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六月，清军占领杭州，潞王朱常涝与巡抚张秉贞投降。闰六月，黄道周、郑芝龙等在福建奉唐王朱聿键为监国，不久称帝。鲁王朱以海也在绍兴监国。十月，桂王之子朱由榔在广东肇庆受两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜迎立，称监国，随即称帝，改明年为永历元年。唐王、鲁王都是短命政权，只有桂王政权支撑的时间稍长一点。它们的存在显示了明朝皇室世系的延续，成为人们抗清斗争的精神支柱，而真正的抗清力量却是接受南明招抚的农民军余部，以及东南沿海的郑氏集团。在顺治十八年（1661年）吴三桂率兵追入缅甸，俘获桂王，南明灭亡后，以农民军为主体的抗清斗争还在继续，这就是李来亨、郝摇旗率领的夔东十三家，一直坚持到康熙三年（1664年）。东南沿海的郑成功在士大夫张煌言等策动下，顺治十六年从海路溯长江，直逼南京，由于孤军深入而失败，张煌言被俘遇害。两年后，郑成功率部转移至台湾，与清朝继续对抗。
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清朝军队入关、进京，打出“与流寇争天下”，为明朝“雪君父之仇”的旗号，没有遇到什么阻力就顺利地实现了改朝换代。清初沿袭明代制度，翻译《洪武宝训》，由清世祖写序后颁行天下，自认为继承明朝统治，与天下共遵明之祖训，是历史上改朝换代所罕见。然而它毕竟是满族建立的政权，势必要引起汉族的反感，这种矛盾在江南反映得尤为明显。清军席卷江南，遭到具有民族气节的一些志士仁人的反抗，吴易、吴兆奎起兵于吴江，陆世钥起兵于苏州，侯峒曾、黄淳耀起兵于嘉定，沈犹龙起兵于松江，王永祚起兵于昆山，卢象观起兵于宜兴，严栻起兵于常熟，钱栴（zhān）、钱稴（bǐng）起兵于嘉善，虽然人少力弱，持续时间很短，政治影响却不小。还有一些激进分子，从事密谋策划，图谋复辟明朝，顺治四年（1647年）他们策划了吴胜兆反正事件，清政府极为震惊，乘机把一些坚决持不合作态度的著名人士如陈子龙、夏完淳一网打尽。但是江南士绅中的不合作倾向依然存在，不仅顾炎武为代表的一派采取不合作态度，就连钱谦益、吴伟业代表的一派，虽然降清，但不愿做官，后来被迫出来做官，也郁郁不得志，牢骚满腹。而江南的豪绅在明朝就凭借特权隐匿土地、逃避赋税，在明清鼎革之际，又大买田宅，承袭前代特权，规避赋役，与清朝政府之间的矛盾日趋尖锐。
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清世祖像
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清朝政府必须在江南采取大动作，给予制裁、打击，“奏销案”便是一个突破口，实际是上述诸矛盾的总爆发。
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顺治十五年（1658年）清世祖在给户部的谕旨中，对江南豪绅隐瞒、拖欠钱粮极为不满，明确宣布：“文武乡绅、进士、举人、贡监、生员及衙役，有拖欠钱粮者，各按分数多寡，分别治罪。”于是从顺治十七年开始，派出官吏专门督理拖欠钱粮，对州县官钱粮奏销情况进行严格追查。次年，在苏、松、常、镇四府及江宁府溧阳一县，查出豪绅拖欠钱粮者13500多人，衙役拖欠钱粮者240人，革去功名或官职，还要“枷责”，一时间“鞭扑纷纷，衣冠扫地”，进而要“追比”——追交拖欠的钱粮，迫使他们抛售田产。四府一县受黜革降调处分的乡绅有2171名，生员有11346名，共计13517名，以至于江南“庠序一空”，保持举贡、生员头衔的人寥若晨星。这些人还要提解至京，从重治罪，“一时人皆胆落”。显然，政府此举的目的不仅是“追比”，而是迫使江南豪绅、士子就范。
