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对我这样的演化生物学家而言，上述两种探究宗教起源的研究方法并不矛盾，反而可视为宗教发展的两个阶段。生物演化本身也可分为两阶段：第一，个体之间的变异是由基本的突变和重组而来；第二，天择和性择使得有利于生存、繁殖的遗传性状得以传给下一代。即在不同的个体之间，有些变异的个体比较好，也更能解决生存问题。就功能问题而言（如在酷寒的气候下生存），并不是动物想到自己需要更厚的毛皮就能解决，寒冷的天气也不会激发突变，使动物长出丰厚的毛皮。反之，某种东西（以生物演化而论则是分子遗传机制）表现出另一种特征（如毛皮多寡），而某些生存情况或环境问题（如寒冷）使某些动物具有某种与环境相适应的能力。因此，基因突变与重组促成生物多样化，而天择与性择则通过功能来筛选原始材料。
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也有演化心理学家认为，宗教是人类大脑特征的副产品，起初并不是为了建造金字塔或安慰悲伤的亲戚生成的。对演化生物学家来说，这种假设很合理，不会让人意外。演化史本来就充满为了某种功能而出现的副产品与突变，经过一番发展，演变出不同的功能。例如，创造论者常以电鳗推翻演化论。他们指出，电鳗会产生600伏特的电流以电击猎物，因此电鳗不可能是由普通、不会发电的鳗鱼经过天择筛选出来的物种，因为电鳗在演化成能释放低伏特电流的阶段，无法将猎物电晕，因此没有任何益处。其实，鳗鱼会带有600伏特的强烈电流是功能演变的结果，其电流本来是用于侦测周围猎物与环境变化，将猎物电晕则是副产品。
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很多鱼类的皮肤都有能感知环境电场的感觉器官。这些电场可能来自洋流、不同盐浓度的水流相混合，或来自动物皮肤收缩产生的电流。如果一种鱼类具有对电流敏感的感觉器官，可利用这些感觉器官实现两种功能：一种是侦测猎物，另一种是在水中通行，特别是水质混浊不清，或在夜间看不到的时候。由于海水导电性佳，猎物就很容易在电流侦测之下现形。侦测环境电场时，因为不需要特别分化出来的电流产生器官，也许可视为被动的电流侦测。
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但有些鱼类可以更进一步产生低伏特电场，不只可以侦测另一个物体的电场，还可依自身的需要调整电场。于是，至少有6种鱼演化出可产生电流的器官。大多数的发电器官都来自会产生电流的肌肉细胞膜，但有一种鱼则是从神经发展出发电器官。有关鱼类的主动电流侦测，第一个找到证据的是动物学家汉斯·利斯曼（Hans Lissmann）。利斯曼利用“食物回馈法”制约会产生电流的鱼类。他利用会导电的金属碟，以及相同形状、不会导电的塑料碟或玻璃碟进行对照实验。我在剑桥大学开展研究时，利斯曼的实验室就在附近的一栋大楼里。利斯曼的友人告诉我一个有趣的故事：利斯曼发现每个工作日的黄昏，在实验室内有一种会产生电流的鱼类总是显得特别兴奋。利斯曼最后才发现，原来实验室里的一名女技术员在回家前总会到屏风后梳理头发，那条鱼必然是侦测到她梳头发产生的电场。
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能释放低伏特电流的鱼利用自己的发电器官和皮肤上的电流侦测器，使侦测猎物和在水中通行的功能更强。这种鱼也会利用彼此释放的电流实现第三个功能，也就是互相沟通。这些鱼不但可利用不同电脉冲类型获取信息，或辨识其他鱼类的种类、性别和大小等，还可利用这种电脉冲对同种鱼类发送信息，如“这是我的地盘，你滚吧”或是“我是泰山，你是珍妮，我们来交配吧”。
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鱼类也会释放电流实现第四种功能，也就是捕杀鲦鱼之类的小猎物。释放的电流越大，可捕杀的猎物越大，因此一条长达1.8米的电鳗甚至可释放600伏特的电，电晕落到河中的马。（我的博士论文就是研究电鳗，因此我对这段演化史印象特别深刻。当时，我全部的精力都放在电流产生的分子学上，第一次做实验竟直接用手去抓电鳗，果然被电个正着。）会释放高伏特电流的鱼也会利用电流实现其他两种功能：一是对攻击者放电以自我防卫，二是释放电流捕捉猎物，这和一些渔夫利用发电器捕捉鱼类的道理相同。
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创造论者认为，在演化的过渡阶段释放低伏特电流的器官因为没有实际功用，对生存没有帮助，因此电鳗的高伏特电流不可能是经由天择发展出来的。因此，他们认为，以600伏特的电流捕杀猎物并非发电器官的原始功能，而是以其他功能为主的器官发展出来的副产品。然而，我们已知电鳗的发电器官具有6种功能，而不会发电的鱼类也能借由被动的电流侦测、捕获猎物和在水中通行。会释放低伏特电流的鱼类更能有效率地实现上述两种活动，也能利用电流进行沟通；能释放高伏特电流的鱼类不但能电晕猎物、利用电流自我防卫，还能利用电流聚集鱼群然后捕获。接下来，我们会看到人类宗教的功能有7个，而非像电鳗一样只有6个。
