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美军要冒着生命危险才能把己方的尸体从战场拖回来，埋葬到海滩附近。但这并不总能立刻做到。于是虐待敌人的尸体便成了双方都无法否认的恶行。斯莱奇记得他们曾经发现一具陆战队员的遗骸，尸体早已四分五裂：头和手被砍下来，生殖器被割下来塞进了嘴里。“我的情绪立刻变得异常愤怒，对日本人产生了前所未有的憎恨，”他写道，“从那一刻起，我不再对他们抱有一丝怜悯或同情，无论何时何地。”[47]那个时候日本牙医常常用黄金来填补缺牙，因此不少敌兵都镶有金牙。于是有些美国人就会从敌人尸体上“收获”这些值钱东西。斯莱奇就见到过一个陆战队员为了从一名日本伤兵嘴里拿金牙，用卡巴牌军刀把他的嘴活活割开：
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由于日本人在不停地踢他的脚反抗，他的刀从牙齿上滑开，落进了受害者的嘴里。这个陆战队员一边咒骂着，一边把他的两颊割到了耳朵，用脚踩住他的下颌，又要去拔金牙。鲜血从那个兵的嘴里喷涌而出，他发出痛苦的叫声，拼命反抗。我叫道：“别这么折磨他了。”但没有人理我。另一个陆战队员冲了过去，把一颗子弹打进了敌兵的脑袋，终结了他的痛苦。而这个浑蛋就像什么事都没发生一样，自顾自地拔他的值钱货。[48]
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虐待和摧残敌人尸体是被明令禁止的。但是在那种混乱的环境下，在无止境的暴行中间，人们很难站在道德的立场上去指责他们。那些想要阻止战友恶行的士兵也自有办法。例如，他可以向战场纪律部门举报，或者告诉对方这么做会被逮捕并受到惩罚，或者以防止腐尸烂肉臭味扩散为理由。他可以警告对方，从日本人尸体上拔牙可能会染上危险的细菌。最后，他还可以指出，这么做会令他自己永远被家里人视为怪物。斯莱奇排里的另一个陆战队员一度随身带着一只日本人的手。他把它包裹在蜡纸里，装在背包中，想要在离开岛屿时带回家。斯莱奇和其他几个人都不同意。他们告诉这个人，军官会把他送上法庭的。这只手会把全船熏臭，让人心里发毛。最后，这个人还是不情不愿地扔掉了他的这件纪念品。“战争毁了我的朋友，”斯莱奇评价道，“他现在是个二十世纪的野蛮人，即便举止礼貌，他也还是野蛮人。令我颤抖的是，如果战争持续下去，我也会变成这样。”[49]
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后知后觉的拉佩图斯终于意识到他期待的“激烈而短暂”的战斗落空了。这个乌穆尔布罗格袋形阵地是一个错综复杂的堡垒体系，与地形精妙结合，其设计目的就是要最大限度地给进攻方制造伤亡。敌人庞大的洞穴与隧道体系经历了数年的苦心经营，还得到了坑道工兵和排雷工兵的支援。现在，美军需要耐心和新的战术。战斗的最后阶段将会是痛苦的消耗战。进攻的进展很慢，而且断断续续，地盘只能一码一码地去夺取。美军出动装甲车辆开到山脊线上，向日军阵地还击。此举的主要目的是找到所有日军火炮和射击阵地的位置，并清除所有残余的植被。最终美军绘制出了整个战场的地图，包括最细微的地方，涵盖了每一处被探知的敌人火力点位置。一天的进展只能以五码或十码来计。或许陆战队应该把一门重炮拖到某一处新拿下的海角上，用钢缆索具将其固定住，之后这门新拉来的大炮就能对高山上那些麻烦的山洞入口或射击孔进行直射。155mm榴弹炮的威力足以一块一块地把山头啃掉——借助这些重武器的力量，他们开始逐步炸毁日军山洞的入口。
