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麦克阿瑟的提案意味着陆海两军的“友好分手”，但这需要进行复杂的行政改组，会在这场战争中最大规模战役的筹备阶段消耗参谋人员的大量精力。此事只有参谋长联席会议才能定夺。正如莱希后来说的那样，“太平洋战场的指挥问题是那种就算做出一连串‘协议’也安稳不下来的事情”。[17]参联会判断这是避免陆海两军公开决裂的唯一途径，于是下达了必要的指示。麦克阿瑟领到了新头衔“太平洋美国陆军部队总司令”，缩写为“COMAFPAC”。在一份发给麦克阿瑟的“严禁外传”的电报中，乔治·马歇尔将军提到，关于陆海两军的分歧“国内出现了大量最为不利的谣言和非议”，他要求新任COMAFPAC“做最大努力压制下级中的这种致命议论，我在这里也会下重手做同样的事”。[18]
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然而未等这个问题解决，“没落”行动的指挥关系又引发了一场新的口角。尼米兹想要保持他的部队自从1943年11月“电流”作战以来一直沿用的指挥模式：进攻部队在海军指挥下登陆，地面部队指挥官在建立岸上指挥所之后再接管指挥权。[19]麦克阿瑟不仅对此一口回绝，甚至拒绝讨论，坚持要把此事提交参联会裁决。海军还提议，在开赴登陆滩头的过程中和登陆的最初阶段，由海军负责“陆海军所有宣传事务”，麦克阿瑟对这一提议格外愤怒。[20]
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在华盛顿，此事似乎陷入了僵局。马歇尔直白地告诉金，他俩对于“没落”行动的指挥结构“观点显然完全不同”，他坚称参联会应该立刻选择“一位对此次战役承担首要责任的指挥官”。[21]其中的威胁意味不言自明。如果下一次参联会会议上无法就此达成一致，那就必须提交美国总统裁决。随着太平洋上的两路进攻大军逐渐向日本会合，再保持两个战区指挥官平起平坐就越来越难了。麦克阿瑟的资历比尼米兹老，他的公众人气和声望也无可媲美。罗斯福当年是个彻头彻尾的海军人，而现在的杜鲁门则是个陆军老兵。意识到自己的这些弱点之后，金退让了。于是参联会下达命令，指定麦克阿瑟承担“没落”行动的“主要责任”，但为了保全海军颜面，尼米兹或者其指定的舰队指挥官将在战役的两栖登陆阶段拥有较大的自主行动权，甚至是独立行动权。[22]原计划在中国大陆沿海登陆的“长汤姆”方案被取消。
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1945年4月接掌日本首相大权的海军大将铃木贯太郎男爵是个77岁的老头子，耳朵听不清，还常常在开会时打瞌睡。他早就从海军退役了，此前干了近10年的侍从长，和裕仁天皇的私交很好。在1936年被挫败的“二二六”政变中，他被子弹击中，差点死掉。铃木和天皇二人私下里似乎有一个共同的认知，新政府必须找到办法结束战争，即便这意味着要接受盟国苛刻的条件。他们同意，一旦时机成熟，天皇就将发布“诏书”以结束战争。
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与此同时，日本领导层的每个人都对军队造反、刺杀甚至内战的风险心知肚明。如果政府被推翻，那么和盟国和谈的机会就将丧失，日本也将万劫不复。从某种意义上说，议和派关于结束战争的密谋必须保密足够久才能成功。铃木在上一次刺杀事件中险些丧命，因此对这一点更有切肤之痛。正如理查德·B.弗兰克在他研究太平洋战争结束过程的著作《没落》一书中所写：“掌控日本命运的这一小群人对于来自内部的致命威胁的意识，是理解其动机的钥匙。”[23]
