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我们已经看到，考古学家在研究农业在整个欧洲的传播是由祖籍西亚的农民迁徙引起的，还是因为原住民接受了新石器时代文化时，他们使用了活人的基因。同样的技术（寻找基因变化的特定模式，特别是线粒体DNA中的基因）也被用来确定人类可能最早于何时来到美洲，以及他们来自何方。
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人们研究了3种来源的线粒体DNA：来自活土著美洲人的；来自生活在亚洲北部和东部活人的，以便与美洲人的数据进行比较；以及来自史前土著美洲人骸骨的。[10]具体采用的分析类型以及得出的结论相差很大。但一项重大发现是，土著美洲人的线粒体DNA序列可以分为4个大类，被称为A、B、C和D组。[11]
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来自纳——德内语系和爱斯基摩——阿留申语系的土著美洲人的线粒体DNA序列主要属于A组，而庞大的美洲印第安语系拥有来自所有4个组的代表（也许并不令人意外）。这种基因的多样性（意味着有来自多个移民群体的贡献）支持了那些怀疑美洲印第安语系真实性的语言学家。但就像考古学家和语言学家一样，基因学家们无法就殖民何时以及如何发生给出一致的答案。
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1993年，日本国立遗传学研究所（National Institute of Genetics in Japan）宝来聪（Satoshi Horai）带领的基因学家团队指出，每组序列都是2.1万——1.4万年前某次向美洲移民的产物。[12]一年后，美国亚特兰大埃默里大学（Emory University）的安东尼奥·托罗尼（Antonio Torroni）带领团队以略有不同的方式分析了数据，结论是美洲印第安语系的始祖分两波迁徙到美洲：第一波携带A、C和D组基因，时间是2.9万——2.2万年前；第二波携带B组基因，时间要晚得多。[13]1997年，巴西南里奥格兰德联邦大学（Federal University of Rio Grande do Sul）的桑德罗·博纳托（Sandro Bonatto）和弗朗西斯科·萨尔扎诺（Francisco Salzano）提出，所有4组基因都源于2.5万多年前的一次迁徙。[14]
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基因学家为何如此难以达成一致？原因之一在于他们面临着和语言学家同样的问题。[15]正如人们对语言分化的速率了解有限，对基因变异的速率同样难有共识。基因学家实际上是在尽其所能地猜测变异频率，但这些猜测可能完全错误。此外，不同基因的变异速率也不相同，而有的变异可能会掩盖此前出现过的变异。[16]
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另一个原因是，即便我们对美洲历史和史前史所知有限，但显然不同时间分批迁入美洲的人发生过大量基因混合。经过这样的混杂，从现代土著美洲人的基因中确定此类迁徙的数目和时间将变得几乎不可能。
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从今天的牙齿、语言和基因重建美洲史前史的尝试也可能尖锐地遇到另一个潜在问题：最早和早期美洲人骸骨的数量过于稀少。截至公元2000年，公元前9000年以前的所有骸骨收藏来自不超过37名个体。其中许多个体只留有几块碎骨。[17]
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美国得克萨斯A&M大学的人类学家金特里·斯蒂尔（D. Gentry Steele）和约瑟夫·鲍威尔（Joseph Powell）在研究这些藏品后有了一个惊人的发现：最早的土著美洲人看上去与后来史前或历史记录中的土著美洲人截然不同。[18]更晚近的人被描绘成拥有蒙古人种的外貌——相对宽而平的脸庞和高颧骨，清楚表明他们的先人来自亚洲北部。但来自公元前9000年之前的骨骼样本显示那些人的脸又短又窄，在齿型上与克里斯蒂·特纳对土著美洲人的描绘也大相径庭。事实上，最早的美洲人与其说看上去像是近代美洲人和亚洲北部人，不如说他们与最早的澳大利亚人（测定为6万年前）和现代非洲人要相似得多。
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1996年，华盛顿州哥伦比亚河（Columbia River）流域新发现了一枚珍贵的头骨和部分骨架残骸。[19]经过法医检验，当地考古学家詹姆斯·查特斯（James Chatters）根据其高加索人种的特征（区分来自欧洲、北非和近东人的特征，比如高而窄的鼻梁）认定，骨骼属于一位晚近的欧洲定居者。但年代测定显示，此人死于大约公元前7400年，与嵌在他大腿骨上的石矛尖的形制相符。
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“肯纳威克人”（Kennewick Man）很快引发轰动。至少有5个土著美国人部落宣称他是自己的直系祖先。尤马蒂拉部落（Umatilla）先发制人，以1990年的《原住民墓地保护与文物归还法》（Native American Graves Protection and Repatriation Act，简称NAGPRA）为依据，要求马上将其重新埋葬到秘密地点。许多科学家对此感到震惊。他们声称那是滥用法律，而且无法证明骸骨与任何部落存在联系：重新埋葬意味着丧失关于美洲殖民历史的无价证据。骸骨被封藏在保险库中，等待旷日持久的法庭程序决定它们的命运，最终法庭许可检验其中的DNA。这激怒了尤马蒂拉印第安人。
