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然而，我们接着检验了父母教育程度是否会改变后代的多基因分数，结果发现不会。虽然这一检验并不完善，10但其结果表明，不管家庭的社会、经济地位高低，其子女的遗传优势（或劣势）的影响大小都是近似的，这就与特克海默双生子研究的结论截然不同。11
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尽管多基因分数这套方法的优势在于能够进行直接测量，但它仅仅分析了总体遗传效应的一小部分，这是一个致命的缺陷。12由于该分数是通过对各个人群在不同环境下的情况进行“元”分析得到的，所以它可能只描述受环境影响最小的那一部分遗传效应。换言之，多基因分数所能反映出的遗传效应，是在众多研究得到的数据集中最相似的那一部分。例如，最初的多基因分数系统使用了54个数据集，由于我们获得的遗传测量数据是根据在一系列不同环境下的平均结果得到的，因此我们使用的遗传标签很可能与环境差异无关，13所以说，当我们运用这套系统去检验基因与环境之间的相互作用时，肯定会失败。然后我们可能会认为，在任何环境下都起作用的基因型，不会表明基因与环境之间的相互作用。如果有一种基因能够使得人们的合作性加强，竞争性减弱，那么拥有它的人就会在瑞典、挪威这样的国家中取得更好的学习成绩，但要是放到美国、澳大利亚这样竞争激烈、自由放任的资本主义国家，该基因就会对学习成绩造成消极影响。在上述两种社会背景下，该基因的确都能预测个人教育成就，但是如果用这套有缺陷的分数系统去分析，结果是效应为零，因为正好正负相抵了。然而，这正是我们想要寻找的，能反映基因和环境相互作用的基因型。
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为了让多基因分数系统更好地用于基因环境相互作用的研究，我们可以改变测量对象。以往采用的是对某结果（如教育）平均水平的预测能力最好的一种分数，现在我们想要构造的，则是能最好地预测对环境的敏感性的分数。尽管这种方法还处于发展阶段，但我们首先要做的，就是运用全基因组关联分析去预测一种表型内部的差异，而不是这种表型的平均水平。此方法通常被称作基于体素的全基因组关联分析（voxelwise Genome-Wide Association Study，VGWAS），目前是一个热门科研领域。14
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因此，虽然我们还远没有破解不同阶级间基因效应差别的谜团，但至少可以通过这些多基因分数研究的结果清楚认识到，刚发现不同人群间——不管是按照种族、阶级、地理还是家庭划分——的基因效应存在差别，就假设其反映了“真实的”基因与环境互动关系，这种做法多么愚蠢。
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理解遗传和环境之间的相互作用已经够复杂了，更麻烦的是，两者的关系似乎是一种非常复杂的动态反馈回路，因此很难分清谁是因，谁是果。15毕竟，只要人们（尤其是父母）对生活的地点、方式和邻居有一定的选择能力，那么基因型就会反映到对环境的选择上。把基因与环境之间的相互作用从不同基因之间的相互作用，或者从不同环境之间的相互作用之中分离出来并非易事，但是这对于理解人类行为的起源和正确评判政策的好坏都起着至关重要的作用。
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特克海默通过对双生子模型进行社会经济地位分层分析，说明了基因与环境之间的相互作用，在这方面他是一位先驱人物。然而直到20年后，第一篇从分子层面测量基因与环境相互作用的文章才被发表。该文作者在新西兰南岛的达尼丁进行了一项独特的研究，研究对象均出生于同一时期，他们首先选取了多个基因，然后宣称这些基因的效应会随着环境的变化而变化。这是一支跨学科团队，成员包括临床心理学家特里耶·莫菲特（Terrie Moffitt）、发展心理学家艾弗谢罗姆·凯蒲赛（Avshalom Caspi），以及多名心理学家和遗传学家，他们的目的是去探讨面对同样的暴力和虐待，为什么有些孩子受到的负面影响就比较小。适应力问题是社会科学的一个重要研究领域，已经有了大量研究，但是直到这一研究出现，学者才开始考虑使用遗传数据。研究人员在受到不同程度虐待的大量男性儿童样本中，检测了单一基因MAO-A的变型，结果同预期一样，童年时期经受过暴力的孩子成人以后反社会和暴力倾向更明显。更引人好奇的结果是，童年时的被虐待与成人后的不良行为之间的联系，取决于这个男孩携带的基因型。对于MAO-A基因活性低的男性个体来说，被虐待对成人后反社会行为带来的影响是该基因活性高的男性个体的2倍。