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重组后的日本内阁代表了整合各派势力的一次尝试，而这各派势力在围绕战争与议和的根本方针上却正陷于僵局之中。暗地里推进议和的海军大将米内光政坐海军大臣之位。陆军大将阿南惟几则是作为陆军大臣入场，他的入场是为了安抚东条英机和其他陆军中占主导地位的“统制派”强硬分子。前联合舰队总司令丰田副武此时任海军军令部总长，在此任上他将会和阿南惟几及陆军参谋总长梅津美治郎等人一起组成主张“坚持战斗”的强硬派核心圈子。前驻苏联大使东乡茂德被任命为外交大臣。他先得到了许诺，可以自由推进让日本在一年内退出战争的计划，之后他才接受了这一任命。
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日本政府的主要决策部门仍然是最高战争指导会议的“六巨头”，也就是前文提到的所有这些人。但是最高战争指导会议刚刚进行了一项新的重要改革：参会人仅限于上述六人，不允许顾问人员和较低级别的军官在场。“六巨头”将举行密室会议，再加上木户幸一侯爵（内大臣）和天皇本人，总共八人参会。正是这八个人将在太平洋战争最后的几个星期里通过激烈争议而达成共识——可能还有另外10人到15人也能够施加一些影响力。
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达成共识是他们的唯一目标，在此之前，他们什么事都做不了。为了形容这一集体决策的痛苦过程，日本人用了一个古代园丁的术语——“根回”。意思是把一棵成年大树的所有树根全部从土里挖出来，以移植到其他地方。每一条树根都要从地面下挖出来。这是一项极易出错、必须小心处理的工作，需要耗费大量的时间和耐心。一旦出错，树说不定就死了。“根回”这个词解释了为什么像米内光政海军大将这样令人敬畏的政治家、前首相，从1944年加入政府以来一直领导着秘密议和派，却无法向自己的同僚直白地表达主张。即便在纳粹德国战败，日本显然也注定失败的情况下，米内发现，“对于我而言，我想对其他人来说也是一样，还是很难向任何人提起结束战争的话题”。即便是对铃木，他也只能“抽象”地说：“我想我们这样是持续不了多久的。”[24]
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正是这样的制度缺陷导致日本在1941年做出了发动战争的不理智决定，如今又使其无法做出结束战争的理智决定。东京并没有真正的责任中心，权力被拆分，分散在各个不同的军事部门和政治机构中。陆军和海军的领导人实际上只是橡皮图章，他们完全可以被军衔更低的年轻军官操控、罢黜、替换，甚至刺杀。从战争突然转向议和，需要得到广大利益相关者和参与者的服从，包括两大军种的中层军官们。而根深蒂固的意见分歧和长期以来的叛乱威胁，解释了美国战略轰炸调查组所称的“从政府最高层承认失败到最终投降之间长得反常的时间”。[25]
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根据米内的建议，铃木让最高战争指导会议秘书长准备一份关于日本整体经济和战略处境的调研报告。这份名为《国家资源调研，1945年6月1日—10日》的机密报告在6月6日提交。其结论一反常态地直白扼要——不仅仅战败不可避免，而且国家经济正走向崩溃，日本领导人也正在失去人民的信任。统计数据展示了船运的损失，生产的下滑，原油储备耗尽，铁路运输中断，粮食供应日益恶化。由于冲绳即将失守，与亚洲大陆之间的海上航线将遭到严重威胁，整个工业体系都将陷入停顿。消费品短缺将导致严重的通货膨胀，而粮食状况将在1945年底到达危急状态，“国家部分偏远地区将出现饿死人的情况”。关于军事状况，所有剩余的作战飞机都将被用作“神风”自杀机，但是关键的航空汽油短缺问题仍然无法解决。而且，即便自杀飞机和自杀潜艇能设法击沉美军进攻舰队的1/4，“也很难通过海上歼敌来挫败美军的进攻计划”。这份报告详细介绍了美军舰队和航空兵的压倒性力量，而且还警告说“派往西欧战场的约60个师中，一半左右会被调过来对付日本”。[26]