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因果关系的推论
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宗教可能是人类哪种特质的副产品？有人认为或许是人类为了生存和防范危险，为了明了事情的因果关系，大脑推想原因、作用和企图的功能日益复杂，宗教就是由此而生的副产品。当然，动物也有大脑，能够推想其他动物的企图。例如，仓鸮能在黑暗中侦测到老鼠。这种猫头鹰能听见老鼠的脚步声、推算老鼠的行进方向和速度，断定老鼠是否会以同样的方向、速度继续前进，然后算准时机，扑个正着。尽管如此，动物并没有可与人类媲美的推理能力，就连人类的近亲也望尘莫及。例如，非洲黑长尾猴的主要掠食者是在地面上活动的巨蟒。黑长尾猴一看到巨蟒，就会发出一种特别的叫声警告同伴，要它们赶快跳到树上保命。然而，即使最聪明的猴子看到巨蟒在草地上留下的痕迹，也无法联想到巨蟒可能会在附近出没。反之，人类则拥有高超的推理能力，天择使我们的大脑得以从众多信息中找到蛛丝马迹，我们也能用语言正确传达信息。
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例如，我们会推测别人的行为。我们了解别人和我们一样具有意图，而每个人的意图都不相同。因此，我们每天花费很大的精力想了解别人，从别人的表现（如脸部表情、语气、言语和行为）推测他们下一步可能会怎么做，或是如何影响他人，让他们照我们的意愿去做。我们也会推测动物会怎么做。像昆族猎人接近猎物尸体时，如果尸体旁有狮子，他们会观察狮子的肚子和行为，看它们是不是已经吃饱，因为要赶跑吃饱的狮子很容易。若是饥肠辘辘的狮子，还是少惹为妙。我们也会预测自己行事的后果。我们已经注意到自己的行动会带来什么样的结果，如果我们相信怎么做会成功，就会依照那个方式去做。我们的大脑能发现这样的因果关系，这就是人类物种有别于其他物种的一个重要原因。这也就是为何在12000年前，在农业、金属或书写系统尚未出现，人类仍过着狩猎——采集生活之时，人类早已遍布各大洲，除了南极，从北极到赤道都有人类的踪迹。
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我们一直设法解释事情的因果关系。有些传统解释对原因预测正确，后来才得到科学证实。有些虽然预测正确，所持原因却是错的，如因为禁忌而避免吃某些鱼类，而不了解那些鱼类含有化学毒物。有些解释则预测失准，如狩猎——采集族群把河流、太阳和月亮视为超自然的力量，甚至一些不会动的物体也是，如花、山峦或岩石。我们今天已懂得分辨超自然和自然现象，但传统社群不会做这样的区分，而且自己想出一套因果关系来解释自己观察到的现象。例如，天神每日驾驭马车载着太阳横越天空。他们没有天文学知识，因此不知道太阳其实是不会动的恒星。他们并非愚蠢，那只是他们对自然事物的逻辑推论。
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因此，我们在寻求因果关系的解释时常会过度推论，认为植物和无生物也有超自然的力量，当作神明来敬拜。此外，我们也会用因果关系来看自己的行为。如农民检讨今年收成不佳，究竟与往年有何不同，或是有个高隆族猎人跌到森林的一个岩坑里，其他人怀疑他是否做了什么才会有这样的结果。传统社群的人们会绞尽脑汁找寻原因。他们提出的解释有些是正确的，有些则是没有科学根据的禁忌。例如安第斯农民会把田地分成8~22块（见第八章），即使对原因不甚了解，还是这么做。有些传统社群会向雨神祈祷。高隆族猎人在岩坑附近捕猎蝙蝠则会刻意噤声，不会叫喊蝙蝠的名字。我们现在已知，将田地分散是有科学根据的，可使作物产量不至于少到会让人饿死的地步。至于向雨神祈祷，或是禁止叫喊蝙蝠的名字则只是迷信。然而，传统社群的农民和猎人仍无法分辨科学和迷信。
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另一个常促使人寻找因果关系的就是疾病。如果某人病了，这个人和他的亲友就会找寻疾病的原因，就像碰到其他重要事件一样。生病是不是病人做了什么（如在某个水源饮水）、疏忽了什么（没在饭前洗手或是向神明祈福），或者别人做了什么（对病人打喷嚏或是对病人施展巫术）？第一世界的居民即使生活在医学昌明的年代，也像传统社群的人会找寻疾病的原因。我们相信不洁的水源和饭前没洗手很可能会致病，但饭前没向神明祈福则不是疾病之因。如果你得了胃癌，有人告诉你那是因为你身上的某个基因变异造成的，这样的答案并不会令你满意，而不再感到无助、绝望。也许，你的胃癌源于饮食习惯。如果医生的治疗失效，我们会寻求其他治疗方式，传统社群也一样。有些传统疗法有效，可能原因有很多：大多数疾病都会自行痊愈；很多传统植物疗法具有药效；巫医的做法得以去除病人的恐惧或是具有安慰剂的效果；只要指出病因，不管正确与否，都能使病人采取行动，因此病人觉得好多了，免除等待的痛苦；如果病人死了，族人可能会认为病人触犯了某种禁忌或是巫师施法所致，应该把那个巫师揪出来杀掉。
