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这一切水落石出之后的10年里，科学在进一步探索这一基因奥秘方面，取得了长足的发展。在普鲁西纳和其他研究者的实验室里涌现出了许多别出心裁的实验设计，揭示了一个非同寻常的关乎宿命论和特殊性的故事。致命的朊病毒蛋白通过重新折叠其中心区域（第108～121个词）来改变自身形状。这一区域的突变所引起的朊病毒蛋白形状变化更有可能导致实验小鼠在出生几周内就患病并丧命。我们在多种与朊病毒蛋白相关的遗传疾病谱系中所发现的突变，并没有发生在重要的蛋白中心区域，这些“外围”区域的突变仅仅是轻微增加了蛋白错误折叠的概率。这样一来，科学就越来越多地告诉了我们有关朊病毒的知识，但每条新知识又蕴含了更为丰富的奥秘。
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蛋白折叠构象的变化具体是怎么起作用的？是否像普鲁西纳猜想的那样，还有另外一种未知的X蛋白质参与其中？如果有，那为什么没发现它呢？我们不得而知。
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为何明明是在大脑的各个区域都有表达的同一个基因，却因其突变的不同而在大脑的不同区域里呈现出不同的形式呢？山羊染上此病后的症状可能是嗜睡，也可能是极度亢奋，这取决于它们患的具体是哪种类型的疾病。同样，为何如此，我们不得而知。
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为什么会存在物种屏障，使得朊病毒病很难在不同物种之间进行传播，但在相同物种之间却很容易传播呢？为什么它很难通过口腔传染，但将其直接注射到大脑里，传染就变得相对容易呢？我们不得而知。
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为什么症状的发作存在剂量效应？小鼠被注入的朊病毒越多，发病就越快。当被注入异常朊病毒时，如果小鼠体内的朊病毒基因拷贝数越多，就越容易发病。这是为什么呢？我们不得而知。
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为什么杂合子比纯合子更安全？换句话说，如果某个个体在一对等位基因的第129位氨基酸位置上，一个是缬氨酸，另一个是蛋氨酸，那么他就会比那些在第129位是两个缬氨酸或两个蛋氨酸的人更能抵抗朊病毒病（致死性家族性失眠症除外），这是为什么呢？我们不得而知。
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为什么这种疾病有如此挑剔的患病条件？小鼠很难患上仓鼠瘙痒症，反之亦然。但是，如果在小鼠基因中导入仓鼠的朊病毒基因，那么就能通过注射仓鼠大脑组织的方式，使小鼠患上仓鼠瘙痒症。携带两种人类朊病毒基因的小鼠，可以染上两种人类朊病毒病，一种类似致死性家族性失眠症，另一种像是克雅氏病。同时携带人类和鼠朊病毒基因的小鼠，比只携带人类朊病毒基因的小鼠患上人类克雅氏病的速度要慢。这是否意味着不同来源的朊病毒会相互竞争呢？我们不得而知。
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当基因被植入其他物种时，它是如何改变自身品系的？虽然小鼠难以患上仓鼠瘙痒症，但一旦患上，便可轻易地将它传给其他小鼠。[3]这是为什么呢？我们不得而知。
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为什么疾病会从注射的部位缓慢而渐进地传播开去，就好像致病朊病毒只能改变在其邻近区域的正常朊病毒？我们已经知道疾病可以通过免疫系统中的B淋巴细胞进行传播，然后以某种方式进入大脑。[4]但为什么会这样，是怎么做到的呢？我们不得而知。
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随着对疾病的深入了解，未知的东西也在不断涌现，但真正令人困惑的是它触及了一个比弗朗西斯·克里克的“遗传中心法则”更为核心的遗传学理论。从本书的第一章开始，我就一直在宣扬生物学的核心是数字化。本章节里，在朊病毒基因中我们看到很多数字变化，即一个词代替另一个词，但这种变化如果离开数字以外的其他知识，就会变得完全无法预测。也就是说，朊病毒的系统类似通信系统中的模拟信号，而非数字信号。它不是基因序列上的变化，而是蛋白形状上的变化，另外，它还与剂量、位置和其他外界因素有关。这并不是说无法确定这种疾病的发病情况，要说起开始发病的年龄来，克雅氏病可比亨廷顿舞蹈症更为精确。有记载的案例显示，曾有一对一直居于不同地方的兄妹，发病的年龄却完全相同。