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MAO-A基因包含着能够降解5-羟色胺和多巴胺等神经递质的一种酶的信息。事实上，在之前的社会遗传学研究中，由于MAO-A基因与个体侵略性之间存在某种联系，它早已被贴上了“战士”基因的标签。16
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这项研究值得我们学习的地方有很多，它既是开创性的，同时也是十分严谨的。它使用高质量测量仪器去检测个体童年时代受虐待的程度，对这一敏感主题进行了可靠的评估。17基因选取也是建立在以往动物实验基础上再三斟酌确定的。
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这项研究论文发表在2002年的《科学》杂志上，另一篇探讨同样问题的相关论文选取了5-HTT基因作为检测对象，发表在2003年的《科学》杂志上。185-HTT能够编码5-羟色胺转运蛋白，进而参与颅内突触对于5-羟色胺的重吸收过程，同时它也是抗抑郁药物的靶点。在对小鼠和猿猴进行该基因的研究时发现，在紧张环境下，该基因的不同变型会导致生物体产生不同程度的应激反应。凯蒲赛等在此研究中假设，这种遗传变异能够减轻生活压力对日后出现抑郁症症状的影响。通过对比研究MAO-A基因所得到的数据集，他们发现了与动物实验结论相一致的证据，即同样处于紧张环境下，有些人会比其他人表现出更为严重的忧郁症症状，而这是由有无应激基因型导致的。
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可以说，这项研究开辟了一个新的方向，探讨如何将生物与环境预测因素的互动关系，与重要的社会结果联系起来。这两篇文章在过去的10年左右被引用了成千上万次，引起了很大的反响，既有人给原文的解释添砖加瓦，也有人针锋相对地提出另外的解释，有人指摘统计方法，也有人进行重复实验（成功者有之，失败者也不少），还有人进行了概括分析。这场争论仍在继续，不同的概括分析（即所谓的“元”分析）得出的结论也各不相同19。
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基因与环境之间相互作用的理论
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现在我们需要一套关于基因与环境之间相互作用的理论，以便解释凯蒲赛等人做出的惊人发现。这套理论的核心就是解决几个问题：为什么人类的基因要由环境所决定？为什么这种对环境的敏感性有利于物种生存和繁衍？让环境来决定人类的出路是不是有风险？或者说，让基因完全脱离环境，独立发挥功能会不会更有风险？
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素质应激假说（diathesis-stress hypothesis）是一个论述基因环境相互作用的早期概念框架，它认为一些个体天生具备“冒险型”基因（“risky” genetic variants），而其他个体具备“保守型”基因（“safe” genetic variants），但是如果都生活在一个中性的环境中，这两类个体最终的情况会大体相同；而如果“冒险型”个体生活在极端环境下，结果就会大不相同。这就体现出了基因与环境之间的相互作用。事实上，尽管存在争议，但是大量数据表明，对于拥有与5-羟色胺系统相关的“冒险型”基因的孩子，遭受虐待会使其生活前景明显恶化；当然，其他没有这种基因的孩子也是一样，只是程度要轻得多。20既然没有收益，那么人类为何要选择“冒险型”基因呢？为什么进化压力没有消除这些基因型？针对这些问题，人们提出了多种理论。第一种理论认为，这些“冒险型”基因在不太遥远的过去是有益的。只是现在看来会造成对紧张环境“过度反应”的基因型，放在东非大裂谷这种极端环境下就很可能是有益的，但是人类已经离这些极端环境太遥远了，以致很多基因型在自然选择后都消失了。比如，“战士”基因可能对于需要抵御狮子的种群来说是有益的；或者说，这些“冒险型”基因在某些情况下确实有较大的风险，但是在某些没有人去测量的情形下，反而能起到保护作用，例如，精神分裂症往往与创造力和智力存在正相关关系。21