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10月12日，师指挥部宣布战役的“突击阶段”结束。这份声明令仍在山区和敌人交战的部队嘘声一片。日本人还远远没有被打败，他们还保留着足够的战斗力，而美国人仍然在不停地死去。一名陆战队员说道：“师指挥部的某些人应该到这里来，告诉那些该死的鬼子，突击阶段结束了。”[50]但是必须承认，残余的日军已经躲进了他们越来越小的袋形阵地，对于防线之外也难以再构成威胁。佩里硫南部的平坦地带作为前进作战基地已经开始运转。美国陆军航空队的轰炸机从这座机场起飞，前去支援对菲律宾的进攻，货轮也开始定期向这个岛上运送补给物资。到10月第二周的时候，日军的“口袋”已经收缩到了一片400码×800码的区域内，未受伤的日军士兵只剩下1 000人多一点。有些人半开玩笑地提议，陆战队应该在这块地区周围架上带刺铁丝网，插上一块“战俘营”的牌子。美军飞机在战场周围投下了传单，日语专家也开始通过大喇叭向日军劝降。然而应者寥寥。中川的司令部一定在山洞某处有一台印刷机，因为他们也印制了自己的传单回应美军，写给“可怜的不要命的扬基娃们”。这份传单用半通不通的日式英语告诉美国人，他们之所以被送到佩里硫来，是因为富兰克林·罗斯福需要用太平洋上的一场胜利来奠定竞选连任的胜局。他们指责美国人的战争手段卑鄙，发誓日军一定会赢得最后的胜利。传单原文如下，连同错误拼写和不当用词一并奉上：
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大骗子卢斯福（Rousevelt），他明显为了总统竞选，出于他的政治野心，像对待机器人一样不仅驱使着可怜的尼米特（Nimmit），还驱使着马卡瑟（Maccasir）。就像这里，真可怜。一定会牺牲掉你们的付出。谢谢你们的劝降信。但是我们没有任何理由去向那些注定要在几天后被完全毁灭的人投降。告诉你们，对于你们毫无人性的进攻方式，你们的神会让日本军队向你们发动更多的报复性打击。再说一次，对于你们毫无人性，与军人精神相悖的进攻，你们将会得到一场极其严厉的打击。我们指的是残酷的打击。——日军[51]
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陆战队被逐步撤出了前线，代之以陆军第81步兵师（“野猫师”）。10月15日，当他们最终收到撤回帕武武的命令时，佩里硫只剩下最后一个第5陆战团还在岛上。他们乘坐卡车前往岛屿北端，那里已经为他们准备好了一个新的宿营地。他们把旧的军服和作战靴埋入地下，领了新的，小小享受了一把淋浴、帐篷，还有舒适的匡西特板棚房食堂里的热饭热菜。几天后，他们排队走下海滩，登上登陆艇，前往等候在近旁的运输船。佩里硫之战让三个陆战团丧失了战斗力，他们不得不花上许多时间，吸纳大量的补充兵重建队伍。
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几天后，盖格将岛上所有部队的指挥权移交给了“野猫师”师长保罗·J.米勒陆军少将。第1陆战师在战役中伤亡6 786人，其中超过1 300人战死。许多生还者都会长期生活在创伤后应激障碍的折磨之下，虽然这个名词当时尚未出现。哈尔西将军发出了一封电报，向他们的努力和牺牲致敬：“谨以第3舰队全体向你们致敬。上锉高峰，下平山洞，消灭11 000名贼眉鼠眼的敌人，这是一项艰难的任务，干得极其漂亮。”[52]
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在太平洋的众多战场上——最严重的是在塞班——陆军和海军陆战队不同的战术理念带来了严重的摩擦。盖格和拉佩图斯想要在把岛屿移交给陆军之前消灭日军的抵抗，可是没做到，深感遗憾。但是实际上，即使是在交给陆军之后，他们也是又进行了7个星期的艰苦战斗才把敌人从他们的山洞里挖出来。在乌穆尔布罗格恶劣地形上最后阶段的战斗中，“野猫师”展现了缓慢推进的围攻战术的好处。他们需要一条更宽、质量更高的道路通往马蹄盆地，以便把坦克、卡车、装甲推土机和重炮送到前线，于是便修了一条。他们让日军阵地不间断处于重炮炮击和空中轰炸之下，每天都要扔上去数吨的凝固汽油弹。他们设置了数不清的沙袋掩体以掩护步兵。这些沙袋在海滩装满沙子，然后用两栖车或其他装甲车辆送到前线。最后，陆军工兵甚至建设了一条空中滑道，其外观和功能都很像早期的滑雪场缆车，用于把沙袋从滩头直接运到山上。这些沙袋墙不断前推，越来越接近日军的射击阵地，有时候士兵们甚至会用棍子把沙袋顶在自己前方向前爬。美军逐渐封闭了日军洞口和火力点。对此，日军报以一贯的高超技术、精明和坚定。