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河姆渡遗址出土大量野生动物遗骨，计有哺乳类、鸟类、爬行类、鱼类和软体动物共40多种。哺乳动物绝大多数是梅花鹿、水鹿、四不像、麂、獐等鹿科动物，仅鹿角就有400多件。鸟、鱼、龟、鳖遗骨数量也不少。还发现有亚洲象、苏门犀、红面猴等温热地带动物的遗骸。这些动物群，为河姆渡人提供了丰富的食物来源，也为发达的渔猎经济创造了条件。
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河姆渡遗址中出土的骨镞达千余件之多，以铤部不对称的长锋或短锋斜铤镞较有特色，另有窄长锋柳叶形镞、钝尖或锐尖的锥形带铤镞等不同形制。这些骨镞当属狩猎工具。遗址中未见网坠之类渔具，而存在大量鱼骨，有些骨镞可能兼用于射鱼。其他渔猎工具还有木矛、骨鱼镖等。柄叶连体木桨的发现，说明此时已有舟楫之便，舟楫除用于交通外，可能也在渔捞活动中乘用。利用禽类骨管雕孔制成的骨哨，既是一种乐器，狩猎时也可吹音用以诱捕动物。
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2．原始手工业
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陶器以夹炭黑陶最富特点，尤其在早期，无论炊器和饮食容器，大多属这种陶质。夹炭黑陶胎泥纯净，含铁量仅为1.5％左右，以大量的稻壳及稻茎、稻叶碎末为羼和料，在缺氧的还原焰中烧制而成。就总体而言，陶器成型和烧制工艺比较原始，器物均为手制，不太规整；烧成温度较低，约为800～900℃；胎质比较粗厚疏松，重量较轻，吸水性强。到晚期阶段，虽仍用手制，但有的已经过慢轮修整；还出现了三足器、袋足器等较复杂的器形；有的陶器烧成温度已提高到1000℃左右。
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编结和纺织工艺较为发达。在河姆渡遗址发现的芦苇席残片，采用二经二纬的编织法编制而成。纺织工具中数量最多的是可供抽纱捻线之用的纺轮，有300多件，质地以陶为主，还有石质和木质的，形状以扁圆形最常见，另有少量剖面呈梯形状。还发现了可能属于原始腰机部件的木质打纬刀、梳理经纱的长条木齿状器、两端削有缺口的卷布轴等。
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骨器制作是河姆渡文化的一大特色，尤其在早期，骨器数量超过石、木、陶质各种工具的总和。骨器被广泛使用于生产和生活领域，既有耜、镞、鱼镖、哨、锥、针、匕、梭形器、锯形器、凿等各种生产工具与生活用具，也有笄、管、坠、珠等装饰品，还有蝶形器（原料有骨、木、石、象牙4种）、靴形器等暂不明用途的器物。磨制普遍精细，少数有柄骨匕、骨笄还雕刻有花纹图案。另有20余件象牙制品。其中刻有双鸟朝阳图像的蝶形器、凤鸟形匕状器、雕刻编织纹和似蚕纹的小盅等，显示了当时精湛的骨雕技艺。
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木作工艺十分突出。除耜、铲、杵、矛、桨、槌、纺轮、刀等工具外，还发现了不少用于安装骨耜、石斧、石锛等工具的木柄。骨耜柄用直木绑扎而成。石斧、石锛通常用分叉的树枝和鹿角加工成的曲尺形器柄，在叉头下部砍削出榫状的捆扎面，石斧当是捆绑在左侧，石锛则捆扎在前侧。河姆渡遗址出土的建筑木构件上往往凿卯带榫，尤其是燕尾榫、带销钉孔的榫和企口板的出现，表明当时木作技术已有了突破性的进展。在河姆渡遗址第三文化层出土一件瓜棱状敛口圈足木碗，外表施有朱红色涂料，涂层较薄，剥落较甚，但出土时仍微显光泽，经鉴定是生漆。
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3．建筑与墓葬