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与“奏销案”相伴随的是乡试舞弊案件，即所谓“科场案”。科场舞弊本来是科举考试中司空见惯的现象，清初统治者大兴问罪之师，醉翁之意不在酒，意在与“奏销案”相配合，打击江南文人。这次揭发了顺天、江南、河南、山东、山西等地科场舞弊，其中顺天、江南最严重，涉及很多江南文人。杜登春《社事始末》回忆此事说：“江浙文人涉丁酉（顺治十四年）一案不下百辈，社局于此索然，几几乎熄矣。一年之间，为槛车谋行李，为复壁谋衣食者无虚日。”顺天乡试的考官李振邺等，中式举人田耜等被杀；南闱正副主考、十六房分考官都被杀，家产抄没入官，处分比北闱重。尔后又在北京复试，考场有士兵站岗警卫，士子胆战心惊不能完卷，革去北闱举人八名，南闱举人吴兆骞等八人打四十板，家产充公，父母妻子兄弟一并流放宁古塔。可见科场案对于江南豪绅中的书香门第在政治上是一次沉重打击，阻断了他们进入官场的途径。
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顺治十八年（1661年）苏州吴县发生的“哭庙案”也是如此。吴县新任知县任维初为了征收欠税制定了苛刻的措施，引起文人学士不满，二月初五日他们聚集在孔庙悼念不久前去世的清世祖，借机发泄积愤，其时江苏巡抚与许多达官贵人都在场，闹得好不尴尬。结果带头的文人学士中十一名领袖人物被监禁，其中有著名的文学评论家金人瑞（圣叹）。五月初在南京初审，八月七日行刑，财产充公，家属发配满洲。才华横溢的金圣叹成了这场政治斗争的牺牲品。“奏销案”起先只限于无锡、嘉定两县，“哭庙案”发生后，当局决定扩大到四府一县，许多头面人物如吴伟业、徐乾学、徐元文、叶方蔼等几乎全被罗织在内。
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随着形势的变化，矛盾渐趋缓和。康熙三年（1664年）正式下令豁免顺治元年至十五年的拖欠钱粮，使奏销问题无形之中淡化，以后又多次减免江南钱粮。康熙二十九年（1690年）清圣祖南巡至苏州，户部尚书徐元文讲到江南欠税，清圣祖完全采取宽容态度。政治上的笼络显得更为明显，昆山徐家一门三及第，为江南士子津津乐道。徐乾学是康熙九年的探花，官至刑部尚书；徐元文是顺治十六年的状元，康熙九年充经筵讲官（皇帝的教师），官至户部尚书；徐秉义是康熙十二年的探花。这成为清初科举盛事，王士禛《池北偶谈》称：“同胞三及第，前明三百年所未有也。”除了徐氏三杰之外，受到清廷重视的江南士子还有叶方蔼、张廷书等人，康熙十七年的博学鸿词与十八年的修明史，都是他们促成的。顾炎武的学生潘耒、晚明四公子之一陈定生之子陈维崧以及尤侗、朱彝尊等通过博学鸿词科而进入官场；黄宗羲之子黄百家、学生万斯同等进入明史馆，奉命修史。这些措施，明显地改善了清廷与江南文人学士的关系。
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国史概要（第四版） 92．康熙之治
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清圣祖康熙皇帝是清朝最堪赞誉的贤明君主，武功与文治都无与伦比。平定三藩之乱（吴三桂、耿精忠、尚可喜的叛乱）；遏制沙皇俄国的扩张，签订《中俄尼布楚条约》，划定中俄东段边界；平定割据台湾的郑氏集团，使台湾回归祖国；率领军队征讨厄鲁特蒙古的准噶尔部，击败它的首领噶尔丹。康熙皇帝武功中最为引人注目的几件大事，彪炳于史册而毫无愧色。
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更值得关注的是他的文治，令人刮目相看。在他的倡导下，编成了收字四万九千多的《康熙字典》，一百八十卷的《大清会典》，一百零六卷（拾遗一百零六卷）的《佩文韵府》，九百卷的《全唐诗》等鸿篇巨制，并且企划了一万卷的《古今图书集成》。他还豁达大度地派遣耶稣会士到全国各地测量，制作了中国第一部实测地图《皇舆全览图》。
