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这时的新变化还包括封门的扩大，封门已扩大到墓壁处，高度上超过了墓口，有的封门实际上成了一道护墙。穹隆顶在前一时期即已减少，这一时期更是几近消失，哪怕简单的长方形墓也开始使用券顶。个别还有穹隆顶的墓葬，面积也增大了，平均可达13.8平方米（图4.41），而简单的长方形墓面积要小得多，平均只有4.6平方米。
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图4.41 南京地区某穹隆顶墓平、剖面图
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这一时期的墓内继续使用壁龛，龛内一般放一只碗，很可能代表了长明灯（里面有油和灯芯），在壁龛的下面出现了嵌入墓壁的砖砌假棂窗。排水系统有所改进，棺床更为常见，这点在南京以外地区尤其明显。不过祭台的使用呈减少的趋势。此外，墓砖变小了，但装饰更加华丽；有的大墓中可以看到一些模印着四神或怪兽的墓砖。这一时期，素为考古学家所重的纪年砖变得更为普遍。
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第三个阶段（即公元6世纪）是长江下游地区经济迅猛发展的时期，但是南京饱受了战争之苦和政局动荡之患，这种状况一直延续到开皇十九年（公元589年）被隋所占，夷为平地。见诸报道的南京及周围地区墓葬比前一阶段有所减少。这一时期仍流行长方形墓和“凸”字形墓，墓内仍有排水沟、假窗、棺床和壁龛设施，壁龛的形状逐渐变为梨形[110]。有一座值得特别关注的墓葬，地面分上下两层，下层筑有一条阴沟，上层则将棺床筑成墓葬的一个有机组成部分（图4.42）[111]。还有一座较为特殊的墓葬，墓壁内筑有排列的附柱，用于抵挡来自墓外的压力，这种设计可能是受其他地区影响而出现的；该墓的装饰性画像砖同样引人注目[112]。总体而言，南京的墓葬形制颇为守旧，一些有意思的新风格只有在南京以外才能见到[113]。
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图4.42 南京童家山南朝墓平、剖面图
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南方诸政权的政治中心位于南京，但其经济基础则位于江苏南部、浙江西北部和安徽东部地区。南京是河流水系密集之地，借此可以获取周围地区的农业、商业和矿产资源，尤其是南方的三吴地区（指吴、吴兴和会稽三郡）。三吴在汉代的重要性还不那么明显，但随着汉末的分裂，尤其是建武元年（公元317年）晋朝迁都南京之后，三吴得到了重要的发展，在文化、政治和经济上的地位都变得异常突出[114]。
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这一地区的墓葬不像南京那样类别明显。在整个六朝时期，三吴地区都存在当时典型的长方形墓和“凸”字形墓，但也出现了结构更为复杂的多室墓。在吴和西晋早期，这种多室墓的面积一般较大（平均为17.9平方米），形制也比南京地区更为多样。图4.43是三吴地区部分墓葬的平、剖面图，都发现于南京以南地区，如江苏溧阳、句容、金坛、江宁、高淳以及安徽的马鞍山地区。值得注意的是，在这些地区，结构复杂的墓葬在数量上远多于结构简单的墓葬，这点与南京的情况正好相反，表明当地地主家族势力的强大。圆形或墓壁外凸的墓也在这个地区开始出现，到下一个阶段才传到南京。
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图4.43 三吴地区多墓平、剖面图
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宜兴周氏家族墓是大型墓葬的一个绝佳实例。宜兴位于太湖之滨，在战略上十分重要，地控南入太湖、再由陆路北上南京的交通要道[115]，因此宜兴在军事和经济上都占有非常重要的地位，周氏家族正因为控制了这个地区，才成了当地望族[116]。
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图4.44 江苏宜兴周氏家族墓园墓平、剖面图
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周氏家族墓地的年代从西晋元康七年（公元297年）一直延续到建兴四年（公元316年），很好地反映了墓葬形制变化的过程[117]。包括一座“凸”字形墓（图4.44，A，面积13.94平方米），一座圆罐形墓（图4.44，B，面积23.32平方米），四座前、后室墓。在四座前后室墓中，有三座的墓室大体呈圆形，一座（图4.44，C）带有两个狭长的耳室，可能也是陈放遗体的；双室墓都是穹隆顶。这6座墓的长度6米～13米不等，平均面积23.36平方米。周处（卒于元康七年，即公元297年）很可能死于战场，据说晋廷为了奖励他的战争事迹，曾赐予葬地一顷（《晋书》卷58），其墓地所在的山头至今仍被称作“周墓墩”。文献中还提到其他几个类似的家族墓地，表明当时的家族势力是非常强大的。这还只是一个家族的墓地而已，它只是统治当地的几个周氏家族的一支，而且统治的时间很短。这些家族努力为朝廷牢牢控制着这一地区，他们也因此得到皇室的垂青，获得了很高的地位，这些家族墓地的宏大规模正是他们政治地位的反映。
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与南京一样，随着建武元年（317年）之后北方难民的涌入，三吴地区的传统埋葬方式也受到了冲击，分段式的双室墓被“凸”字形墓取代，并成为最流行的墓葬形制，镇江与扬州还发现了几座刀形墓的实例（图4.45）。
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图4.45 江苏镇江某刀形墓平、剖面图
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图4.46 南京地区某南朝大墓葬平、剖面图
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三吴地区的东晋埋葬模式到南朝时期仍在延续，但奇怪的是，与当时的南京地区一样，这里的墓葬见诸报道的并不多。大墓里都有分层的地面和棺床，有些局部（如甬道石门）可能借鉴了皇室墓葬的做法（图4.46）。总的来说，这一时期的埋葬模式给人以受压制之感，与前一阶段对新式墓葬模式的主动追求形成鲜明的对比。
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在三吴以南的杭州湾地区，墓葬沿着河湾、海岸、河流分布，或分布于山中，反映当地的经济发展水平相对较低。太湖盆地的墓葬种类明显比较单一，但也有例外，如杭州发现了一座带三个墓室的大型分段式墓葬[118]，在衢县（今杭州衢江区）发现了一座带耳室的墓葬[119]，在金华发现了两座双室墓[120]，黄岩还发现了一座长方形墓、六座刀形墓和八座“凸”字形墓，都位于浙江沿海地区[121]。这个地区在墓葬形制上从西晋到南朝似乎都非常守旧，发现了很多东晋时期的传统的长方形、刀形和“凸”字形墓，但无一多室墓。唯一的创新可能出现在绍兴东南嵊县（今嵊州市）的两座墓中，两墓的墓底铺有多条排水管（图4.47）[122]。这个地区直到隋代才出现大墓，“凸”字形墓的墓底面积也在8平方米的基础上翻倍了。