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河姆渡文化盛行一种栽桩架板高于地面的干栏式建筑。在河姆渡遗址各文化层中，都发现了与这种建筑遗迹有关的圆桩、方桩、板桩、梁、柱、板等木构件，总数达数千件。第四文化层的一座干栏式长屋，桩木和相紧靠的长圆木残存220余根，较规则地排列成四行，互相平行，作西北——东南走向。现存最长一行桩木长23米，由西南到东北的第一、第二、第三行之间的距离大体相等，合计宽约7米，推知室内面积在160平方米以上。第三、第四行的间距1.3米，这是设在面向东北一边的前廊过道。在建筑遗迹范围内，出土有芦席残片、陶片以及人们食后丢弃的大量植物皮壳、动物碎骨等。这座大型干栏式建筑当属公共住宅，室内很可能隔成若干小房间。干栏式建筑是中国长江以南地区新石器时代以来的重要建筑形式之一，早期的干栏式建筑目前仍以河姆渡遗址发现的为最典型。除干栏式建筑外，早期稍后及晚期，还出现一种立柱式地面建筑，在柱洞底部垫放木板作为基础，有的则是填塞红烧土块、黏土和碎陶片等，填实加固形成臼状柱础，中间立木柱。
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在河姆渡遗址第二文化层发现一眼木构浅水井遗迹。水井位于一处浅圆坑内，井口方形，边长约2米，井深约1.35米。井内紧靠四壁栽立几十根排桩，内侧用一个榫卯套接而成的水平方框支顶，以防倾倒。排桩上端平放长圆木，构成井口的框架。水井外围是一圈直径约6米呈圆形分布的28根栅栏桩，另在井内发现有平面略呈辐射状的小长圆木和苇席残片等，可见井上还盖有井亭。
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在河姆渡遗址第四文化层的居住区内，发现以陶釜、陶罐为葬具的婴儿瓮棺葬2座。第一至第三文化层发现墓葬20多座，均不见墓坑和葬具，仅有1座以木板垫底。成人和婴儿多为单人葬。有3座是两人合葬墓，其中1座是两个儿童。第二和第三文化层内的墓葬流行单人侧身屈肢葬，个别的是俯身葬，头向东或东北，大多数无随葬品。第一文化层内的墓葬流行单人仰身直肢葬，也有个别仰身屈肢葬，头向不一，以西北的居多，普遍有随葬品但并不丰富，最多的两座墓各有6件，一般放置陶釜、陶豆，少见生产工具。总的看，不同时期的葬式、头向和随葬品是有所变化的。
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河姆渡遗址中这些时代久远的遗物、遗迹发现，为探索远古时代的农业、建筑、制陶、纺织的起源与发展以及古地理、古气候、古水文的演变，提供了极其珍贵的实物资料。尤其是对稻作农业起源的探索，提供了丰富的考古材料与新的研究思路。
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三、对探索稻作农业起源的意义
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所谓稻作农业，就是指以稻为主要栽培作物的农业经济形式。世界上稻属植物的起源大约有几千万年，种类也相当繁杂，其分布遍及亚洲、非洲、大洋洲和中南美洲。有人曾经建议将稻提升为亚科，但目前还是作为禾本科中的一个属。许多学者对其分类和命名提出了意见，比较公认的是菲律宾国际水稻研究所的张德慈于1976年提出的方案。这个方案将稻属植物分为20多个种，其中有2个种是栽培稻，即亚洲稻和非洲稻。非洲稻的分布仅限于西非一个很小的区域，世界上的栽培稻主要是指亚洲稻。亚洲稻虽然起源于亚洲，却已分布于世界各地，除亚洲的东部和南部（约占产量的90％）以外，欧洲、非洲、美洲和大洋洲也都有分布。因此，研究稻作农业的起源，其实就是探索亚洲栽培稻的起源。
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亚洲稻并不单一，关于亚洲稻亚种的分类，各国学者存在着一些不同的看法。早在1928年，日本学者加藤茂包曾将亚洲稻分为印度型亚种（长型）和日本型亚种（圆型），后为国际学术界所采用。中国农史学家丁颖经过长期研究之后，将亚洲稻分为籼亚种和粳亚种，并认为籼稻与粳稻同属一个祖先，籼稻是基本型，粳稻是变异型，它们主要是因栽培地带温度高低不同而分化形成的地理的气候生态型；在早、晚稻中，晚稻是基本型，早稻是变异型，它们是季节的气候生态型；在水、陆稻中，水稻属基本型，陆稻是变异型，它们是土地生态型或称土壤生态型。(5)