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当查特斯获悉公元前7400年的测定结果时，他修改了自己的观点，宣称“肯纳威克人”只是类高加索人种。详细的统计学分析显示，头骨的形状与波利尼西亚人（Polynesian）的最为相似，特别是来自太平洋上复活节岛的人和日本的阿伊努人（Ainu）。后者的确看上去像高加索人种，很可能源于最早的智人，在距今10万年前之后不久扩散到东亚，其中一些在6万年前来到澳大利亚，另一些则很可能是新世界最早的来客。
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鉴于体貌上的差异，最早的美洲人（从公元前9000年之前的骸骨证据来看）可能与后来史前和历史记录中所知的，当然还有今天活着的土著美洲人完全无关。所有更晚近的土著美洲人显然都源于从亚洲北部迁徙而来的人（也许更应该说是流散），他们当时已经发展出独特的蒙古人种特征。已经在美洲生活的人可能被吸收进了这些新人口，他们自己的牙齿、基因和语言特征被新来者的淹没。最早的美洲人也可能灭绝了，没有对未来的人口做出语言或基因上的贡献。第三种猜想的可能性更小，即最早的美洲人被新移民刻意消灭——我们还记得“肯纳威克人”大腿上的矛尖。无论哪种猜想是正确的，牙科、语言和基因学的史前史可能永远无法回溯到最早的美洲人。为此，我们将不得不依赖考古学记录。所以，现在让我们转向美洲最后或许也是最关键的考古遗址：蒙特贝尔德。
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史前人类简史：从冰河融化到农耕诞生的一万五千年 第25章
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在钦奇胡阿皮溪畔
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对蒙特贝尔德的发掘和诠释，公元1977—1997年，公元前12500年
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约翰·卢伯克沿着钦奇胡阿皮溪（Chinchihuapi Creek）满是泥炭的岸边而行，这条蜿蜒的浅溪是智利南部毛林河（Maullín River）的支流。卢伯克在它的引导下穿越了林地、沼泽和牛群吃草的葱郁牧场。东面，白雪皑皑的安第斯山巅高高矗立在树顶上空；西边，较低的太平洋沿岸山坡被林木覆盖。太平洋就在不超过30千米外。
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卢伯克的目的地是蒙特贝尔德，肯塔基大学的汤姆·迪拉伊在1985年考古季完成了他最后的发掘——差不多8年前开始工作时，这处遗址让他“激动不已，有点不知所措”。[1]由紧密的沼泽植物形成的泥炭很快在废弃的茅舍、工作区、烹饪区和垃圾堆上积累起来，这些泥炭抑制了正常的腐烂过程，创造出前所未有的保存条件。于是，迪拉伊不仅可以发掘出石器和动物骨骼，还能找到植物残骸、茅舍的木料、木制品和牛皮，甚至还有动物肉块。
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迪拉伊组建了令人印象深刻的合作者团队，包括地质学家、植物学家、昆虫学家和古生物学家，当然还有他的考古学家同事。他们不仅要分析考古发现，还将重建蒙特贝尔德居民的生活环境。他的团队还有一项重要任务：确定该定居点的年代。
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随着卢伯克顺流而行，溪水变得越来越深，流淌得也更快了。气温下降，空气湿度增加，他的脚步不再踏在有弹性的泥炭上，而是稍稍陷入松软的沙地中。传来有人说话的声音。当卢伯克转过溪流的一个弯角时，他本指望能够将发掘活动尽收眼底，就像在蓝鱼洞和佩德拉富拉达那样。但卢伯克抵达蒙特贝尔德的时间比计划早了许多——现在是公元前12500年，定居点和那里最早的居民仍然欣欣向荣。
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人们头发乌黑，皮肤呈橄榄色，身形瘦削，披着雨披一样的兽皮披风。[2]有几个人在长椭圆形帐篷的一头工作。帐篷位于距离河岸几米远的地方，被分成若干个单元，可能是作为家宅。工作者们似乎正在一头加建新的单元，已经用木头打好了墙基和地基。他们快速而高效地劳作着，用石片削尖杆子的一端，将其插进沙质土壤中。附近，一群坐着的妇女用植物纤维搓制麻绳，用来把兽皮固定在帐篷框架上。
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当男人和女人们工作时，孩子们在溪中戏水，有位老人正在打理另一排居所外的一个大火堆。他翻动正在余烬上加热的卵石，两名较年轻的男子则在准备食物。他们用大片绿叶包裹小块土豆样的食物，将其码在树皮托盘上，准备蒸熟；坚果被放在木臼中碾碎，然后倒进一只藤碗里，碗中盛有散发出甜美气味的叶子。
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村子背后沼泽外的林地里传来呼叫声。人们停下了工作，从茅屋兽皮帘子的缝隙中望去：一群微笑的人带着沉重的包裹从树林中走出，穿过枯树枝铺成的小径走进村子。他们高声致意，整个村子（至少有30名男人、女人和孩子）都跑过来欢迎他们。
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新来者坐在炉灶旁，准备了一半的食物被推到一边。所有人围拢过来，急于一睹他们从海岸边带来了什么。卢伯克发现自己挤在他们中间，与蒙特贝尔德人摩肩接踵——他们不是第一批，却是已知最早的美洲人。
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