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“六巨头”中三名强硬派之一的丰田海军大将后来告诉美军审讯人员，这些统计数字证明日本的战争潜力正在持续锐减。然而，他说，屋子里没人有勇气提出日本要根据盟国的条款接受失败。“在那么多人在场的情况下，我们任何一个成员都很难提出我们应当求和，”丰田如是说，“因此决议就成了必须做些什么让战争持续下去。”[27]既然有那么多根须要一根接一根地从地下挖出来，那自然就需要更多的时间。被夹在寻求和平与坚持战争两股力量之间的最高战争指导会议选择了两边一起发力。会议一致同意采取首鼠两端的“基本政策”。陆海两军将动员力量，准备全力以赴进行本土防御作战。外务省则将请求苏联出面作为中介，组织日本和盟国之间的和平谈判。6月8日，裕仁正式批准了这一计划，他在内阁达成一致后通常都会批准其决议。
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“决号”作战，也就是日军击退盟军本土登陆的作战计划，在铃木政府上台的当周面世。其要义在于在短时间内集中投入国家剩余的所有军事和经济资源来应对进攻。“决号”计划要求进行大规模的部队组建，主要是新建陆军师团和动员预备役陆军师团；将部队部署到最有可能成为登陆地点的区域；在预计的登陆海滩后方建造海岸防御设施；以及向盟军舰队发动规模空前的“神风”突击。这份计划正确地预料到进攻将在1945年阳历年底前到来。日本人也准确判断出第一轮登陆将落在南九州，1946年春季还将有更大规模的进攻落在关东平原和大东京地区。
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在不久前的1945年1月，日本国内只有11个完整的陆军师团。4月至5月美军部队拿下冲绳大部之时，日本陆军开始从朝鲜和中国东北调回部队，并在本土新建师团和召集预备役师团。到1945年7月，通过两个阶段的动员，日本本土已经部署了30个一线战斗师团，24个海岸防御师团，23个独立混成旅团，2个战车师团，7个战车旅团，3个步兵旅团。[28]与此同时，日军部队被集结到预计将会承受盟军下一轮突击的九州岛上。到7月底，岛上已经有15个师团，7个独立混成旅团，3个独立战车旅团，和2支海岸防御部队，总兵力超过80万人。由于军火短缺和生产下滑，这些部队并非全都拥有合适的武器和装备。尽管付出了巨大的努力，在能抵御轰炸和炮击的山洞和地堡内存储弹药，日军还是估计一旦战役持续超过数周，九州许多日军一线部队的弹药就会不够用了。
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与此同时，东京方面还付出很大努力来组建、武装和训练民兵。所有15岁至60岁之间的男性和17岁至40岁之间的女性都被编入了这些地方战斗团体，其官方统计人数最高达到2 500万人。许多人手中的武器只有长矛或是能用作武器的家用品。每个民兵都被要求在战死之前消灭至少一个入侵的强盗。这样的备战有一个新的全国口号：“一亿玉碎。”[29]
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1945年6月上旬之后，日军航空兵就基本放弃了对美军空袭的抵抗，转而把他们残余的飞机保存起来，用于最后的决战。7月，日本本土列岛各处存储了大约9 000架飞机，显然这所有的飞机都是要拿去当作“神风”机撞向美军进攻舰队的，包括教练机在内。日本的航空工业被要求在9月底前再拿出2 500架飞机来用于此目的。飞行员的训练被简化到了最低程度，许多未来的“神风”飞行员除了起飞和做些基础的空中机动之外什么都不会。鉴于航空汽油储备耗尽，大部分人都将待在地上，坐等着最后一次起飞出击的到来。