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朊病毒病是由一种链式反应所引起的，在这种链式反应中，一个朊病毒将它临近的朊病毒变成跟自己一样的形状，然后变形后的邻居又接着去改变其他邻居，以此类推，呈指数级增长。1933年的某一天，当利奥·西拉德（Leo Szilard）在伦敦等着过马路时，他脑海中浮现出了一个决定人类命运的场景：一个原子分裂并释放出两个中子，导致另一个原子分裂，并释放两个中子，以此类推。这一链式反应场景在随后的日本广岛原子弹爆炸中得到了体现。虽然朊病毒的链式反应要比中子的链式反应慢得多，但它同样具有制造指数级爆炸效应的能力；当时新几内亚库鲁病的流行模式就为这种爆发模式提供了证据，尽管普鲁西纳在20世纪80年代初才开始对细节进行梳理。然而，一场规模更大的、更贴近我们生活的朊病毒相关流行病，已然开始其链式反应。这次的受害者是牛。
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牛瘙痒症的起因仍然是个谜。没有人知道它发生的确切时间、地点或传播方式。但在20世纪70年代末或80年代初的某个时候，英国的牛肉食品加工制造商发现，畸形的朊病毒已经掺入了他们的产品之中。也许是因为工厂为了应对牛脂价格的下跌而改变了生产工艺，也许是由于在当时羔羊补贴的影响下大量的老羊进入了加工厂，但不管是什么原因，也许仅仅是因为牛饲料是用被瘙痒症朊病毒高度感染的动物加工而成的，畸形的朊病毒便进入了食品加工的生产线。尽管当时老牛和老羊的骨头和内脏会被煮沸灭菌，然后被制成富含蛋白质的牛饲料供奶牛食用，可是仅凭煮沸是不足以杀死朊病毒的。
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尽管让一头奶牛感染朊病毒病的机会很小，但是对于成千上万头奶牛来说，这个概率还是不容小觑的。一旦最初的疯牛病病例又重新进入食物链，被做成食物给其他的牛吃，链式反应就开始了。越来越多的朊病毒进入牛饲料饼，给小牛的用量也越来越多。由于这种疾病的潜伏期很长，这意味着染病的牛平均需要5年才会出现症状。到1986年底，当人们发现最初的6例病牛时，英国已有大约5万头牛深受其扰，然而没有任何人意识到这一点。一直到20世纪90年代末，这种被称为牛海绵状脑病的疾病才基本被消灭，而在那时，已有18万头牛死于此病。
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在第一例病牛被报告出来的一年之内，政府畜牧部门经过缜密的调查，已经确定了问题的根源在于被污染的饲料。这个调查结果是有充分理论依据的，同时还解释了一些异常现象，比如根西岛爆发牛海绵状脑病的时间比泽西岛早很多，就是因为这两个岛的饲料来自两个不同的供应商，其中一个供应商添加了大量的肉骨粉，而另一个则很少添加。1988年7月，《反刍动物饲料禁令》正式成为法律。专家和政府部门对此次事件所作出的反应如此之迅速，是前所未有的，颇有点亡羊补牢的意味。到了1988年8月，索思伍德（Southwood）委员会的建议得到执行，所有感染牛海绵状脑病的病牛被予以销毁，不允许再进到食物链中。但在这时，出现了第一个大错：政府仅给农民支付牛价的50%以作为补偿，这使得农民倾向于对有症状的病牛睁一只眼闭一只眼。好在这个不明智决定的代价并没有像人们想象的那么严重。毕竟，在提高赔偿金后，上报的病牛数量也没有大幅增加。
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为了防止成年牛的大脑组织进入人类食物链，《牛内脏特殊禁令》在一年之后也生效了。1990年，该法令限制的范围扩展到了小牛身上。这个禁令本该更早颁布，但是鉴于除了直接向大脑注射外，其他物种很难感染羊瘙痒症，因此当时的禁令似乎显得过于谨慎了。事实证明，除非是摄入量特别大，否则仅通过食物，是不可能让猴子染上人类朊病毒病的。而让疾病从牛传到人身上，会比从人传到猴身上更难。据估计，相较摄食，通过颅内注射的方式，患病风险增加了1亿倍。在那个时候，如果谁说食用牛肉不安全，那就是极大地不负责任。
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对于科学家而言，病毒通过口腔途径实现跨物种传播的概率很小，几乎为零。做实验时，如果不动用数十万只实验动物，甚至连1个病例都难以找到。但重点在于，有个实验正在5000万英国人的身上进行着。在这样大的一个样本里，出现个别病例是在所难免的。但是对于政治家而言，安全是一个绝对概念，不是相对的。他们要的不是出现个别病例，而是没有一个病例。除此之外，牛海绵状脑病同之前的其他朊病毒病一样，善于制造“惊喜”，让人丈二和尚摸不着头脑。猫吃了那种含有肉骨粉的牛饲料后，也会患病。自此，有70多只家猫，3只猎豹，1只美洲狮，1只豹猫甚至还有1只老虎均死于牛海绵状脑病。但还没发现有狗患上过此病。在牛海绵状脑病面前，人类是会像狗一样顽强，还是会像猫一样脆弱呢？
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到了1992年，牛的问题得到了有效解决，但由于从感染到出现病症之间有5年的潜伏期，可以预见后续仍将出现一个发病高峰。1992年以后出生的牛就很少患病了。不过，人类才刚刚开始变得歇斯底里。正是在这个时候，政客们所做的决定开始变得越来越不明智。由于有了《内脏禁令》，如今食用牛肉比近10年来的任何时候都更加安全，然而不久之后人们却开始抵制牛肉。