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清圣祖像
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《红楼梦》作者曹雪芹的祖父曹寅，深受康熙皇帝的器重，在他第五次南巡时，交待曹寅编辑、出版《全唐诗》的任务，这是他十分看重的大型文化工程项目，力图在显赫的武功之外，凸显自己的文治。曹寅正好是一个恰当的人选，他既是满洲亲信，又是一个在汉人文学圈内崭露头角的诗人，而且他先后担任的江宁织造和两淮巡盐御史，都是肥缺，有足够的财力资助这一文化工程。曹寅团结了一大批江南文人，在不到两年时间里，完成了收罗二千二百多诗人、四万八千九百多诗作、篇幅达九百卷的《全唐诗》，为康熙的文治增添了浓墨重彩的一笔。
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文治的另一方面是对宋学的提倡。
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清朝文化中最鼎盛的部分，首先是以经学为中心的学术。这一时期经学发展到了一个新阶段，超过了两汉以来的经学，经学研究扩展到一般学者中，使之成为一门学问，具有学术性，是两汉经学所无法比拟的。以程朱理学为主的宋学成为主流，是一大特点，这与康熙皇帝的提倡有很大的关系。
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《康熙字典》书影
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在康熙以前，还没有形成真正意义上的宋学，学者们一边讲学一边钻研宋学，继承儒家正统学脉，阅读经典原著，进行踏实的研究。到了康熙时代，学者们停止了浮而不实的讲学（讲会）活动，专心对儒学原典进行深度探究。孟森《明清史讲义》中说，“圣祖尊宋学”，“欲集宋学之大成”，是切中肯綮的。江南名士徐乾学收集宋朝经学家著作，编成《通志堂经解》，就是集宋学之大成的尝试。李光地、熊赐履都是以宋学名臣而得到康熙皇帝的宠信。他们著书立说，以尊程朱、崇正学、辨道统为己任。因为这个背景，康熙一朝，宋学名臣辈出，诸如陆陇其、汤斌、张伯行、于成龙、陈鹏年、赵申乔等人，不仅对于宋学的发扬光大有所贡献，而且自身的道德、操守也成为一时的楷模。
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在清朝诸帝中，康熙最值得表彰的是他以一种海纳百川的胸怀、充满自信的心态，接纳耶稣会士以及他们所带来的西学。内藤湖南在《清朝史通论》中说：“康熙帝是个对西洋学术非常感兴趣的人，又有统一各民族的雄心，因此，绝对不是只尊重中国学术的人，在尊重中国学术的同时，对西洋的学术也很尊重，大量地使用西洋人。”事实确实如此。
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耶稣会士南怀仁受到康熙皇帝的重用，是由于他在南怀仁身上看到了西洋人比中国人具有更精密的、实用的知识，因此要他制造新的天文观测仪器；并且规定，以后的天文历法工作，一定要由西洋人主要负责。在南怀仁的影响下，中国学者梅文鼎写了《历算全书》，成为中国人研究西洋数学的奠基之作。康熙本人在这方面不仅大力提倡，而且身体力行。在新旧历法的争论中，他为了判明其中的是非，破天荒地努力学习西洋数学。在第一历史档案馆还保存了当年康熙的“算草”——演算数学的草稿纸，以及他使用过的三角尺、圆规、计算器。一个皇帝竟然如此认真学习西方的科学，是前所未有的，以后也不曾再有，不能不令人叹为观止。