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吕颐浩从长江上游回朝，谋划驱逐秦桧，有人告诉他拉拢朱胜非作为帮助的人。于是下诏以朱胜非为都督。给事中胡安国说朱胜非不能任用，于是朱胜非以醴泉观使的身份兼侍读。胡安国请求离职，秦桧三次上书挽留他，没有答应。吕颐浩不久把黄龟年任命为殿中侍御史，刘棐为右司谏，大概准备驱逐秦桧。于是江跻、吴表臣、程瑀、张焘、胡世将、刘一止、林待聘、楼炤全部贬职到祠部，台省一下子空了，（这些人）都是秦桧的党羽。秦桧起初想倾覆吕颐浩，招引一时的名士像胡安国、张焘、程瑀等人安置在要害部门。吕颐浩向席益询问除去秦桧的办法。席益说：“看作朋党就可以了。现在朋党头目胡安国在宫门，应该首先除去他。”大概是胡安国曾经向游酢询问过人才，游酢说到秦桧，并且把他比喻为（三国时魏国谋士）荀文若。所以胡安国竭力说秦桧比张浚等人要贤能一些，秦桧也尽力引荐胡安国。到这时，胡安国等人去职，秦桧不久也去职。秦桧再次为相祸害国家时，胡安国已死了。黄龟年刚开始弹劾秦桧专门主张和议，阻挠恢复国土，培植党徒操纵权力，发展到不能再发展了，以致把秦桧比作王莽、董卓。八月，秦桧被罢职，任观文殿学士，提举江州太平观。
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前一天，皇上召见直学士院綦崈入宫对策，把秦桧所陈述的两条策略给他看，想要把河北的人归还给金国，把中原的人归还给刘豫。皇帝说：“秦桧说‘南方人回南方，北方人回北方’。我是北方人，回哪里？秦桧又说‘做宰相几个月，可以振兴国家’，现在没有听说消息。”綦崈立即把皇帝的意思写在训辞中，颁发国内外，人们开始知道秦桧奸诈。黄龟年等议论秦桧不止，于是诏令（将秦桧）贬职，张贴在朝廷，表示不再任用他。三年，韩肖胄等出使金国回来，带着金国的使者李永寿、王翊一同来，请求全部归返北边俘虏，与秦桧以前的意见一致。有见识的人更加知道秦桧与金人是同谋，国家的耻辱没有停止。
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五年，金国国君死了，挞懒主政，终于与宋达成和议。二月，恢复秦桧的资政殿学士，仍旧主持祠部。六月，拜官为观文殿学士、温州知州。六年七月，改任绍兴府知府。不久又任命为醴泉观使兼侍读，做皇帝行宫的留守；孟庚同时也是留守，并且暂时到尚书、枢密院参与决策政事。当时已经下诏准备出巡，秦桧请求随从，没有被允许。皇帝驻留平江，召秦桧到住所，这是因为右丞相张浚推荐。十二月，秦桧以醴泉观兼侍读的身份到讲席赴任。七年正月，何藓出使金国返回，得知宋徽宗及宁德皇后死亡的信，皇帝放声大哭，为他们发丧，当天就授予秦桧枢密使，多次给他恩惠，把他当作重臣。四月，命令王伦出使金国，迎回皇帝的灵柩。
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九月，张浚请求辞职，皇帝问：“谁可以代替你？”张浚不回答。皇帝说：“秦桧怎么样？”张浚说：“和他一起共事，才知道他昏昧。”皇帝说：“那么任用赵鼎。”于是，赵鼎再次做了宰相。御史台议论张浚的文书纷纷上呈，因此把他安置到岭表。赵鼎与同事相约解救，自己和张守当面向皇帝陈述，每个人都说了数千言，唯独秦桧没有一句话。于是，张浚被贬到永州。以前，张浚、赵鼎相处很好，张浚先显贵，竭力引荐赵鼎。两人曾经共同讨论人才，张浚特别谈论秦桧好，赵鼎说：“这个人得志，我们没有安身立足之地！”张浚不这样认为，所以引荐秦桧，与他共事才知他昏昧，不再推荐他。秦桧因此痛恨张浚，反而对赵鼎说：“皇上要召回你，张宰相迟留阻拦。”是因为恼怒赵鼎，让他陷害张浚。秦桧在枢密院只听从赵鼎，赵鼎一向厌恶秦桧，从这件事上反而深深信任秦桧，终于被他陷害。赵鼎与张浚晚年在福建相遇，说到此事，才知道都被秦桧欺骗。
