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首先，卢里亚表示他会告诉委员会，是他说服沃森去剑桥大学的。同时卢里亚也曾向沃森承诺，自己将出面去和奖学金委员会沟通，所以现在这种情况不能怪沃森，他会承担起责任来。其次，沃森必须说服奖学金委员会，他到剑桥大学后的研究工作与在哥本哈根时的研究工作密切相关，都是对病毒的研究。沃森应该说自己急于与肯德鲁和莫尔蒂诺研究所的罗伊・马卡姆设计一种研究病毒的新方法，因此才来到了剑桥大学，以此来说服韦斯，自己实际上并没有改变研究计划。马卡姆当时正在研究萝卜黄花叶病毒，找马卡姆当挡箭牌是一个好计谋。马卡姆也默许了，虽然他认为这是“……美国人不懂得如何正确行事的一个典型例子”。
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卢里亚承认，这些手段绝对算不上光明磊落，因此，“……你一定要记住，我们正在做的事情确实有些不道德。英国人在这种问题上甚至可能比美国人还要古板。你一定不能让委员会知道你已经到了英国，这是关键”。
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卢里亚于10月20日写给韦斯的信以对沃森的高度评价开头：“沃森是我和加州理工学院的德尔布吕克博士一直十分看重的一个青年才俊，我们把探索新的、出乎大多数人意料的方法，发现病毒繁殖和生物大分子复制奥秘的希望都寄托在了这个大男孩身上。”
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那么现在面临的这个问题怎么解决呢？对此，卢里亚写道：
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我个人会承担责任，因为是我鼓励沃森做出了这种改变，而我也没能及时告诉委员会这样做的缘由。我现在写这封信，正是为了解决问题。如果可能的话，我想建议委员会重新考虑最近的决定。……他（沃森）的计划——我怀疑他没有以书面形式向委员会做出详细解释。沃森的计划包括两个方面，一是对病毒的生物化学研究，其思路与他在哥本哈根时的想法只是略微有所不同，二是学习X射线衍射分析的理论和技术，并将之应用到对病毒的研究中去……肯德鲁很热心，他非常赞同沃森的计划。我们还考虑到了莫尔蒂诺研究所的病毒核蛋白专家罗伊・马卡姆博士可能发挥的作用……总而言之，我觉得沃森现在的计划并没有偏离太远，相反，它具有相当的可行性，对他未来成为一个有成就的生物学家大有裨益。
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10月22日，韦斯给沃森写了一封信，可能与他收到卢里亚来信是同一天。当然，这封信是寄到哥本哈根去的，因为它“应该”去那里。看起来，卢里亚的策略是有效的，因为韦斯在信中说，他认为沃森对分子结构的兴趣“与莫尔蒂诺研究所进行的病毒核蛋白研究正好契合，而且与他目前的研究思路也密切相关”。因此，韦斯要求沃森提供在莫尔蒂诺研究所进行研究和学习的计划的更多细节，并问他打算什么时候从哥本哈根动身前往英国。
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之后，美国国家研究委员会与沃森之间还有一些书信往来，但现在已经找不到了。无论如何，沃森觉得沟通还算顺利。10月27日，沃森写信给伊丽莎白说：“我与美国国家研究委员会之间的问题差不多全解决了，这要感谢卢里亚的帮助。我相信我很快就会拿到奖学金。因此，虽然我现在很穷，但我精神上很富有。”
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然而沃森不知道的是，正当他乐观地给伊丽莎白写信的时候，又一封来自韦斯的信已经在跨越大西洋来欧洲的路上了。这封信写于10月26日，不过沃森收到时已经是11月13日了，而且从沃森在11月14日写的回信来看，它不可能是一封友好的信。
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在回信中，沃森承认，他已经到了剑桥大学，因为他认为“在委员会同意我们提出的那个合适的计划之前，最好还是留在剑桥大学，因为这里的学术气氛非常浓厚，特别能激发人的灵感”。沃森认为他和卢里亚制定的计划非常好：“我相信，卢里亚博士已经说明过我们的理由了。我们认为，有充分的证据表明将最新的合成结构蛋白化学思想与现有的关于核酸结构的生物化学理论结合起来，将极大地推动病毒研究的发展。”沃森强调，这种结合只有在剑桥大学才有可能实现，因为莫尔蒂诺研究所的马卡姆是研究病毒的，同时卡文迪许实验室的佩鲁茨是研究结构的。沃森试图将这两者之间的联系凸显出来：
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我希望我已经把现在提出的计划与一年前在申请奖学金时提出的计划之间的联系阐述清楚了。两个计划的目的都是探索病毒的复制机制，只是重点从代谢方法转移到了结构方法，原因是，我们相信，或者更确切的是我们强烈地预感到，关于核酸结构的知识可能会更直接地导致我们发现病毒的复制机制。
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正如沃森在《双螺旋》一书中所说的，在这封信的最后他承认了自己的错误：
