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与近邻西班牙在帝国事业和商业上的竞争，为葡萄牙平添了探索东南亚可能性的一定程度的紧迫感。生产香料的岛屿特尔纳特（Ternate）和蒂多雷（Tidore）卷入了一场战争，在伊比利亚冲突的重压下，当地人已无暇顾及其内部争端。1529年西班牙退出，至此葡萄牙完全掌控这一地区，那是西班牙曾肆无忌惮实施压迫并激起愤恨的地方。在接下来的50年时间里，蒂多雷的作用仅限于一个贮藏和输送马鲁古（Moluccan）群岛丁香和肉豆蔻的牢固仓库。葡萄牙对蒂多雷、安汶岛（Amboina）和班达群岛（Banda Islands）的占领得到了当地穆斯林首领的默许。但是在1575年，同样是这些穆斯林统治者把愈发不受欢迎的葡萄牙人驱逐出了特尔纳特。
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值得一提的是，受葡萄牙经济影响最大的还是远东地区。中国政府的确考虑过将葡萄牙人驱逐出马六甲，因为他们认为马六甲地区属于中国的势力范围。1516年，首位葡萄牙人来到珠江口，就此开启了他们在中国南方既盈利又和平的商业探险。葡萄牙人企图建立防御工事并实施海上贸易垄断，但这遭到了中国海军势力和政府官员的坚决反对，并促使官方于1521年禁止中国商人与葡萄牙贸易。然而，两个国家中唯利是图的商人经常违反这一规定，他们在小港口或者远离政府监督机构的小岛上进行交易活动。16世纪中叶，中国政府对国内商人的海外贸易态度发生了转变。自1567年开始，中国政府允许两国间少量的商业往来。在中国禁海政策的压力下，人们想在公海造船并非易事，因此外国海员就占据了优势。此后，葡萄牙人通过其于1557年建立的澳门小岛重新开展与中国的直接贸易，澳门就坐落在珠江口。他们从马六甲进口象牙、檀木和秘鲁白银，出口丝绸、制陶术、中国铜、汞和樟脑。中国是15世纪才引进银币的，来自日本的白银得到了来自新大陆的西班牙银块的补给。1571年以来，西班牙人都是通过马尼拉与中国进行贸易。他们给中国带来墨西哥和秘鲁白银，从中国带走丝绸、香料和陶瓷。
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在1542至1543年间，葡萄牙人发现了去往日本的路线，其实他们原本的目的地是中国，但是台风把他们的船队吹向了日本。到了日本后，他们发现日本人很随和。于是，他们开辟了从澳门到长崎的新航线，这条航线令装满中国商品的葡萄牙船队获利丰厚。1641年荷兰夺取了马六甲，此后澳门商人就将他们的商业目标转向了菲律宾群岛，澳门商人将丝绸卖给西班牙人，然后西班牙商人再将这些丝绸出口到墨西哥的阿卡普尔科（Acapulco）。
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虽然葡萄牙人对财富和大宗贸易怀着无限的渴望，但一些商人的商业追求中也掺杂了宗教热忱，所以他们并非单纯的帝国主义者。对于一些人来说，主导印度洋地区贸易的渴望，是与反对穆斯林的情感和对抗其他基督徒的行为相互交织的。阿尔布克尔克（Albuquerque）和佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔（Pedro Álvares Cabral）就是典型的好战的帝国主义者，他们希望建立广阔的葡萄牙海上帝国，从而实现在中央政权控制下垄断海上贸易的梦想。然而，也有敢于反对暴虐的帝国主义行径的葡萄牙商人，他们希望启用完善的法律制度使葡萄牙人与非基督徒进行平等贸易，而非通过使用武力来征服和控制对手的贸易网。
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《南蛮屏风》与日本的葡萄牙商人
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这幅南蛮渡来图取自日本安土桃山时代的画作《南蛮屏风》，描绘了16世纪末至17世纪初，葡萄牙商人前往日本进行贸易的生动场景。
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《坎迪诺世界地图》
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这幅世界地图展示了葡萄牙自地理大发现以来认识的东西方世界，图中精确描绘了印度洋的非洲海岸，印度半岛的轮廓也首次被描绘出来。遍布非洲、美洲、印度半岛的红框蓝心旗帜代表着葡萄牙的势力范围。纵贯大西洋和南美洲的一条较粗的蓝线，则是葡萄牙与西班牙划分东西方世界的“教皇子午线”。