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十一月，奉命出使金国的朱弁用书信报告说粘罕死了，皇帝说：“金人残暴肆虐，不灭亡还待什么时候？”秦桧说：“陛下只管积累德行，中兴大业自然有时候。”皇帝说：“这个当然有时候，然而也需要有所行动，然后才能达到目的。”
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八年三月，被拜官为右仆射，同中书门下平章事兼枢密使。吏部侍郎晏敦为此有忧愁的神色，说：“奸臣做宰相了。”五月，金国派遣乌陵思谋等来议和，与王伦一起来。乌陵思谋就是宣和年间在海上议和时的使者。商议让吏部侍郎魏矼陪同，魏矼推辞说：“刚刚在御史台，说和议不对，现在不能专门应付和议。”秦桧询问魏矼为什么不主张议和，魏矼详细地说了敌人的情况。秦桧说：“你是用智谋判断敌人，我是用忠诚来对待敌人。”魏矼说：“我恐怕敌人不会用诚意对待宰相。”于是，秦桧改变了主意。六月，乌陵思谋等入宫见皇帝。皇帝神色变得严肃而表现出不愉快的样子，对宰相说：“先帝的灵柩，果真有归还的日期，虽然等两三年还可以。只是太后年岁已高，我早晚思念，想早日相见，这是我之所以怕委屈自己，希望和议迅速达成。”秦桧说：“委屈自己议和，这是人主的孝心，见到主上卑躬屈从，愤愤不平，这是做臣子的忠心。”皇帝说：“虽这样，有备无患，即使和议可以成功，边境的防备也不可松弛。”
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十月，宰执们入宫晋见皇帝，（返回时）秦桧单独留下来，说：“臣僚们畏首畏尾，大多数持两种态度，这些人是不值得同他们决定大事的。如果陛下决定讲和，恳请单独与我商议，不要允许其他人参与。”皇帝说：“我只委托你。”秦桧说：“我也恐怕不妥，希望陛下再考虑三天，容许我另外上书。”又过了三天，秦桧又留下来说事，皇帝想讲和的心意更迫切，秦桧还认为不妥，说：“我恐怕另外有不便之处，想希望陛下再考虑三天，容许我另外再上书。”皇帝说：“好。”又过了三天，秦桧又像以前一样留下来说事，知道皇上的心意已确定不变，才出示用文字的奏章决定和议，不允许其他人参与。
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赵鼎竭力要求退位，以少傅的身份出任绍兴府知府。原先皇帝没有儿子。建炎末年，范宗尹亲近皇帝有请求，便命令宗室令选择艺祖的后代，得到伯琮、伯玖，让他们进宫，两人都是艺祖的七世孙。伯琮改名叫瑗，伯玖改名叫璩。瑗首先执持符节，封为建国公。皇帝告诉赵鼎专门让他处理事务。赵鼎又请求建立资善堂，赵鼎罢职，攻击赵鼎的人，一定要把资善堂作为口实。等到赵鼎、秦桧再次做宰相，皇帝出示亲写的条子，任命璩为节度使，封他为吴国公。执政们聚会商议，枢密副使王庶见此，大声疾呼说：“两个人并作为嫡嗣，这不行。”赵鼎拿这个问秦桧，秦桧不答。秦桧反过来问赵鼎，赵鼎说：“从丙辰年罢去相位，议论的人专门以这个作借口，现在应该避嫌。”相约一同上奏，当面向皇帝进谏，等到到了皇帝面前，秦桧不说一句话。赵鼎说：“现在建国公在位上，名虽未正，但天下的人知道陛下有儿子了。现在对他的礼节不得不有所区别。”于是，皇帝留话说等待商议。第二天，秦桧单独留下来说事。过了几天，参知政事刘大中进谏，也说赵鼎一样的话，因此赵鼎与刘大中都被罢免。第二年，璩终于授予保大军节度使，封为崇国公。所以赵鼎入宫辞谢，劝诫皇帝说：“我走后，一定有人以孝弟的名义胁迫制约陛下。”出宫时碰见秦桧，作了一下揖就走了，秦桧也痛恨他了。
