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明代哲学史（修订版） 三 气与火、太极与心
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受实证方法和境界论两个方面的影响，方以智的本体论可以分成两个层面，一个是何为构成宇宙万物的物质实体，一个是如何在更广阔的层面解释和看待宇宙万物。在早期思想中，方以智以气为物质实体，而在中晚期特别是出家之后吸纳了其他思想，从宇宙终极处表述他对万物的看法时，他又以太极为宇宙的本体。
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1.气与火 天地间的一切存在，方以智认为都可以归结为物，他提出“盈天地间皆物”的命题，这是他的实证哲学的前提，他说：
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盈天地间皆物也，人受其中以生，生寓于身，身寓于世，所见所用，无非事也，事一物也。圣人制器利用以安其生，因表里以治其心。器固物也，心亦物也。深而言性命，性命一物也；通观天地，天地一物也。（《物理小识·自序》）
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事是物，器是物，心是物，性命亦是物，总而言之，天地间的一切存在皆是物。这里的“心亦物”、“性命一物”重在说明，作为人的思想器官的心是实在之物，性命所表示的人的存在和境遇也是实在之物，精神性的存在的最后依托是物，世间存在的一切皆可以考索其迹象，形容其状态。在方以智的眼里，一切都是有形质根据的。
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方以智对于物的形质的考察，继承了中国古代的气本论，把气作为物的实体，他说：
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一切物，皆气所为也。空皆气所实也。（《物理小识·气论》）
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质皆气也，征其端几，不离象数。（《物理小识·象数理气征几论》）
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虚固是气，实形亦气所凝成者。直是一气而两行交济耳。（《物理小识·四行五行说》）
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他认为不仅物的形质是气，即光声也是气，他说：
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气凝为形，蕴发为光，窍激为声，皆气也。而未凝、未发、未激之气尚多，故概举气形光声为四几焉。（《物理小识·四行五行说》）
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气是一切有形之物的本体，气凝结为有形体之物，有形之物蕴聚能量而发光，造成虚空之处而发声。光声皆气所成。气形光声是事物的四种形态，也是认识事物的四个入路。严格说来，气形光声之气与作为万物实体的气是不同的。作为实体的气是一种表示物的构成者所用的抽象符号,它实际上是没有名称的，说它是气是“强名之”。而气形光声之“气”是一种具体物，不过是一种不可见的物。由于是具体物，它才有所谓端几,即可以认识的细微表现。实体之气是没有表现的可能的，它只是一种形式上的、推论出的存有。但在中国传统哲学中，这两种“气”是不加区别的。方以智也没有区别作为万物实体的气和细微不可见的空气这种气，他在《物理小识·气论》中作为万物本体描述的，就是“空气”。他引他父亲对于气的描述说：
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世唯执形以为见，而气则微矣。然冬呵出口，其气如烟；人立日中，头上蒸歊，影腾在地；考钟伐鼓，窗棂之纸皆动。则气之为质，固可见也。充一切虚，贯一切实，更何疑焉！（《物理小识·气论》）
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方孔炤所说的气，也是指不可见的空气，而非表示物质构成的抽象符号的“气”。方以智一切皆气所为的思想，继承了他父亲的说法。方以智还说：
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气行于天曰五运，产于地曰五材；七曜列星，其精在天，其散在地。故为山为川，为鳞羽毛介草木之物，声色臭味，别其端几。（《物理小识·总论》）
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就是说，天地间一切物皆气构成，精粹者为列曜之星，粗笨者为山川动植。所有有内在属性和外部表现的，皆气所为。气是永恒存在，不生不灭的。所以他说：“考其实际，天地间及有形者皆坏，惟气不坏。”（《东西均·所以》）可以说，方以智所谓气，实际上是物的一种具体形态。
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由于方以智是在实证原则的指导下把气这一物质形态作为万物的本原，所以他也可以用另一种物质形态火来作为万物的本原。这在方以智并不矛盾，因为光和火是气的不同表现形态。为了更形象地说明万物的本原所具有的动能和本原在形成万物中发生作用的机制，他用火来代替气作万物的本原。在他这里，火就是气，火具有动能，具有不息的生命力，并且可以由其内部矛盾着的两个方面不断被打破和重新建立平衡来表现其动源和均衡。气着重表示物的构成基元，火着重表示物的动能和攻取生克这些构成因素。这一点实际上也是继承了他的家学，他的祖父方大镇就曾指出：“满空皆火，物物之生机皆火也。火具生物、化物、照物之用。”（《药地炮庄·养生主》引）他的父亲方孔炤也说：“两间之光,皆太阳之火也。”（《物理小识》卷一引）他还引元代医学家朱震亨的观点：“天恒动，人生亦恒动，则火之为也。”（《物理小识·火》）方以智引用这些话的目的，在于论证火是五行中最重要的，天地间的一切运动都以火为根据。这实际是把火的能动的、能改变其他物质的性质加于气之上。也可以说，在方以智这里，气只是构成物的基元，而现实的物是处在形质这一层面，形质则以五行为构成物，而五行中火最重要。方以智有《五行尊火为宗说》论证他的这一观点：
