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具体经办者加以拖延，以此幸免。吴应箕也是逮捕对象，“周镳下狱，应箕入视，大铖急捕之，亡命去。”[89]幸免者还有侯方域，他得到风声逃离南京前，留书阮大铖，立此存照：
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昨夜方寝，而杨令君文骢（即杨龙友）叩门过仆曰：“左将军兵且来，都人汹汹，阮光禄飏言于清议堂，云子与有旧，且应之于内。
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阮大铖《咏怀堂诗集》刻本。
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民初，曾有一个阮大铖诗再发现小高潮。1916年，王伯沆费尽心力，觅得《咏怀堂诗集》《诗外集》四册。1921年，柳诒徵又偶然从南京旧书肆发现《辛巳诗》一册。因王、柳两先生的成果，1928年，南京国立中央大学国学图书馆盋山精舍以刻本印行《咏怀堂诗集》，不惜重金，品质极精。
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阮大铖书法。
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阮大铖确为全才型人物，诗、曲、书、园林、出版等诸多方面，或一时之选，或行家里手。此为其行书作品。
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痛骂辣讽：
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士君子稍知礼义，何至甘心作贼，万一有焉，此必日暮途穷，倒行而逆施……仆且去，可以不言语，然恐执事不察，终谓仆于长者傲，故敢述其区区。[90]
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并非人人有此幸运，复社名流陈贞慧确实被捕，几死[91]。又下令逮捕吕大器、左光先（浙江巡按、左光斗堂弟）、户科给事中吴适。吕大器因先已返回四川老家，“以蜀地尽失，无可踪迹而止”[92]；左光先倒是抓到了，但押解途中“乱亟道阻，间行，走徽岭得免”[93]；吴适不幸，真的身陷囹圄，罪名是“东林嫡派，复社渠魁”[94]——至此，东林、复社已公然是论罪依据。终于，屠刀也举起来了，刀下之鬼便是周镳、雷祚，两人于乙酉年四月初九（1645年5月4日）遇害：
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谓二人实召左兵（左良玉兵变），趣赐自尽。乃各作家书，互书“先帝遗臣”于腹，投缳死。遗命勿葬，如伍子胥抉目事，置棺雨花台侧，未浃月（不足一个月）而南都破矣。[95]
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以上，仅为零散迫害，实际上阮大铖已做好准备，随时开展一个全面打击东林—复社分子运动，将其一网打尽，并拟就一份名单：
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时孙振与阮戎政大铖欲阱诸异己，有十八罗汉、五十三参、七十二菩萨之说。[96]
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《幸存录》也说：
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未几，有妖僧者，自称先帝，又自称为某王，殆类病狂者，而张孙振与大铖欲借以起大狱，流传有十八罗汉五十三参之名，海内清流，皆入其内，如徐石麒、徐汧、陈子龙、祁彪佳之属咸列焉，即余未尝一日为京朝官、杨廷枢一老孝廉，而罗织俱欲首及之。[97]
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之前，名单认定工作早就悄悄进行，“阮大铖作正续《蝗蝻录》、《蝇蚋录》，盖以东林为蝗，复社为蝻，诸和从者为蝇为蚋。”[98]蝗、蝇易懂，蝻是蝗之幼虫，蚋便是蚊子。他总共编了三本名册（《蝗蝻录》共有正、续两本），以蝗、蝻、蝇、蚋为比喻，分别列入东林、复社成员，以及东林、复社的追随者。然后，一直等待合适的时机。甲申年十二月起，接连发生大悲和尚、南来太子等案，因案情牵及帝位，阮大铖认为是绝好由头，就此发难。所谓“罗汉”、“菩萨”等名目，与魏忠贤编造《东林点将录》，比照《水浒传》一百单八将给东林要人逐一加派诨名的做法，一脉相承，等于阮大铖不打自招。此名单，《小腆纪年附考》第327、328页有较详披露，于兹不赘。而所有史家一致认为，名单一旦落实，国中清流，将无孑遗。
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事在一发千钧之际。李清说：“非上宽仁，大狱兴矣。闻马辅士英亦不欲，故止诛大悲。”[99]夏允彝也说：“马（士英）意颇不欲杀人，故中止。”[100]除此外，还有更重要的原因，即左良玉突然兵变，以清君侧之名，拔营东来，阮大铖辈已无力将大狱付诸现实。
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乙酉年三月二十五日[101]（1645年4月21日），左良玉自武昌反。左良玉与东林渊源甚深，他的“清君侧”，公开理由之一是替东林打抱不平，时人有诗，将该事件形容为“东林一路踏江南”[102]。左氏起兵前，在宣言中怒斥阮大铖：
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睚眦杀人，如雷祚、周镳等，锻炼周内，株连蔓引。尤其甚者，借三案为题，凡生平不快意之人，一网打尽。令天下士民，重足解体。[103]
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事变既生，马士英、阮大铖悉遣江北重兵迎拒左良玉，黄淮防线为之一空，清兵渡淮时，“如入无人之境”[104]。以此观之，明不亡于寇虏，而亡于党争之说，倒也凿然。
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