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但是，秦沈客专最终没能按照预定时间开通运营，这样就注定了它的悲剧。因为铁道部领导班子换届了，新一届领导班子有了新的发展思路，秦沈客专作为青铜时代的产物显然并不受待见。
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2002年6月16日，秦沈客专全线铺通，2002年11月，秦沈客专全线范围内完成了第三次综合试验。但是，开通日期还是遥遥无期，直到2003年10月12日，秦沈客专正式开通运营，与经过提速改造的京秦铁路，合称京秦沈客运通道。担当线路运营的不是傅志寰时代计划的“中华之星”动车组与“先锋号”动车组，而是韶九客运电力机车牵引的T60次列车，运营时速也不是200公里，而是160公里，成了一条与广深铁路一样的准高速铁路。秦沈客专被正式阉割，无缘中国第一条高速铁路的称号。
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“中华之星”动力集中型高速试验列车。
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此后，出现一个机会，秦沈客专本有可能借此翻身。这就是“中华之星”的上线运营。虽然，与秦沈客专一样历经磨难，但是“中华之星”在世人的关注下，终于还是通过了专家的鉴定考核，于2005年8月1日上线运营。
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“中华之星”总设计师刘友梅。
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“中华之星”的总负责人、中国工程院院士刘友梅上书铁道部主要领导，希望能够让“中华之星”在秦沈客专上按照时速200公里运营。毕竟也是曾经创造了321.5公里/时的中华第一速的“中华之星”，刘友梅本抱有满腔热情，但是他得到的是冷水浇头。不行！理由是秦沈客专的行车条件达不到要求。[91]
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秦沈客专与“中华之星”这对指腹为婚的“娃娃亲”虽然终于在一起了，但是厄运还没有到头。根据铁道部的安排，“中华之星”担当的车次是L517/518次，运营时速160公里。“L”代表的是临时旅客列车，也就是说随时都可能被取消。更要命的是，铁道部只允许“中华之星”在沈阳与山海关之间运行。山海关是个很小的城市，客流难以保障。加上铁道部刻意保持低调，所以这个曾经的明星车型在这条本应该地位显赫的客运专线上担当的车次，知者寥寥。
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如果能够让“中华之星”在秦沈客专全线运营，客流就会更加有保障，毕竟与山海关这个小地方相比，秦皇岛已经算一个大城市了，而且是颇有名气的旅游城市。刘友梅再次上书，希望能够将L517/518的运营区间扩大到秦皇岛至沈阳。但是，他又被否决了。
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当然，这还不是秦沈客专的最低谷。2007年2月1日，秦沈客专地位进一步降低，被并入京哈铁路，称为“京哈线秦沈段”。[92]
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中国有个源自《周易》的成语叫否极泰来，意思是逆境达到极点，就会向顺境转化。对秦沈客专而言，当时的境况已经糟糕到不能再糟糕了，也就没有什么可怕的了，总不能拆了吧？于是，秦沈客专就否极泰来了。机会在最糟糕的时节孕育。
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2007年4月18日，伟大的中国铁路第六次大提速正式实施，CRH“和谐号”动车组上线运营，中国高铁元年正式到来。引进法国技术生产的CRH5A“和谐号”动车组在秦沈客专上线运营，时速250公里。秦沈客专终于摘掉了准高速铁路的帽子，正式成为一条名副其实的高速铁路。中国第一条高速铁路的桂冠最终没有旁落，秦沈客专实至名归。
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但是，当时的铁道部官方并不这样宣传，官方把中国第一条高速铁路的名头给了2008年8月1日开通的京津城际高铁。毫无疑问，京津城际高铁在世界高铁发展史的地位是无与伦比的，它是世界上第一条时速350公里的高速铁路，但是秦沈客专是中国第一条高速铁路的事实无法改变。
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2016年2月15日，国家铁路局在官网上公布了名为《中国高速铁路》的统计表，秦沈客专正式被官方列为中国第一条高速铁路，设计时速250公里，初期运营时速200公里。
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大国速度：中国高铁崛起之路 [:1700050916]
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■黄埔军校
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秦沈客专争议颇多，但地位无与伦比，倒不在于中国第一条高铁的虚名，而在于它对中国高铁的养成，包括人才的育成与技术的实践，称它为“中国高铁的黄埔军校”一点都不为过。实际上，秦沈客专在傅志寰时代立项时，为中国将来大规模的高铁建设先行探路，进行技术和人才储备，正是它的初衷。
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我们先来看第一点——人才。
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秦沈客专全长404.64公里，参与建设的队伍包括中国中铁旗下的中铁一局、中铁二局、中铁三局、中铁四局、中铁五局、中铁大桥局、中铁电气化局，以及中国铁建旗下的8个工程局，共计15个局参与，可以说是对中国高铁建设队伍的一次大操练。
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所以，一位铁路专家回忆说：“有的工程路局因为在秦沈客专的建设上没有中标，当事人都哭了，因为他们知道，一旦在秦沈项目中出局，很有可能以后的高铁项目也因为没有相关从业经验而丢掉。”[93]
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所以在一次学术会议上，原铁道部建设司司长杨建兴激动地说：“参加京沪高铁建设的技术骨干有90%的人都参加过秦沈客专的建设。”[94]
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我们再来看第二点——技术。
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秦沈客专采用了大量新技术、新工艺、新设备，涉及路基、桥梁、轨道、通信及信号等，很多都具有试验性质。如为了适应高速列车运行，秦沈客专采用了长站距设计，全线只设10个车站，平均距离约40公里，最大站间距达到了68.6公里，这些设计突破了常规铁路甚至国外高铁的站间距分布原则，可以说是一个大胆的尝试。再如，在路基工程上，秦沈客专对路基与桥涵之间，不同刚度的路基之间均设置过渡段，以保证轨下基础刚度的平顺变化。为了秦沈客专建设，还专门研制了600吨架桥机，率先在中国铁路建设中大范围采用双线混凝土箱型梁、混凝土钢构连续梁。秦沈客专的接触网首次采用铜镁合金导线，受流性能大大提升。秦沈客专信号通信系统以车载速度显示作为行车凭证，是中国第一条取消地面通过信号机的铁路。
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高速铁路建设技术涉及方方面面，每一项都不简单。如接触网的设计，如何保证高速列车高速运行时受电弓始终不脱离接触网，保证列车始终能够获得源源不断的动力能源，这就是一项很大的挑战。你可以设想一下，随着受电弓滑过接触网的接触线，接触线一定会产生上下的震动。它会以一定的频率与速度往前传递，这种震动波传递的速度与列车的运行速度越接近，受电弓就越容易脱离接触导线。要避免这种情况，就要从接触网的材料以及结构设计上想办法，保证接触网的张力。