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第二种理论认为应从物种而不是个体的角度去思考，假设存在“兰花型”基因和“蒲公英型”基因两种类型。“蒲公英型”基因能应付绝大部分的环境，而“兰花型”基因只能在理想环境中发挥作用。拥有“蒲公英型”基因的个体能够抵御在环境变化过程中可能遇到的危险（虽然种群选择还是一个有争议的进化论概念）。站在物种的角度上来看，为了确保万无一失，人类会希望同时拥有这两种基因型。为了防止环境出现巨大变化（如气候变化）将完全适应当前环境的“兰花型”基因全部抹除，“蒲公英型”基因的存在对物种延续就显得尤为重要。
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这种进化上的风险管理已经在很多物种上有所体现，例如，拟南芥的萌芽阶段，22以及酿酒酵母的生长和繁殖策略。23在拟南芥的萌芽阶段，一个重要的（由基因促成的）“决策”就是确定种子发芽的时间点，以便其能最大程度地利用生长的环境条件，如水分、阳光等。如果选在阳光最充足的时候发芽，那么所有北半球的植株就都应该在春分日发芽，但要是碰巧那天乌云密布或者出现日食，那植株该怎么办呢？因此，理应有一部分拟南芥植株对于发芽时间的调控不那么精确，换言之，这个群体舍弃了最大效益，来换取发芽时间是一个区间，而非一个点。在拟南芥这个例子中，只在春分日发芽的是“兰花型”植株，而那些发芽时间存在一定随机性的植株就是“蒲公英型”植株——在特定的情况下，它们不会因天气条件而受太大影响。因此，在晴朗的天气里，“兰花型”植株由于在理想的时间点萌发，从而最终会占据优势地位；但是在不太好的天气情况下，“蒲公英型”植株给自己留了后路，也会最终占据主导地位。自然选择会找到一个适当的平衡，应对多变的大自然。
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另一个挑战
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用现有数据来检验这些想法已经够麻烦了，但偏偏有一批社会科学家还指出，某些关于基因与环境相互作用的文献有着潜在的致命缺陷。
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为了能够更好地探究基因与环境之间的相互作用，我们需要考虑另一个问题：我们所研究的环境是否受到了人为控制，或者说它是否是外源性的。这个问题十分重要，因为评估基因与环境之间相互作用的过程分为两个关键的步骤：先将社会活动中的基因成分与环境成分剥离开，然后再研究这两者的相互依赖关系。第一步就十分困难。如果各种行动和因素不能清晰地被分成“基因的”和“环境的”，而是说我们对环境的反映本身就是部分由遗传因素决定的，那又该怎么办呢？实际情况可能是基因也会塑造我们与之互动的环境，而非基因和环境是两种独立的力量，各自对我们直接发挥作用，同时两者之间也会进行相互作用。基因型塑造我们所处的环境，这就是所谓的基因—环境相关性（gene-environment correlation），它可以分为三种。24
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第一种是积极型基因—环境相关性（active gene-environment correlation）。人们（无论是儿童还是成人）能够部分地决定自己所处的境遇，而这可能是为了更好地“适应”或者利用环境。这个过程也被称作选择性基因—环境相关性（selective gene-environment correlation）。例如，内向的人选择的环境（朋友、党派等）可能就与外向的人不一样。
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第二种是唤起型基因—环境相关性（evocative gene-environment correlation），是指基因可能引起环境的回应，而不是主动选择环境。例如，（由基因决定）喜欢搞破坏的孩子就可能引来家长、老师等人的惩罚（环境做出回应）。
