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在日记中，比尔·莱希表达了他对于“［杜鲁门］必须承担的战争与和平之重担”的担忧。据莱希儿子回忆，这位海军上将私下里觉得新上司是个“二等选手”。他一直习惯于把想法告诉罗斯福，知道这位总统才是“队长”，而且罗斯福会根据自己的判断同意或拒绝他的提议。但是杜鲁门还不具备面对他的顾问时所需要的自信心和独立性。莱希对其他顾问说，杜鲁门是掌握在这些人手中的，这意味着所有向总统提建议的人都承担着沉重的责任，必须绝对确保自己的提议是正确的。[4]
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在他的日记和后来的回忆录中，莱希丝毫不觉得自己对新总统相对无知的状况应该负一定责任或是应该为此受到批评。这样一位睿智而且判断力卓越的华盛顿政治家居然如此缺乏自省，颇为令人吃惊。且不论他知不知道罗斯福总统的身体每况愈下，莱希在前总统在世最后一年的大部分时间里都伴随在他左右，他当然足够清楚杜鲁门随时都有可能坐上总司令之位。莱希是白宫参谋长，参联会主席，他有采取什么措施来确保副总统也能准确了解战况吗？这事他不干，谁来干？在组织良好的政府中，这都是基本的流程，出现这样的重大缺陷，他也没有给出合理的解释。
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莱希对杜鲁门说，自己和罗斯福私交很好，他的死去令自己很“悲伤”。他想要离开海军，也不再担任白宫参谋长之职。但是即便不考虑别的，单纯为了工作的连续性，杜鲁门也需要他，于是杜鲁门请他留下来帮助自己“把战争事务的方方面面扛起来”。在杜鲁门保证将会沿用罗斯福留下的决策流程之后，莱希同意在岗位上至少再多干几个月。[5]结果他这一干就是4年，一直到杜鲁门第一个任期结束。
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即便此时已到战争末期，太平洋方面军事战略和外交政策的基本问题仍未解决。对日本的陆地进攻是否必要？抑或是用严密的封锁和空中轰炸就能逼降日本？盟军是否应该在中国大陆沿岸登陆？他们是否仍然需要苏联参战或者想要苏联参战？日本决策层中的“议和派”实力到底如何？有没有办法强化他们？前总统罗斯福的“无条件投降”原则是否必须不折不扣地执行？裕仁天皇是否具备足以结束战争的权力和影响力？——若他具备，盟军是否可以表示允许他保留皇位？这些问题都极其复杂，没有明确的结论。军事计划的制订工作通常都要考虑更高层的国际政策问题。打败日本仅仅是最临近的问题。之后还要在战后的亚洲建立新秩序，这就绕不开苏联对领土的渴求，中国国内革命，和英、法、荷前殖民地地位等问题。
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在5月1日的国务院—战争部—海军部会议中，吉姆·福莱斯特对两位同侪说，现在是时候“对我们在远东的政治目标进行彻底的研究了”。鉴于斯大林不久前在东欧政治独立问题上的看法，他们对苏联在远东的渴望有所警觉也就不难理解了。福莱斯特问：“我们是否想要制衡其影响？制衡点应该在中国还是日本？”如果选择后者，那么美国必须拿出一份计划来重建日本的经济能力和区域地位。在随后的会议中，美国内阁探讨了关于朝鲜、中南半岛（越南）以及中国东北和香港的未来地位的问题。福莱斯特的日记里关于这些讨论的章节给人的印象是，他们还是第一次直面这些问题。在5月29日的另一次国务院—战争部—海军部会议上，三位部长还讨论了杜鲁门总统是否应该发表一次讲话，澄清“无条件投降”的含义，或许还要处理战后日本皇室地位的问题。结果三方一致同意搁置这些问题，因为“此时不适合［总统］做此声明”。[6]
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美国海军和陆军航空队的领导人都认同一点：登陆日本是不必要的，应当避免。他们强调，海空封锁的效果日积月累，一定能够实质上切断日本所有残余的海上运输。一旦失去这最后一点石油、原材料和粮食进口，日本经济就会停转，人民就会挨饿。与此同时，空中轰炸的毁灭性将会达到一个新高度，数百架新服役的B-29“超级堡垒”轰炸机正从美国飞往战区，第8航空队的数千架轰炸机和战斗机正从欧洲移师此地，第3舰队也正准备冲进敌人水域，展开6周的猛烈打击，这将会是对日本城市、港口和公路铁路网发动的有史以来规模最大的舰载机空袭。