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至于现代科学仍无法给人满意的答案的问题，我们依然设法找寻解释。例如，大多数宗教都有神义论的问题。这也是《旧约》中《约伯记》的主题：如果神是良善、全能的，为什么会让这世间发生邪恶的事？传统社群的人，就连在地上看到一根断裂的树枝都可能滔滔不绝谈上一个小时，看到一个遵守社会规范的好人受伤、被击垮或是遭到杀害，自然也会探究事发原因：这人是否触犯了什么禁忌？这是恶灵作祟，还是神明发怒了？如果有一个人在一个小时前还好端端的，可以呼吸、活动，身体也还是暖的，突然无法呼吸、全身冰冷，像石头一样一动不动，其他人不免推测这究竟是怎么一回事：这人是否灵魂出窍，变成一只鸟，活在别的地方？你或许会认为，这只是在找寻“意义”，而非寻求解释，只有科学能给我们合理的解释，因此我们是从宗教找寻意义。然而，过去的每一个人和今天的大多数人都希望能发现事物的意义。
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总之，我们现在所谓的宗教也许是大脑寻求因果解释及做出预测的副产品。长久以来，人们对自然与超自然、宗教和现实生活没有一个清楚的区分。至于宗教在人类演化的过程中究竟出现于何时，据我猜测，这应该是渐进的，出现在我们大脑功能趋于复杂之时。1.5万年前，克罗马农人已经会缝制衣服，发明新工具，也在拉斯科、阿尔塔米拉与肖维的洞穴岩壁上留下许多栩栩如生、色彩鲜艳的动物和人物图像。现代游客借着烛光欣赏这些壁画，内心无不充满宗教的敬畏之情（见图25）。不管史前画家真正的意图是不是要让我们心生感动，他们的大脑必然已有信仰的功能。至于尼安德特人，他们会用赭石作为颜料来做装饰，或许也会埋葬死者。看来，从现代智人行为史来看，至少在6万年前，我们的祖先已有宗教信仰。
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超自然信念
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所有的宗教都有其特有的超自然信念，即一个宗教的信仰者坚持某些信念为真，尽管这样的信念与我们的认知冲突，无法以我们对自然世界的经验来证实，而且在其他不信奉该宗教的人看来似乎难以置信。表9–2就列出这样的例子，但这只是一部分，诸如此类的信仰多到无可计数。宗教的这个特点使信仰者与现代世俗者成为泾渭分明的两群。在现代世俗者的眼中，实在不可想象有人竟会有这样的信念。如果是两种不同的宗教，则各有各的超自然信念，一方的信念在另一方看来则极其荒诞。然而，为什么所有的宗教都有这样的超自然信念？
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表9–2 超自然信仰的实例
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1. 有一个猴神翻一个筋斗就可跑到几千公里外。（印度教）
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2. 如果你花4天的时间独自待在一个地方，不吃不喝，并砍下左手的一截指头，就可得到神灵之助。（乌鸦印第安人）
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3. 一个女人没受精而怀孕，生下一个婴儿。婴儿长大成人，死后躯体升上天堂。（天主教）
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4. 巫师拿了钱，接受别人的请托，和全村子的人坐在一间幽暗的屋子里。所有的村民都闭上眼睛。巫师这时则潜入海底，请求带来不幸的海神息怒。（因纽特人）
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5. 要判断一个被指控犯了通奸罪的人是否有罪，可把毒饲料强行塞给鸡吃。如果鸡没死，表示那人无罪。（阿赞德人）
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6. 在战场上，为宗教牺牲生命的人死后将上天堂，有许多美丽的少女相伴。（伊斯兰教）
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7. 1531年，在墨西哥北边的山丘上，圣母玛利亚在一个信奉天主的印第安人面前显灵，用阿兹特克的纳瓦特尔语跟他说话，使他在草木不生的沙漠摘下玫瑰。（墨西哥天主教）
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