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基质 细胞生长所需的基础物质，由酶转化为生物分子。
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减数分裂 有性生殖时细胞进行减数分裂，形成的配子细胞只有一套染色体（单倍体），不像亲代细胞有两套染色体（二倍体）。真核生物的普通细胞进行有丝分裂。细胞进行有丝分裂时，会先复制倍增染色体，然后在微管构成的纺锤体上把染色体平分给两个子细胞。
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碱性热液喷口 通常位于海底的一种热液喷泉，喷出的碱性热液富含氢气；很可能在生命诞生的过程中发挥了举足轻重的作用。
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露卡（LUCA） 最后共同祖先的缩写，也就是今天世界上所有活细胞的共同祖先。露卡的特征可以通过比较现代细胞特征重建。
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酶 催化特定化学反应的蛋白质。与无催化状态相比，酶通常能让反应速度加快数百万倍。
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膜 本书中的“膜”均指生物膜，是围绕在细胞外部、非常薄的脂质膜层（细胞内部也有）。膜为脂双层结构，两层脂质分子的疏水尾部朝内，亲水头部朝外。膜电位是膜两侧的电荷不同而产生的电位差。
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内共生作用 两个细胞之间的一种共生关系，其中一个细胞生活在另一个细胞体内，通常会交换彼此的代谢物质。
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内含子 基因序列中编码部分之间的间隔序列，对编码蛋白质没有贡献，通常在制造蛋白质之前就已被切除出RNA转录本。移动内含子是一种基因寄生物，会在基因组中多次复制自身。真核生物的内含子可能是真核生物演化早期，细菌移动内含子在基因组中广泛扩散，然后又发生突变衰退的结果。
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旁系同源基因 同一个基因组的某个基因多次复制后形成了一个基因家族，该基因家族中的一个成员就是旁系同源基因。类似的基因家族可以在不同种生物中找到，都继承自同一个共同祖先。
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染色体 DNA分子形成的螺线管结构，周围紧紧地包裹着蛋白质，细胞分裂时可见。人类有23对不同的染色体，保存着我们所有基因的两套副本。流动染色体（fluid chromosome）是指进行基因重组的染色体，能制造出多种多样的等位基因组合。
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热力学 物理学的一支，研究热、能量和做功问题。热力学原理决定了在一组特定条件下某个反应发生的可能性。动力学决定的则是这种反应发生的实际反应速率。
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热泳 液体因热梯度或对流而造成有机分子浓缩的现象。
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熵 分子失序的状态，万物趋于混乱的倾向。
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蛇纹岩化作用 某些岩石（比如富含镁、铁的橄榄石等）和水之间的化学反应，会生成富含氢气的强碱性热液。
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水平基因转移 少量基因从一个细胞转移到另一个细胞，或直接纳入环境中裸露的DNA。水平基因转移是同代细胞之间传递交换基因；而垂直继承是细胞分裂时，亲代细胞复制整个基因组后传递给子代细胞。
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铁硫簇 一种类似于矿物质的小型结晶，晶格由铁原子和硫原子组成（通常是Fe2S2或Fe4S4）。包括呼吸作用使用的某些蛋白质在内，很多重要蛋白质的核心都有铁硫簇。
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突变 通常指基因中的特定序列发生改变，但也包括其他的遗传变异，例如DNA的随机缺失或多余复制。
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吞噬作用 一个细胞吞噬另一个细胞的过程。被吞噬的细胞包裹在装有“食物”的液泡中，之后再在内部消化。渗透营养作用则是先在体外消化食物，再把降解后的小分子摄入细胞。真菌就是这样做的。
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无氧呼吸 另一种呼吸作用形式，常见于细菌。这种呼吸作用使用氧气以外的分子（如硝酸盐或硫酸盐）“燃烧”（氧化）食物、矿物或气体。厌氧生物是指不依靠氧气生存的生物。请参考有氧呼吸和呼吸作用。
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吸能（endergonic）反应 需要输入自由能（做功，不是热能）才能进行的反应。吸热（endothermic）反应指的是需要输入热量才能进行的反应。
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细胞核 复杂（真核）细胞的“控制中心”，包含了细胞的绝大部分基因（还有少部分基因在线粒体中）。
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细胞质 细胞内部在细胞核之外的胶状物质。细胞质含有水样的胞质溶胶，包围着细胞内部的各个结构，比如线粒体。细胞骨架是细胞内部的动态蛋白支架，会随着细胞形状的变化而延伸和重组。
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细菌 生物的三大域之一。另外两个域是古菌和真核生物（包括人类）。细菌是原核生物，没有细胞核储存DNA，也没有复杂真核生物的各种精巧繁复的内部构造。
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线粒体 真核细胞中散布的“动力工厂”。它们源于α－变形菌，现在还保有一个微小但极为重要的基因组。线粒体基因是指位于线粒体内部的基因。线粒体生物合成是指新线粒体的复制、生长过程，需要核基因参与。
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新陈代谢 活细胞中维持生命的一系列化学反应。
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