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1996年3月，政府宣布，确实有10人死于某种朊病毒病。由于该疾病的某些症状与牛海绵状脑病类似，并且以前从未出现过类似病例，因此怀疑它是在牛海绵状脑病流行期间通过牛肉传播的。政府的通报，再加上媒体的煽风点火，人们很快就走向了极端。有人预测，说仅仅在英国就会有数百万人死于该病，对此荒谬言论，大众竟然信以为真。牛被描述成了吃人的怪兽，愚蠢至极，不过这竟成为支持有机农业的一个论据。阴谋论层出不穷：有人说疾病是由杀虫剂引起的；有人说科学家被政客封口了；也有人说真相是被隐瞒了；还有人认为真正原因在于取消了对饲料行业的管理；同时有人认为法国、爱尔兰、德国和其他国家同样存在大规模的疫情，但他们都在封锁消息。
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政府觉得有必要对此事作出进一步回应，于是宣布了一项禁令——禁止食用任何超过30个月大的奶牛。该禁令后来被证明是毫无用处的，不过它却愈发地激起了公众的警惕，摧毁了整个行业，牛遭殃不说，系统也被搞得崩溃了。那一年的晚些时候，在欧洲政客的坚持下，政府下令“选择性地屠宰”10万头牛，尽管政府明知这个举动不仅毫无意义，反而还可能进一步加深农民和消费者之间的矛盾。此时的政府已经不能用事后诸葛亮来形容了，简直是偷鸡不成蚀把米。欧盟的禁令主要出于对自身利益的考虑，可想而知，新的扑杀政策并没有起到解除欧盟对英国所有牛肉出口禁令的作用。更为糟糕的是，1997年，连带骨牛肉都被禁止了。大家都很清楚，食用带骨牛肉导致克雅氏病的风险是微乎其微的，充其量也不过是四年一遇。政府对风险的处理上升到如此高度（国家的高度），以至于尽管危险性比遭雷劈还小，农业部长也不准备让人们自己去做决定。事实上，政府在面对风险时采取了如此荒谬的态度，人们被逼得不得不选择更加冒险的行为。在某些圈子里，出现了逆反心理。我发现随着禁令的临近，自己受邀去吃红烧牛尾的次数比以往任何时候都要多。
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在1996年一整年里，英国都在为人类牛海绵状脑病的流行做准备。然而，从当年3月到年末，只有6人死于这种疾病。这个数字非但没有增长，反倒呈现稳定甚至是下降的趋势。在我撰写本书时，有多少人会死于新型克雅氏病还不得而知。患病人数慢慢超过50人，每一个病例都是一个无法想象的家庭悲剧，但这还不能算是一场流行病。起初，调查发现这些新型克雅氏病的受害者都是在危险的年头里热衷于吃肉的人，尽管有一个患者在几年前开始吃素。当科学家们向那些被认为死于克雅氏病（但尸检时被证实死于别的疾病）的病人的亲属询问死者生前的习惯时，家属称死者都偏好肉食，而这只是一种错觉。因为这些回忆不过是亲属的臆测，而非实际情况。
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其实，该疾病受害者的共同之处在于，几乎所有患者在朊病毒基因编码的第129个词上都是甲硫氨酸纯合子。也许，人数更多的杂合子和缬氨酸纯合子会被证明只不过是有更长的潜伏期。通过颅内注射的方式可以让猴子感染牛海绵状脑病，但是和其他朊病毒病相比，该病有着更长的潜伏期。另一方面，考虑到绝大多数患者通过牛肉感染疾病都应该发生在1988年的年底之前，而且10年的时间已经是牛平均潜伏期的2倍了，也许物种屏障和在动物实验中看到的一样高，不过这种疾病最严重的时期已然过去了。也有可能的是，这种新型克雅氏病与吃牛肉根本就没有任何关系。现在，许多人认为，利用牛制成的人类疫苗或其他医药制品可能会给我们造成更大的危险，然而在20世纪80年代末，这种观点被当局过于草率地否定了。
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克雅氏病夺去了那些从未做过手术，从未离开过英国，从未在农场或肉店工作过的终身素食主义者的生命。直到今天，人们通过各种方法了解到了克雅氏病的各种形式和传播途径，包括同类相食、手术、注射激素，当然吃牛肉也有可能。值得一提的是，朊病毒的最后一个，同时也是最大的一个谜团在于，85%的克雅氏病病例都是散发的。也就是说，目前只能用随机事件来解释这种疾病。不过，这是违反自然决定论的，此理论里所有疾病都必须要有个病因，可是我们生活的世界并非完全由决定论控制着。也许克雅氏病就是以百万分之一的概率随机出现的。
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因为我们的无知，在朊病毒面前，我们只能甘拜下风。我们没有想到存在一种不使用DNA（实际上根本不使用数字化信息）的自我复制方式。我们没能想到的是，这种神秘莫测、让人如此难以理解的疾病，会在如此让人意想不到的地方出现，同时还如此致命。我们仍不清楚，肽链的折叠怎么就能造成如此大的破坏，或者肽链组成上的一个微小变化是如何产生如此复杂的后果的。正如两位朊病毒专家所言：[5]“个人和家庭的悲剧、民族与经济的灾难，都可以追溯到一个小小分子的错误折叠上。”
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