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始皇返回时途经吴县，乘船渡过长江。沿海岸而上，向北来到琅邪。方士徐巿等人到海中寻找神药，多年过去仍未找到，耗费大量财物，担心受到惩罚，就欺骗始皇说：“蓬莱的神药是可以找到的，然而我总被一条大鲨鱼所困扰，所以不能到达蓬莱，希望派一些擅长射箭的人与我同行，见到大鲨鱼就用连弩射它。”始皇在梦中与海神交战，海神长着人的相貌。始皇命人占卜此梦，博士说：“水神是看不到的，他以大鱼和蛟龙为征兆。现在陛下虔诚地祷告和祭祀，却梦见这样一个凶神，应当将其除掉，然后善神就能出现了。”于是始皇命令海上的人携带捕杀大鱼的器具，并且自己带上连弩等待大鱼出现时射它。从琅邪向北行进到荣成山，都没有遇见大鱼。到了之罘山，终于看见大鱼，射死了一条。于是始皇沿海岸西行。
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至平原津而病。始皇恶言死，群臣莫敢言死事。上病益甚，乃为玺书赐公子扶苏曰：“与丧会咸阳而葬。”书已封，在中车府令赵高行符玺事所，未授使者。七月丙寅，始皇崩于沙丘平台。丞相斯为上崩在外，恐诸公子及天下有变，乃秘之，不发丧。棺载辒凉车【辒凉车：可以供人躺下休息的车子，有帷帐。】中，故幸宦者参乘【参乘：陪乘的人。古代乘车，御者居中，尊者在左，参乘在右。】，所至上食。百官奏事如故，宦者辄从辒凉车中可其奏事。独子胡亥、赵高及所幸宦者五六人知上死。赵高故尝教胡亥书及狱律令法事，胡亥私幸之。高乃与公子胡亥、丞相斯阴谋破去始皇所封书赐公子扶苏者，而更诈为丞相斯受始皇遗诏沙丘，立子胡亥为太子。更为书赐公子扶苏、蒙恬，数以罪，其赐死。语具在《李斯传》中。行，遂从井陉抵九原。会暑，上辒车臭，乃诏从官令车载一石鲍鱼【鲍鱼：咸鱼。】，以乱其臭。
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始皇来到平原津就生病了。他厌恶说死，群臣没有敢提到死的事情。始皇的病情日益加重，于是就写了一封盖有御玺的书信赐给公子扶苏说：“回来护送我的灵柩回咸阳下葬。”书信已经封好，放在掌管符节印玺的中车府令赵高那里，没有交给使者。七月丙寅日，始皇在沙丘平台去世。丞相李斯认为皇帝在外地去世，担心众皇子和天下百姓会生出变故，就封锁了消息，不举办丧事。始皇的棺材用辒凉车运载，由原来受到宠幸的宦者在右侧陪乘，随时进献饮食。百官也照常奏报政事，宦者总是从辒凉车里批准他们所奏之事。始皇去世的事情只有公子胡亥、赵高和五六个亲近的宦者知道。赵高过去曾经教胡亥学习写字和刑狱法令之事，胡亥私下里与他很亲近。赵高就与公子胡亥、丞相李斯暗中商议毁掉始皇所封好的赐给公子扶苏的诏书，而谎称丞相李斯在沙丘接受始皇遗诏，立儿子胡亥为太子。他们又另写了诏书赐给公子扶苏、蒙恬，列举他们的罪状，命令他们自杀。这些事情在《李斯列传》中。众人继续前行，最终从井陉来到九原。当时正值暑天，始皇的辒凉车散发出腐臭的气味，李斯以诏书命令随行官员每车载一石咸鱼，用来混淆始皇尸体的气味。
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行从直道至咸阳，发丧。太子胡亥袭位，为二世皇帝。九月，葬始皇郦山。始皇初即位，穿治郦山。及并天下，天下徒送诣七十余万人，穿三泉，下铜【下铜：以铜汁灌地，防止渗水。】而致椁，宫观、百官、奇器、珍怪徙臧满之。令匠作机弩矢，有所穿近者辄射之。以水银为百川江河大海，机相灌输，上具天文，下具地理。以人鱼膏【人鱼膏：一说为娃娃鱼的油脂，一说为鲸鱼的油脂，由于年代久远，缺少可靠的记载，难以断定。】为烛，度不灭者久之。二世曰：“先帝后宫非有子者，出焉不宜。”皆令从死，死者甚众。葬既已下，或言工匠为机，臧皆知之，臧重即泄。大事毕，已臧，闭中羡yán，下外羡门【羡门：墓道之门。】，尽闭工匠臧者，无复出者。树草木以象山。
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秦始皇焚书坑儒，选自《帝鉴图说》。