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美军对日军机场的轰炸和战斗机扫射一直没停，大量飞机被摧毁在地面上。但是美军也没别的办法来对付“神风”的威胁了。有不少在地面上被摧毁的“敌机”实际上只是胶合板做的假目标，真飞机都被分散藏了起来。美军的炸弹可以把跑道炸得坑坑洼洼，但是“神风”自杀机只要能起飞就行——它们完全没打算返航和降落——因此它们只要有一些最简陋的土质跑道就够用了，这些跑道修复起来又快又便宜。在攻击九州岛外的进攻舰队时，“神风”特攻队将拥有两项在冲绳战役中不具备的战术优势。首先，飞行距离很短；其次，攻击机可以从整个岛屿各个不同的机场起飞，这意味着它们将能够从不同方向同时飞向进攻舰队。此外，日本海军还将投入大量资源制造自杀潜艇和自杀快艇，以及能够从山顶起飞的自杀滑翔机。计划目标是摧毁美军进攻舰队的1/4。即便未能达到这一预期（这几乎是肯定的），“神风”攻击也确实有望在九州外海让盟军比在冲绳外海时失血更多。
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虽然日军已经开始向九州投入大量增援部队，但他们不能认为盟军第一轮进攻一定不会落在本州岛的东京附近，以及本州岛北部或四国岛这种更远的地方。“决号”作战也制定了应急预案，以调动部队去迎战可能从任何地方上岸的登陆部队。一旦需要，日军就会通过沿岸的海路和铁路输送部队，但是考虑到日本的运输系统正持续受到打击，再加上迫在眉睫的燃料危机带来的大量困难，地面部队的机动将会受到很大限制。如果必要，增援部队将步行越野行军，就像武士时代那样。按照日本大本营的估算，一旦美军越过九州岛直接在关东平原登陆，日军将要花费65天才能将援军从九州岛调集到名古屋，之后再花10天送他们上战场。如果这些援军要耗费两个半月的时间才能参加战斗，那他们能否及时赶到并救援首都也就很值得怀疑了。[30]
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情况还有可能进一步恶化，中央的司令部与外围区域可能会完全失去联络。由于预见到基本的指挥控制体系被摧毁的情况，日本陆军被重新编组为半自主的区域指挥架构——第一、第二、第三这三个军分别负责日本的北部、中部和南部。文职政府体系也去中央化，县级政府获得了更高的地方自主权，这样他们就能对付食物短缺和交通中断带来的地方性危机了。日本此时正滑向灾难——B-29的空袭日益猛烈，海上交通线基本瘫痪（即便是濑户内海和日本海也受到严重影响），供电网络濒临崩溃，燃油储备耗尽，饥荒已近在眼前——鉴于此，谁也不知道日本是否还能打一场集中指挥的本土防御战。
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铃木政府的第二条“路线”，争取和谈，由东乡和外务省负责协调。他们犹疑不定地通过欧洲中立国的外交官和私人关系，以及通过天主教会做出了和平的试探。盟国的情报机构跟踪并报告了这些行踪诡秘的探子的举动，并正确地判断出他们没有得到日本政府充分而确定的支持。[31]他们还计划在中国停战，请求蒋介石的国民政府充当中介，和盟国进行更为广泛的和谈，结果自然也是无疾而终。
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莫斯科一直是东京方面外交工作的焦点。日本愿意放弃在40年前日俄战争中赢得的大部分（或许是所有）土地和商业特权。作为交换，它希望能从西伯利亚获得原油和其他急需的原材料，并保持自己作为东亚一个独立“缓冲国家”的地位，以平衡苏联和英美势力之间的利益。在最高战争指导会议（包括其中的强硬派）的支持下，日本政府正式提请克里姆林宫协助安排停战，并与盟国议和。这些请求同时通过日本驻莫斯科大使和苏联驻东京大使提交了出去。日本人请求苏联人允许一个外交特使前往莫斯科——前首相近卫文麿公爵，他从1941年起就离开了权力的中心。