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我必须为我第一次给您写信时的语无伦次道歉。我现在已经认识到，我当初提出的建议既不清楚也不及时。我也承认，我现在就到剑桥大学来是有些为时过早。我希望我未来的成就将证明目前的这种混乱是值得原谅的。
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在11月27日写给美国国家研究委员会的信中，沃森又一次道了歉，同时也为自己的行为在寻找理由。他这样写道，他原本以为韦斯已经同意他去卡文迪许实验室了，因此当拉普在11月21日的信中“……又反对我到剑桥大学工作……这使我非常震撼”。沃森说，他完全没有预料到“……奖学金委员会反对我离开哥本哈根，转入剑桥大学，因此，您对此事看得如此严重，也令我觉得惊讶”。
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按照事先商定好的计划，沃森把责任推给了卢里亚：“我不是主动要求来这里的，是卢里亚博士建议我来的。”
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尽管在《双螺旋》中沃森写道，他决定不提及卡尔卡婚姻触礁的事情，因为那不但“既失风度，而且也不必要”，但现在看来很有必要了，因为这是支持他转到剑桥大学的一个很重要的理由：“卡尔卡博士的科研工作因为他的婚姻问题而受到了严重制约，所以我在哥本哈根没有办法得到之前预期的鼓励和建议。”相比之下，在第一次到剑桥大学参观时，沃森就发现“……这里有许多年轻活跃的研究人员，这里的学术气氛非常浓厚，这些恰恰是哥本哈根缺乏的”。
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虽然不情愿，但是沃森不得不承认：“……从技术的角度来看，在没有得到批准之前我就来到了这里，确实违背了奖学金规则。”但是，沃森也为自己辩解了一番：“……我这样做，很明显与默克奖学金的宗旨相一致，我相信您会原谅我这种技术性违背规则的行为。”
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第二天，沃森给伊丽莎白写信告诉了她最新的进展，他说自己仍然处在“水深火热当中”，因为保罗・韦斯认为沃森太自行其事，“……使他觉得自己受到了大大的冒犯”。沃森担心自己可能会失去奖学金，但是好在卡文迪许实验室会提供一些财务支持，因此“……应该可以生存下去”。
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卢里亚和德尔布吕克也在继续为沃森争取，但直到1952年1月11日，沃森才从卢里亚那里得知，他的奖学金问题总算解决了。韦斯决定，既然沃森已经改变了研究项目和实验室，他的续期申请应作为新的申请来处理。在1月28日写给伊丽莎白的一封信中，沃森提及了这个决定的后果：默克奖学金委员会将授予他八个月的奖学金，另外四个月的奖学金则不再发放，以作为对他的惩罚。
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沃森认为，这一切背后都是韦斯在作梗。他猜对了。3月16日，奖学金委员会认定，沃森博士“擅自改变研究计划，已成既定事实，出于对同胞利益的同情，委员会通过了由塔特姆（Tatum）博士提出、克拉克博士附议的提案，一致同意授予沃森博士八个月的奖学金以资助他在剑桥大学的工作，以取代原来取消奖学金的决定，这个决议由委员会主席（韦斯）负责执行”。
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沃森与美国国家研究委员会的争执终于划上了一个句号，但他与韦斯的较量才刚刚开始。韦斯给沃森发了一封信，要求他参加一个在美国举行的会议。沃森对此事的反应如本书中所述，事实上，在给卢里亚的信中，沃森的反应还要强烈得多：
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韦斯这封信与他上次说我不成熟的那封信形成了鲜明的对比。他要我在6月下旬回到美国并在一个研讨会上发言。这真是一封妙不可言的信。这个该死的混蛋。他想得倒美，在断绝了我的收入之后，还想要我乖乖跑回美国，让他来假惺惺地充好人！不过他这封信也给了我一个极好的机会，我大可以在回信中好好对他冷嘲热讽一番，但我还是忍住了。我写了一封很有礼貌的回信，说想继续留在剑桥大学工作，所以很遗憾不能返回美国。
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卢里亚则回信说：“我认同你对韦斯的看法，不过，我没有你那么浓重的‘英国范’，我会叫他‘该死的婊子养的（damn son-of-a-bitch）’，而不是‘该死的混蛋’（bloody bastard）。”
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美国国家研究委员会奖学金委员会1952年3月16日的会议记录
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