即便“野猫师”占领了日军头上的山峰和山脊线，日军仍可能坚守着山体的内部。美军有时会听见自己下方的石头下面传来日本人的声音，或者闻到日本人做饭时的香气从看不到的通风口飘出来。被火炮轰塌的山洞口可能会从内部被炸开，随后一队日军士兵就会爬出来，从美军意料不到的方向发动进攻。由于夜间经常遭到小股部队袭击，于是陆军工兵便架起了泛光灯，保证战场如同白昼。沙袋堡垒向日军袋形阵地的中央不可阻挡地推进。美军还建了一条管道，柴油从海滩泵进去，直接倾泻到山洞口。“得益于一套接力泵和装在管道口上的喷嘴，我们达到了花园水龙带的喷射效果。白磷手榴弹则被用来引燃附着在喷洒区岩壁上和岩缝里的燃油。”[53]
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1944年11月24日，中川大佐向科洛岛上的师团指挥所发出了最后的无线电报告。他烧掉了联队旗。此时他手头剩余的人数已不足百人；他们要组成小规模的渗透组，发动最后一轮夜袭。中川似乎是搞了个仪式自杀了，但是没有任何亲见此事的人能活下来告诉人们真相。美军也没有注意到日军的最后攻击——实际上小股日军的袭击已经持续了几个月，而大几十个与主力失散的日军士兵还要在山洞里一直居住到战争结束之后。1947年3月，对日作战胜利足足18个月后，一群由一名中尉指挥的33名掉队日军还在这里被人发现并被劝降。
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佩里硫之战在美国国内没有引起什么关注，只有一部分简短报道出现在了报纸的最后几版上。这几个星期里，从欧洲战场传来的消息更加轰动并令人振奋：盟军解放了巴黎，正横扫法国，向德国推进。在太平洋方面，人们对于麦克阿瑟向菲律宾的推进更感兴趣。而帕劳群岛，即便按照太平洋上的标准，也是个遥远而且不知名的地方，人们搞不清这场战斗和其他上百次大大小小的岛屿作战有什么区别。在这场全球战事中，佩里硫之战从规模上看也不算特别大。但这却是一个里程碑，标志着一种新的战役形态，它预示了太平洋上即将发生的事情，尤其是后来发生在硫黄岛和冲绳岛上更著名的岛屿战役。站在美国人的角度，从伤亡比例来看，佩里硫是太平洋战争中代价最为惨痛的战役。在上岛参战的2.8万名海军陆战队和陆军官兵中，伤亡人数接近40%，包括大约1 800人战死，8 000人受伤。日军的1.1万名守军则基本全军覆没。就算是在一向对美军有利的杀伤人数对比方面——当然要考虑日本人不肯投降的因素——双方的伤亡比例也接近1∶1。
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中川利用他的地下坑道网络有效抵消了美军在舰炮火力和制空权方面的优势。他的部队基本避免了战术上徒劳无益的“万岁冲锋”，而是精心利用地形，在他们自己选择的战场上与敌交战。这些战术将在1945年日本近海各岛屿的战斗中以更大的规模再次出现。
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从此，美军士兵开始把自己的敌人视为毫无人性的恶毒的虐待狂，欲将其连根拔起、彻底消灭而后快。但同时，这种发自心底的憎恨中却也夹杂着敬慕，敬慕他们的坚韧、精明、忍耐，以及在面对注定的失败和死亡时所表现出的毫不动摇的勇气。
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“僵局”行动的第三个目标（在佩里硫和安加尔岛之后）是佩里硫东北345英里之外的乌利西环礁。这座长满椰子树的长方形沙洲环礁几乎正好位于关岛和帕劳群岛的正中间，能够被用作新的舰队锚地。乌利西的潟湖面积达209平方英里，足以容纳整个第3舰队及其机动后勤支援舰队。一旦拿下乌利西，此前6个月里一直扮演相似角色的埃尼威托克环礁就将降格为连接珍珠港和马里亚纳群岛的中转站。
