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其中规模最大且史料记载最多的一次，是发生在1465年广西西部浔江流域的大藤峡瑶民起义。大藤峡得名于当地瑶民用以攀附渡江的一根大藤，也是一个瘴气纵横的地方。无论这一事件是如何触发的，其核心问题总与汉人对瑶民土地的挤压有关。据官方正史记载，在首领侯大狗（苟）的领导下，瑶人对明朝军队采取游击战术，“出没山谷，守吏不能制”。明政府兵部尚书于是奏请派遣将领韩雍统率明军三万及西江土兵十六万（他们似乎能够抵抗当地的瘴气），进攻大藤峡“叛乱”的瑶民。明军首战擒获千余瑶民，并斩首三千二百余级。[28]但这并没有遏制住瑶民的“叛乱”，于是韩雍再度发起进攻，封锁了大藤峡的所有出口并纵火烧山，瑶人四处溃逃，韩雍“饬兵穷追，伐山通道”，攻至山寨。在诱敌接战后，韩雍又以火炮轰击，“发火箭焚其栅”，再斩首三千余级。因为这些征服西南地区的战争有计划地破坏了动物的栖息地，所以历史学者伊懋可也将其称为“生态战争”[29]。
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即便如此，战争还是从16世纪一直持续到了17世纪。和汉、唐、宋代一样，解决“叛乱”的最终办法还是要把这些不同的生态环境改造成农田，从而摧毁这些异族非农业生活方式的生态基础，进而消除它们的抵抗。在17世纪早期明帝国的一项计划中就指出：“地益垦辟，聚落日繁，经界既正，土酋不得侵轶民地……以耕聚人，不世其伍。”[30]
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不过将森林改造成耕地的并不仅仅是汉人，在1570年代的贵州，一些得到朝廷任命的当地土司也领导自己的人民，从一直以来的刀耕火种转向汉族的犁耕生产。（水西纳苏）倮倮的首领们也意识到，通过采用汉族的耕种方式可以获得比传统生产方法更多的收入。而新的耕作方式需要比他们治下人口更多的劳动力，因此这些纳苏首领们就“劫掠汉人定居点获得俘虏，为他们耕作已开垦的土地，到16世纪末17世纪初时，已经形成了一个庞大的贸易网络……来为水西日益扩大的政治经济体提供奴隶”[31]。
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因此，西南地区的环境转变是一个复杂的中央政府通过政治压力和经济诱惑与土著民族既有政治与阶级机构相互作用的结果，运用汉族方式对土著首领的拉拢收买和回报，是明代政府向西南地区拓殖的必要组成部分。
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向西南的拓殖一直持续到了清代，康熙皇帝继续实行土司制度的间接统治方式，但他的继任者则对有效获取西南矿产和木材更感兴趣，因而试图对这一地区进行直接管理。无论采取哪种方式，清政府都为此花费了大量的资源，据曾被康熙皇帝派往贵州测绘地图的一位法国耶稣会士说：“为了能够控制或者至少遏制他们，汉人花费了难以置信的成本在地势险要处修建大型的堡垒……结果使得苗人中最强大的部落都被这些堡垒和市镇阻隔开来，尽管这些屏障花费了政府大量的资金，但确保了当地的平安……”[32]被派往贵州的汉族士兵恢复了屯田的体制，继续从土著民族那里获取土地，并用军事力量保护自己免受由此而产生的怨恨和攻击。有的汉族居民也会以抵债的方式从拖欠借款的当地居民那里获取土地，还有一些汉族男子通过与非汉族女性的通婚继承了她们的土地。[33]
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由此，西南地区的汉族人口迅速飙升，到19世纪中期时，贵州的汉族人口已经超过了土著的其他民族。根据历史学者李中清的研究，“西南地区的人口增长可以分为两个阶段……1250—1600年间西南人口从300万增至500万，增加了接近一倍；而在1700—1850年间，人口则增长了三倍，从500万增至2 000万”[34]。第一阶段的人口增长主要是西南地区农业拓殖所带动的，而在增幅更大的第二阶段，正如李中清所指出的，几乎全都是汉人移民云南开采铜和其他矿藏的结果，这也是明朝政府最初决定开发西南地区时的一项重要战略考虑。
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云南、贵州和广西西北部一带最先吸引汉人的矿藏就是银矿。宋元时期曾经使用过纸币，但到1400年时，由于种种原因，纸币已经不再受青睐，商贾和其他人都更愿意使用白银；到1430年代，中央政府也开始接受用白银来缴纳税款，纸币的价值则下跌到仅有票面价值的2%，中国由此转向以银作为基础货币的经济，从而引发了对白银的巨大需求。[35]虽然从西南地区开采了一些白银并用于经济流通和税收，但由于中国经济体是如此巨大，对白银的需求也是如此之多，明代的中国还从日本输入了数量庞大的白银，后来随着新大陆及其巨大白银矿藏的发现，历史学家估计，在1500年至1800年间出产的美洲白银中，多达一半到三分之二都流入了中国，中国也对这一时期整个世界的经济和环境都产生了重要的影响。[36]
