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上述有力证据为一种研究人类历史的全新方法提供了基础，它无须历史书籍，甚至不用考古发掘，只需记录和解读世界各地活着的人的基因变化，我们就能确定历史上扩散、迁徙和殖民的模式与年代。至少在去掉各种复杂因素后理论上如此。不过，和所有科学领域一样，将理论付诸实践常常远比预想的困难。[12]
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卢卡·卡瓦利——斯福尔扎（Luca Cavalli-Sforza）是基因历史学的倡导者。1994年，他和两位合作者一起出版了《人类基因的历史与地理》（The History and Geography of Human Genes），在我们人类历史研究方法的发展过程中，该书是关键的学术里程碑之一。[13]卡瓦利——斯福尔扎在书中指出，欧洲的现代基因图谱显示，基因频率从东南部向西北部梯度变化。[14]他宣称，这只可能是新石器时代移民的遗产，他们从希腊扩散开来，经过东欧、中欧和南欧，直到抵达西北角。这种观点被称为“前进波浪”模型，在欧洲新石器时代的发展中，它没有为中石器时代的原住民安排任何角色。根据这种观点，LBK人肯定是西亚移民的后裔，而非像兹韦莱比尔后来提出的那样，源自当地的中石器时代人类。比起卢思韦特和罗利——康维，我们更应接受齐良对地中海地区的解释。
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1987年，“前进波浪”模型从另一种非考古学证据那里获得了进一步支持：语言。作为格雷厄姆·克拉克在剑桥大学迪斯尼考古学教席的继承者，科林·伦弗鲁（Colin Renfrew）研究了历史语言学的一个关键问题，即印欧语系的起源。这个语系包括欧洲人今天说的几乎所有语言，语言学家长久以来一直在争论作为它们源头的那种语言在何时和何地被使用。[15]
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伦弗鲁提供了令人信服的答案：原始印欧语（那种最初语言的名称）的使用者是公元前7500年安纳托利亚（位于今天的土耳其）以及/或者西亚的新石器时代人类。随着新石器时代的农民移居欧洲各地以及中亚和南亚的部分地区，这种语言也传播到了那里。根据伦弗鲁的说法，现代的非印欧语言（例如巴斯克语和芬兰语）反映了那里有中石器时代的人口幸存，对新石器时代乃至今天的文化和语言多样性做出了贡献。但这些地点数量很少，而且相距遥远：伦弗鲁的论述与卡瓦利——斯福尔扎的基因数据完全吻合，即新石器时代农民移民的“前进波浪”席卷了欧洲。[16]
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伦弗鲁的观点马上受到语言学家和考古学家的批评[17]——关键问题在于语言可以完全独立于人传播。1996年，基因证据同样遭到质疑。对卡瓦利——斯福尔扎观点的挑战来自牛津大学的布赖恩·赛克斯（Bryan Sykes）和他的同事。他们没有使用卡瓦利——斯福尔扎依赖的核DNA，而是选择了线粒体DNA，并得出了截然不同的结论。[18]
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我们的大部分DNA位于每个细胞的细胞核中，通过名为“重组”的过程从父母那里各继承一半。这一过程涉及对双亲基因不可预料的混合，经过一代代的重复，追溯进化历史的可能性变得极小。线粒体DNA则位于细胞体而非细胞核中，只继承自母亲。我的所有线粒体DNA都来自我的母亲，而且完全不会遗传给我的孩子。排除了复杂的重组，确立人与人之间的基因关联性变得容易许多，而且通常被认为更加准确。
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线粒体DNA的变异率也比核DNA高得多，而且发生完全中性变异的频率也要高出许多，对个体健康既无益处也无伤害。这种特点的价值在于，它有可能提供比使用核DNA详细得多的人类历史图景，因为随着时间的流逝，随机变异会留下更多证据。通过这种方法可以确定谱系组，即源自同一个女性（实际上是同样的线粒体DNA分子）的人群。