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近代以来有学者提出，尽管葡萄牙人为达目的无所不用其极，但是他们并没有完全破坏印度洋地区的贸易活力。葡萄牙人的确成为海上贸易中的佼佼者，但与其完全控制这片海域的目标还是相距甚远。后来在当地势力的反抗、竞争以及强大欧洲竞争者带来的压力下，葡萄牙势力在印度洋地区渐渐消失了。最终，葡萄牙人以合伙人的身份参与了印度洋的海上贸易活动，虽然相当暴力且意想不到。
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葡萄牙王室垄断东方贸易的美梦终结了，之后他们不得不允许私营贸易的发展。这一政策的实行不仅减少了葡萄牙王室在东方的贸易收入，而且还刺激了大量欧洲竞争者涌入该地区。随着实力的增强，这些竞争者与葡萄牙商人的关系由合作走向竞争乃至冲突。
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为了增加贸易量，葡萄牙人将一些技术经验分享给中国和日本海员，这对中国人和日本人来讲是很有益处的。从长远角度来看，葡萄牙人缺乏击败对手的人力和经济资源。不仅美洲和非洲的发展消解了他们的实力，而且欧洲和非欧洲的竞争对手也组成联盟对抗葡萄牙人。例如，欧洲商船经常造访苏门答腊岛北部亚齐（Achin）的胡椒生产区，此地位于有利的海湾地带，是香料和黄金贸易的中心位置，法国、荷兰和英国军队几经尝试，都没能占领这一地区。亚齐的海上贸易者通常都会载着货物直接来到红海港口，避免遇到更靠北的和波斯湾航线上巡航的葡萄牙船只。1641年，胡椒产区的人们协助马六甲人将葡萄牙人驱逐出境。奥斯曼帝国在土耳其和近东地区的崛起及萨法维帝国（1501——1736）在波斯的崛起，与葡萄牙人对印度洋地区产生兴趣几乎同时发生。这不仅仅是巧合。这两股强大的穆斯林势力控制了波斯湾和红海的内陆重要地区，此外他们还限制了葡萄牙人和其他欧洲人的活动范围，并主导了这些地区的贸易网。1622年，阿拔斯一世（1571——1629）和他的英国盟友的舰队将葡萄牙人驱逐出霍尔木兹地区。1698年，葡萄牙人最终被阿曼伊玛目的海军势力驱逐出蒙巴萨岛。
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荷兰和英国东印度公司
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起初，英国、法国和荷兰是通过加的斯（Cadiz）和里斯本繁荣的大西洋港口获取非洲、亚洲和美洲货物的。16世纪，欧洲宗教改革和反宗教改革引起的宗教和政治斗争所导致的后果是，欧洲人无法进入这些港口也无法获取盈利的货物。在跨海贸易遭遇排斥的情况下，他们铤而走险成为海盗或者从事相关活动（国家支持海盗活动），他们还试图建立与印度洋和美洲地区的直接贸易联系。像弗朗西斯·德雷克（Francis Drake）和沃尔特·雷利（Walter Raleigh）这样的海员，他们为商人的私营公司开启探险活动。为了购买和装配去往美洲和东方进行袭击和贸易活动的船只，这些商人投入大量资源。随着这些海上冒险活动的开展，东西方文化交流的性质发生了转变。欧洲商船和战舰在东方海域的结合让人望而生畏。
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为了到东印度寻找商业机会，荷兰共和国于1602年建立联合东印度公司，后简称荷兰东印度公司。有趣的是，这在一定程度上得益于他们与西班牙君主国长期的争斗，因为这使荷兰建立了一支实力雄厚的商人舰队。17世纪初，尼德兰是法国、西班牙和葡萄牙的重要商业伙伴，尼德兰为这些地区提供食物、衣服、原材料和包括武器在内的大量制造业产品。荷兰人是公海海域的优秀海员，这得益于他们习惯操纵大吨位的货船，在波罗的海、北海和大西洋海域内运载包括酒、衣服、木材和食盐等在内的货物。1600年，英国在伦敦建立了东印度公司。与荷兰东印度公司相比，它的资源和船只数量都相对较少，但是同荷兰东印度公司一样，它也利用竞拍机制来增加利润，并将贸易货物种类从香料扩充至丝织品和茶叶。英国东印度公司的船舶速度更快，这为他们争取了更多的贸易时间。不仅如此，英国船只在装备上也更胜荷兰一筹。