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和农业使用的耕地一样，开矿也会导致一些土著民族的土地被剥夺，有一些当地居民还被迫充当矿工。在15世纪，这里开采和提炼了数十万盎司的白银，并在1500年前后达到了产量的顶峰。此后，中国开始大量输入日本及美洲白银。除银矿石外，人们还用汞从矿砂中提取白银，而汞是一种从朱砂中提取出来的含有剧毒的液态金属，西南地区也有大量的朱砂矿藏。
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当时一位汉族官员对开采朱砂和银矿所造成的环境破坏如此批评：“沿村野老，接涧孤茕，措斗引竿，漉末拾零。足浸溪而蚀趾，目注粒而损睛。波涛为之尽赤，襟袂为之顿頳。苟锱铢之可取，虽纤忽其敢轻……更呼为汞，改号曰朱……此一物也，既不足充耳目之玩，乃妄传服食之神。”[37]
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这些矿工所受之害来自汞的毒性，尤其是在开采和提炼白银时，矿工必须将汞带入矿井，而汞中毒则会引起头发和牙齿脱落并腐蚀软组织和内脏器官，严重的器官衰竭可能会导致死亡。
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在银矿之后，云南的铜矿开采也在18世纪和19世纪兴盛起来，其产量在18世纪中期达到了顶峰。[38]铜通常被人们铸造成硬币并用于日常流通，它和银一样由于成为货币而产生了巨大的需求，两者的官方兑换比率为1 000∶1（也就是说，1 000枚铜钱可兑换1盎司白银）。铜也和银一样需要开采和提炼，这就需要大量的木炭作为燃料。“滇铜还有个大困难，即山荒。当时炼铜全用柴炭，精炼还必须松炭。……平均出铜100斤需耗炭1 000斤。滇铜盛时年产1 000余万斤，即需炭1亿斤以上。开采愈久，贫矿愈多，耗炭也更巨。开采愈久，附近山林伐尽，炭价也日贵。……燃料的枯竭比矿藏的衰萎来得更快，而老林砍伐，生态破坏，又加重了水患。所以，硐老、山荒，滇铜就一蹶不振了。”[39]
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除此之外，复杂的地形和缺乏交通工具也使得将精铜从云南运往华中和华北的铸币厂非常困难。“云南地处边域，矿硐又在山区。据说千余万斤铜，需十万头牛马，没有牛马只好以人易畜。张允随疏理金沙江航道，颇有贡献，但后来又淤塞了，仅通黄草坪以下，由此运泸州入长江。后期的大厂在滇西，不通江河，须驮运到罗星渡入东，就更困难了。”[40]
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正如宋朝拓殖四川时有着为战争获取资源的战略性考虑一样，明清政府对西南地区的云南和贵州也有着类似的兴趣。尽管经济方面的驱动力似乎要多于战略性的需要，但在本章后文论及清代云南时我们还会详细谈到，清政府曾有计划征服与云南南面紧邻的缅甸，只是被按蚊传播的疟疾（瘴疠）阻挡了；与此同时，中央政府的压力也不断地迫使越来越多的人口或者从事定居农业，或者为了躲避朝廷和当地官府而逃入山林。
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鄂尔多斯沙漠与长城
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尽管明朝政府积极的军事战略在西南地区取得成功，并将其纳入到帝国的控制之下，但在北方草原地区则遭遇了挫折，进而被迫采取完全不同的策略，修筑长城来阻挡蒙古人。不过，在15世纪和16世纪逐渐完成并不断被加固的明长城，最初产生于15世纪中期的一场重大军事灾难。
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对于刚刚建立的明王朝来说，统治者最大的担心是蒙古人从草原地带再次入侵中原。蒙古军队在云南的存在就是促使明朝关注云南的最初原因，而作为蒙古人故乡的北方草原，也是朱元璋最为关注的边疆地区，因此他发兵攻克了北元的都城哈拉和林，其继任者（朱棣）也继续对草原地带发起进攻，并于1420年代把首都从长江流域相对安全的南京迁到了接近前线的北京（在元大都基础上修建），北面就是宋代为防御辽国契丹人而开凿的一连串塘泺。一些历史学者把迁都看作一种更加“趋近蒙古人”的防御措施，而林蔚（Arthur Waldron）则认为，明朝初期的这几位皇帝实际上只是希望把草原地区纳入到帝国的疆域中。
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这种观点对于一些中国史学者而言似乎非常新颖，因为他们一直以来都倾向于把中国等同于定居农业，而把草原和游牧生活、畜牧业联系在一起，似乎这两种不同的“文明”分别是基于“草原”和“播种”这两个不同的生态系统而形成的，但为什么中华帝国就只应该向南拓展，而不能向北扩张并将草原地带纳入自己的版图呢？我们将会看到，它实际上确实这样做了，长城的修筑只不过是农业中国与草原地带及其游牧民族的表面界线而已。