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当这些沉重的打击见效时，有人就提出应当出兵登陆亚洲大陆。驻华美国陆军司令阿尔伯特·C.魏德迈中将写道：“在沿岸建立一个滩头阵地自然会鼓舞中国人，使他们加倍努力和我们取得陆上的联系，由此打通交通线。”[7]尼米兹和斯普鲁恩斯支持夺取上海东南方的舟山群岛，以及长江入海口南侧附近的宁波半岛。他们的目的是在中国大陆建立一个桥头堡，打通一条通向中国重庆政府的交通线，如果时间充裕（尼米兹一名顶级计划人员语），就将“建设更多的机场，把日本炸服”。[8]这一“长汤姆”作战提案一度得到了参联会的支持，并将发动日期暂定为1945年8月。
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麦克阿瑟则主张尽早直接进攻日本。他说在中国沿海蜻蜓点水地打几仗只是浪费时间、生命和物资。他还说，单靠封锁和轰炸无法击败日本——他举了日本的盟友德国的例子，德国人在自己的城市被炸成废墟后都不肯投降。“日本最强大的军事部门是他们的陆军，只有击败他们，才能确保我们的胜利。这一点只有使用大规模地面部队才能做到……和德国的情况一样，我们必须击败日本陆军。为了这个目标，我们的战略必须要创造路径和手段，以在决定性的时间和地点，让敌我双方的地面部队决一雌雄。”[9]麦克阿瑟从他在马尼拉的司令部里告诉马歇尔，他用太平洋上现有的部队能够拿下九州。如果必须进攻本州岛并攻占东京，他就需要来自欧洲和美国本土的援军。[10]
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“没落”行动，正如其代号所示，旨在于最终击败德国之后的18个月内征服日本并实现和平。华盛顿的参联会计划部门曾拿出过一个早期版本，在1945年2月马耳他的阿尔戈会议上呈交给罗斯福和丘吉尔。“没落”计划包含两个阶段：一是1945年后期在南九州的登陆战（代号“奥林匹克”），其后是1946年春季向本州岛的进攻（代号“冠冕”）。这两场两栖进攻，尤其是“冠冕”作战，都会令前一年的诺曼底登陆相形见绌。“没落”行动将需要麦克阿瑟和尼米兹两个战区所有部队、所有军兵种联合作战，同时还需要英国和其他盟国军队的支援。向九州发动的进攻将由克鲁格将军久经沙场的第6集团军负责，他们是打过菲律宾战役的老手。他的部队将辖有两支陆军加强军，以及由三个陆战师组成的第三个军；他们将同时在九州岛东部海岸的宫崎、南部的有明湾，以及西海岸的串木野登陆。决定性的第二阶段“冠冕”作战将指向人口密集而且工业化程度较高的关东平原。艾克尔伯格将军的第8集团军将担任此次进攻的前锋，其部队将在相模湾北端的滩头登陆。将有不少于25个师参加“冠冕”进攻，此外还会根据需要将更多增援部队投入作战。假如向东京发动的压倒性钳形攻势没能让日本投降，盟军就将占领其首都——然后以此为中心向所有方向展开进攻，一个府一个县地扫清有组织的抵抗，直到整个国家认输并臣服为止。
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按照1945年3月下旬参联会敲定的第一版时间计划，“奥林匹克”登陆战将在1945年12月1日打响，“冠冕”登陆将在1946年3月1日发动。根据尼米兹的建议，考虑到冬季风暴给舰队带来的危险，“奥林匹克”行动的计划发动日期将提前到1945年11月1日。[11]
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此时，参联会还有一个长期争论不休的问题没能解决，那就是统一指挥问题。和所有的两栖作战一样，“没落”行动同样需要空中、地面、海上三方面力量持续而复杂的协作。但在1945年春季，太平洋上各军种之间的内讧和争斗不仅没有缓解，反而愈演愈烈。两位战区总司令之间的个人沟通在热天里也令人脊背发凉。4月，麦克阿瑟和尼米兹都邀请对方访问各自在马尼拉和关岛的司令部，结果两人都婉拒了。[12]尼米兹战区的最高陆军指挥官理查德森将军请求前往菲律宾和麦克阿瑟开会。但尼米兹未予批准，理由是他想要先解决好眼下的谈判。[13]一个星期后，尼米兹屈尊飞往马尼拉，听人介绍了麦克阿瑟关于“没落”行动的计划草案。西南太平洋战区总司令提出要接管冲绳岛和琉球群岛的其他岛屿，以及太平洋上的所有陆基航空兵。尼米兹不干了。他随即飞回关岛，要他的幕僚们拿出一份海军自己的“没落”行动两栖作战阶段的计划，只在必要时向麦克阿瑟“征求意见”。[14]
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尼米兹在他关岛办公室的显著位置挂了一张麦克阿瑟的大幅相片。访客理所当然地觉得这是为了表示敬意。但当太平洋舰队情报官莱顿问他为什么要挂这张照片时，尼米兹笑着答道：“莱顿，我跟你说。我这是为了提醒自己不要变成浑蛋。”[15]
