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《柳如是别传》一书的思想题旨，陈寅恪先生已秉笔直书，就是“借传修史”，“以表彰我民族独立之精神，自由之思想”。
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特别是1953年与汪籛的谈话，陈寅恪把“独立之精神，自由之思想”的义谛，表述得更加不容置疑。
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这就是有名的《对科学院的答复》。
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他往昔的学生汪籛受命前来广州，试图说服老师不拒绝科学院的邀请，能够北上就任历史第二所所长之职。
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陈寅恪未能让弟子如愿，反而出了一个天大的“难题”。
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他提出两项假设的条件：“第一条”，“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治”；“第二条”，“请毛公或刘公给一允许证明书，作为挡箭牌”。
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当然，毛公或刘公并没有给他写“允许证明书”。
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当然，他也就没有北上就职。
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他说——
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我认为研究学术，最主要的是要具有自由的意志和独立的精神。
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没有自由思想，没有独立精神，即不能发扬真理，即不能研究学术。
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学说有无错误，这是可以商量的。
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个人之间的争吵，不必芥蒂。
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但对于独立精神，自由思想，我认为是最重要的。
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独立精神和自由意志是必须争的，且须以生死力争。
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一切都是小事，惟此是大事。
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“没有自由思想，没有独立精神，即不能发扬真理，即不能研究学术”，“一切都是小事，惟此是大事”，他说得再清楚不过了。
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通观50年代以后的中国思想学术界，在中国现代学人之中，没有第二人能够像陈寅恪这样，把为学的这种精神义谛保持到如此的强度和纯度。
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主张并坚持学术的独立地位和独立价值，是中国现代学术的一个重要的传统，许多学人的力量源泉即本于此。
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六
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中国现代学术还有重视现代学术分类的传统。
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还有重视通学通儒的传统。
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中国现代学者中，很多都是通儒。比如严复、蔡元培、章太炎、梁启超、王国维、陈寅恪、马一浮、梁漱溟、熊十力、钱宾四、钱锺书，等等。
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中国学术史自古就有专家与通人的区别。专家精一艺，通人则能开廓风气，影响当时后世。
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比如汉代，列入《儒林传》的，是博士之学，即当日的经学专家。而太史公、刘向、扬雄等，《汉书》里各自有专传，享受的是通儒的规格。
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