彻底、有力的统治
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平定准部回部得胜图
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数万名投降了清军的蒙古人就这样被长途驱赶到内地，在一些不知名的山谷里，被全部杀掉。
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大屠杀的结果是蒙古民族一个重要支系的消失。准噶尔四部，除杜尔伯特部汗策凌始终未叛，对清朝极表忠诚，得以耕牧如常，以及达什达瓦之妻一小部早降后被迁至他地未灭外，几乎全部被杀掉。《草原帝国》称：“准噶尔人民，主要是绰罗斯部民和辉特部民几乎全部被根除。”据清军将领明瑞奏称，经过他们屠杀之后，自巴尔呼特岭到造哈岭、直到纳林廓勒，乌兰乌苏这些地方，已经“不见一人”。
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俄罗斯西伯利亚当局则向彼得堡报告说：有一个部落“几千顶帐幕，只剩下三顶”。
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这次种族大屠杀的死亡数字，历史上无准确记载。《准噶尔灭亡纪略》中说，屠杀了超过一百万。魏源《圣武记》说，计准部数十万户，“先痘死者十之四”，即因传染病死者十分之四，“继窜入俄罗斯、哈萨克者十之二”，最后“歼于大兵者十之三”。除了妇女、小孩被掠走当了奴隶之外，准噶尔蒙古所剩无几，作为一个大部落已经不复存在。“数千里间无一瓦剌帐篷”。
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噶班沙拉勃在《四卫拉特史》中这样记载屠杀过后的场面：“准噶尔地区几经兵火，残破不堪。耕地、牧场荒废，城镇、村庄被毁，人口更是急骤减少。”很多年以后，龚自珍途经准噶尔，看见“准噶尔故壤，故库尔喀喇乌苏，若塔尔巴噶台，若巴尔库勒，若乌鲁木齐，若伊犁东路西路，无一庐一帐，是阿鲁台（即额鲁特，指准噶尔——笔者注）故种者。”（龚自珍《上镇守吐鲁番领队大臣宝公书》）
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为了填补准部留下的土地，乾隆从各地迁移人口。其中有吉尔吉斯人、哈萨克人，有蒙古部落的喀尔喀人、察哈尔人，有穆斯林东干人，甚至还有来自满洲的锡伯人和高丽人。十多年之后，土尔扈特部落回归中国，也被安置在这片由于自己的兄弟部落被灭绝而空出来的土地上。
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乾隆在国家安全问题上，采取过许多或高明、或精明、或阴鸷的手腕。
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有清一代，喇嘛教是国教，但乾隆并不信黄教。他在评论活佛转世时说：“蒙古呼图克图活佛转世，其实是一种取巧方便的办法……佛本无生死，哪有转世？但是不允许转世，那么数万番僧就无所皈依，所以不得不如此罢了。”（《御制喇嘛说》）
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从这段谕旨看，乾隆对喇嘛教是不屑一顾的。但是，终乾隆一朝，皇帝对黄教领袖，一直极尽尊崇之能事。他把父亲的故府雍和宫改成喇嘛庙，以示对喇嘛教的尊崇。他对达赖和班禅提高了礼遇规格。为了迎接班禅远来，他专门在承德为班禅修建了一座规模宏大的庙宇——普陀宗乘之庙。这座庙耗资巨大，仅为其中的一座殿宇顶部镀金，就花去黄金一万五千多两。他亲派皇六子远赴内蒙古迎接，在承德的接待更是不计成本，优隆备至。
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之所以如此，是因为乾隆很清楚喇嘛教对安定西藏和蒙古的作用。他多次说过“兴黄教，所以安蒙古”，“敬一人而千万悦”。他高屋建瓴，进一步树立达赖喇嘛的权威，由此拥有了确认转世活佛和任命高级教长的权力，从而牢牢地把西藏社会控制在自己手中。
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但是，对于伊斯兰教，乾隆采取了完全不同的做法。他深知这一宗教的进取性，因此在回教地区大力推行政教分离，不允许宗教领袖取得世俗权力。他知道，伊斯兰教一旦实现政教合一，必然爆发强大的扩张力量，给帝国安全带来巨大威胁。平定新疆之后，他大力扶植伊斯兰世界世俗贵族伯克的力量，禁止阿訇干涉政治，高明地抑制了伊斯兰教的活力。他还十分高明地将东干穆斯林从中国西北部迁入新疆，利用他们对抗突厥语族的穆斯林，从而实现以回制回，成功地获得了新疆的稳定。即使以现代政治家的标准来衡量，乾隆对边疆问题的处理也是十分高明的。