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4月13日，人称“麦克阿瑟右手”的萨瑟兰将军来到关岛，提出对太平洋战场指挥结构进行根本性重组的方案。他说，跨军种的战区指挥官制度已经显示出是一种不适用的“陈规陋习”。麦克阿瑟想要指挥整个太平洋上所有的陆军部队，包括尼米兹控制的那些岛屿上的守军。而尼米兹可以接管第7舰队，这支舰队在过去三年里一直归属麦克阿瑟管辖。每个军种都要承担自己下辖部队的行政管理和后勤职责，而无论部队位于何处。萨瑟兰还补充说，冲绳战役之后，“就不能再有陆军部队放在海军将领辖下了”。[16]
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麦克阿瑟的提案意味着陆海两军的“友好分手”，但这需要进行复杂的行政改组，会在这场战争中最大规模战役的筹备阶段消耗参谋人员的大量精力。此事只有参谋长联席会议才能定夺。正如莱希后来说的那样，“太平洋战场的指挥问题是那种就算做出一连串‘协议’也安稳不下来的事情”。[17]参联会判断这是避免陆海两军公开决裂的唯一途径，于是下达了必要的指示。麦克阿瑟领到了新头衔“太平洋美国陆军部队总司令”，缩写为“COMAFPAC”。在一份发给麦克阿瑟的“严禁外传”的电报中，乔治·马歇尔将军提到，关于陆海两军的分歧“国内出现了大量最为不利的谣言和非议”，他要求新任COMAFPAC“做最大努力压制下级中的这种致命议论，我在这里也会下重手做同样的事”。[18]
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然而未等这个问题解决，“没落”行动的指挥关系又引发了一场新的口角。尼米兹想要保持他的部队自从1943年11月“电流”作战以来一直沿用的指挥模式：进攻部队在海军指挥下登陆，地面部队指挥官在建立岸上指挥所之后再接管指挥权。[19]麦克阿瑟不仅对此一口回绝，甚至拒绝讨论，坚持要把此事提交参联会裁决。海军还提议，在开赴登陆滩头的过程中和登陆的最初阶段，由海军负责“陆海军所有宣传事务”，麦克阿瑟对这一提议格外愤怒。[20]
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在华盛顿，此事似乎陷入了僵局。马歇尔直白地告诉金，他俩对于“没落”行动的指挥结构“观点显然完全不同”，他坚称参联会应该立刻选择“一位对此次战役承担首要责任的指挥官”。[21]其中的威胁意味不言自明。如果下一次参联会会议上无法就此达成一致，那就必须提交美国总统裁决。随着太平洋上的两路进攻大军逐渐向日本会合，再保持两个战区指挥官平起平坐就越来越难了。麦克阿瑟的资历比尼米兹老，他的公众人气和声望也无可媲美。罗斯福当年是个彻头彻尾的海军人，而现在的杜鲁门则是个陆军老兵。意识到自己的这些弱点之后，金退让了。于是参联会下达命令，指定麦克阿瑟承担“没落”行动的“主要责任”，但为了保全海军颜面，尼米兹或者其指定的舰队指挥官将在战役的两栖登陆阶段拥有较大的自主行动权，甚至是独立行动权。[22]原计划在中国大陆沿海登陆的“长汤姆”方案被取消。
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1945年4月接掌日本首相大权的海军大将铃木贯太郎男爵是个77岁的老头子，耳朵听不清，还常常在开会时打瞌睡。他早就从海军退役了，此前干了近10年的侍从长，和裕仁天皇的私交很好。在1936年被挫败的“二二六”政变中，他被子弹击中，差点死掉。铃木和天皇二人私下里似乎有一个共同的认知，新政府必须找到办法结束战争，即便这意味着要接受盟国苛刻的条件。他们同意，一旦时机成熟，天皇就将发布“诏书”以结束战争。
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与此同时，日本领导层的每个人都对军队造反、刺杀甚至内战的风险心知肚明。如果政府被推翻，那么和盟国和谈的机会就将丧失，日本也将万劫不复。从某种意义上说，议和派关于结束战争的密谋必须保密足够久才能成功。铃木在上一次刺杀事件中险些丧命，因此对这一点更有切肤之痛。正如理查德·B.弗兰克在他研究太平洋战争结束过程的著作《没落》一书中所写：“掌控日本命运的这一小群人对于来自内部的致命威胁的意识，是理解其动机的钥匙。”[23]