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苏联人听到了日本人的哀求，他们没有给出令人振奋的答复，但也没有立刻回绝。斯大林的外交人民委员维亚切斯拉夫·莫洛托夫似乎是抽不出身来解决此事。他根本见不着人，会面被推迟，改期，然后再推迟。莫洛托夫请日本大使佐藤尚武拿出一份更具有可行性的方案来。他告诉佐藤，待他和斯大林从德国波茨坦的同盟国会议（1945年7月17日—8月2日）上回来后，苏联就会答复日本的请求。日本人不知道，也没想到苏联人已经确定要加入对日作战。在雅尔塔，斯大林已经确定，苏联对日本发动进攻的日期是德国战败后三个月。苏联领导人拖着日本人没完没了的外交往来又不给结论，目的就是争取时间，把部队从欧洲调过来。6月至7月间，苏联的部队、坦克、大炮被源源不断地通过铁路运往东方，在中国东北边境集结。这一富有斯大林特色的举动的要点在于，他的国家要加入最后阶段的对日作战，以求以轻微代价获取胜利。
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在6月18日的最高战争指导会议上，裕仁给出了他站在议和派一边的最明确的信号，他说：“我要的是结束战争的可行计划，不要受现有政策拖累，你们抓紧研究，落地执行。”[32]他想要知道近卫公爵赴莫斯科的时间。近卫后来告诉美国审讯人员，他得到了“天皇暗地里的直接指示，要不惜代价取得和平，即使条件严苛”。根据最高战争指导会议秘书长的回忆，铃木和东乡都同意，如果克里姆林宫拒绝协调议和，他们就会直接向美国求和。[33]
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然而，除了向苏联发出态度含糊的求援外，东京各派势力尚未达成任何共识。军部不想再忍受任何和谈的路线。日本政府的公开政策是死战到底，其外交活动则是严格保密的。铃木首相的公开言论仍是一如既往地坚定和充满斗志。关于投降的想法都是过街老鼠，即便议和派人士都认为可以通过谈判达成协议。日本统治层中有些人私下里已经意识到日本将被迫放弃其所有海外占领区，但其他人还指望能保住这个国家几十年前就吞下的土地，包括朝鲜和台湾岛。军方高层愿意从中国和东南亚撤回军队，甚至急于这样做——但他们想要在自己军官的指挥下撤离部队，而不是在缴械投降后被遣送回来。至于不打一仗就让盟国占领军登上日本国土的想法，任何日本领导人都觉得这种耻辱的方案只会招来刺客的眉心一枪。即便到了这个时候，1945年夏季，日本的统治者们都还没能充分意识到他们已不可能把时钟拨回到1941年，或者是1937年、1931年，甚至是1905年。他们想要停战，但还没准备好面对彻底失败的残酷现实。
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对于在西太平洋巡弋的美军潜艇来说，1945年春季是个淡季。随便什么类型的日本船只都已所剩无几。“想要闯回本土的满载物资的肥肉船队不见了，”美军太平洋潜艇部队司令查尔斯·洛克伍德中将写道，“那些堆满了军火，敌军都挤到栏杆上的从敌人本土南下的巨型运输船也消失了。”[34]击沉战绩大跳水。4月，19艘潜艇使出浑身解数也仅仅击沉了总吨位66 352吨的18艘敌人货轮，以及13 651吨的10艘军舰。到了5月，战绩又下跌到30 194吨的15艘商船和4 484吨的5艘军舰。[35]仅存的少量目标大多出现在法伊夫将军的苏比克湾司令部的辖区内——包括爪哇海、暹罗湾和中南半岛近岸。美军潜艇开始越来越多地猎杀这些水域中无处不在的破旧的小型拖网渔船、帆船和舢板。其中大部分装载的是大米、谷物、水产、咖啡、糖和盐等不受管制的物资，船员也常常是中国人、泰国人，或马来亚本地人。但他们是在前往日占区的港口进行沿岸贸易，这就足够宣判其死刑了。在1945年7月马来亚东部沿岸的一次巡逻中，潜艇“鲇鱼号”用甲板炮击沉了63艘小艇。大部分时候，艇长威廉·哈泽德会在开火前向船员发出警告，允许他们离开船只，坐上救生筏和救生艇，但也不是每次都如此。