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众人经由直道回到咸阳，这才公布始皇的死讯。太子胡亥承袭帝位，成为二世皇帝。九月，在郦山安葬始皇。始皇刚即位时，就开凿郦山修建陵墓。等到他兼并天下，从全国征发七十多万刑徒，挖地至三重泉水的深度，用铜汁灌地为外棺，陵墓内部宫室、官署、奇珍、异宝充斥其中。始皇命令工匠制造机关弓弩，有人挖开陵墓接近墓室就会遭到射击。墓室里用水银做成江河湖海的样子，用机关使其相互灌注流通，上方有日月星辰，下方有山川景观。用人鱼的油脂做成蜡烛，估计可以点燃很长时间。二世说：“先帝后宫中没有儿子的嫔妃，放出宫外不合适。”他下令让她们都为始皇殉葬，死去的人非常多。下葬完毕，有人说工匠制造了机关，对里面所藏的珍宝很清楚，藏有珍宝的消息恐怕会泄漏出去。丧事办完以后，把珍宝封藏好，又把墓道的门关闭起来，把工匠和珍宝都关在里面，没有一个人逃出来。又在坟丘上种植草木，使其看上去像山丘一样。
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二世皇帝元年，年二十一。赵高为郎中令，任用事【任用事：掌握大权。】。二世下诏，增始皇寝庙牺牲及山川百祀之礼，令群臣议尊始皇庙。群臣皆顿首言曰：“古者天子七庙【七庙：指天子七代祖先之庙。始祖居中，其余按父子顺序分居两侧，左称昭，右称穆。传承数代以后，在位天子只保留与自己世代较近祖宗的庙，除始祖和个别功勋卓著的祖先外，与其世代相隔太远的庙就要毁弃，而将神主移至始祖庙中，始终保持七庙的数量。】，诸侯五，大夫三，虽万世世不轶毁。今始皇为极庙，四海之内皆献贡职，增牺牲，礼咸备，毋以加。先王庙或在西雍，或在咸阳。天子仪当独奉酌祠始皇庙。自襄公已下轶毁，所置凡七庙。群臣以礼进祠，以尊始皇庙为帝者祖庙。皇帝复自称‘朕’。”
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二世与赵高谋曰：“朕年少，初即位，黔首未集附。先帝巡行郡县，以示强，威服海内。今晏然【晏然：安定的样子。】不巡行，即见弱，毋以臣畜天下。”春，二世东行郡县，李斯从。到碣石，并海，南至会稽，而尽刻始皇所立刻石，石旁着大臣从者名，以章先帝成功盛德焉：
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皇帝曰：“金石刻尽始皇帝所为也。今袭号而金石刻辞不称始皇帝，其于久远也如后嗣为之者，不称成功盛德。”丞相臣斯、臣去疾、御史大夫臣德昧死言：“臣请具刻诏书刻石，因明白矣。臣昧死请。”制曰：“可。”
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遂至辽东而还。
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二世皇帝元年（前209年），胡亥二十一岁。赵高担任郎中令，受重用执掌政事。二世下诏书，增加始皇陵寝和宗庙用的牲畜数量，提高对名山大川的祭祀等级，让群臣议论尊崇始皇庙的方法。群臣都叩头进言说：“古时候天子有七座宗庙，诸侯有五座宗庙，大夫有三座宗庙，即使经过万世也不能毁坏。现在始皇庙是级别最高的庙，四海之内都进献贡物，增加祭祀用的牲畜，礼仪都很完备，不需要再增加了。先王庙有的在西雍，有的在咸阳。按照天子的礼仪，陛下应该亲自捧着酒杯去祭拜始皇庙。自襄公以下的宗庙都已毁掉，所设置的一共七座宗庙。群臣按照礼仪进献祭品，以此尊崇始皇庙为皇帝的祖庙。皇帝应该重新自称‘朕’。”
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二世和赵高商议说：“我年龄小，刚登上帝位，黔首还没有归顺。先帝巡视郡县，以此显示强大，用威势让海内民众臣服。现在天下安定而不出去巡游，就是显示弱小，无法让天下人臣服。”春季，二世向东巡视郡县，李斯随行。到达碣石后，沿海岸行进，向南到达会稽，并且在始皇所立的石碑上都刻了文字，石碑旁还刻有随行大臣的名字，来彰显先帝的丰功伟绩：
