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此后，ABI公司不断努力，又用毛细管电泳技术替代了原有的平板电泳技术。因为平板电泳技术的测序数量有限，而且制作电泳胶与加样不能自动化，而毛细管电泳技术可以实现制胶和加样的自动化，减少了试剂的损耗，提升了分析的速度，测序数量也更大。
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1998年，ABI公司终于推出了ABI Prism 3700毛细管测序仪，它的上样、数据收集、质控、初步分析都实现了自动化，是第一台真正的全自动测序仪。此后推出的升级版ABI 3730机型，更是为人类基因组计划立下了赫赫战功，至今仍然是Sanger法测序仪的主力机型，这一型号测序仪的测序结果被称为“黄金标准”。至此，ABI公司在Sanger法测序时代的霸主地位再也无可撼动。
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在ABI公司的王霸之路上，也出现过不少有力的竞争对手。例如，美国的LI-COR公司和Molecular Dynamics公司等，但这些对手后来都因种种原因衰落，退出了历史潮流。正所谓“滚滚长江东逝水，浪花淘尽英雄”。而这样的故事，在接下来的测序仪发展历程中，还在不断地上演。
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高通量测序技术问世：三雄争霸
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2003年，随着人类基因组计划的完成，遗传学研究正式进入了基因组学时代。测序向着更大样本量、更多数据量、更多物种的方向迅速发展。而这些发展方向，最终都是为了改善两个最重要的指标：成本和通量（测序效率）。
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第一个人类的基因组测序，从1990年到2003年，花费38亿美元才完成。就算在2003年之后，用Sanger法测序一个人的基因组，成本也高达5 000多万美元。为了降低测序成本，美国国立卫生研究院于2003年发起了“5年内实现10万美元= 1个基因组”和“10年实现1 000美元=1个基因组”的两步走战略计划，以鼓励开发新的测序技术。
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为了提高效率、节省成本，曾参加人类基因组计划的美国科学家克雷格·文特尔（Craig Venter）早在20世纪90年代就开始用“鸟枪法”进行基因测序。其具体做法是把要测序的基因组切成随机碎片，同时对这些碎片进行测序，再将所得的测序结果拼接起来。这种方法就好比让很多人同时乱枪射击森林里的鸟群，在很短的时间内，就可以将林子中的大部分鸟打中。鸟枪法能够成功的核心原因是IT技术的突飞猛进，特别是超级计算机的广泛应用，使得通过信息技术还原基因组的本来面目成为可能，进而诞生了“BT（生物技术）+IT”的新交叉学科——生物信息学。
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在鸟枪法的原理基础上，科学家发明了高通量测序技术，提高了单位时间内产生的数据量。2005年，第一台商用高通量测序仪454横空出世，由美国的454 Life Sciences公司于2005年开发，后被罗氏收购。2006年，英国剑桥的Solexa公司推出基于SBS（Sequencing-BySynthesis）技术的高通量测序仪，后被Illumina公司收购。Sanger法时代的霸主ABI公司晚了半个身位，于2007年也推出了自己的SoLiD高通量测序仪。
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在最初的5~6年间，这三家公司不断地推出新品，刷新各自测序仪通量、读长和成本的纪录。这样的竞争一直持续到2010年左右，454 Life Sciences公司和ABI公司的测序仪因为自身的各种不尽人意之处，难逃停产的命运。
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这一阶段赢在最后的是Illumina公司。该公司率先进军大型基因组研究中心，抢占了先机。此后，它又推出了高通量的HiSeq系列测序仪，其通量远超另外两家公司。“三国争霸”的年代终于结束，Illumina公司成为高通量时代当之无愧的霸主。
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尹烨和Illumina公司的王牌武器：HiSeq系列测序仪
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向人人基因组进军：三国争霸
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自从2010年推出HiSeq2000系列测序仪之后，Illumina便开始在提高通量的道路上高歌猛进，并在2017年使人类基因组测序成本降低到了1 000美元，率先实现了“1 000美元测序1个人类基因组”的设想。
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然而，科技领域从来就不缺挑战者。首先，曾经的失败者454 Life Sciences公司和ABI公司，以一种特殊形式“联盟”了。454 Life Sciences的创始人乔纳森·罗森伯格（Jonathan Rothberg）创办了新的科技公司Ion Torrent，并于2010年成功推出了当时世上体积最小、检测成本最低的测序仪PGM。同年，Ion Torrent被Life Technologies公司收购。而这家Life Technologies公司，正是由ABI公司与Invitrogen公司合并而成！之后，罗森伯格的团队开发出Proton测序仪，并声称一天就能完成人类基因组测序，成本仅为1 000美元。可惜其技术发展并不尽如人意，在多次跳票后，Proton测序仪如今已经基本退出科研市场，Life公司随后也被Thermo Fisher公司收购。
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直到此时，所有的测序仪争霸战还只是发生在美国。2013年后，中国和英国也开始相继加入这个生命技术竞争顶级俱乐部，开始了“三国争霸”的时代。
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尹烨和Ion Torrent公司生产的Proton测序仪
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这还得从美国的Complete Genomics（CG）公司说起。CG公司是个提供测序服务的生物公司，它的测序结果的准确率是业内公认最高的，测序所用的都是自产的测序仪，但它生产的测序仪概不外售。2013年，中国的华大基因收购了CG公司，消化其核心技术，并研发出具有自主知识产权的小型测序仪。2015年，华大基因推出第一代BGISEQ-500测序仪，将人类基因组测序成本降到600美元，这是人类基因组测序价格首次下降到1 000美元以内。2018年，华大基因又推出了T7测序仪，这款仪器一天就能完成60个人类基因组测序，是当今全世界公开发售的通量最高的测序仪。华大基因测序仪的迅速崛起，让世界上又多了一家在技术上可以与Illumina一决高下的机构。
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华大基因生产的BGISEQ-500测序仪
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尹烨和华大基因生产的T7测序仪
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