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早在战国时期（公元前481—公元前221年），中国人就已经适应了草原环境，其中赵国表现得尤为成功。事实上，赵国的一位国君已经用夯土修建了一段防御匈奴与胡人骑兵的长城，但这段城墙位于黄河河套的北面，并把很大一部分草原地带及其游牧经济都纳入了赵国领土。正如欧文·拉铁摩尔所说，赵国的统治者是吸纳了“胡人”机动战术的“拓边者”，其军队的给养也更多来自草原上的牛羊肉而不是耕地出产的粮食。赵国“是一个处于边疆地带的国家，因接触游牧民族而深受其影响，在这些区域，税收和政府管理的方式都不同于（赵国南部汾水和渭河流域）密集的灌溉农业”。拉铁摩尔认为，赵国之所以没能继续适应草原地区的环境，是因为它被秦国征服和吞并了（参见第三章）[41]。
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在明代，黄河河套的鄂尔多斯沙漠有着特别重要的战略意义，是明军拱卫中原和防御蒙古骑兵的要地。根据林蔚的研究，“鄂尔多斯沙漠位于黄河几字形拐弯的内部……面积大约五万平方英里，接近新英格兰地区的大小……地形紧凑，易守难攻……境内混合有不同的生态环境，有些部分完全是沙漠……而另一些部分则是良好的草场，非常适合游牧民族生活……而且，这里能引黄河水进行灌溉，汉人也可以在此从事定居农业”。到明代后期，鄂尔多斯（河套）地区已经开凿了总计369英里长的水渠，灌溉着数千英亩的耕地。[42]不仅如此，“明代西北地区的气候可能也比现在更加宜人，修建长城的鄂尔多斯南部地区也比较湿润，适于农业生产……这从一些地名如‘榆林’中也可以看得出来……似乎曾经有森林覆盖，虽然它目前正面临着荒漠化的威胁”[43]。
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鄂尔多斯或河套地区的战略意义在于黄河可以作为明朝的防线，特别是从宁夏折向北再向东直至东胜这一段，而其内部的生态环境又使得游牧民族可以以此为据点，向东面和南面进攻汾水、渭河和黄河流域的汉人城市。在明代建立以前，中国人早已明白了这一点，只是历朝历代都没有找到一个简单甚至可行的办法来维持对鄂尔多斯地区的控制。朱元璋时曾经在此设有卫所，驻军防御，但到1430年时，除了一个卫外，其他均已撤到了内地，而其原因历史学家至今仍不清楚。
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不管是出于什么原因，这些卫所撤离的后果是灾难性的。蒙古各部落开始联合起来，并在1440年代产生了一位共同的领袖，其联盟区域从朝鲜半岛一直延伸到新疆。在以和平方式要求明朝提供更好的互市条件而遭拒绝后，蒙古首领挥军南下，扬言要“比先大元皇帝一统天下”[44]。时年仅21岁的明朝正统皇帝，忽视了兵部尚书的劝告，不仅决定先发制人，在一个明军已经不熟悉的地方对蒙古军队发起进攻，而且还御驾亲征。结果在北京西北大约60英里外的土木堡附近，明军遭到伏击并被击溃，正统帝也被俘，“土木堡的战败对汉人而言是一场灾难”[45]。
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被迫采取守势的明朝决定放弃对蒙古的军事进攻，转而从鄂尔多斯开始修建城墙，将草原地带与农耕社会隔开。这道城墙在抵御蒙古骑兵方面所取得的成功，激发此后一个多世纪人们不断修筑城墙的热情，从而形成了后来的长城，但其修筑成本也消耗了明帝国大量的财政开支，最终削弱了明朝政府并加速了它在17世纪中期的崩溃。同时，明朝驻军每年还要烧掉长城北面50里到100里宽的“荒地”，以使“胡人骑兵的马匹得不到粮草”。正如明末一位政治思想家所说的，“虽有一时之劳，而一冬坐卧可安矣”[46]。
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遗憾的是，长城最终被证明无法挡住北方的侵略者，而只是明朝留下的一个巨大的纪念碑。17世纪中期，中国新的征服者再度出现在长城以北，不过是来自东北森林和平原地区的满族，而不是草原上的蒙古人，其所建立的大清帝国（1644—1911年）把草原地带纳入了中国的版图，也逐渐融合了蒙古人和草原上的其他民族，而长城则失去战略意义，成为历史的遗迹。
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17世纪普遍性危机[47]
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在17世纪，中国遭遇了无数彼此交织重叠的危机：农民骚乱和起义、土匪和海盗、国际和国内贸易引起的混乱、流行性疾病、满人入关以后长达40年的战乱以及数十年严寒天气导致的农业歉收。战争、饥荒、疾疫导致了人口的大量死亡，所有这一切都造成了整个帝国人口的严重下降，从1600年的约1.5亿减少到1650年的1.2亿，直到1680年代以后才逐渐开始恢复。
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