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皇帝说：“这些石碑都是始皇帝所立的。现在我继承了皇帝的称号，可是这些石碑所刻文字不称始皇帝，等到很久以后看起来就像是后来继位的人所立的，配不上始皇帝的丰功伟绩。”丞相臣李斯、臣冯去疾、御史大夫臣德冒死进言：“我们请求将诏书全部刻在石碑上，这样就清楚了。我们冒死提出这一请求。”制命说：“可以。”
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二世到达辽东后返回国都。
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于是二世乃遵用赵高，申法令。乃阴与赵高谋曰：“大臣不服，官吏尚强，及诸公子必与我争，为之奈何？”高曰：“臣固愿言而未敢也。先帝之大臣，皆天下累世名贵人也，积功劳世以相传久矣。今高素小贱，陛下幸称举，令在上位，管中事。大臣鞅鞅【鞅鞅：同“怏怏”，不满意的样子。】，特以貌从臣，其心实不服。今上出，不因此时案郡县守尉有罪者诛之，上以振威天下，下以除去上生平所不可者。今时不师文而决于武力，愿陛下遂从时毋疑，即群臣不及谋。明主收举余民【余民：遗民，亡国之人。】，贱者贵之，贫者富之，远者近之，则上下集而国安矣。”二世曰：“善。”乃行诛大臣及诸公子，以罪过连逮少近官三郎【少近官三郎：指近侍、郎官。】，无得立者，而六公子戮死于杜。公子将闾昆弟三人囚于内宫，议其罪独后。二世使使令将闾曰：“公子不臣，罪当死，吏致法焉。”将闾曰：“阙廷之礼，吾未尝敢不从宾赞【宾赞：司仪。】也；廊庙之位，吾未尝敢失节也；受命应对，吾未尝敢失辞【失辞：说错话。】也。何谓不臣？愿闻罪而死。”使者曰：“臣不得与谋，奉书从事。”将闾乃仰天大呼天者三，曰：“天乎！吾无罪！”昆弟三人皆流涕拔剑自杀。宗室振恐。群臣谏者以为诽谤，大吏持禄取容，黔首振恐。
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这时二世就采用赵高的建议，申明法令。他私下里和赵高谋划说：“大臣不顺服，官吏的势力还很强大，皇子们一定会与我争夺帝位，怎么办呢？”赵高说：“我本来就想说却没敢说。先帝的大臣，都是天下世代享有声望的权贵，他们创建功勋世代传承已经很久了。现在我向来身份卑贱，承蒙陛下的信任抬举，才让我身居高位，得以掌管宫中事务。大臣心里都很不满意，特意在表面上很顺从我，他们心里其实不服气。现在陛下外出，不如趁这个时机调查郡县守尉，如果有罪就将他处死，对上能够用声威震慑天下，对下能够铲除陛下平生所不满意的人。当今时代不能采用文治的方法而要采用武力的手段，希望陛下能够顺应时势而不要犹豫，在群臣还没来得及谋划的时候动手。圣明的君主可以收养遗民，使卑贱的人高贵，使贫穷的人富有，使远方的人归顺，那么上下就会和睦，而国家就会安定了。”二世说：“很好。”于是他诛杀很多大臣和众皇子，因罪株连近侍郎官，没有能够保住官位的人，并且始皇的其他六个儿子都在杜县被处死。公子将闾兄弟三人囚禁在内宫，最后单独审议他们的罪行。二世派使者对将闾说：“公子没有尽到大臣的职责，论罪应当处死，官吏将会施以法律制裁。”将闾说：“宫廷的礼仪，我从来不敢不服从司仪的指挥；朝廷的位次，我从来不敢不遵守礼节；接受命令回应质询，我从来不敢有言语的差错。为什么说我没有尽到大臣的职责呢？希望让我知道自己所犯下的罪行之后再死去。”使者说：“我没有参与谋划，只是奉诏事。”将闾于是仰天大喊三声，说：“苍天啊！我没有罪！”兄弟三人都流着眼泪拔剑自杀。宗室子弟都非常害怕。群臣进谏的就会被认为是诽谤，大臣拿着俸禄以求安身，黔首都很害怕。
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四月，二世还至咸阳，曰：“先帝为咸阳朝廷小，故营阿房宫为室堂。未就，会上崩，罢其作者，复土郦山。郦山事大毕，今释阿房宫弗就，则是章先帝举事过也。”复作阿房宫。外抚四夷，如始皇计。尽征其材士五万人为屯卫咸阳，令教射，狗马禽兽，当食者多，度不足，下调郡县转输菽粟刍藁【刍藁：牲畜吃的草料。】，皆令自赍粮食，咸阳三百里内不得食其谷。用法益刻深。