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日本人在几个月前就放弃了乌利西，因此美国人兵不血刃就拿下了这座大环礁。9月21日，扫雷艇扫清了潟湖的主要入口并设置了浮标，陆军“野猫师”的一支侦察小分队登上了一座大一些的外围岛礁。他们受到了羞怯的波利尼西亚原住民的欢迎，这些人知道这些陌生人是日本人的敌人后便站到了他们这一边。这支前进分队立刻在环礁上四散开来，他们乘坐橡皮艇在岛礁之间跃进。他们找到了一些日军丢弃的设备，但没见到敌军。根据第81师的报告，他们只找到“两个日本人，都是死的”。[54]到9月23日日落时，乌利西被宣布占领。
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乌利西原住民的首领是一个成天醉醺醺的善良酋长，名叫“乌格王”。就和华盛顿的美国“大酋长”一样，乌格也因为脊髓灰质炎落下了残疾。于是他的下属用椰子树干和苇叶编织了一个宽大的轿子，抬着他走路。乌利西人散布在六七个小岛上简陋的原住民村落中，住在用劈开的椰子树干搭建的漂亮的棚屋里，地板上铺着柔软的席子，高大而倾斜的屋顶上覆盖着露兜树叶。男人和男孩们系着缠腰布，女人和女孩们则穿着草裙，所有人都会在头发上戴花儿，身上涂油。400多年前，葡萄牙和西班牙的探险家最早发现了这些乌利西人，18世纪初，基督教传教士开始来到这里。从那时起，当地人中就逐渐形成了独具特色的基督教文化：来自传教士的教义和行为规则逐渐和他们自己的古代传说和宗教传统相融合。到1944年，他们仍然沿袭着祖先数千年流传下来的生活方式：在潟湖中打鱼和在小块土地上种植芋头。他们乘坐手工制作的有舷外托架的独木舟航行和打鱼——在浪花中划桨，或者升起用席子做成的三角帆，“如同一群海鸥在潟湖美丽的蓝色水面上掠过一样”快速航行。[55]
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一名海军民事官劝说乌格王把他所有的臣民搬迁到环礁南部的一个岛上，作为回报，占领军将在战争期间为他们提供粮食、医疗服务和其他需要的物资。犹豫了一番后，乌格同意了。美军还建立了巡逻线，不允许自己人未经允许接近原住民居住区：“事实证明，这些步骤有效防止了我们的部队侵扰原住民。”[56]
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时间很紧。第3舰队在9月底就要来此停泊，根据新的在10月进行莱特岛作战的时间计划，他们没有时间返回埃尼威托克。于是，第51工程营的第一梯队刚一下船就开始分成两班，12小时一班连轴转，日夜不息。海滩管理组设置了上陆区和物资堆栈。栈桥也很快建好了，他们把浮箱装满沙子和珊瑚礁，然后沉入海底，锚定于此。短短三天里，工兵们卸载了超过3 000吨各种补给物资，包括淡水、口粮、燃油、医疗物资和弹药，还有大约300辆车辆，包括卡车、推土机和半履带车。他们用汽油机带动的锯子砍倒椰子树。树桩和树根被用炸药炸掉，垃圾则被运到了机场跑道和道路两旁清理出来的地方。卡车把砸碎的珊瑚礁运来倒进混凝土搅拌机。一队喷吐着废气的柴油推土机开始在法拉洛普岛原有的日军飞机跑道上施工，延长、拓宽，铺设路面。一套预制的钢质油罐组通过5条管道连接到了一个加油码头上，一块海滩突然变成了混凝土水上飞机坡道，椰子林中突然矗立起一座空中交通管制塔，机场外围也出现了用珊瑚礁做的滑行道、停机坪和停车场。一座名叫莫格莫格的岛被指定为舰队的休闲娱乐区，这里很快就会建起一系列棒球场、篮球场、烤肉炉、露天剧场和数个食堂。勤务和后勤船队将不得不自己从埃尼威托克开过来，航程超过1 500英里。这是一段漫长而危险的航程，因为勤务船在海上的航速不会超过12节或14节，驳船和干船坞更是只能以6节的速度拖行。
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10月1日拂晓前，两支航母特混大队鱼贯驶入潟湖，在北部锚地下锚：这是博根将军的第38.2大队（包括哈尔西的旗舰“新泽西号”）和谢尔曼将军的第38.3大队。这大约是第38特混舰队的一半兵力，一支由60艘涂着蓝灰色迷彩、装有高大桅杆的钢铁战舰组成的庞大舰队。在它们的巨大体形面前，一旁的小岛都相形见绌。这天早晨，“海蜂”部队的麦坎德利斯上尉起床走到了海滩上：“我走出椰子树林，向潟湖看过去，我简直不敢相信自己的眼睛。那里满是战舰——大大小小，各种类型。航母、战列舰、巡洋舰、油轮、驱逐舰，10条或12条潜艇，等等，全都平静地停在锚地里。他们是在夜间溜进来的。我不知道它们怎样才能如此安静地开进来，之后我就意识到我们为什么要来到乌利西了。这是个巨大的掩蔽场所，强大而庞大的美国特混舰队将会在此集结。”[57]