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关于亚洲稻的起源地研究，20世纪先后出现过三个热点。一是30年代随着物种起源中心学说的提出，人们普遍认为印度是亚洲栽培稻的起源中心，并由此将籼稻定名为印度亚种。但从当时的考古发现看，印度发现的稻作遗存的时代均较晚(6)，如兰加普尔遗址距今约4000年，洛塞尔遗址距今约4300年。二是60年代以后，随着对野生稻的调查与研究的深入，确认亚洲栽培稻起源于多年生野生稻。此时在泰国东北部的能诺他、班清等年代超过5500年的遗址中发现稻作遗存，一些学者的注意力开始转向东南亚地区，认为东南亚应是古代栽培稻的起源中心。(7)三是70年代后，以河姆渡遗址的发掘为标志，中国的长江中、下游地区以及淮河流域开始成为学者们关注的焦点。
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事实上，中国考古遗址中开始发现稻作遗存的时间并不太晚。20世纪上半叶，稻作遗存在考古遗址中已有发现。如1921年，瑞典学者安特生就曾在著名的河南渑池仰韶村遗址的一块陶片上发现了许多谷物压痕。但由于仰韶村遗址包含有从仰韶文化中期到东周时期的不同时代文化堆积，该陶片具体的出土层位不清，又未发表陶片的图像，故这一发现的文化性质一直不能肯定。从20世纪50年代开始，新石器时代遗址中发现稻作遗存的报道不断增多。如1956年在江苏无锡仙女墩遗址下层发现有稻壳凝块；1956、1958年，在浙江湖州钱山漾遗址发现有稻谷和米粒及遗留在陶片上的压痕；1958—1959年，在浙江杭州水田畈遗址发现有大量的炭化稻谷；1961年，在上海青浦遗址下层发现有稻谷及其茎、叶等。但这些发现或因时代稍晚，或因遗存不够典型，没有引进学术界太多的关注。
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20世纪70年代随着河姆渡遗址的发现与研究，掀起了一股稻作起源研究热。人们注意到，河姆渡遗址发现的稻作遗存不仅是当时发现的同类遗存中最早、最丰富的，而且所反映的稻作农业已经比较成熟。无疑，稻作农业在河姆渡遗址之前，已经走过了一个较长的发展阶段。于是，探索更早的稻作农业遗存，成了之后中国新石器时代考古所关注的重点内容之一。
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20世纪80年代以后，新的发现层出不穷。如1979—1980年发掘的浙江桐乡罗家角遗址（距今约7000年），发现了人工栽培的稻谷遗存；1988年发掘的湖南澧县彭头山遗址（距今约8500—8000年），发现一些红烧土块中夹杂有许多稻壳，有些陶器也是掺和稻壳碎屑而烧成的；1983—1987年发掘的河南舞阳贾湖遗址（距今约8900—7800年），发现一些灰土中夹杂着许多炭化稻类籽实，一些红烧土块上也有稻壳印痕；1993—1995年发掘的江西万年仙人洞和吊桶环遗址（距今约14000—9000年），发现了水稻植硅石；1993、1995年发掘的湖南道县玉蟾岩遗址（距今约12000—10000年），两度出土有人工育化迹象的稻壳遗存；1996、1998年发掘的广东英德市牛栏洞遗址（距今约12000—8000年），发现了水稻植硅石；2001年发掘的浙江浦江上山遗址（距今约11000—9000年），在出土的夹炭陶片表面发现较多的稻壳印痕，胎土中夹杂大量的稻壳。
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正是这些新石器时代初、早期的稻作遗存的发现，从而进一步确立了中国作为亚洲栽培稻起源中心之一的地位。不过，中国栽培稻具体的起源地点问题，目前仍存在着不同的看法，其中以华南说、云南说、长江中下游说、长江中游—淮河上游说较为流行。
