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氨基酸 一类生物小分子，共有20种，是生命的基础构件。各种氨基酸可以连成一条长链，形成蛋白质分子（一个蛋白质通常由几百个氨基酸分子相连而成）。
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不平衡状态 一种具有反应潜力的状态，分子“想要”互相发生反应，但还没有发生。有机物和氧气就处于不平衡状态；如果机会合适（比如点燃一根火柴），有机物就会氧化燃烧。
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重组 在“流动”的染色体中，某个染色体上的一小段DNA，与另一个染色体上相同位置的DNA互相交换。最终，重组后的染色体会带有位置相同但组成不同的基因（特别是指等位基因）。
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单亲遗传 子代细胞只从双亲中的一方系统地继承线粒体，通常继承自卵子而非精子。双亲遗传是指子代细胞的线粒体继承自双亲两方。
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单源辐射演化 从一个共同祖先（或是单独一个分类门）分化出多个物种的现象，可以用车轮的辐条从轮轴中心发散的结构类比想象。
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蛋白质 由氨基酸串成的长链分子，有严格的序列顺序，由基因中的DNA字母序列指定。多肽是较短的氨基酸链，不一定有严格规定的序列。
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等位基因 一个基因在生物种群中的特定形式。
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电子 一种亚原子粒子，带有一个单位负电荷。电子受体是得到一个或多个电子的原子或分子；而电子供体是失去电子的原子或分子。
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凋亡 细胞程序性死亡。这是一种由基因编码设定的耗能过程，细胞自己降解、拆碎自己，剩下的物质循环利用。
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多态性，方差（variance） 方差是统计学中一组数值分散程度的量度。如果方差等于零，表示所有的数值都相同；如果方差很小，表示所有数值都很接近平均值；如果方差很大，表示这组数值分布很散，彼此差异很大。本书原文中的variance通常用来描述一组同源生物学实体（例如等位基因、线粒体）之间的分布差异，因此一般翻译为多态性。
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多系辐射演化 从数个不同的祖先（或不同的分类门）各自独立分散演化出多个不同物种，就像车轮上不同的辐条，从各自的轮轴中心发散开去。
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发酵作用 发酵作用不是无氧呼吸。发酵作用是纯粹的化学过程，能够直接产生ATP，与跨膜质子梯度和ATP合酶没有关系。不同生物的发酵作用，其反应路径也略有不同。人类发酵作用的代谢副产物是乳酸，酵母则会产生酒精。
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反向转运蛋白 一种“旋转门”式的蛋白质，通常嵌在细胞膜上，用一个原子（离子）进入交换另一个原子（离子）出去。比如，质子（H+）交换钠离子（Na+）。
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放能（exergonic） 反应会放出自由能，可以用于做功的化学反应。放热（exothermic） 反应是会放出热量的化学反应。
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复制 细胞或分子（通常指DNA分子）从一份复制成两份的过程。
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古菌 生物的三大域之一。另两个域是细菌和真核生物（包括人类）。古菌是原核生物，没有细胞核来储存DNA，也不像复杂真核生物那样拥有各种精巧繁复的内部构造。
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固定（fixation） 某个特定形式的等位基因传播到了种群中的每一个个体。
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光合作用 利用太阳能从水分子（或其他物质）中提取电子，把电子加在二氧化碳分子上，从而把二氧化碳转换为有机物。
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还原 物质得到一个或多个电子，这时我们称物质被还原了。
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耗散结构 具有一定特征的稳定物理结构，如漩涡、飓风和喷射流。维持这种结构需要持续地注入能量。
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核苷酸 构成DNA与RNA的组件小分子，可以连在一起形成长链。酶的结构中也有相关的核苷酸分子，它们会充当辅因子，催化特定的反应。
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核糖体 制造蛋白质的“工厂”，存在于所有细胞中。它们根据RNA代码脚本（从DNA转录而来），把氨基酸构件用指定的顺序连接起来，转换成蛋白质。
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呼吸作用 “燃烧”（氧化）营养物质，把释放出来的能量用以生产ATP的过程。呼吸作用通过呼吸链的一系列反应步骤，从食物或其他电子供体（如氢气）那里提取电子，传递给氧气或其他电子受体（如硝酸盐）。这个过程所释放的能量用于把质子泵出膜，产生质子动力，驱动ATP合成。请参考无氧呼吸和有氧呼吸。
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化学渗透偶联 利用呼吸作用产生的能量，把质子泵出膜外；质子通过膜上的蛋白涡轮（ATP合酶）回流，就能驱动ATP合成。如此一来，质子梯度便把呼吸作用与ATP合成这两个过程偶联在了一起。
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基因 一段编码蛋白质（或其他终产物，如调节RNA）的DNA序列。基因组是指一个生物体内所有基因的总和。
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