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当赛克斯和同事对来自欧洲各地的821例线粒体DNA进行检测时，他们发现存在6个明显的谱系组，从中马上可以看到，欧洲人的基因多样化程度要超过“前进波浪”模型所认为的。通过对线粒体DNA的变异率进行最佳估算，赛克斯和他的同事计算了每个欧洲人谱系组出现的年代。其中只有一组的年代足够晚近，能够与西亚农民移民联系起来，而且的确存在某些清晰的基因标志指向西亚起源。此外，它在欧洲的地理分布也符合考古学家认可的两条殖民路径：中欧和地中海沿岸。但这个组只占6个谱系组总数的15%，其他所有谱系都来自2.3万年到5万年前，表明现存线粒体DNA的85%在中石器时代就已经存在，源于之前的冰河时代。[19]前进波浪不过是一小片涟漪。
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这个惊人的结论引发了卡瓦利——斯福尔扎和赛克斯之间热烈的学术争论，两人都质疑对方所用方法的有效性。[20]线粒体DNA证据的关键问题在于，它只记录了母系信息。如果西亚移民选择中石器时代的女性为妻（这很有可能），那么线粒体DNA的记录将很快无法显示移民的存在。[21]不过，赛克斯的结论支持了兹韦莱比尔、罗利——康维和卢思韦特等考古学家。即使齐良真的找到了公元前5700年葡萄牙的农民移民飞地，它对新石器时代伊比利亚半岛的整体发展也贡献寥寥。我们必须将发展归功于中石器时代的人类，他们的祖先占据了萨杜河和塔霍河口的贝丘。
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赛克斯和卡瓦利——斯福尔扎至今仍在争论，但他们的最新成果开始趋于一致，一些考古学家（例如科林·伦弗鲁）也发现两人的结论完全相容。卡瓦利——斯福尔扎将农民移民对现代欧洲基因库的贡献减少到28%，而赛克斯也把相关估计提升到20%出头。两个数字如此接近，似乎不再存在争议。我们必须得出这样的结论，即在欧洲新石器时代文化的发展中，中石器时代的原住民至少扮演了和农民移民一样重要的角色。[22]
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中石器时代狩猎采集者的基因也许在今天的欧洲人身上占据主导地位，但他们的生活方式在公元前4000年之后不久便销声匿迹了。只有在欧洲极北地区，狩猎和采集才获得了更长的生命力，一直持续到至少公元前1000年才被游牧取代。[23]对温带地区来说，在泰维耶克和奥埃迪克举行宴会、跳舞和将死者埋进石头砌成的墓穴的人们是欧洲最后的中石器时代人类。
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瑞典和丹麦的中石器时代社群——生活在斯卡特霍尔姆、韦兹拜克、曲布林湾和埃尔特波尔遗址的人们——最终因为与LBK文化接触引入新伦理而崩溃。作为妻子的年轻妇女和作为劳工的年轻男子缓慢但稳定地流失，导致他们的社群人丁凋零。留下的人不再延续与马鹿和野猪的亲密关系，他们同样向往物质财富、社会权力和对自然世界的控制。他们希望自己成为农民，并在公元前3900年左右如愿以偿。
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这些农民与LBK的截然不同。他们放牧牛群，住在简陋的中石器时代式居所里，生活在中石器时代祖先的贝丘旁。仿佛是为了弥补家庭建筑的缺失，他们建造了被我们称为长坟堡（long barrow）的巨型墓葬纪念碑，选择为死者而非活人建造房屋。他们的灵感来自LBK的长屋。长坟堡是新农民向来自东方的农民看齐，并否认自己的中石器时代过去的尝试。[24]
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当泰维耶克和奥埃迪克的狩猎采集者被新的农业生活方式包围时，大西洋沿岸的情况也大同小异。[25]又一种新石器时代文化诞生了，那里的人们用巨石和巨大的石板修建坟墓。这些巨石墓没有指向东方的农民祖先，而是让人想起了中石器时代的过去，即葡萄牙贝丘中用石板砌成的墓穴和泰维耶克的家庭墓葬。[26]在欧洲的西北角，特别是不列颠，长坟堡和巨石墓都是新的新石器文化的组成部分。到了公元前4000年，欧洲的居民几乎都是这样或那样的农民。历史翻开了新的篇章，它将抹去中石器时代世界的任何残留痕迹。至少在从我们的基因中意外发现中石器时代的遗产前，我们是这么认为的。