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再举一例，假设有一种基因叫作SCHOOL基因，它有A和T两种等位基因，如果拥有A等位基因的孩子比拥有T等位基因的孩子更有可能进入高等院校，那么总体来说，前者上的学校就要比后者好一些。如果A等位基因仅仅通过影响学校选择来起到作用，那不会有什么问题，并且这一机制是A等位基因通过对下游结果，比如，工资产生影响来实现的。但是现在假设A等位基因有两个作用，一是影响学校选择；二是通过提高智商来影响工资。那么，这就可能会把分析学校影响的社会科学家搞糊涂，让他得出错误的结论：得到某些结果的原因是“好”学校，而实际原因是SCHOOL基因两方面效应（分别影响学校和工资）中的一个。相反，如果我们让拥有T等位基因的孩子进入到所谓的“好”学校，他们的工资可能并不会提高，因为学校的影响只不过是基因分选的一个统计工具罢了。
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当有多个基因同时影响一个结果时，我们需要更复杂的能力去推断其因果联系。回到上述例子，虽然具有A等位基因的孩子会选择进入更好的学校，但是我们现在假设一种新的情况，SCHOOL基因对于智商或工资都没有直接的影响。然后再考虑COGNI这个基因，它有C和G两种等位基因。假设SCHOOL基因和COGNI基因之间存在相互作用，对于拥有T等位基因的孩子来说，无论他拥有C等位基因还是G等位基因，结果都是学校糟、智力差、工资低。在这一方面，两者并无相互作用。但是对于拥有A等位基因的孩子来说，如果他拥有C等位基因，他的智商和工资都会比较高。换言之，只有当拥有C等位基因时，SCHOOL基因对于获取工资的影响才会显现出来。换个角度来讲，只有当拥有A等位基因时，COGNI基因对智商和工资的有利影响才会显现出来。如果我们不去对SCHOOL基因进行准确的测量，不去寻找这种基因之间的相互作用，那么仅仅研究COGNI基因的科学家就会错误地推断出，只有当孩子进入优质学校时，C等位基因才会对智商和工资产生影响，因此存在基因与环境之间的相互作用。事实上，正是由于基因—环境相关性，检验学校质量就是检验孩子SCHOOL基因上是A还是T！也就是说，我们以为是基因与环境间的互相作用，其实是之前没观察到的基因之间的相互作用。
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当我们考虑代际问题时，情况会变得更加复杂。因为子女在遗传上是与其父母相关的，而父母会为子女挑选邻居、学校，甚至（间接地）玩伴、运动方式，25所以我们在分析基因与环境相互作用的过程中也会遇到这个问题。父母为子女的生长环境做出了一系列重要的选择，其效果相当于子女自己的基因在帮助他们自己选择生长环境一样，这就是消极型基因—环境相关性（passive gene-environment correlation）的概念。既然父母将SCHOOL基因和COGNI基因都遗传给了他们的孩子，即使孩子自身对于所处的生长环境没有任何选择权，那么这种明显的基因与环境相互作用似乎也可能是基因之间的相互关系，因为我们可以说，父母给后代既传递了基因，又传递了环境。
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在艾弗谢罗姆·凯蒲赛（Avshalom Caspi）等人的研究中，26受虐待对于孩子来说虽然可视为来自外部环境的压力，但很可能实际上这是由父母的基因型所决定的，这就使我们很难将基因和环境分离，并去研究两者之间的相互作用，这也是我们对于这项研究所担心的地方。究竟是父母所创造的环境和5-HTT基因发生相互作用导致了孩子的抑郁，还是存在另一种基因（不妨称作ABUS基因）使父母产生了这样的行为？如果是后一种情况，那么我们可以假设，如果父母同时将5-HTT基因和ABUS基因传给后代，那么这两者会发生相互作用，从而使后代产生抑郁。但是如果后代仅仅获得了5-HTT基因，那么就没有迹象表明该个体会产生抑郁。如果我们不去准确测量ABUS基因（或者5-HTT基因的其他潜在伴侣基因）的活性，那么我们可能就会认为是父母创造的环境以某种偶然的方式和5-HTT基因产生了相互作用，而不是驱使父母去创造环境的、未被检测到的ABUS基因与5-HTT基因产生了相互作用。
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