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赵鼎既然辞职，秦桧就独自专权，决计讲和。朝中贤士，因意见不合，一个接一个地辞去职务。在这个时候，中书舍人吕本中、礼部侍郎张九成都不附和讲和，秦桧告诉他们悠闲自得，委曲赞成，张九成说：“没有冤枉自己而指正别人的人。”秦桧深深地痛恨他。殿中侍御史张戒上书请求挽留赵鼎，又陈述十三件事来议论讲和不对，触犯了秦桧。王庶尤其与秦桧不合，从淮西到枢密院任职，始终说议和不行，上书达七次，并且对秦桧说：“忘记东都想要保存赵氏的时候，怎么忘了金国这个敌人呢？”秦桧正挟金人自重，尤其痛恨王庶，所以贬黜他。
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枢密院编修官胡铨上书，希望杀秦桧和王伦谢天下百姓。于是上下骚乱。秦桧假装解救，终于用器械押送胡铨，将他贬到昭州。陈刚中用书信祝贺胡铨（幸免于死），秦桧大怒，捉拿陈刚中到吏部，把他降职到赣州安远县任知县。赣州有十二个县，安远县接近岭南，地方很差，瘴气很大，谚语说：“龙南、安远，一去不返。”意思说必死无疑。陈刚中果然死在那里。不久把胡铨的事告诫中外。随即校书郎许忻、枢密院编修官赵雍同一天上书，还效法胡铨的意思，极力排斥议和。赵雍又想确定南方和北方兄弟之国的名分，因此秦桧没能治他的罪。曾开见到秦桧，说当今应该讨论生死存亡，不应该讨论安危。秦桧很惊愕，于是贬黜他。司勋员外郎朱松、馆职胡珵、张扩、凌景夏、常明、范如圭同上一疏说：“金人用‘和’一字左右我们十二年，用它颠覆了我们的王室，用它放松我们对边境的防备，用它消耗了我们的国力，用它懈怠缓和了我们对他们不共戴天的仇恨，用它绝望我国一心思念汉族的子民之心，用它作为下诏晓谕江南的名义，要挟陛下对他们俯首称臣。从公卿大夫至六军和万民百姓，没有不挽袖挥掌表示愤怒的，怎么会听从陛下作北面仇敌的臣子呢！天下将会有人仗大义，责问宰相罪行。”过了几天，代理吏部尚书张焘，吏部侍郎晏敦复、魏、户部侍郎李弥逊、梁汝嘉、给事中楼炤、中书舍人苏符、工部侍郎萧振、起居舍人薛徽言一同入宫上奏，极力说委屈自己的礼节不对。新近作礼部侍郎的尹焞单独上书，并且送信严厉责问秦桧，秦桧开始恼怒，于是尹焞一再推辞任命，不到职。奉礼郎冯时行被召对策，说和议不可以相信，以致引用汉高祖分羹的事作为比喻。皇帝说：“我不忍心听。”皱着眉毛站了起来。于是，秦桧贬冯时行为万州知州，不久又处他罪。中书舍人勾龙如渊高声对秦桧说：“邪说横起，怎么不选择台官攻击、驱逐他们。”于是，秦桧奏请把如渊作为御史中丞，（如渊上台后）第一个弹劾胡铨。
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金国使者张通古、萧哲用以诏谕江南为名义，（来到南宋），秦桧害怕时论责怪自己，便与萧哲等商议，改江南为宋，改诏谕为国信。京、淮宣抚处置使韩世忠总共四次上书，极力劝谏，其中有“金人把（大宋）看作刘豫对待”的话，并且说兵势严重的地方，愿意自己担当，没有被许可。萧哲等到达泗州，要挟所经过的州县用臣下（迎接主上）的礼节迎接他们，到达临安的那一天，想要皇帝对待他们像客人一样，韩世忠更加愤怒，再次上书说：“金国用诏谕为名义，暗地里想使陛下归顺他们，这是主上被辱，臣子为之去死的时候，愿意誓死力战来决定胜败。如果不成功，委曲听从他们不晚。”也没有被允许。萧哲等已经进入国境，接待陪同的使者范同两次跪拜，询问金主的起居，军民见到的，往往都流泪。经过平江，驻守的臣子向子諲不下拜，请求退休。萧哲等到淮安，说首先归还河南的土地，并且册封皇上作为皇帝，慢慢地商议其他事。
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秦桧到这个时候想要皇上行委屈自己的礼节，皇帝说：“我继承守住太祖、太宗建立的大业，怎么可以接受金人的封册。”碰上三衙帅杨沂中、解潜、韩世良一起见秦桧说：“军民慌乱你怎么办？”退下来后，又告诉台谏。于是勾龙如渊、李谊多次见秦桧，商议国书的事，如渊说得到文书交给宫中，那么礼节不行，事情也可定下来。给事中楼癤也拿“居丧三年不说话”的事告诉秦桧，于是确定秦桧行使冢宰接受文书的方案。皇帝也深深地指责王伦，王伦告诉金国使者，金国使者也因害怕而听从了。皇帝命令秦桧到宾馆中面见萧哲等，接受他们的册封文书。金国使者想要百官准备礼节，秦桧让省吏穿着朝服引导跟从，把文书交到宫中。先一天，诏令说金国使者来，准备全部割让河南、陕西原来的地方，又答应归还皇帝灵柩及母亲、兄长和亲族，起初没有需要和索求。因为参知政事李光一向负众望，便让他在和议的文书上签字，以压制非议。又把皇帝的亲笔信赏赐给三大将。