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史前人类简史：从冰河融化到农耕诞生的一万五千年 第22章
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苏格兰后记
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苏格兰西部的殖民、中石器时代生活方式和转向新石器时代，公元前20000—前4300年
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从佩什梅尔到巨石墓的起源，我对欧洲历史的描绘忽略了这片大陆上的许多地区，从意大利南端到挪威北部，从瑞士的阿尔卑斯山到西班牙的梅塞塔高原（Meseta）。虽然这些地区没有其他地方上演的那种文化剧，但它们仍是欧洲故事的一部分，那里的考古发掘能让我们更清楚地看到人们对全球变暖和农业扩张的反应。
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不幸的是，在我们行将跨越大西洋讲述美洲历史的开端时，仍不得不先忽略它们，除了一个地方。这个唯一的例外就是苏格兰，我曾在那里花了许多年搜寻中石器时代的历史，不过并非苏格兰全境，而是西海岸附近赫布里底（Hebridean）岛链最南端的两个近海小岛。分别是艾莱岛（Islay）和科伦赛岛，它们和邻近的朱拉岛（Jura）与奥伦赛岛（Oronsay）一起组成了名为南赫布里底的小群岛。虽然位于欧洲的地理边缘，而且缺少像莱彭斯基维尔或斯卡特霍尔姆那样引人瞩目的遗址，但这些小岛拥有自己的历史，并对我们从整体上理解欧洲做出了贡献。因此，在这段欧洲部分的后记中，我将通过我自己在这些岛上的发掘故事简要讲述它们从冰河时代到新石器时代的历史。
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赫布里底群岛中的4个小岛都有许多苏格兰西部的典型特征，但彼此又截然不同。岛上树木稀少，崎岖的海岸线上分布着多沙的海湾。那里的人口在19世纪达到顶峰，随后缓慢下降；牧羊是主要产业，但很不经济。面积超过600平方千米的艾莱岛是其中最大、地貌最丰富的一个，拥有大片生长着野生帚石楠的荒野和沙丘、规模不小的主城镇、几座村子和苏格兰分布最集中的威士忌加工厂。科伦赛岛要小得多，长宽分别不超过13千米和5千米。奥龙赛岛只是弹丸之地，在退潮时与科伦赛岛相连，面积不到5平方千米。朱拉岛是另一个大岛，比艾莱岛还要崎岖多岩得多，岛上矗立着被称为帕普斯（Paps）的三座圆锥形山峰。
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公元前20000年，这些岛屿几乎完全被向南一直延伸到英国中部的冰层覆盖。只有一座小山没有被覆盖，那就是今天的“干旱山”（Beinn Tart a’Mhill），周围的低地形成了今天的林斯（Rinns），即艾莱岛最西端的半岛。这片地区没有被冰层覆盖的事实对后来的人类居住历史至关重要，它留下了富含燧石的沉积层，最终将为艾莱岛最早的居民提供原材料，影响他们选择到哪里居住。
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5000年间，干旱山矗立于周围盖着冰雪的陆地和海洋之上。向东50千米处，朱拉岛的帕普斯山刺破冰层，被云雾笼罩时看上去就像是冒烟的火山。有条海峡将林斯与艾莱岛的其他部分隔开，将其变成了一个离岸小岛。
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到了公元前15000年，冰层开始融化，冰川边缘向东消退，直到公元前12000年，赫布里底群岛完全从冰层下解脱。现在，林斯的低地被大片沙石覆盖。东面是光秃秃的岩石与沉积物形成的小丘（即冰碛），这些是由冰川带来的，标志着冰川曾经到过的地方。更东面是一系列断断续续的泽地、裸露岩石、沙地、淤泥和砾石，一直延伸到至今仍将艾莱岛和苏格兰本土分开的海边。
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