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舰队计划在锚地里进行为期数天的休整和补充，但这没能实现。10月2日，就在舰队开进乌利西的第二天，即便是在潟湖的封闭水域里，海况也开始恶化，物资装载变得很难。气压骤降，舰队气象专家发出警告，台风将至。就和中太平洋的其他环礁一样，低矮的岛屿无法在风暴面前为舰队提供太多的保护。哈尔西将军只好不情不愿地率领舰队回到海上抵御风暴。10月3日，两支特混大队开始在滔天巨浪和速度高达50节的狂风下左摇右晃。10月4日早，他们通过穆盖水道重回环礁时，才发现风暴把65艘希金斯登陆艇和14艘机械化登陆艇（LCM）抛到了岸上，大部分都已无法修复。但是时间不等人，舰队必须重返大海，发动另一轮航母空袭，以支援即将开始的莱特岛登陆作战。第3舰队还有许多答应过的事情等着去做。[58]
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10月6日下午，两支特混大队重新回到了海上，跟在台风后面向北驶去。他们将在海上和第38特混舰队其余部分会合，之后开往日本和台湾岛之间的琉球群岛，空袭冲绳岛和邻近其他岛屿上的目标。这支舰队拥有17艘航母，军舰总计100余艘，水兵将近10万人，它将比自从1942年4月杜立德（又译杜立特）空袭以来的任何其他盟军舰艇（除了潜艇）都更接近日本本土。
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这段1 300英里的航程艰难而充满混乱，狂风肆虐，巨浪埋艏。[59]在“新泽西号”的指挥舱里，卡尼和参谋军官们将这场台风命名为“零号特混舰队”。既然它在特混舰队前方北上，那么就可以压制日本航空兵的活动，并让敌人的远程巡逻机都停在家里，很有益处。10月7日，第38特混舰队的四个大队在塞班岛以西375英里处会合，开始了一天漫长而麻烦不断的海上加油。军舰在海上发狂般地纵摇和横摇，绿色的海水涌到甲板上，连许多老水兵都晕了船。第3舰队日志记载道：“舰队的操舰技术受到了严峻的考验。19：15，加油结束，除了几艘大舰还没有完成加油定额之外，其余舰艇都加足了油。”[60]
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10月9日午夜，舰队开到最高航速，向冲绳彻夜冲刺。一整夜，军舰咆哮着前进，但雷达屏幕上没有出现敌人巡逻机的踪影，日本人确实没有预料到他们会来。卡尼评论道：“我们打了冲绳那帮小子一个彻底的措手不及，因为我知道在他们的观念里没人会在这种天气下出海。我们突然杀来，给他们全力一击。”[61]10月10日拂晓时，舰队抵达位于冲绳东北的预定起飞点，转向迎风航向，开始让飞机起飞。最初的扫荡战斗机群发现空中没几架敌机，地面上倒是停放着许多。在冲绳最大的读谷机场，攻击机群扫射了停放着的飞机，把大约12架敌机打成了火球。之后是四个轮次的轰炸机，更多的护航战斗机也挂载了炸弹和火箭弹，它们攻击了整个琉球群岛所有的机场、军营、弹药库、燃油库和防御设施。在这天的最后一轮空袭中，飞行员们只得对已经在此前的空袭中熊熊燃烧的目标再次下手了。大火吞没了冲绳县首府那霸市中心的古城，杀死了大约600名平民，把城区的4/5化为灰烬。大火毁灭了古代琉球王国遗留的许多艺术品、建筑和文化遗产。直至今日，冲绳的老年人仍然记得那场灾难发生的日期：10月10日。
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这一天，米彻尔的航空兵部队总共向冲绳和其他邻近岛屿出击了1 396架次。美军损失了21架飞机，但大部分被击落的飞行人员都被救生潜艇救回。[62]