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世人但知火能生土，不知火能生金、生水、生木。盖金非火不能生成，水非火不能升降，木非火不能发荣。……今之土中石中金中海中树中，敲之击之钻之，无不有火出焉。则此火能藏神于万物，而又能生物也。（《周易时论合编·图象几表》）
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这里着重的是火能改变他物、火本身蓄有势能而蕴发为他种物质的性质。方以智也用“火”在人体中的作用来论证火的普遍性：“五行尊火，动静归风，人身以动物载静理，故以火为生死。病人者火也，所以生者即火也。”（《周易时论合编·图象几表·人身呼吸合天地卦气说》）人无一息不动，动灭则死，火为动源，故以火为生之所以然。病即火与其他四行失去平衡。所以他又说：“阳统阴阳，火运水火也，生以火，死以火，病生于火，而养身者亦此火。水火交济，主之者心。火无体而因物为体，人心亦然。”（《物理小识·火》）这里“火运水火”之火，“火无体”之火，指质的动能和生机。动能和生机要靠具体的水火发生作用，而这种动能也有驾驭、驱动具体火水的作用。这一说法吸取了朱震亨医学上表示主从、阴阳的概念“君火”、“相火”。朱震亨说：“太极、动静、阴阳而生五行，各一其性，惟火有二：曰君火，人火也；相火，天火也。火，内阴外阳而主动者也。”（《物理小识·火》）所谓君火，指人身具有的生机和动能，故曰人火。相火指人身体之外的各种物质因素，“内阴外阳而主动”指火的内虚外热而有动势这一性质。方以智发挥朱震亨的说法，提出：“明乎满空皆火，君相道合者，生死性命之故，又孰得而欺之？”（《物理小识·火》）这是说，世间一切物皆在运动中，运动有内因有外因，有主因有附因，所谓“君相道合”。事物内部的动能和外部的各种物质因素二个方面的配合谐调是一切事物存在的根据。人的生命活动如此，万物莫不皆然。火不能绝，亦不得纵，贵在谐调平衡。
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方以智论火和气，是在二个层次上：火以质言，气以构成物质的基元言，二者并不矛盾。但综观方以智的整个思想，他更重视的是火，因为火解释了运动的原因、内与外、天与人、主与从的关系。这是他的学说的重点。五行尊火的思想虽然不是他首创，但他借前人的思想成果对事物的动能及内外、天人、主从关系的说明却是有见地的。更重要的是，他突破了一般哲学家以气为万物本原而不肯向更深的层次钻研的弱点，从原素和原素发生作用的性质和方式二个层面寻求对事物的解释。这说明他更重视实证地探究事物的性质和形态而不仅仅思辨地泛论事物的本原。作为一个重视实证的哲学家，他对事物的探究已经从物的构成基元向物的结构和性质的层面延伸，尽管这种探究和说明还是很肤浅的。
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2.太极 方以智既是个象数学家，又是个本体论哲学家，他既在气与质这个层面探讨万物的构成和性质，又在万物与人的关系这个层面追索万物存在的根据、所以然。这个所以然，方以智认为是太极。他对太极作过这样的描述：
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太极者，先天地万物，后天地万物，终之始之，而实泯天地万物，不分先后终始者也。生两而四、八，盖一时具足者也。自古及今，无时不存，无处不有，即天也，即性也，即命也，即心也。一有一画，即有三百八十四。皆变易，皆不易；皆动，皆静，即贯寂感而超动静。此三百八十四实有者之中，皆有虚无者存焉。孔子辟天荒而创其号曰“太极”。“太极”者，犹言“太无”也。“太无”者，言不落有无也。后天卦爻已布，是曰“有极”；先天卦爻未阐，是曰“无极”。二极相待，而绝待之太极，是曰中天。中天即在先后天中，而先天即在后天中。则三而一矣。（《东西均·三征》）
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这段绝妙的文字，从人的觉解的层面，从本体到方法，全面地描述了太极。首先，太极这个本体不同于道家“有生于无”的“无”。有生于无的“无”是宇宙论的本体，它代表一个宇宙阶段，它与万物是时间上的生与被生的关系。方以智的太极，是本体论的本体，它代表哲学家的一种识度，太极与万物是一般和个别的关系，抽象和具体的关系。它没有时间上的先后际，也没有空间上的整体与部分，也不能用时空中的存在与不存在去规范它。从它是天地万物的根据说，它是先天地万物；从它实际上是时空中的具体存在说，它后天地万物。严格说来，“天地万物的根据”是不能说的，因为这是个形上学的命题。从实证哲学、自然哲学的角度说，天地万物都是个别的实际物，它无所谓根据，无所谓本体。但方以智这里显然是从形上学角度立论的，所以先天后天形上形下皆可以用来描述太极这一本体。太极既先天地万物，又后天地万物；既是物之始，又是物之终。它既是抽象的、无具体相状的，故“泯天地万物”；但又是具体的、实在的，故“二（阴阳）而四（四象）、八（八卦），一时具足”。太极与万物同时具有，“一有一画，即有三百八十四爻”，一画即包三百八十四爻，三百八十四爻可收束为一画。具体的变易、动静是万物的属性，太极则超动静、寂感。由此亦可说是无。“太无”者表示它是本体，非具体，而本体不落有无之对待。此不落对待而绝待之本体相对于先天后天来说是中天，中天表示先天即在后天中。它的方法论是三而一，一而三，一三兼举，不一不异。
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方以智关于太极的这些描述，继承了中国哲学史上关于本体与万物的关系的思想，也与方氏家学一脉相承。他的太极二仪四象八卦一时具足，三百八十四实有者中皆有虚无者存，与王弼关于大衍义的思想是一致的。不过王弼强调一是多的根据，一是多发生作用的所以然；方以智强调的是一即多，多即一。这一思想与理学家讲的“冲漠无朕，万象森然已具”也是一致的，不过理学家多就道德立论，方以智则用之表达他纯形上学的观点。
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在方以智这里，太极是天地万物的统括，天地万物的总体。总体不是个体的机械相加。太极是把天地万物视为一个互相关联、个体不能孤立地在其中活动的总体。从这个意义上说，太极又是万物的统辖和主宰。方以智说：
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