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在回信中，沃森承认，他已经到了剑桥大学，因为他认为“在委员会同意我们提出的那个合适的计划之前，最好还是留在剑桥大学，因为这里的学术气氛非常浓厚，特别能激发人的灵感”。沃森认为他和卢里亚制定的计划非常好：“我相信，卢里亚博士已经说明过我们的理由了。我们认为，有充分的证据表明将最新的合成结构蛋白化学思想与现有的关于核酸结构的生物化学理论结合起来，将极大地推动病毒研究的发展。”沃森强调，这种结合只有在剑桥大学才有可能实现，因为莫尔蒂诺研究所的马卡姆是研究病毒的，同时卡文迪许实验室的佩鲁茨是研究结构的。沃森试图将这两者之间的联系凸显出来：
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我希望我已经把现在提出的计划与一年前在申请奖学金时提出的计划之间的联系阐述清楚了。两个计划的目的都是探索病毒的复制机制，只是重点从代谢方法转移到了结构方法，原因是，我们相信，或者更确切的是我们强烈地预感到，关于核酸结构的知识可能会更直接地导致我们发现病毒的复制机制。
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正如沃森在《双螺旋》一书中所说的，在这封信的最后他承认了自己的错误：
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我必须为我第一次给您写信时的语无伦次道歉。我现在已经认识到，我当初提出的建议既不清楚也不及时。我也承认，我现在就到剑桥大学来是有些为时过早。我希望我未来的成就将证明目前的这种混乱是值得原谅的。
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在11月27日写给美国国家研究委员会的信中，沃森又一次道了歉，同时也为自己的行为在寻找理由。他这样写道，他原本以为韦斯已经同意他去卡文迪许实验室了，因此当拉普在11月21日的信中“……又反对我到剑桥大学工作……这使我非常震撼”。沃森说，他完全没有预料到“……奖学金委员会反对我离开哥本哈根，转入剑桥大学，因此，您对此事看得如此严重，也令我觉得惊讶”。
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按照事先商定好的计划，沃森把责任推给了卢里亚：“我不是主动要求来这里的，是卢里亚博士建议我来的。”
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尽管在《双螺旋》中沃森写道，他决定不提及卡尔卡婚姻触礁的事情，因为那不但“既失风度，而且也不必要”，但现在看来很有必要了，因为这是支持他转到剑桥大学的一个很重要的理由：“卡尔卡博士的科研工作因为他的婚姻问题而受到了严重制约，所以我在哥本哈根没有办法得到之前预期的鼓励和建议。”相比之下，在第一次到剑桥大学参观时，沃森就发现“……这里有许多年轻活跃的研究人员，这里的学术气氛非常浓厚，这些恰恰是哥本哈根缺乏的”。
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虽然不情愿，但是沃森不得不承认：“……从技术的角度来看，在没有得到批准之前我就来到了这里，确实违背了奖学金规则。”但是，沃森也为自己辩解了一番：“……我这样做，很明显与默克奖学金的宗旨相一致，我相信您会原谅我这种技术性违背规则的行为。”
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第二天，沃森给伊丽莎白写信告诉了她最新的进展，他说自己仍然处在“水深火热当中”，因为保罗・韦斯认为沃森太自行其事，“……使他觉得自己受到了大大的冒犯”。沃森担心自己可能会失去奖学金，但是好在卡文迪许实验室会提供一些财务支持，因此“……应该可以生存下去”。
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卢里亚和德尔布吕克也在继续为沃森争取，但直到1952年1月11日，沃森才从卢里亚那里得知，他的奖学金问题总算解决了。韦斯决定，既然沃森已经改变了研究项目和实验室，他的续期申请应作为新的申请来处理。在1月28日写给伊丽莎白的一封信中，沃森提及了这个决定的后果：默克奖学金委员会将授予他八个月的奖学金，另外四个月的奖学金则不再发放，以作为对他的惩罚。
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沃森认为，这一切背后都是韦斯在作梗。他猜对了。3月16日，奖学金委员会认定，沃森博士“擅自改变研究计划，已成既定事实，出于对同胞利益的同情，委员会通过了由塔特姆（Tatum）博士提出、克拉克博士附议的提案，一致同意授予沃森博士八个月的奖学金以资助他在剑桥大学的工作，以取代原来取消奖学金的决定，这个决议由委员会主席（韦斯）负责执行”。
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沃森与美国国家研究委员会的争执终于划上了一个句号，但他与韦斯的较量才刚刚开始。韦斯给沃森发了一封信，要求他参加一个在美国举行的会议。沃森对此事的反应如本书中所述，事实上，在给卢里亚的信中，沃森的反应还要强烈得多：
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韦斯这封信与他上次说我不成熟的那封信形成了鲜明的对比。他要我在6月下旬回到美国并在一个研讨会上发言。这真是一封妙不可言的信。这个该死的混蛋。他想得倒美，在断绝了我的收入之后，还想要我乖乖跑回美国，让他来假惺惺地充好人！不过他这封信也给了我一个极好的机会，我大可以在回信中好好对他冷嘲热讽一番，但我还是忍住了。我写了一封很有礼貌的回信，说想继续留在剑桥大学工作，所以很遗憾不能返回美国。
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卢里亚则回信说：“我认同你对韦斯的看法，不过，我没有你那么浓重的‘英国范’，我会叫他‘该死的婊子养的（damn son-of-a-bitch）’，而不是‘该死的混蛋’（bloody bastard）。”
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美国国家研究委员会奖学金委员会1952年3月16日的会议记录
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沃森和肯德鲁提交给默克奖学金委员会的最终报告是在1953年3月7日的一次会议上完成评审的。沃森报告的标题是《在剑桥大学莫尔蒂诺研究所的时光》（Cambridge Period at the Molteno Institute），他在报告中介绍了自己“在剑桥大学与弗朗西斯・克里克合作研究烟草花叶病毒结构”的情况。这份报告中根本没有提到DNA的事情。这是默克奖学金委员会和美国国家研究委员会的重大损失！如果不是韦斯的官僚主义作派，他们本可以宣称发现双螺旋结构是由他们的资助计划取得的重大成就。
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肯德鲁向美国国家研究委员会提交的报告，极好地刻画了沃森的个性，并对沃森的科研能力做出了预见性的评估：
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总的来说，我们认为沃森是我们实验室里最能激发他人思考的同事。他有无数深刻独到的原创性思想，而且能够提出极具创造性的方法对这些思想进行检验。他表现出了极其强大的解决问题的内驱力，尽管前方困难重重，他的目标却从未动摇。毫无疑问，沃森是个能力非常出众的科学家。
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最后，肯德鲁给出了以下“鉴定”：
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沃森的成功应更多的归功于他在原创思想和实验设计方面的杰出天赋，而较少是因为他是一个执着而耐心的‘耕耘者’。他的弱点主要在于缺乏一定的系统和规则意识，使用物理仪器的能力也有所欠缺。
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这使我们想起了克里克也曾开玩笑地提到过，他打算写一本自己的《双螺旋》，而开篇第一句将是：“沃森的双手很笨拙，只要看看他剥橘子的样子，任何人就都能看出这一点了。”肯德鲁接着说：
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我要再重复一遍，沃森的科学研究能力已经达到了最高水平。如果像他这样水平高超的人能够留在我们实验室，作为我们的同事，我们将深感幸运。我相信，沃森是一个拥有根本性原创思想的人，他在科学界的前途无可限量。而只有那些真正具有独创性的人，才能成为科技进步的引领者。
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