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九年，金人归还河南、陕西原来的地方，让王伦负责枢密院事，充当迎接灵柩、奉还两宫、交割地界的使者，蓝公佐为副使。判大宗正事士、兵部侍郎张焘朝拜八座皇陵。皇帝对宰执说：“河南新近收复，应该命令驻守大臣专门安抚遗民，劝督农桑，各地就地解决粮食，凭借当地的人防守，不能调东南的钱财，空虚内地来应付外地。”皇帝虽然听从秦桧主和而实际上怀疑金人奸诈，从来没有放松防备。
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当时张浚在永州，迅速赶回朝廷面奏，极力陈说应该以石晋、刘豫为戒，又写信给孙近，认为“秦国称帝的祸害，发生虽迟却很大。”徐俯防守上饶，连南夫统帅广东，岳飞宣抚淮西，都借庆贺而寓意讽谏。徐俯说：“祸福互相发生，情伪多端。”连南夫说：“不信也相信，是这样难道这样？即使虞舜时的十二州，都归附王化；然而商于地方的六百里，应当想到你被欺骗！”岳飞说：“挽救暂时的危急而解倒悬，还可以；想要长期考虑而独尊中国，难道是这样吗？”其他像秘书省正字汪应辰、樊光远、澧州推官韩紃、临安府司户参军毛叔庆，都说金人不可测摸；迪功郎张行成献《询荛书》二十篇，大意是说自古讲和，没有最终不变的，条文具有的都是预备的办法。秦桧全部加以贬黜责备，韩紃被贬到循州。
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七月，兀术杀死领三省事宗磐及左副元帅挞懒，拘留王伦到中山府。大概兀术认为归还土地是他们二人的主张，将会有其他阴谋。王伦曾经秘密告诉朝廷，秦桧不加防备，只催促王伦赶快回去。当时韩世忠有乘机全面袭击金人的请求，秦桧说《春秋》上说过遇丧时不讨伐该国，与皇帝的意思相符合，于是停止。
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十年，金人果然破坏盟约，分兵四路入侵。兀术进到东京，葛王襃夺取南京，李成攻取西京，撒离喝靠近永兴军。河南各路相继沦陷。皇帝开始很奇怪，下诏列举兀术罪状。御史中丞王次翁上奏说：“以前国家大政，起初并没有主持朝议的。事情有小小的变化，就更换任用别的人做宰相，后来的人不一定贤能，而排斥贬黜不同意见的人，混乱几个月不能安定，希望陛下以此作为深刻教训。”皇帝深感他说得对。秦桧力排众议，始终把和议作为自己的职责，而王次翁说没有主持朝议的，专门是针对秦桧的地位。因此秦桧的相位又安定了，在位总共十八年，公论不能动摇他。
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六月，秦桧上书说：“德行没有固定的老师，主张为善就是老师。我不久前见挞懒有割地讲和的提议，所以赞成陛下收取河南原来的疆土。现在兀术杀死其叔父挞懒，蓝公佐回国，和议已发生变化，所以赞成陛下制定吊民伐罪大计。希望到长江上游晓谕各路统帅，合力攻讨。”最终不施行（这个打算）。闰六月，贬黜赵鼎到兴化军，因为王次翁秉承秦桧旨意，说他图谋再度任相。弹劾的人不休止，赵鼎不久逃到潮州。