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荷兰东印度公司
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1655年，荷兰东印度公司在孟加拉建立的“工厂”。葡萄牙、西班牙以及接踵而至的荷兰和英国，占领了全球重要的贸易口岸。控制全球贸易网络为欧洲国家带来了巨大的商业财富，同时也带来了大量崭新的关于地理、自然世界以及其他社会习俗的信息。
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荷兰东印度公司印度洋贸易网建立之初就具有侵略性。荷兰人与柔佛人和坎蒂人[1]这样的葡萄牙敌人联合起来，将葡萄牙人驱逐出马六甲和锡兰地区。此外荷兰人还掠夺武装力量薄弱的地区，例如爪哇岛。荷兰人将他们主要的东南亚基地建在了雅加达（曾叫巴达维亚）。为了更好地掌控殖民地，荷兰和英国东印度公司都在当地建立了军事基地。他们控制了这个地区之外的很多具有重要战略意义的港口。为了保障对中国和日本日益增加的贸易的主导地位，荷兰东印度公司将很大一部分资源都集中在东南亚和远东地区。在17世纪，他们的战略重点逐渐从控制贸易转移到控制生产中心上，特别是锡兰、马拉巴尔海岸和马鲁古群岛的胡椒和香料产地。而英国则在孟买、马德拉斯和加尔各答都有基地，此外还控制了阿拉伯海的大部分地区。
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荷兰和英国起初是盟友，但是不久，随着英国被迫退出香料贸易，并失去一些海外基地后，这种联盟关系就破裂了。后来竞争升级为冲突，17至18世纪欧洲战争频繁爆发，导致主要海上霸权国家地位大洗牌，英国排在了西班牙、葡萄牙联盟之后，而荷兰则排在法国之后。与此同时，印度洋地区传统贸易网的内聚力破裂了。由于这些战争，欧洲国家间的政治和商业利益交织在一起。渐渐地，英国在欧洲乃至全世界范围内的陆上和海上势力，使得英国东印度公司及其他殖民地代理机构都将更多的地区纳入不断扩大的海上帝国。
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大不列颠海上帝国
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很多英国人会以他们祖先在印度次大陆取得的霸权为傲，对此还可以从另一个角度解读，即印度满足了英帝国的贪欲。例如，18世纪英国为得到印度纺织品所主导的变化，对孟加拉国产生了巨大的影响。因为英国的家庭手工业者施压禁止进口印花棉布，于是英国人将目光转向了白布，更何况从孟加拉国获取白布然后运往英国进行加工是一件很容易的事情。结果，英国船只频繁往来于两国间，英国和孟加拉国的棉布贸易量直线上升，但同时英国也开始干涉孟加拉国的经济和政治活动。在这种经济影响的长期作用下，孟加拉人愈加依赖他们靠出口棉织品赚取的收入。工业革命爆发后，随着生产和运输技术的进步，英国棉花生产占据主导地位；与此同时，孟加拉国的工业则崩溃了，孟加拉国人民不得不回归农业。孟加拉人反对莫卧儿帝国的活动产生了政治影响，他们不仅加强其首领的地位，而且还允许英国东印度公司作为一支独立军事力量进驻孟加拉国。1757年，克莱武带领英国东印度公司成功占领了孟加拉国，并接管该国的行政和税收工作。这些经济收入使英国东印度公司征服更多的印度领土、购买中国茶叶，最终掠走印度白银。
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或许英国东印度公司把印度当成商品生产国，但是，就对工业革命的影响来说，财富从印度流入私营资本主义商人手中在一定程度上对工业革命产生了推动作用，不过这很大程度上要得益于英国在18世纪建立的广阔的贸易网。为了提高生产，这个贸易网为出口贸易提供了更广阔的市场，如果只关注国内市场，那么商品生产的规模就会相对变小。英国东印度公司取代了莫卧儿帝国和当地首领等封建统治者，并将农民、艺术家和商人群体贡奉的贡品送往国外。在英国东印度公司的统治下，英国海军和陆军战斗力顽强、将领指挥有力，这将使他们能够瓦解印度首领和其他欧洲势力的反攻。法国就是在这种情况下于1761年被驱逐出印度南部地区的。英国商船队是对印度剥削最严重的势力之一。英国海军利用兵力和技术优势征服并统治印度，然后从印度为英国谋取利益。工业革命不断改善着英国的商品生产能力和财政水平，同时印度和其他帝国财富为他们需要出口的物品提供了市场，英国东印度公司的船队和其他设备则为这些物品提供了有效的运输。