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华南说是较早提出的一个稻作农业起源假说。20世纪中叶，当人们把探索栽培稻起源地的目光主要集中在印度和东南亚时，农学家丁颖已提出，中国的栽培稻的起源地在华南。(8)80年代以后，虽然长江中、下游地区开始有较多的稻作遗存考古发现，但不少学者仍坚信华南是中国稻作农业的起源地。如童恩正认为，中国南方的野生稻无论从数量或品种来看都要超过杭州湾邻近地区，根据现有的资料，基本上可以肯定亚洲栽培稻的起源地就在中国长江以南地区，它可能在浙江的杭州湾一带，但更有可能在纬度较南的云南、广东、广西地区。(9)李润权则更明确地提出，中国范围内追溯稻作栽培的起源中心应该在江西、广东和广西三省区的旧石器晚期遗址多作努力，其中西江流域是最值得研究者重视的区域。(10)裴安平认为在距今2.5万至1.1万年中国处在一个气候干冷的时期，大部分地区都受到严寒气候的侵袭，自然条件最适宜的地区首推华南，华南作为既有野生稻分布，又有适宜的自然环境，还有长期人类居住和活动的地区，它的水稻栽培史当不会晚于长江流域。(11)
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也有一些学者认为栽培稻起源于云南的可能性最大。日本学者渡部忠世在20世纪70年代出版的《稻米之路》中根据在建筑材料砖中发现的稻壳，提出稻作起源于印度阿萨姆邦到中国云南的椭圆形地区。中国学者柳子明、汪宁生、李昆声等则力主稻作起源于云贵高原，主要理由是：云南的植物种类多达15000余种，约占全国的一半，素有“植物王国”之称。云南境内现有水稻品种3000多个，稻谷的种植从海拔40米到2600米呈垂直分布。由于地理环境以及气候特点的影响，使得云南成为作物变异的中心。而且，运用同功酶方法对云南稻种进行的分析结果表明，这里的现生栽稻种的亲缘关系十分接近于现代普通野生稻，所以云南现代栽培稻的祖先很可能就是云南的普通野生稻。(12)这便是栽培稻起源假说中的云南说。
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栽培稻起源的长江中下游假说，是随着这一地区考古发现而提出的。1979年，闵宗殿就根据河姆渡等遗址稻作遗存的发现，提出了中国栽培稻起源于长江下游地区的观点。(13)这一假说的系统阐释则是严文明，80年代以后，他撰写了一系列文章来阐述这一观点，并提出了著名的“边缘起源理论”。认为野生稻生长的中心区实际上难以成为农业起源的中心，而边缘区才有特别培育的必要。(14)由于在湖南澧县彭头山发现了距今8000年的稻谷遗存、在道县玉蟾岩发现距今1万年的稻谷遗存，有些学者主张栽培稻起源于长江中下游。任式楠认为，长江中下游地区的若干个地方，便是水稻的最早驯化培育区和稻作农业起源区，这是基于下列诸因素综合分析所得到的推断：一是该地区出土有最古老或接近初始阶段的栽培稻实物；二是该地区在普通野生稻生长的边缘区，并发现了古代普通野生稻或可追溯的线索；三是该地区具有适宜于水稻被驯化栽培的气候和降水、地形、土壤等自然环境条件，特别气候条件是稻作起源和发展中最重要的自然基础；四是从伴存的人类文化遗存以及周邻的后续原始农耕文化看，反映出该地区具备稻作由萌芽到持续发展的社会文化基础，因为原始农业终究是须在人类文化发展到一定高度下人们能动地创造的产物。(15)
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长江中游—淮河上游说，是从长江中下游说基础上提出的一种假说。王象坤等学者选取分布于中国各稻作区的古老地方品种，采用多种多态性等位酶基因位点，对中国栽培稻各种起源假说所涉及的地点进行遗传多样性中心的再研究，认为中国栽培稻有云南、淮河上游—长江中下游、华南3个遗传多样性中心。结合彭头山遗址出土的距今约8000年前的古稻谷及相应的生产工具，河南舞阳贾湖出土的距今约8000年前的炭化稻米，并考虑到长江中游与淮河上游两个地域相距不远又有古道相通，新石器时代早期古气候相近，因此认为长江中游—淮河上游可能是栽培稻的起源中心。(16)
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此外，也有人根据《史记》中记载秦的先人是大费，费是秜字即“稻”的变形，而大费族的祖居地在今山东、河南、河北三省的交界地区，时间为距今约7800年，因此认为稻作起源于黄河下游。(17)
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