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当时张浚攻克亳州，王胜攻克海州，岳飞攻克郾城，几乎俘虏兀术。张浚在长宁打了胜仗，韩世忠中在泇口镇获胜，各个将领所到之处都告捷，而秦桧极力主张收兵。九月，诏令岳飞回临安，杨沂中回镇江，刘光世回池州，刘锜回太平。岳飞的军队听到诏书，旗帜车辙一下就乱了，岳飞惊呆得口张开不能合上。于是淮宁、蔡、郑又为金人所拥有。在明堂加恩，封秦桧为莘国公，十一年，兀术再次进攻，夺取寿春，攻入庐州，将领邵隆、王德、关师古等连战获胜。杨沂中在拓皋作战，又打败金兵。秦桧忽然晓谕杨沂中和张浚立即班师。韩世忠听说，停留在濠州不前进；刘锜听说，放弃寿春返回。从此不再出兵。
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四月，秦桧想要全部收回将领们的兵权，给事中范同献策，秦桧采纳了他的策略。秘密奏请召回三位大将论功行赏，韩世忠、张浚并列为枢密使，岳飞为枢密副使，把宣抚司军隶属枢密院。六月，秦桧官拜左仆射、同中书门下平章事兼枢密使，进封庆国公。《徽宗实录》修成，晋升为少保，加封冀国公。早些时候，莫将、韩恕出使金国，拘留在涿州。到这个时候，兀术有求和之意，放纵他们回来。秦桧又上奏请求派遣刘光远、曹勋出使金国，又把魏良臣作为通问使。不久，魏良臣带着金国的使者萧毅一起到来，商议以淮水为界，要求割让唐、邓二州。不久派遣何铸报答回访，答应了他们的要求。
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十月，发起岳飞案。秦桧唆使谏官万俟卨讨论岳飞的罪行，张浚又诬诌岳飞的旧将张宪谋反，于是岳飞以及儿子岳云都被押送到大理寺，命令御史中丞何铸、大理卿周三畏审讯他们。十一月，贬黜李光到藤州，范同被罢去参知政事。范同虽然附和讲和，因为自己上奏事情，秦桧忌恨他。十二月，杀害岳飞。秦桧因为岳飞一再说和议失策，并且曾经上奏请求制订立国根本，都与秦桧的意见不同，一定要杀害他。何铸、周三畏开始审讯，岳飞很久都不认罪，万俟卨到御史台，案子就上报了。诬蔑岳飞曾自己说：“自己与太祖都是三十岁执持符节”是指斥皇帝，接受诏书，不救援淮西等罪行，赐死于监狱中。儿子岳云以及张宪在都市杀头。天下的人都认为是冤枉，听到的人没有不流泪的。岳飞的死，张浚在中间出了力，情况在《岳飞传》。
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十二年，胡铨再次安置到新州居住。八月，宋徽宗以及显宗、懿节皇后的灵柩到达临安。太后回到慈宁宫。九月，加秦桧为太师，进封为魏国公。十月，进封秦、魏两国公。秦桧因为封两国，与蔡京、童贯相同，请求改封他的母亲为秦、魏国夫人。他的儿子秦熺参加进士考试，馆客何溥到南省，都被定为第一名。秦熺本来是王的庶子，秦桧的妻子是王的妹妹，没有儿子，王的妻子矫贵而且妒忌，秦桧在金国时，出继熺作秦桧的后代。秦桧回来，家人让熺相见，秦桧很高兴。秦桧主张和议再次成功，更加追究以前不同意自己的人。早些时候，赵鼎被贬到潮州，王庶被贬到道州，胡铨再次被贬到新州。到这个时候，（秦桧下令他们）都遇上赦免时也永远不再推荐提拔。曾开、李弥逊一起降职。张浚本来帮助和议，在职位上一年多没有离职的意思，秦桧暗示江邈议论他，将他罢免。
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十三年，庆贺瑞雪，庆贺瑞雪从秦桧开始。庆贺日食不见，从此以后日食大多不记载。彗星经常见到，候补官员康倬上书说彗星不值得畏惧，秦桧很高兴，特地把他改为京师官秩。楚州上报说盐城县海水清澈，秦桧请求庆贺，皇帝不允许。虔州知州薛弼说木中间有字说“天下太平年”，诏令交给史馆。从此修饰之词充满文章，用来粉饰治国的措施，象乡饮酒礼、耕种籍田之类一个接一个施行，为了在余杭苟且偷安打算，从此不再出巡长江上游，而祥瑞的消息一天天听到。
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