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七月，戍卒陈胜等反故荆地，为“张楚”。胜自立为楚王，居陈，遣诸将徇地。山东郡县少年苦秦吏，皆杀其守尉令丞反，以应陈涉【陈涉：陈胜，字涉。】，相立为侯王，合从西乡，名为伐秦，不可胜数也。谒者【谒者：官名，负责传达政令。】使东方来，以反者闻二世。二世怒，下吏。后使者至，上问，对曰：“群盗，郡守尉方逐捕，今尽得，不足忧。”上悦。武臣自立为赵王，魏咎为魏王，田儋dān为齐王。沛公起沛。项梁举兵会kuài稽jī郡。
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四月，二世回到咸阳，说：“先帝因为咸阳宫廷狭小，所以兴建阿房宫作为居室和堂屋。宫殿还没有建成，就赶上先帝去世，停止动工，调去郦山建造墓地。郦山的工程已经完毕，现在搁置阿房宫不去完成，就是表明先帝做的事情是错的。”于是继续修建阿房宫。二世对外安抚四方夷狄，沿用始皇的策略。他征集强壮的士兵五万人来驻守咸阳，教习射箭，加上狗马牲畜，每天都要消耗很多粮食，估计存储不够，就向下令从郡县转运粮食和草料，负责运送的人都需要自带粮食，咸阳三百里以内的百姓不能吃运来的谷物。二世推行的法令更加严苛。
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七月，戍守边境的士卒陈胜等人在楚国故地反叛，创建“张楚”。陈胜自立为楚王，居住在陈县，派众将领攻取土地。山东郡县的年轻人深受秦朝官吏的折磨，都杀死当地的守尉和令丞反叛，来响应陈涉，相继被封为诸侯王，联合向西进军，以讨伐暴秦为名，人数多得无法计算。谒者出使东部回来后，将反叛的事情报告给二世。二世大怒，把谒者下交狱吏治罪。后派出的使者回来后，二世问他情况，使者回答说：“这些盗贼，郡里的守尉正在追捕，现在已经全部抓获了，不足以担忧。”二世很高兴。武臣自立为赵王，魏咎自立为魏王，田儋自立为齐王。沛公在沛县起兵。项梁在会稽起兵。
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二年冬，陈涉所遣周章等将西至戏，兵数十万。二世大惊，与群臣谋曰：“奈何？”少府章邯曰：“盗已至，众强，今发近县不及矣。郦山徒多，请赦之，授兵以击之。”二世乃大赦天下，使章邯将，击破周章军而走，遂杀章曹阳。二世益遣长史司马欣、董翳yì佐章邯击盗，杀陈胜城父，破项梁定陶，灭魏咎临济。楚地盗名将已死，章邯乃北渡河，击赵王歇等于钜鹿。
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赵高说二世曰：“先帝临制天下久，故群臣不敢为非，进邪说。今陛下富于春秋，初即位，奈何与公卿廷决事？事即有误，示群臣短也。天子称朕【朕：有征兆的意思。】，固不闻声。”于是二世常居禁中，与高决诸事。其后公卿希得朝见，盗贼益多，而关中卒发东击盗者毋已。
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二年（前208年）冬季，陈涉所派遣的周章等将领向西行进到戏水，兵力数十万。二世非常吃惊，和群臣商议说：“怎么办呢？”少府章邯说：“盗贼已经到来，人多势强，现在调发附近县里的军队已经来不及了。郦山有很多刑徒，请求赦免他们，发给他们兵器来迎击盗贼。”二世于是大赦天下，派章邯率领刑徒，打退了周章的军队，最终在曹阳杀死了周章。二世又派长史司马欣、董翳协助章邯攻打盗贼，在城父杀死了陈胜，在定陶打败了项梁，在临济消灭了魏咎。楚地盗贼中有名的将领都已经死了，章邯就向北渡过黄河，在钜鹿攻打赵王歇等人。
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赵高劝二世说：“先帝统治天下时间很长，因此群臣不敢做坏事，说坏话。现在陛下年轻，刚登上帝位，怎么能和公卿在朝堂上决断事情呢？如果事情有差错，就把自己的短处在群臣面前暴露了。天子自称朕，本来就不能让人轻易听到声音。”于是二世经常住在宫里，和赵高决断各种政务。从此以后公卿就很少有机会见到皇帝了，盗贼越来越多，朝廷不断从关中调发士卒向东攻打盗贼。