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重组后的日本内阁代表了整合各派势力的一次尝试，而这各派势力在围绕战争与议和的根本方针上却正陷于僵局之中。暗地里推进议和的海军大将米内光政坐海军大臣之位。陆军大将阿南惟几则是作为陆军大臣入场，他的入场是为了安抚东条英机和其他陆军中占主导地位的“统制派”强硬分子。前联合舰队总司令丰田副武此时任海军军令部总长，在此任上他将会和阿南惟几及陆军参谋总长梅津美治郎等人一起组成主张“坚持战斗”的强硬派核心圈子。前驻苏联大使东乡茂德被任命为外交大臣。他先得到了许诺，可以自由推进让日本在一年内退出战争的计划，之后他才接受了这一任命。
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日本政府的主要决策部门仍然是最高战争指导会议的“六巨头”，也就是前文提到的所有这些人。但是最高战争指导会议刚刚进行了一项新的重要改革：参会人仅限于上述六人，不允许顾问人员和较低级别的军官在场。“六巨头”将举行密室会议，再加上木户幸一侯爵（内大臣）和天皇本人，总共八人参会。正是这八个人将在太平洋战争最后的几个星期里通过激烈争议而达成共识——可能还有另外10人到15人也能够施加一些影响力。
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达成共识是他们的唯一目标，在此之前，他们什么事都做不了。为了形容这一集体决策的痛苦过程，日本人用了一个古代园丁的术语——“根回”。意思是把一棵成年大树的所有树根全部从土里挖出来，以移植到其他地方。每一条树根都要从地面下挖出来。这是一项极易出错、必须小心处理的工作，需要耗费大量的时间和耐心。一旦出错，树说不定就死了。“根回”这个词解释了为什么像米内光政海军大将这样令人敬畏的政治家、前首相，从1944年加入政府以来一直领导着秘密议和派，却无法向自己的同僚直白地表达主张。即便在纳粹德国战败，日本显然也注定失败的情况下，米内发现，“对于我而言，我想对其他人来说也是一样，还是很难向任何人提起结束战争的话题”。即便是对铃木，他也只能“抽象”地说：“我想我们这样是持续不了多久的。”[24]
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正是这样的制度缺陷导致日本在1941年做出了发动战争的不理智决定，如今又使其无法做出结束战争的理智决定。东京并没有真正的责任中心，权力被拆分，分散在各个不同的军事部门和政治机构中。陆军和海军的领导人实际上只是橡皮图章，他们完全可以被军衔更低的年轻军官操控、罢黜、替换，甚至刺杀。从战争突然转向议和，需要得到广大利益相关者和参与者的服从，包括两大军种的中层军官们。而根深蒂固的意见分歧和长期以来的叛乱威胁，解释了美国战略轰炸调查组所称的“从政府最高层承认失败到最终投降之间长得反常的时间”。[25]
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根据米内的建议，铃木让最高战争指导会议秘书长准备一份关于日本整体经济和战略处境的调研报告。这份名为《国家资源调研，1945年6月1日—10日》的机密报告在6月6日提交。其结论一反常态地直白扼要——不仅仅战败不可避免，而且国家经济正走向崩溃，日本领导人也正在失去人民的信任。统计数据展示了船运的损失，生产的下滑，原油储备耗尽，铁路运输中断，粮食供应日益恶化。由于冲绳即将失守，与亚洲大陆之间的海上航线将遭到严重威胁，整个工业体系都将陷入停顿。消费品短缺将导致严重的通货膨胀，而粮食状况将在1945年底到达危急状态，“国家部分偏远地区将出现饿死人的情况”。关于军事状况，所有剩余的作战飞机都将被用作“神风”自杀机，但是关键的航空汽油短缺问题仍然无法解决。而且，即便自杀飞机和自杀潜艇能设法击沉美军进攻舰队的1/4，“也很难通过海上歼敌来挫败美军的进攻计划”。这份报告详细介绍了美军舰队和航空兵的压倒性力量，而且还警告说“派往西欧战场的约60个师中，一半左右会被调过来对付日本”。[26]
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“六巨头”中三名强硬派之一的丰田海军大将后来告诉美军审讯人员，这些统计数字证明日本的战争潜力正在持续锐减。然而，他说，屋子里没人有勇气提出日本要根据盟国的条款接受失败。“在那么多人在场的情况下，我们任何一个成员都很难提出我们应当求和，”丰田如是说，“因此决议就成了必须做些什么让战争持续下去。”[27]既然有那么多根须要一根接一根地从地下挖出来，那自然就需要更多的时间。被夹在寻求和平与坚持战争两股力量之间的最高战争指导会议选择了两边一起发力。会议一致同意采取首鼠两端的“基本政策”。陆海两军将动员力量，准备全力以赴进行本土防御作战。外务省则将请求苏联出面作为中介，组织日本和盟国之间的和平谈判。6月8日，裕仁正式批准了这一计划，他在内阁达成一致后通常都会批准其决议。